# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.462 0.235 0.051 0.166 0.011 0.017 0.005 0.016 0.002 0.001 2 R 0.022 0.503 0.385 0.006 0.021 0.035 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 3 I 0.025 0.493 0.418 0.001 0.005 0.046 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 4 V 0.123 0.686 0.074 0.038 0.016 0.029 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 5 A 0.030 0.431 0.390 0.007 0.071 0.045 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 6 A 0.177 0.328 0.238 0.036 0.124 0.050 0.012 0.003 0.024 0.007 0.001 7 D 0.368 0.097 0.178 0.176 0.069 0.055 0.020 0.003 0.022 0.010 0.001 8 T 0.283 0.121 0.107 0.435 0.035 0.006 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 9 G 0.074 0.011 0.060 0.067 0.055 0.002 0.094 0.457 0.003 0.178 0.001 10 G 0.142 0.046 0.247 0.068 0.150 0.009 0.057 0.116 0.006 0.155 0.004 11 A 0.161 0.273 0.356 0.034 0.117 0.022 0.009 0.007 0.009 0.008 0.004 12 V 0.156 0.446 0.262 0.030 0.017 0.048 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 13 L 0.209 0.311 0.289 0.049 0.024 0.086 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 14 D 0.284 0.159 0.287 0.043 0.054 0.104 0.013 0.001 0.051 0.003 0.001 15 E 0.880 0.017 0.022 0.051 0.008 0.007 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 16 T 0.670 0.027 0.027 0.257 0.006 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 17 F 0.326 0.090 0.149 0.269 0.029 0.031 0.058 0.014 0.029 0.005 0.001 18 E 0.178 0.276 0.312 0.006 0.031 0.026 0.049 0.001 0.115 0.005 0.001 19 P 0.401 0.010 0.475 0.010 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 20 I 0.515 0.055 0.093 0.295 0.009 0.010 0.014 0.002 0.006 0.001 0.001 21 G 0.187 0.037 0.057 0.030 0.224 0.006 0.116 0.193 0.006 0.144 0.001 22 L 0.304 0.316 0.199 0.059 0.041 0.055 0.003 0.001 0.019 0.001 0.003 23 I 0.141 0.512 0.146 0.072 0.039 0.046 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 24 A 0.129 0.347 0.270 0.048 0.125 0.044 0.009 0.004 0.018 0.004 0.001 25 T 0.089 0.579 0.154 0.030 0.109 0.023 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 26 V 0.046 0.727 0.080 0.019 0.088 0.020 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 27 A 0.037 0.710 0.141 0.004 0.090 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 28 V 0.027 0.852 0.066 0.003 0.024 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 29 L 0.055 0.523 0.326 0.006 0.007 0.057 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 30 V 0.063 0.720 0.092 0.034 0.029 0.024 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 31 E 0.093 0.233 0.522 0.032 0.022 0.052 0.011 0.001 0.028 0.003 0.002 32 K 0.017 0.298 0.451 0.001 0.046 0.017 0.016 0.001 0.152 0.001 0.002 33 P 0.168 0.005 0.673 0.006 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 34 Y 0.192 0.232 0.261 0.123 0.081 0.053 0.019 0.014 0.022 0.003 0.001 35 R 0.309 0.212 0.196 0.142 0.044 0.039 0.025 0.005 0.023 0.005 0.001 36 S 0.194 0.179 0.292 0.144 0.099 0.023 0.021 0.012 0.022 0.012 0.001 37 A 0.449 0.090 0.211 0.091 0.067 0.021 0.031 0.017 0.011 0.012 0.001 38 K 0.507 0.175 0.171 0.078 0.029 0.020 0.006 0.003 0.008 0.003 0.001 39 E 0.323 0.299 0.221 0.060 0.032 0.028 0.011 0.002 0.021 0.001 0.001 40 V 0.131 0.511 0.190 0.059 0.054 0.019 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 41 M 0.083 0.428 0.355 0.014 0.025 0.062 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 42 V 0.056 0.696 0.144 0.011 0.035 0.027 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 