# TARGET T0344 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.009 0.001 0.086 0.195 0.156 0.096 0.002 0.001 0.044 0.408 2 R 0.002 0.007 0.001 0.224 0.218 0.317 0.037 0.001 0.001 0.051 0.142 3 I 0.003 0.006 0.001 0.208 0.187 0.292 0.028 0.001 0.001 0.076 0.197 4 V 0.004 0.003 0.001 0.382 0.199 0.206 0.024 0.001 0.001 0.087 0.093 5 A 0.025 0.005 0.006 0.254 0.132 0.192 0.057 0.002 0.004 0.170 0.152 6 A 0.062 0.002 0.006 0.178 0.053 0.091 0.089 0.003 0.006 0.078 0.433 7 D 0.204 0.010 0.001 0.060 0.028 0.052 0.109 0.009 0.002 0.069 0.456 8 T 0.093 0.014 0.002 0.029 0.011 0.022 0.150 0.004 0.001 0.051 0.624 9 G 0.022 0.011 0.001 0.037 0.039 0.074 0.157 0.011 0.001 0.053 0.594 10 G 0.042 0.017 0.001 0.040 0.086 0.124 0.130 0.006 0.001 0.069 0.483 11 A 0.021 0.012 0.001 0.082 0.091 0.139 0.108 0.002 0.001 0.053 0.491 12 V 0.032 0.018 0.004 0.094 0.103 0.162 0.109 0.002 0.002 0.084 0.391 13 L 0.042 0.028 0.005 0.092 0.059 0.108 0.126 0.010 0.003 0.069 0.457 14 D 0.419 0.095 0.003 0.033 0.018 0.032 0.068 0.015 0.003 0.068 0.246 15 E 0.185 0.018 0.004 0.029 0.022 0.038 0.110 0.006 0.002 0.065 0.521 16 T 0.010 0.020 0.001 0.021 0.022 0.054 0.126 0.002 0.001 0.023 0.722 17 F 0.074 0.093 0.005 0.026 0.044 0.053 0.106 0.005 0.002 0.061 0.532 18 E 0.103 0.247 0.003 0.020 0.057 0.045 0.100 0.014 0.001 0.102 0.307 19 P 0.064 0.300 0.003 0.012 0.021 0.044 0.086 0.005 0.001 0.060 0.406 20 I 0.022 0.500 0.003 0.027 0.039 0.072 0.051 0.004 0.001 0.054 0.227 21 G 0.019 0.056 0.004 0.031 0.073 0.158 0.055 0.002 0.001 0.439 0.163 22 L 0.009 0.247 0.003 0.056 0.138 0.183 0.044 0.003 0.001 0.167 0.151 23 I 0.027 0.087 0.006 0.084 0.143 0.207 0.057 0.002 0.001 0.184 0.203 24 A 0.003 0.060 0.003 0.109 0.237 0.347 0.034 0.001 0.001 0.094 0.110 25 T 0.005 0.031 0.001 0.074 0.159 0.372 0.042 0.002 0.001 0.169 0.145 26 V 0.004 0.030 0.004 0.099 0.321 0.222 0.039 0.001 0.001 0.080 0.199 27 A 0.004 0.012 0.002 0.105 0.248 0.416 0.027 0.001 0.001 0.107 0.078 28 V 0.013 0.015 0.002 0.099 0.233 0.308 0.034 0.002 0.001 0.124 0.170 29 L 0.021 0.006 0.002 0.142 0.263 0.240 0.052 0.001 0.001 0.077 0.194 30 V 0.014 0.012 0.002 0.080 0.173 0.298 0.091 0.002 0.001 0.040 0.287 31 E 0.030 0.024 0.003 0.048 0.054 0.077 0.094 0.004 0.003 0.035 0.628 32 K 0.214 0.039 0.006 0.017 0.049 0.043 0.097 0.016 0.005 0.156 0.359 33 P 0.076 0.162 0.006 0.012 0.010 0.019 0.098 0.008 0.004 0.062 0.541 34 Y 0.245 0.160 0.014 0.006 0.011 0.018 0.045 0.007 0.005 0.034 0.455 35 R 0.158 0.137 0.006 0.008 0.020 0.022 0.065 0.014 0.002 0.056 0.511 36 S 0.110 