# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.925 2 R 0.738 0.011 0.003 0.002 0.009 0.003 0.235 3 I 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 4 V 0.965 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.025 5 A 0.922 0.005 0.003 0.005 0.005 0.002 0.058 6 A 0.730 0.005 0.003 0.005 0.033 0.021 0.203 7 D 0.336 0.015 0.008 0.007 0.143 0.099 0.393 8 T 0.089 0.010 0.019 0.016 0.331 0.308 0.227 9 G 0.064 0.008 0.021 0.026 0.362 0.287 0.232 10 G 0.176 0.032 0.050 0.043 0.233 0.157 0.308 11 A 0.369 0.040 0.046 0.052 0.143 0.083 0.266 12 V 0.539 0.042 0.048 0.048 0.083 0.078 0.163 13 L 0.414 0.068 0.060 0.064 0.091 0.062 0.240 14 D 0.145 0.012 0.145 0.084 0.093 0.099 0.421 15 E 0.016 0.002 0.290 0.079 0.066 0.507 0.039 16 T 0.023 0.005 0.204 0.065 0.073 0.567 0.063 17 F 0.076 0.016 0.114 0.093 0.315 0.142 0.244 18 E 0.101 0.023 0.016 0.067 0.313 0.041 0.439 19 P 0.208 0.025 0.026 0.117 0.087 0.064 0.472 20 I 0.303 0.021 0.035 0.218 0.114 0.084 0.224 21 G 0.540 0.010 0.028 0.158 0.084 0.079 0.101 22 L 0.686 0.006 0.017 0.178 0.016 0.021 0.076 23 I 0.719 0.004 0.014 0.187 0.013 0.013 0.050 24 A 0.703 0.003 0.017 0.147 0.026 0.016 0.089 25 T 0.709 0.002 0.012 0.134 0.040 0.019 0.084 26 V 0.721 0.003 0.013 0.173 0.025 0.013 0.053 27 A 0.644 0.004 0.010 0.279 0.012 0.023 0.028 28 V 0.523 0.003 0.014 0.392 0.006 0.041 0.021 29 L 0.532 0.004 0.012 0.351 0.011 0.056 0.035 30 V 0.514 0.008 0.013 0.248 0.044 0.092 0.081 31 E 0.346 0.011 0.012 0.232 0.146 0.074 0.178 32 K 0.155 0.008 0.007 0.097 0.357 0.019 0.358 33 P 0.105 0.015 0.020 0.091 0.121 0.108 0.539 34 Y 0.080 0.019 0.050 0.122 0.133 0.150 0.445 35 R 0.082 0.012 0.044 0.101 0.338 0.107 0.317 36 S 0.109 0.013 0.030 0.092 0.215 0.059 0.482 37 A 0.096 0.009 0.095 0.418 0.085 0.141 0.157 38 K 0.186 0.006 0.090 0.296 0.111 0.147 0.164 39 E 0.481 0.009 0.051 0.197 0.074 0.037 0.151 40 V 0.672 0.008 0.017 0.159 0.032 0.018 0.094 41 M 0.680 0.014 0.011 0.160 0.022 0.030 0.083 42 V 0.721 0.008 0.010 0.119 0.019 0.029 0.095 43 K 0.736 0.008 0.011 0.096 0.031 0.029 0.089 44 Y 0.666 0.015 0.009 0.046 0.036 0.048 0.180 45 A 0.293 0.023 0.011 0.024 0.278 0.055 0.316 46 N 0.126 0.011 0.002 0.002 0.331 0.008 0.521 47 P 0.059 0.006 0.087 0.049 0.174 0.299 0.325 48 Y 0.090 0.016 0.106 0.068 0.211 0.343 0.165 49 D 0.161 0.017 0.075 0.078 0.181 0.128 0.359 50 Y 0.235 0.069 0.034 0.085 0.108 0.060 0.410 51 D 0.189 0.044 0.018 0.084 0.055 0.098 0.512 52 L 0.080 0.017 0.035 0.116 0.171 0.241 0.341 53 T 0.064 0.018 0.022 0.216 0.163 0.237 0.279 54 G 0.050 0.007 0.023 0.303 0.260 0.203 0.154 55 R 0.065 0.007 0.024 0.571 0.083 0.076 0.175 56 Q 0.086 0.014 0.019 0.686 0.063 0.031 0.101 57 A 0.093 0.011 0.022 0.692 0.028 0.032 0.122 58 I 0.064 0.005 0.021 0.748 0.017 0.034 0.112 59 R 0.039 0.003 0.017 0.813 0.025 0.033 0.070 60 D 0.025 0.001 