# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.158 0.289 0.048 0.005 0.432 0.003 0.005 0.018 0.008 0.012 0.023 2 R 0.119 0.226 0.017 0.003 0.589 0.003 0.007 0.020 0.005 0.003 0.009 3 I 0.450 0.047 0.006 0.001 0.440 0.002 0.004 0.010 0.002 0.003 0.034 4 V 0.145 0.204 0.031 0.018 0.451 0.021 0.024 0.052 0.010 0.012 0.031 5 A 0.125 0.248 0.054 0.006 0.471 0.003 0.004 0.030 0.010 0.018 0.031 6 A 0.077 0.191 0.070 0.012 0.091 0.018 0.065 0.302 0.097 0.042 0.036 7 D 0.138 0.096 0.062 0.017 0.112 0.029 0.126 0.190 0.063 0.095 0.070 8 T 0.021 0.498 0.184 0.059 0.106 0.024 0.022 0.024 0.013 0.038 0.011 9 G 0.020 0.082 0.199 0.347 0.018 0.045 0.013 0.017 0.015 0.164 0.080 10 G 0.046 0.067 0.101 0.224 0.061 0.071 0.028 0.085 0.066 0.173 0.078 11 A 0.068 0.260 0.065 0.009 0.349 0.006 0.012 0.133 0.055 0.022 0.020 12 V 0.182 0.184 0.037 0.003 0.277 0.004 0.022 0.174 0.042 0.034 0.042 13 L 0.082 0.164 0.074 0.024 0.146 0.037 0.051 0.190 0.091 0.099 0.042 14 D 0.102 0.205 0.100 0.023 0.272 0.012 0.020 0.112 0.065 0.046 0.044 15 E 0.016 0.018 0.012 0.003 0.017 0.006 0.023 0.389 0.423 0.081 0.012 16 T 0.011 0.082 0.030 0.014 0.035 0.017 0.131 0.444 0.143 0.086 0.007 17 F 0.109 0.127 0.041 0.022 0.128 0.013 0.026 0.085 0.088 0.275 0.085 18 E 0.042 0.173 0.281 0.051 0.081 0.043 0.066 0.163 0.055 0.020 0.025 19 P 0.110 0.183 0.067 0.019 0.190 0.023 0.051 0.209 0.068 0.040 0.039 20 I 0.060 0.141 0.066 0.086 0.109 0.055 0.113 0.143 0.101 0.098 0.030 21 G 0.061 0.164 0.112 0.112 0.128 0.072 0.027 0.120 0.066 0.102 0.036 22 L 0.233 0.117 0.014 0.006 0.439 0.007 0.016 0.084 0.029 0.017 0.037 23 I 0.272 0.065 0.015 0.013 0.350 0.022 0.040 0.061 0.033 0.050 0.079 24 A 0.191 0.188 0.037 0.012 0.421 0.010 0.021 0.053 0.019 0.018 0.030 25 T 0.326 0.090 0.018 0.011 0.388 0.015 0.027 0.037 0.013 0.025 0.051 26 V 0.299 0.077 0.011 0.009 0.504 0.014 0.014 0.016 0.007 0.010 0.039 27 A 0.228 0.100 0.007 0.003 0.615 0.005 0.005 0.008 0.004 0.005 0.020 28 V 0.226 0.121 0.009 0.001 0.606 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 0.023 29 L 0.355 0.094 0.008 0.002 0.405 0.004 0.009 0.017 0.006 0.025 0.074 30 V 0.145 0.246 0.063 0.012 0.441 0.009 0.015 0.021 0.011 0.012 0.025 31 E 0.098 0.142 0.083 0.074 0.167 0.075 0.092 0.105 0.055 0.061 0.048 32 K 0.026 0.338 0.369 0.038 0.116 0.009 0.020 0.053 0.018 0.007 0.007 33 P 0.086 0.202 0.063 0.025 0.147 0.046 0.060 0.158 0.082 0.070 0.061 34 Y 0.077 0.196 0.066 0.030 0.195 0.025 0.037 0.097 0.109 0.113 0.055 35 R 0.080 0.111 0.047 0.019 0.130 0.057 0.115 0.228 0.098 0.067 0.048 36 S 0.095 0.182 0.094 0.017 0.154 0.007 0.021 0.120 0.092 0.169 0.049 37 A 0.092 0.115 0.042 0.013 0.133 0.014 0.028 0.307 0.161 0.060 0.035 38 K 0.029 0.127 0.026 0.012 0.098 0.022 0.060 0.410 0.157 0.045 0.015 39 E 0.192 0.064 0.013 0.007 0.193 0.008 0.044 0.199 0.082 0.127 0.071 40 V 0.140 0.208 0.037 0.006 0.465 0.008 0.015 0.067 0.018 0.018 0.017 41 M 0.264 0.116 0.013 0.003 0.455 0.005 0.011 0.054 0.016 0.019 0.044 42 V 0.245 0.146 0.036 0.006 0.448 0.006 0.012 0.029 0.011 0.015 0.046 43 K 0.148 0.105 0.030 0.018 0.284 0.038 0.107 0.115 0.040 0.058 0.057 44 Y 0.216 0.164 0.062 0.010 0.328 0.007 