43 K 0.148 0.481 0.258 0.024 0.021 0.046 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 44 Y 0.090 0.485 0.164 0.064 0.090 0.040 0.018 0.002 0.044 0.001 0.001 45 A 0.179 0.263 0.240 0.125 0.094 0.034 0.015 0.009 0.024 0.015 0.001 46 N 0.014 0.288 0.315 0.002 0.117 0.028 0.015 0.001 0.213 0.006 0.001 47 P 0.550 0.005 0.241 0.057 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 48 Y 0.277 0.159 0.183 0.180 0.093 0.024 0.028 0.029 0.017 0.010 0.001 49 D 0.172 0.142 0.156 0.217 0.030 0.110 0.106 0.009 0.052 0.004 0.003 50 Y 0.185 0.337 0.197 0.090 0.078 0.038 0.020 0.004 0.047 0.004 0.001 51 D 0.152 0.104 0.368 0.079 0.027 0.188 0.031 0.004 0.041 0.003 0.003 52 L 0.477 0.109 0.116 0.199 0.015 0.046 0.014 0.004 0.017 0.001 0.002 53 T 0.317 0.141 0.216 0.223 0.051 0.009 0.021 0.005 0.010 0.006 0.001 54 G 0.173 0.011 0.051 0.050 0.068 0.003 0.069 0.401 0.003 0.171 0.001 55 R 0.524 0.111 0.197 0.094 0.018 0.028 0.012 0.003 0.009 0.003 0.001 56 Q 0.560 0.116 0.170 0.073 0.014 0.028 0.018 0.002 0.017 0.001 0.001 57 A 0.729 0.063 0.107 0.042 0.022 0.012 0.007 0.007 0.005 0.005 0.001 58 I 0.804 0.065 0.044 0.059 0.005 0.014 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 59 R 0.870 0.034 0.043 0.030 0.006 0.008 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 60 D 0.879 0.008 0.013 0.046 0.005 0.015 0.023 0.004 0.006 0.001 0.001 61 E 0.930 0.011 0.007 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.960 0.017 0.009 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.982 0.005 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.989 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.988 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.986 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.958 0.003 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.879 0.011 0.036 0.054 0.004 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 70 R 0.793 0.031 0.056 0.088 0.011 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 71 K 0.676 0.046 0.052 0.170 0.011 0.021 0.014 0.003 0.007 0.001 0.001 72 V 0.097 0.391 0.277 0.125 0.027 0.035 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 73 K 0.029 0.148 0.320 0.002 0.021 0.028 0.105 0.002 0.335 0.008 0.001 74 P 0.187 0.002 0.680 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 75 D 0.398 0.015 0.028 0.512 0.006 0.025 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 76 V 0.016 0.809 0.058 0.026 0.067 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 77 I 0.014 0.787 0.098 0.009 0.020 0.024 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 78 H 0.015 0.483 0.210 0.007 0.027 0.124 0.007 0.001 0.125 0.001 0.001 79 L 0.128 0.256 0.242 0.073 0.025 0.186 0.006 0.002 0.076 0.002 0.003 80 D 0.153 0.140 0.236 0.158 0.073 0.130 0.034 0.008 0.055 0.012 0.002 81 S 0.311 0.086 0.177 0.132 0.121 0.042 0.066 0.026 0.011 0.026 0.003 82 T 0.403 0.128 0.166 0.185 0.043 0.033 0.011 0.006 0.018 0.004 0.002 83 L 0.312 0.143 0.175 0.255 0.021 0.029 0.028 0.006 0.027 0.002 0.001 84 G 0.122 0.019 0.087 0.063 0.076 0.002 0.176 0.218 0.003 0.233 0.001 85 G 0.163 0.022 0.111 0.091 0.103 0.007 0.089 0.314 0.002 0.094 0.003 86 I 0.113 0.525 0.258 0.022 0.052 0.012 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 87 E 0.076 0.360 0.450 0.008 0.005 0.076 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 88 L 0.182 0.409 0.280 0.025 0.008 0.066 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 89 R 0.317 0.396 0.151 0.032 