# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.36871 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.030 0.055 0.003 0.001 0.003 0.002 0.015 0.005 0.015 0.004 0.009 0.003 0.004 0.004 0.003 0.003 0.512 0.040 0.046 0.244 2 I 0.062 0.036 0.007 0.003 0.006 0.021 0.009 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.007 0.008 0.004 0.357 0.047 0.055 0.359 3 I 0.004 0.014 0.009 0.004 0.102 0.031 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.006 0.006 0.393 0.025 0.062 0.302 4 G 0.025 0.035 0.005 0.002 0.009 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.259 0.041 0.085 0.521 5 L 0.272 0.061 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.109 0.064 0.323 6 P 0.100 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.061 0.099 0.643 7 R 0.105 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.309 0.054 0.065 0.438 8 Y 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.044 0.087 0.632 9 M 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.003 0.002 0.006 0.003 0.004 0.003 0.373 0.044 0.073 0.458 10 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.028 0.006 0.006 0.004 0.497 0.041 0.040 0.348 11 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.059 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.026 0.003 0.004 0.461 0.037 0.041 0.343 12 N 0.003 0.002 0.001 0.001 0.665 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.059 0.016 0.104 13 I 0.051 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.033 0.050 0.558 14 K 0.720 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.028 0.031 0.177 15 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.011 0.099 0.836 16 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.027 0.073 0.774 17 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 0.008 0.052 18 I 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.063 0.068 0.543 19 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.540 0.019 0.007 0.002 0.102 0.043 0.038 0.241 20 G 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.067 0.003 0.008 0.256 0.036 0.075 0.504 21 R 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.009 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.237 0.058 0.102 0.513 22 S 0.003 0.004 0.001 0.001 0.009 0.013 0.133 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.017 0.138 0.560 23 L 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.133 0.016 0.134 0.681 24 D 0.315 0.081 0.072 0.002 0.006 0.006 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.235 0.047 0.207 25 P 0.153 0.030 0.006 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.052 0.096 0.632 26 R 0.196 0.012 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.029 0.081 0.635 27 E 0.059 0.017 0.005 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.057 0.134 0.639 28 G 0.038 0.012 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.045 0.163 0.623 29 G 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.277 0.004 0.014 0.006 0.008 0.006 0.134 0.058 0.081 0.334 30 L 0.026 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.005 0.017 0.002 0.012 0.002 0.008 0.260 0.079 0.115 0.422 31 Y 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.004 0.003 0.017 0.008 0.027 0.003 0.263 0.041 0.115 0.483 32 G 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.006 0.010 0.017 0.043 0.052 0.030 0.524 0.049 0.040 0.197 33 S 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.003 0.010 0.003 0.004 0.006 0.259 0.057 0.079 0.552 34 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.010 0.010 0.664 0.034 0.031 0.193 35 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.261 0.027 0.056 0.615 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.184 0.297 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.024 0.029 0.200 37 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.031 0.069 0.687 38 V 0.190 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.052 0.068 0.540 39 P 0.359 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.043 0.082 0.474 40 E 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.021 0.133 0.738 41 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.035 0.101 0.581 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.172 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.038 0.108 0.487 43 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.031 0.005 0.204 0.008 0.010 0.004 0.474 0.061 0.026 0.161 44 W 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.064 0.223 0.010 0.016 0.226 0.067 0.045 0.321 45 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.019 0.008 0.743 0.029 0.026 0.150 46 I 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.208 0.034 0.094 0.629 47 Y 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.423 0.035 0.117 0.394 48 P 0.014 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.029 0.118 0.732 49 N 0.140 0.263 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.106 0.077 0.353 50 P 0.091 0.396 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.093 0.065 0.324 51 V 0.055 0.552 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.089 0.038 0.230 52 A 0.082 0.448 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.116 0.045 0.233 53 R 0.040 0.499 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.051 0.045 0.305 54 R 0.019 0.512 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.129 0.061 0.035 0.218 55 F 0.011 0.434 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.153 0.064 0.045 0.269 56 M 0.022 0.340 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.415 0.059 0.022 0.125 57 I 0.022 0.313 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.089 0.038 0.270 58 F 0.012 0.108 0.016 0.003 0.004 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.371 0.168 0.056 0.245 59 E 0.022 0.100 0.010 0.006 0.006 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.131 0.049 0.291 60 I 0.071 0.041 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.122 0.064 0.535 61 F 0.078 0.009 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.062 0.060 0.640 62 S 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.022 0.057 0.843 63 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.065 0.878 64 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.088 0.856