0.019 0.044 0.032 0.059 0.058 45 A 0.069 0.193 0.089 0.077 0.175 0.075 0.060 0.063 0.065 0.090 0.044 46 N 0.190 0.176 0.139 0.021 0.358 0.006 0.016 0.027 0.016 0.012 0.038 47 P 0.041 0.058 0.015 0.005 0.060 0.011 0.032 0.248 0.369 0.133 0.028 48 Y 0.044 0.168 0.068 0.034 0.128 0.038 0.086 0.112 0.111 0.180 0.031 49 D 0.264 0.063 0.021 0.006 0.271 0.007 0.021 0.051 0.054 0.135 0.106 50 Y 0.085 0.220 0.083 0.011 0.227 0.012 0.018 0.140 0.104 0.064 0.037 51 D 0.378 0.079 0.026 0.003 0.297 0.004 0.016 0.042 0.015 0.030 0.110 52 L 0.145 0.079 0.018 0.013 0.164 0.019 0.023 0.191 0.130 0.144 0.076 53 T 0.008 0.096 0.138 0.086 0.018 0.057 0.092 0.331 0.084 0.083 0.007 54 G 0.016 0.043 0.087 0.088 0.026 0.023 0.010 0.384 0.113 0.184 0.026 55 R 0.037 0.071 0.012 0.005 0.087 0.005 0.013 0.540 0.150 0.061 0.019 56 Q 0.030 0.024 0.009 0.004 0.050 0.008 0.019 0.711 0.104 0.026 0.016 57 A 0.024 0.047 0.025 0.008 0.048 0.009 0.019 0.711 0.071 0.031 0.008 58 I 0.030 0.023 0.009 0.008 0.027 0.008 0.025 0.656 0.112 0.087 0.015 59 R 0.003 0.022 0.010 0.008 0.008 0.024 0.039 0.805 0.069 0.008 0.002 60 D 0.005 0.013 0.007 0.004 0.009 0.007 0.023 0.779 0.101 0.045 0.007 61 E 0.006 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.010 0.863 0.081 0.022 0.002 62 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.896 0.078 0.008 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.966 0.026 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.031 0.002 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.968 0.018 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.908 0.059 0.015 0.001 69 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.718 0.232 0.020 0.002 70 R 0.003 0.055 0.011 0.005 0.016 0.021 0.093 0.615 0.172 0.009 0.001 71 K 0.023 0.004 0.002 0.001 0.011 0.003 0.067 0.238 0.121 0.486 0.045 72 V 0.082 0.244 0.251 0.013 0.269 0.014 0.040 0.029 0.017 0.018 0.023 73 K 0.146 0.196 0.082 0.024 0.271 0.023 0.063 0.089 0.038 0.020 0.048 74 P 0.149 0.226 0.100 0.007 0.295 0.005 0.008 0.034 0.068 0.051 0.058 75 D 0.033 0.011 0.004 0.013 0.059 0.105 0.400 0.162 0.116 0.073 0.023 76 V 0.194 0.118 0.013 0.001 0.622 0.001 0.004 0.005 0.006 0.013 0.021 77 I 0.169 0.100 0.005 0.002 0.682 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.029 78 H 0.412 0.030 0.005 0.001 0.451 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.085 79 L 0.150 0.172 0.028 0.021 0.253 0.029 0.018 0.043 0.048 0.103 0.137 80 D 0.103 0.098 0.044 0.061 0.206 0.047 0.098 0.057 0.065 0.147 0.073 81 S 0.082 0.150 0.100 0.012 0.106 0.006 0.021 0.156 0.181 0.137 0.048 82 T 0.072 0.148 0.083 0.013 0.147 0.027 0.127 0.174 0.107 0.083 0.020 83 L 0.098 0.227 0.113 0.082 0.143 0.055 0.057 0.053 0.039 0.078 0.055 84 G 0.012 0.062 0.159 0.444 0.018 0.090 0.030 0.028 0.018 0.095 0.043 85 G 0.089 0.090 0.115 0.168 0.110 0.042 0.017 0.047 0.042 0.204 0.077 86 I 0.151 0.276 0.060 0.005 0.421 0.004 0.005 0.027 0.016 0.013 0.023 87 E 0.203 0.204 0.030 0.002 0.477 0.003 0.009 0.025 0.008 0.010 0.030 88 L 0.413 0.066 0.017 0.005 0.307 0.009 0.016 0.033 0.033 0.030 0.069 89 R 0.044 0.250 0.082 0.039 0.210 0.063 0.085 0.150 0.055 0.012 0.010 90 K 0.216 