0.047 0.023 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 90 K 0.149 0.328 0.340 0.043 0.033 0.054 0.013 0.001 0.035 0.001 0.002 91 L 0.132 0.252 0.431 0.058 0.043 0.051 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 92 D 0.181 0.156 0.149 0.197 0.039 0.130 0.070 0.007 0.066 0.005 0.001 93 E 0.228 0.248 0.267 0.025 0.112 0.011 0.023 0.005 0.067 0.013 0.001 94 P 0.380 0.011 0.530 0.018 0.002 0.019 0.001 0.002 0.001 0.002 0.034 95 T 0.375 0.260 0.128 0.109 0.050 0.032 0.010 0.007 0.025 0.002 0.001 96 I 0.321 0.304 0.223 0.038 0.030 0.043 0.007 0.001 0.031 0.002 0.001 97 D 0.735 0.057 0.106 0.049 0.007 0.026 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 98 A 0.530 0.156 0.106 0.110 0.038 0.023 0.016 0.002 0.016 0.001 0.002 99 L 0.380 0.178 0.167 0.206 0.025 0.015 0.010 0.002 0.015 0.001 0.001 100 G 0.125 0.123 0.123 0.067 0.189 0.033 0.106 0.164 0.022 0.046 0.001 101 I 0.159 0.401 0.204 0.127 0.022 0.047 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 102 S 0.254 0.124 0.379 0.080 0.061 0.042 0.014 0.007 0.014 0.024 0.001 103 D 0.585 0.034 0.044 0.202 0.014 0.040 0.056 0.005 0.018 0.002 0.001 104 K 0.522 0.030 0.115 0.288 0.006 0.006 0.026 0.002 0.005 0.001 0.001 105 G 0.249 0.007 0.050 0.064 0.020 0.003 0.080 0.469 0.002 0.056 0.001 106 K 0.712 0.053 0.176 0.029 0.007 0.011 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 107 E 0.702 0.053 0.189 0.024 0.005 0.016 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 108 V 0.885 0.038 0.025 0.036 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 W 0.885 0.029 0.041 0.030 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 K 0.968 0.007 0.012 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.935 0.003 0.012 0.043 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.825 0.007 0.021 0.133 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 113 S 0.672 0.041 0.119 0.121 0.011 0.019 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 114 K 0.863 0.008 0.037 0.059 0.007 0.005 0.011 0.006 0.002 0.003 0.001 115 D 0.529 0.011 0.035 0.349 0.006 0.036 0.011 0.003 0.018 0.001 0.001 116 L 0.683 0.015 0.045 0.218 0.001 0.027 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 117 Q 0.895 0.013 0.049 0.006 0.005 0.003 0.009 0.003 0.008 0.009 0.001 118 P 0.960 0.001 0.022 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 119 L 0.958 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.946 0.004 0.010 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.976 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 K 0.954 0.003 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.883 0.010 0.019 0.075 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 124 W 0.932 0.013 0.018 0.020 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 125 E 0.941 0.016 0.014 0.020 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.839 0.025 0.033 0.082 0.003 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 127 T 0.356 0.067 0.069 0.483 0.015 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 128 N 0.022 0.004 0.013 0.071 0.008 0.016 0.696 0.154 0.011 0.005 0.001 129 I 0.004 0.496 0.454 0.003 0.021 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 130 E 0.026 0.433 0.467 0.005 0.005 0.050 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 131 I 0.011 0.764 0.185 0.001 0.012 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 132 V 0.029 0.840 0.052 0.006 0.019 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 