0.011 0.877 0.028 0.028 0.029 61 E 0.015 0.001 0.007 0.947 0.004 0.018 0.010 62 V 0.016 0.001 0.003 0.964 0.002 0.006 0.008 63 L 0.010 0.001 0.002 0.980 0.001 0.003 0.003 64 L 0.008 0.001 0.002 0.982 0.001 0.005 0.002 65 A 0.010 0.001 0.001 0.979 0.001 0.006 0.002 66 I 0.021 0.001 0.002 0.965 0.002 0.006 0.003 67 E 0.018 0.001 0.003 0.962 0.002 0.012 0.004 68 L 0.009 0.001 0.007 0.940 0.003 0.035 0.005 69 A 0.011 0.001 0.021 0.886 0.009 0.062 0.009 70 R 0.025 0.002 0.044 0.764 0.029 0.112 0.023 71 K 0.051 0.005 0.061 0.515 0.065 0.224 0.080 72 V 0.071 0.013 0.014 0.194 0.302 0.109 0.298 73 K 0.034 0.007 0.002 0.004 0.109 0.013 0.832 74 P 0.055 0.006 0.059 0.017 0.174 0.249 0.440 75 D 0.177 0.003 0.044 0.015 0.409 0.216 0.136 76 V 0.793 0.007 0.032 0.016 0.032 0.019 0.101 77 I 0.915 0.007 0.003 0.016 0.006 0.003 0.050 78 H 0.881 0.009 0.004 0.025 0.011 0.007 0.063 79 L 0.674 0.013 0.008 0.032 0.030 0.029 0.215 80 D 0.255 0.008 0.028 0.026 0.126 0.104 0.453 81 S 0.101 0.006 0.086 0.039 0.213 0.385 0.171 82 T 0.133 0.022 0.094 0.051 0.203 0.270 0.227 83 L 0.197 0.034 0.090 0.074 0.200 0.212 0.193 84 G 0.151 0.011 0.030 0.040 0.240 0.275 0.252 85 G 0.377 0.014 0.023 0.033 0.138 0.066 0.347 86 I 0.684 0.011 0.015 0.038 0.040 0.016 0.196 87 E 0.816 0.019 0.012 0.034 0.019 0.014 0.087 88 L 0.766 0.009 0.017 0.038 0.019 0.016 0.136 89 R 0.710 0.014 0.022 0.040 0.050 0.035 0.130 90 K 0.492 0.023 0.031 0.030 0.059 0.083 0.283 91 L 0.183 0.019 0.013 0.012 0.164 0.064 0.546 92 D 0.082 0.015 0.006 0.009 0.175 0.023 0.689 93 E 0.023 0.005 0.117 0.386 0.222 0.087 0.160 94 P 0.011 0.007 0.096 0.485 0.085 0.158 0.158 95 T 0.018 0.012 0.093 0.613 0.039 0.091 0.133 96 I 0.053 0.015 0.118 0.633 0.037 0.063 0.081 97 D 0.111 0.005 0.111 0.559 0.059 0.078 0.077 98 A 0.105 0.005 0.127 0.586 0.045 0.090 0.042 99 L 0.217 0.018 0.039 0.454 0.045 0.164 0.062 100 G 0.299 0.018 0.019 0.183 0.053 0.251 0.177 101 I 0.247 0.024 0.023 0.089 0.048 0.072 0.497 102 S 0.171 0.022 0.035 0.080 0.106 0.109 0.476 103 D 0.057 0.008 0.040 0.103 0.295 0.231 0.264 104 K 0.029 0.008 0.025 0.148 0.257 0.373 0.160 105 G 0.035 0.005 0.017 0.244 0.265 0.198 0.235 106 K 0.055 0.008 0.006 0.648 0.076 0.019 0.188 107 E 0.082 0.011 0.005 0.808 0.018 0.010 0.067 108 V 0.075 0.009 0.007 0.838 0.011 0.010 0.050 109 W 0.050 0.003 0.025 0.860 0.010 0.015 0.038 110 K 0.033 0.001 0.046 0.866 0.015 0.026 0.014 111 E 0.022 0.002 0.063 0.810 0.010 0.068 0.023 112 L 0.010 0.004 0.048 0.772 0.023 0.086 0.056 113 S 0.006 0.003 0.057 0.730 0.025 0.108 0.071 114 K 0.002 0.001 0.120 0.499 0.049 0.293 0.036 115 D 0.003 0.003 0.122 0.477 0.042 0.296 0.056 116 L 0.003 0.003 0.077 0.711 0.047 0.101 0.057 117 Q 0.003 0.001 0.027 0.835 0.051 0.022 0.061 118 P 0.001 0.001 0.020 0.939 0.005 0.021 0.014 119 L 0.002 0.001 0.025 0.937 0.003 0.023 0.009 