0.156 0.043 0.002 0.269 0.002 0.008 0.060 0.034 0.110 0.099 91 L 0.100 0.264 0.050 0.026 0.227 0.028 0.045 0.099 0.064 0.052 0.043 92 D 0.044 0.107 0.144 0.113 0.074 0.060 0.047 0.070 0.088 0.200 0.052 93 E 0.042 0.318 0.185 0.012 0.166 0.003 0.010 0.148 0.076 0.022 0.019 94 P 0.043 0.148 0.041 0.005 0.108 0.007 0.031 0.408 0.144 0.045 0.020 95 T 0.027 0.139 0.053 0.011 0.062 0.011 0.031 0.398 0.144 0.111 0.014 96 I 0.050 0.026 0.006 0.003 0.066 0.006 0.011 0.554 0.199 0.053 0.026 97 D 0.014 0.019 0.008 0.007 0.021 0.018 0.073 0.614 0.180 0.036 0.012 98 A 0.046 0.036 0.009 0.003 0.075 0.003 0.040 0.451 0.191 0.134 0.013 99 L 0.063 0.372 0.097 0.011 0.248 0.015 0.023 0.089 0.038 0.026 0.020 100 G 0.167 0.082 0.034 0.010 0.155 0.006 0.014 0.047 0.026 0.209 0.250 101 I 0.169 0.153 0.022 0.005 0.239 0.013 0.029 0.098 0.074 0.111 0.087 102 S 0.087 0.228 0.128 0.039 0.176 0.024 0.044 0.123 0.068 0.055 0.029 103 D 0.047 0.056 0.061 0.024 0.068 0.034 0.052 0.348 0.173 0.107 0.031 104 K 0.010 0.116 0.072 0.055 0.024 0.041 0.148 0.374 0.094 0.053 0.013 105 G 0.015 0.026 0.041 0.074 0.016 0.021 0.010 0.137 0.101 0.495 0.065 106 K 0.007 0.220 0.067 0.007 0.062 0.004 0.009 0.559 0.050 0.011 0.003 107 E 0.044 0.040 0.007 0.001 0.067 0.002 0.011 0.758 0.044 0.010 0.016 108 V 0.008 0.012 0.007 0.003 0.010 0.004 0.007 0.878 0.056 0.011 0.003 109 W 0.007 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.864 0.085 0.019 0.003 110 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.886 0.084 0.002 0.001 111 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.062 0.851 0.055 0.017 0.001 112 L 0.003 0.009 0.009 0.006 0.005 0.011 0.047 0.569 0.189 0.147 0.006 113 S 0.015 0.076 0.018 0.005 0.025 0.005 0.014 0.644 0.167 0.025 0.006 114 K 0.001 0.011 0.009 0.003 0.002 0.027 0.043 0.661 0.220 0.022 0.002 115 D 0.009 0.012 0.006 0.002 0.010 0.002 0.031 0.593 0.114 0.204 0.019 116 L 0.012 0.025 0.007 0.001 0.011 0.001 0.003 0.440 0.209 0.283 0.008 117 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.057 0.001 0.001 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.025 0.003 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.056 0.005 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.062 0.001 0.001 122 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.939 0.029 0.012 0.001 123 F 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.903 0.056 0.020 0.001 124 W 0.007 0.006 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 0.826 0.114 0.019 0.003 125 E 0.005 0.007 0.005 0.002 0.004 0.004 0.057 0.757 0.143 0.011 0.004 126 E 0.010 0.015 0.011 0.008 0.015 0.022 0.220 0.605 0.071 0.021 0.003 127 T 0.006 0.606 0.258 0.021 0.056 0.005 0.011 0.015 0.006 0.014 0.003 128 N 0.151 0.019 0.016 0.031 0.037 0.018 0.012 0.020 0.018 0.344 0.335 129 I 0.188 0.229 0.013 0.001 0.536 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.019 130 E 0.101 0.141 0.010 0.004 0.704 0.007 0.010 0.010 0.003 0.003 0.007 131 I 0.561 0.016 0.001 0.001 0.399 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 132 V 0.205 0.062 0.005 0.011 0.615 0.036 0.021 0.007 0.002 0.004 0.032 133 A 0.389 0.067 0.012 0.002 0.465 