0.256 0.001 0.005 0.011 0.022 0.070 0.009 0.001 0.030 0.484 37 A 0.132 0.298 0.016 0.020 0.015 0.024 0.065 0.008 0.004 0.039 0.380 38 K 0.056 0.288 0.003 0.019 0.064 0.081 0.083 0.009 0.001 0.029 0.367 39 E 0.056 0.231 0.004 0.029 0.054 0.099 0.077 0.006 0.001 0.049 0.395 40 V 0.028 0.237 0.006 0.070 0.141 0.134 0.074 0.006 0.001 0.041 0.262 41 M 0.045 0.151 0.010 0.079 0.112 0.218 0.074 0.011 0.004 0.053 0.243 42 V 0.070 0.059 0.005 0.077 0.132 0.158 0.063 0.011 0.002 0.049 0.373 43 K 0.079 0.017 0.002 0.083 0.128 0.198 0.070 0.003 0.001 0.060 0.360 44 Y 0.009 0.009 0.004 0.054 0.081 0.145 0.101 0.001 0.002 0.028 0.567 45 A 0.014 0.007 0.007 0.057 0.053 0.072 0.096 0.003 0.004 0.024 0.665 46 N 0.290 0.029 0.003 0.025 0.070 0.057 0.078 0.030 0.002 0.131 0.285 47 P 0.143 0.019 0.003 0.025 0.008 0.017 0.097 0.003 0.001 0.059 0.626 48 Y 0.029 0.013 0.001 0.045 0.028 0.066 0.103 0.004 0.001 0.041 0.668 49 D 0.042 0.012 0.001 0.034 0.041 0.056 0.123 0.002 0.001 0.074 0.615 50 Y 0.009 0.009 0.001 0.058 0.064 0.078 0.152 0.004 0.001 0.054 0.570 51 D 0.170 0.077 0.003 0.040 0.045 0.057 0.101 0.006 0.002 0.074 0.425 52 L 0.142 0.103 0.004 0.033 0.027 0.034 0.108 0.007 0.002 0.070 0.470 53 T 0.065 0.306 0.002 0.019 0.017 0.036 0.096 0.009 0.001 0.034 0.414 54 G 0.063 0.616 0.004 0.013 0.011 0.017 0.041 0.009 0.001 0.021 0.202 55 R 0.066 0.656 0.003 0.008 0.022 0.026 0.034 0.018 0.001 0.020 0.147 56 Q 0.075 0.497 0.003 0.015 0.029 0.035 0.040 0.007 0.001 0.068 0.230 57 A 0.030 0.609 0.014 0.012 0.015 0.018 0.048 0.006 0.004 0.058 0.185 58 I 0.038 0.774 0.004 0.005 0.006 0.006 0.021 0.007 0.001 0.029 0.109 59 R 0.017 0.875 0.002 0.002 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.025 0.060 60 D 0.008 0.918 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.017 0.042 61 E 0.002 0.957 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.016 62 V 0.003 0.955 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.023 0.009 63 L 0.003 0.950 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 0.007 64 L 0.002 0.958 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 0.009 65 A 0.002 0.979 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 66 I 0.020 0.908 0.002 0.004 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.029 0.022 67 E 0.025 0.610 0.042 0.007 0.006 0.007 0.019 0.005 0.025 0.172 0.081 68 L 0.309 0.310 0.034 0.005 0.005 0.008 0.048 0.029 0.021 0.088 0.144 69 A 0.263 0.117 0.024 0.015 0.008 0.016 0.059 0.032 0.022 0.068 0.376 70 R 0.113 0.007 0.002 0.008 0.007 0.015 0.095 0.001 0.001 