120 A 0.006 0.002 0.023 0.931 0.004 0.018 0.016 121 R 0.007 0.001 0.027 0.913 0.008 0.033 0.012 122 K 0.008 0.001 0.012 0.901 0.013 0.053 0.012 123 F 0.015 0.003 0.015 0.846 0.013 0.070 0.039 124 W 0.018 0.005 0.024 0.846 0.020 0.064 0.023 125 E 0.012 0.001 0.047 0.790 0.016 0.114 0.021 126 E 0.014 0.002 0.039 0.684 0.042 0.182 0.037 127 T 0.016 0.003 0.016 0.304 0.077 0.503 0.081 128 N 0.064 0.005 0.007 0.024 0.164 0.393 0.342 129 I 0.304 0.007 0.002 0.003 0.056 0.007 0.621 130 E 0.800 0.004 0.001 0.005 0.056 0.003 0.130 131 I 0.982 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 132 V 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 133 A 0.984 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 134 I 0.885 0.003 0.003 0.014 0.013 0.011 0.070 135 G 0.358 0.004 0.011 0.007 0.129 0.073 0.418 136 K 0.077 0.004 0.098 0.020 0.240 0.310 0.250 137 S 0.059 0.011 0.068 0.020 0.211 0.424 0.206 138 S 0.088 0.011 0.061 0.064 0.318 0.212 0.247 139 V 0.197 0.017 0.004 0.116 0.424 0.013 0.228 140 P 0.278 0.010 0.004 0.244 0.033 0.014 0.417 141 V 0.370 0.009 0.005 0.480 0.027 0.008 0.102 142 R 0.392 0.005 0.005 0.502 0.024 0.007 0.064 143 I 0.117 0.001 0.007 0.842 0.006 0.006 0.021 144 A 0.057 0.001 0.006 0.917 0.005 0.005 0.009 145 E 0.060 0.001 0.009 0.910 0.005 0.008 0.008 146 I 0.081 0.001 0.013 0.864 0.005 0.028 0.008 147 Y 0.043 0.002 0.009 0.875 0.006 0.056 0.009 148 A 0.021 0.001 0.011 0.773 0.015 0.164 0.016 149 G 0.043 0.002 0.017 0.590 0.046 0.246 0.056 150 I 0.120 0.008 0.021 0.585 0.047 0.104 0.115 151 Y 0.197 0.015 0.021 0.542 0.051 0.079 0.095 152 S 0.205 0.008 0.018 0.503 0.057 0.068 0.142 153 A 0.141 0.004 0.023 0.634 0.052 0.063 0.083 154 K 0.123 0.003 0.024 0.724 0.030 0.049 0.047 155 W 0.221 0.006 0.036 0.578 0.028 0.063 0.067 156 G 0.296 0.009 0.034 0.473 0.026 0.064 0.099 157 I 0.305 0.009 0.061 0.435 0.043 0.061 0.087 158 E 0.268 0.004 0.073 0.398 0.058 0.121 0.078 159 N 0.263 0.005 0.059 0.447 0.048 0.083 0.094 160 V 0.372 0.019 0.049 0.353 0.049 0.058 0.100 161 E 0.229 0.011 0.063 0.435 0.037 0.104 0.122 162 K 0.219 0.008 0.072 0.338 0.063 0.193 0.108 163 E 0.037 0.002 0.024 0.040 0.116 0.703 0.078 164 G 0.048 0.001 0.007 0.002 0.178 0.687 0.078 165 H 0.570 0.008 0.003 0.002 0.090 0.027 0.299 166 L 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 167 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 168 I 0.957 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.032 169 G 0.771 0.004 0.002 0.001 0.047 0.008 0.166 170 L 0.318 0.007 0.010 0.005 0.055 0.012 0.592 171 P 0.182 0.005 0.130 0.055 0.098 0.117 0.412 172 R 0.171 0.010 0.243 0.100 0.117 0.183 0.175 173 Y 0.256 0.014 0.250 0.150 0.079 0.137 0.114 174 M 0.348 0.040 0.071 0.137 0.100 0.150 0.153 175 E 0.213 0.019 0.028 0.079 0.035 0.199 0.428 176 V 0.025 0.002 0.001 0.005 0.009 0.003 0.955