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.056 134 I 0.119 0.108 0.023 0.092 0.143 0.109 0.065 0.056 0.035 0.143 0.108 135 G 0.038 0.130 0.196 0.341 0.068 0.060 0.015 0.019 0.025 0.084 0.024 136 K 0.109 0.113 0.054 0.042 0.158 0.059 0.064 0.105 0.096 0.110 0.089 137 S 0.077 0.228 0.108 0.039 0.230 0.020 0.049 0.074 0.074 0.068 0.032 138 S 0.241 0.091 0.054 0.014 0.204 0.022 0.049 0.057 0.074 0.099 0.096 139 V 0.027 0.535 0.185 0.006 0.207 0.003 0.007 0.019 0.004 0.002 0.004 140 P 0.389 0.093 0.015 0.002 0.379 0.003 0.012 0.027 0.009 0.009 0.062 141 V 0.113 0.274 0.042 0.006 0.428 0.028 0.025 0.049 0.012 0.005 0.017 142 R 0.147 0.227 0.026 0.002 0.501 0.001 0.006 0.057 0.009 0.005 0.018 143 I 0.282 0.050 0.006 0.007 0.212 0.008 0.017 0.215 0.096 0.057 0.050 144 A 0.028 0.109 0.020 0.022 0.115 0.028 0.055 0.506 0.097 0.013 0.008 145 E 0.119 0.066 0.010 0.003 0.209 0.005 0.042 0.464 0.040 0.008 0.034 146 I 0.075 0.044 0.011 0.018 0.089 0.052 0.137 0.471 0.060 0.023 0.020 147 Y 0.150 0.050 0.013 0.027 0.118 0.037 0.062 0.321 0.093 0.075 0.053 148 A 0.033 0.107 0.032 0.037 0.054 0.066 0.080 0.396 0.137 0.038 0.021 149 G 0.023 0.045 0.027 0.079 0.032 0.047 0.075 0.408 0.119 0.127 0.019 150 I 0.098 0.038 0.007 0.010 0.105 0.028 0.110 0.369 0.133 0.059 0.042 151 Y 0.046 0.145 0.043 0.019 0.150 0.025 0.059 0.342 0.105 0.037 0.029 152 S 0.145 0.107 0.028 0.005 0.168 0.006 0.028 0.346 0.077 0.052 0.037 153 A 0.082 0.078 0.022 0.008 0.126 0.010 0.021 0.436 0.138 0.054 0.024 154 K 0.037 0.068 0.015 0.010 0.070 0.017 0.051 0.558 0.124 0.033 0.016 155 W 0.057 0.052 0.018 0.008 0.073 0.009 0.031 0.566 0.126 0.042 0.018 156 G 0.029 0.067 0.026 0.013 0.059 0.013 0.027 0.628 0.086 0.039 0.013 157 I 0.110 0.034 0.007 0.007 0.096 0.010 0.026 0.447 0.154 0.059 0.049 158 E 0.012 0.054 0.026 0.019 0.039 0.064 0.101 0.580 0.086 0.013 0.006 159 N 0.116 0.063 0.024 0.004 0.112 0.003 0.016 0.288 0.078 0.226 0.069 160 V 0.085 0.082 0.018 0.006 0.132 0.015 0.024 0.409 0.133 0.070 0.027 161 E 0.061 0.127 0.079 0.029 0.078 0.027 0.073 0.380 0.101 0.026 0.019 162 K 0.039 0.037 0.069 0.061 0.039 0.054 0.176 0.364 0.099 0.045 0.018 163 E 0.006 0.323 0.158 0.198 0.039 0.078 0.111 0.051 0.013 0.017 0.006 164 G 0.028 0.038 0.036 0.120 0.021 0.021 0.005 0.011 0.021 0.512 0.187 165 H 0.091 0.362 0.067 0.009 0.378 0.010 0.012 0.020 0.016 0.022 0.014 166 L 0.162 0.151 0.011 0.001 0.647 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.016 167 I 0.364 0.068 0.013 0.005 0.454 0.006 0.008 0.008 0.004 0.008 0.062 168 I 0.138 0.128 0.074 0.065 0.190 0.045 0.076 0.065 0.038 0.105 0.078 169 G 0.048 0.118 0.272 0.188 0.071 0.041 0.018 0.020 0.023 0.150 0.053 170 L 0.047 0.425 0.253 0.023 0.168 0.004 0.008 0.024 0.014 0.017 0.016 171 P 0.068 0.305 0.104 0.013 0.188 0.017 0.028 0.131 0.096 0.025 0.025 172 R 0.061 0.110 0.036 0.016 0.115 0.031 0.087 0.253 0.188 0.075 0.029 173 Y 0.179 0.068 0.019 0.009 0.158 0.014 0.042 0.146 0.123 0.170 0.070 174 M 0.097 0.305 0.066 0.012 0.296 0.011 0.016 0.086 0.046 0.035 0.030 175 E 0.227 0.154 0.037 0.004 0.333 0.006 0.019 0.072 0.032 0.051 0.066 176 V 0.184 0.174 0.048 0.012 0.268 0.015 0.031 0.101 0.053 0.051 0.066