0.024 0.726 71 K 0.004 0.001 0.001 0.023 0.006 0.020 0.084 0.001 0.001 0.014 0.844 72 V 0.038 0.004 0.003 0.020 0.012 0.016 0.145 0.003 0.001 0.045 0.714 73 K 0.240 0.018 0.002 0.038 0.012 0.011 0.149 0.015 0.001 0.090 0.424 74 P 0.030 0.009 0.001 0.028 0.003 0.005 0.137 0.004 0.001 0.034 0.749 75 D 0.012 0.010 0.001 0.351 0.042 0.065 0.108 0.004 0.001 0.068 0.337 76 V 0.007 0.005 0.001 0.467 0.033 0.071 0.077 0.001 0.001 0.063 0.274 77 I 0.004 0.003 0.001 0.623 0.083 0.086 0.038 0.001 0.001 0.039 0.122 78 H 0.020 0.003 0.002 0.503 0.055 0.099 0.054 0.001 0.001 0.089 0.174 79 L 0.034 0.017 0.002 0.333 0.028 0.068 0.107 0.004 0.002 0.076 0.329 80 D 0.141 0.023 0.007 0.123 0.020 0.049 0.142 0.006 0.008 0.100 0.381 81 S 0.063 0.005 0.009 0.049 0.039 0.081 0.180 0.005 0.005 0.113 0.452 82 T 0.112 0.006 0.001 0.016 0.046 0.088 0.136 0.006 0.001 0.073 0.516 83 L 0.060 0.004 0.003 0.028 0.031 0.063 0.118 0.003 0.001 0.068 0.622 84 G 0.013 0.005 0.001 0.027 0.065 0.153 0.150 0.003 0.001 0.057 0.526 85 G 0.006 0.003 0.001 0.035 0.129 0.251 0.099 0.003 0.001 0.054 0.420 86 I 0.005 0.003 0.001 0.083 0.174 0.194 0.066 0.001 0.001 0.045 0.426 87 E 0.006 0.002 0.001 0.163 0.254 0.316 0.034 0.002 0.001 0.073 0.149 88 L 0.010 0.002 0.001 0.132 0.135 0.186 0.060 0.002 0.001 0.055 0.418 89 R 0.011 0.001 0.001 0.202 0.208 0.210 0.060 0.002 0.001 0.046 0.259 90 K 0.041 0.002 0.001 0.106 0.054 0.075 0.108 0.001 0.001 0.042 0.570 91 L 0.004 0.001 0.001 0.078 0.048 0.065 0.116 0.003 0.001 0.040 0.644 92 D 0.130 0.124 0.002 0.044 0.017 0.026 0.109 0.010 0.002 0.045 0.490 93 E 0.152 0.099 0.009 0.026 0.018 0.017 0.092 0.012 0.002 0.084 0.488 94 P 0.034 0.148 0.004 0.026 0.046 0.070 0.098 0.010 0.002 0.044 0.518 95 T 0.102 0.227 0.004 0.027 0.039 0.081 0.071 0.011 0.001 0.074 0.363 96 I 0.100 0.131 0.025 0.075 0.062 0.064 0.090 0.016 0.008 0.131 0.299 97 D 0.133 0.105 0.004 0.067 0.073 0.146 0.095 0.014 0.002 0.078 0.282 98 A 0.055 0.024 0.003 0.050 0.053 0.107 0.091 0.003 0.001 0.063 0.551 99 L 0.011 0.021 0.002 0.099 0.088 0.181 0.118 0.003 0.001 0.044 0.432 100 G 0.035 0.048 0.004 0.048 0.101 0.218 0.104 0.002 0.003 0.076 0.361 101 I 0.038 0.019 0.017 0.031 0.114 0.122 0.120 0.007 0.011 0.072 0.448 102 S 0.309 0.052 0.004 0.011 0.022 0.039 0.065 0.013 0.004 0.045 0.436 103 D 0.608 0.053 0.002 0.005 0.004 0.006 0.037 0.005 0.001 0.042 0.237 104 K 0.015 0.164 0.002 0.011 0.004 0.008 0.070 0.003 0.001 0.013 0.711 105 G 0.020 0.655 0.002 0.003 0.007 0.009 0.023 0.005 0.001 0.003 0.273 106 K 0.024 0.628 0.001 0.012 0.095 0.035 