133 A 0.016 0.588 0.236 0.005 0.095 0.038 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 134 I 0.046 0.497 0.203 0.130 0.040 0.032 0.008 0.001 0.042 0.001 0.001 135 G 0.015 0.036 0.166 0.012 0.288 0.010 0.037 0.144 0.005 0.286 0.001 136 K 0.383 0.198 0.136 0.191 0.045 0.019 0.008 0.003 0.015 0.003 0.001 137 S 0.243 0.142 0.221 0.229 0.095 0.013 0.018 0.008 0.005 0.025 0.001 138 S 0.172 0.157 0.170 0.213 0.127 0.014 0.063 0.047 0.014 0.022 0.002 139 V 0.015 0.617 0.229 0.002 0.024 0.012 0.004 0.001 0.097 0.001 0.001 140 P 0.035 0.014 0.875 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 141 V 0.178 0.570 0.151 0.017 0.030 0.024 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 142 R 0.138 0.449 0.339 0.003 0.014 0.045 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 143 I 0.336 0.396 0.155 0.018 0.015 0.055 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 144 A 0.703 0.122 0.072 0.035 0.041 0.012 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 145 E 0.382 0.337 0.099 0.042 0.084 0.032 0.005 0.002 0.017 0.001 0.001 146 I 0.420 0.364 0.097 0.055 0.020 0.026 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 147 Y 0.435 0.271 0.073 0.103 0.039 0.028 0.011 0.002 0.036 0.002 0.001 148 A 0.341 0.153 0.220 0.127 0.080 0.013 0.040 0.011 0.009 0.005 0.001 149 G 0.262 0.037 0.060 0.067 0.176 0.008 0.084 0.204 0.004 0.098 0.001 150 I 0.459 0.266 0.110 0.094 0.032 0.022 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 151 Y 0.341 0.284 0.136 0.110 0.056 0.031 0.010 0.002 0.025 0.003 0.001 152 S 0.308 0.248 0.167 0.121 0.072 0.042 0.016 0.004 0.017 0.004 0.001 153 A 0.304 0.373 0.128 0.051 0.101 0.018 0.008 0.003 0.012 0.003 0.001 154 K 0.457 0.302 0.106 0.044 0.040 0.023 0.005 0.002 0.019 0.002 0.001 155 W 0.424 0.232 0.185 0.062 0.048 0.018 0.010 0.003 0.016 0.002 0.001 156 G 0.507 0.138 0.105 0.048 0.092 0.023 0.024 0.023 0.013 0.025 0.001 157 I 0.632 0.186 0.089 0.058 0.014 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 158 E 0.774 0.049 0.098 0.038 0.015 0.006 0.009 0.002 0.003 0.004 0.001 159 N 0.510 0.022 0.045 0.238 0.015 0.026 0.103 0.018 0.020 0.001 0.001 160 V 0.459 0.169 0.236 0.076 0.009 0.032 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 161 E 0.521 0.174 0.177 0.063 0.015 0.030 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 162 K 0.565 0.159 0.099 0.110 0.018 0.016 0.010 0.003 0.018 0.002 0.001 163 E 0.168 0.072 0.179 0.371 0.014 0.013 0.139 0.005 0.035 0.003 0.001 164 G 0.008 0.002 0.014 0.008 0.019 0.001 0.112 0.763 0.001 0.072 0.001 165 H 0.054 0.346 0.395 0.078 0.058 0.035 0.015 0.002 0.015 0.003 0.001 166 L 0.014 0.433 0.487 0.005 0.017 0.025 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 167 I 0.029 0.631 0.232 0.007 0.009 0.069 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 168 I 0.023 0.635 0.184 0.031 0.027 0.036 0.005 0.001 0.059 0.001 0.001 169 G 0.023 0.052 0.103 0.014 0.339 0.008 0.035 0.172 0.003 0.250 0.001 170 L 0.016 0.388 0.324 0.003 0.043 0.028 0.005 0.001 0.191 0.001 0.001 171 P 0.324 0.005 0.543 0.018 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 172 R 0.345 0.148 0.214 0.112 0.079 0.036 0.035 0.012 0.013 0.004 0.001 173 Y 0.217 0.343 0.148 0.177 0.043 0.029 0.012 0.003 0.025 0.001 0.002 174 M 0.087 0.450 0.211 0.069 0.094 0.029 0.015 0.002 0.042 0.002 0.001 175 E 0.072 0.275 0.367 0.056 0.039 0.117 0.028 0.004 0.039 0.002 0.002 176 V 0.113 0.404 0.289 0.065 0.033 0.051 0.005 0.002 0.035 0.002 0.001