0.023 0.009 0.001 0.017 0.154 107 E 0.016 0.676 0.004 0.010 0.018 0.024 0.026 0.005 0.001 0.050 0.170 108 V 0.073 0.710 0.012 0.013 0.021 0.016 0.021 0.015 0.003 0.047 0.070 109 W 0.188 0.308 0.018 0.029 0.023 0.031 0.048 0.022 0.008 0.104 0.221 110 K 0.121 0.176 0.006 0.036 0.033 0.056 0.071 0.006 0.003 0.082 0.410 111 E 0.035 0.125 0.012 0.050 0.017 0.041 0.088 0.004 0.006 0.042 0.580 112 L 0.102 0.150 0.021 0.020 0.033 0.043 0.106 0.022 0.007 0.049 0.446 113 S 0.262 0.154 0.002 0.011 0.016 0.027 0.067 0.017 0.002 0.042 0.399 114 K 0.178 0.035 0.002 0.012 0.006 0.013 0.085 0.003 0.001 0.044 0.622 115 D 0.011 0.089 0.002 0.029 0.015 0.025 0.127 0.002 0.001 0.025 0.676 116 L 0.022 0.570 0.002 0.007 0.005 0.006 0.043 0.006 0.001 0.010 0.329 117 Q 0.069 0.809 0.001 0.003 0.004 0.003 0.012 0.012 0.001 0.022 0.065 118 P 0.025 0.826 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.035 0.086 119 L 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.009 0.023 120 A 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.018 121 R 0.012 0.887 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.002 0.001 0.032 0.047 122 K 0.011 0.820 0.010 0.003 0.001 0.002 0.012 0.006 0.002 0.046 0.085 123 F 0.151 0.177 0.028 0.005 0.003 0.003 0.032 0.025 0.009 0.436 0.132 124 W 0.110 0.071 0.085 0.011 0.002 0.005 0.056 0.010 0.063 0.386 0.201 125 E 0.287 0.025 0.004 0.006 0.002 0.004 0.087 0.004 0.004 0.052 0.525 126 E 0.038 0.014 0.004 0.016 0.002 0.006 0.093 0.002 0.003 0.033 0.788 127 T 0.038 0.010 0.001 0.011 0.007 0.008 0.168 0.002 0.001 0.027 0.729 128 N 0.010 0.015 0.001 0.117 0.008 0.024 0.145 0.004 0.001 0.041 0.633 129 I 0.010 0.024 0.001 0.072 0.011 0.017 0.104 0.002 0.001 0.077 0.679 130 E 0.003 0.010 0.001 0.770 0.045 0.053 0.018 0.001 0.001 0.046 0.051 131 I 0.004 0.006 0.001 0.598 0.032 0.063 0.027 0.001 0.001 0.059 0.207 132 V 0.002 0.002 0.001 0.758 0.080 0.064 0.013 0.001 0.001 0.024 0.055 133 A 0.022 0.003 0.001 0.550 0.060 0.110 0.041 0.001 0.001 0.052 0.159 134 I 0.027 0.002 0.004 0.289 0.054 0.107 0.096 0.002 0.003 0.063 0.354 135 G 0.063 0.005 0.002 0.095 0.035 0.082 0.129 0.007 0.003 0.045 0.534 136 K 0.195 0.003 0.002 0.025 0.034 0.045 0.128 0.003 0.002 0.056 0.507 137 S 0.020 0.003 0.001 0.029 0.066 0.086 0.135 0.004 0.001 0.027 0.629 138 S 0.018 0.013 0.001 0.013 0.015 0.023 0.089 0.002 0.001 0.024 0.802 139 V 0.021 0.047 0.001 0.036 0.131 0.075 0.124 0.010 0.001 0.047 0.507 140 P 0.017 0.161 0.001 0.081 0.060 0.090 0.084 0.003 0.001 0.050 0.453 141 V 0.014 0.312 0.003 0.071 0.090 0.093 0.043 0.004 0.001 0.045 0.325 142 R 0.013 0.555 0.002 0.104 0.080 0.058 0.026 0.004 0.001 0.041 0.116 143 I 0.019 0.680 0.003 0.048 0.040 0.050 0.017 0.006 0.001 0.050 0.086 144 A 0.040 0.513 0.005 0.114 0.044 0.042 0.024 0.006 0.002 0.098 0.111 145 E 0.068 0.195 0.062 0.081 0.037 0.041 0.072 0.009 0.025 0.180 0.233 146 I 0.127 0.172 0.013 0.050 0.048 0.055 0.087 0.016 0.006 0.116 0.310 147 Y 0.171 0.210 0.006 0.031 0.016 0.029 0.072 0.009 0.004 0.064 0.388 148 A 0.056 0.120 0.005 0.029 0.019 0.034 0.130 0.004 0.002 0.065 0.535 149 G 0.018 0.289 0.003 0.025 0.031 0.068 0.085 0.007 0.001 0.064 0.409 150 I 0.053 0.494 0.004 0.020 0.035 0.043 0.052 0.005 0.001 0.041 0.252 151 Y 0.027 0.600 0.003 0.044 0.035 0.052 0.034 0.004 0.001 0.033 0.166 152 S 0.019 0.792 0.003 0.015 0.015 0.023 0.019 0.003 0.001 0.024 0.086 153 A 0.032 0.822 0.003 0.015 0.015 0.018 0.013 0.010 0.001 0.012 0.060 154 K 0.043 0.696 0.004 0.025 0.023 0.029 0.019 0.005 0.001 0.067 0.088 155 W 0.040 0.415 0.019 0.042 0.031 0.039 0.057 0.007 0.006 0.137 0.207 156 G 0.053 0.564 0.016 0.029 0.026 0.028 0.048 0.015 0.006 0.056 0.159 157 I 0.205 0.326 0.019 0.014 0.031 0.042 0.045 0.021 0.007 0.056 0.234 158 E 0.066 0.257 0.003 0.014 0.026 0.055 0.064 0.007 0.002 0.054 0.451 159 N 0.046 0.132 0.025 0.013 0.017 0.059 0.090 0.006 0.015 0.102 0.497 160 V 0.187 0.027 0.084 0.011 0.018 0.028 0.072 0.011 0.028 0.106 0.428 161 E 0.299 0.005 0.003 0.008 0.009 0.019 0.061 0.005 0.004 0.059 0.528 162 K 0.177 0.003 0.001 0.008 0.003 0.006 0.065 0.001 0.001 0.033 0.701 163 E 0.008 0.002 0.001 0.014 0.003 0.006 0.120 0.001 0.001 0.013 0.833 164 G 0.004 0.002 0.001 0.023 0.037 0.040 0.160 0.005 0.001 0.034 0.696 165 H 0.004 0.006 0.001 0.326 0.090 0.122 0.091 0.001 0.001 0.079 0.281 166 L 0.001 0.003 0.001 0.449 0.085 0.186 0.033 0.001 0.001 0.055 0.186 167 I 0.004 0.001 0.001 0.423 0.195 0.164 0.027 0.001 0.001 0.057 0.128 168 I 0.001 0.001 0.001 0.484 0.129 0.150 0.037 0.001 0.001 0.024 0.174 169 G 0.026 0.004 0.002 0.282 0.081 0.131 0.067 0.003 0.002 0.048 0.354 170 L 0.259 0.013 0.003 0.085 0.049 0.067 0.108 0.021 0.003 0.079 0.311 171 P 0.107 0.011 0.004 0.035 0.027 0.053 0.122 0.004 0.003 0.050 0.584 172 R 0.037 0.004 0.002 0.035 0.110 0.230 0.086 0.008 0.001 0.039 0.448 173 Y 0.044 0.004 0.001 0.039 0.064 0.100 0.102 0.002 0.001 0.040 0.603 174 M 0.021 0.002 0.001 0.046 0.166 0.154 0.078 0.002 0.001 0.033 0.496 175 E 0.012 0.003 0.001 0.031 0.069 0.096 0.101 0.001 0.001 0.023 0.662 176 V 0.010 0.001 0.001 0.018 0.101 0.091 0.109 0.007 0.001 0.020 0.642