# TARGET T0344 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.36871 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.055 0.008 0.009 0.218 0.135 0.137 0.083 0.001 0.001 0.005 0.348 2 I 0.014 0.006 0.005 0.266 0.194 0.259 0.061 0.001 0.001 0.002 0.191 3 I 0.004 0.004 0.001 0.346 0.187 0.304 0.044 0.001 0.001 0.001 0.109 4 G 0.010 0.006 0.001 0.228 0.137 0.251 0.074 0.001 0.001 0.003 0.288 5 L 0.017 0.004 0.002 0.270 0.169 0.227 0.075 0.001 0.001 0.004 0.231 6 P 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.023 0.016 0.001 0.001 0.001 0.925 7 R 0.009 0.001 0.001 0.163 0.121 0.264 0.133 0.001 0.001 0.010 0.299 8 Y 0.202 0.006 0.003 0.077 0.064 0.128 0.069 0.001 0.001 0.023 0.427 9 M 0.042 0.018 0.002 0.218 0.296 0.257 0.037 0.001 0.001 0.004 0.125 10 E 0.020 0.007 0.003 0.103 0.135 0.234 0.061 0.001 0.001 0.004 0.431 11 V 0.014 0.005 0.003 0.144 0.333 0.374 0.021 0.001 0.001 0.002 0.104 12 N 0.007 0.005 0.001 0.107 0.229 0.361 0.060 0.001 0.001 0.002 0.226 13 I 0.008 0.005 0.002 0.107 0.284 0.381 0.056 0.001 0.001 0.004 0.152 14 K 0.012 0.007 0.001 0.076 0.149 0.219 0.228 0.001 0.001 0.009 0.297 15 D 0.030 0.003 0.001 0.016 0.019 0.031 0.210 0.001 0.001 0.020 0.668 16 G 0.246 0.007 0.007 0.034 0.028 0.032 0.287 0.002 0.001 0.086 0.273 17 K 0.202 0.010 0.016 0.020 0.031 0.025 0.409 0.001 0.001 0.040 0.246 18 I 0.025 0.015 0.014 0.046 0.108 0.153 0.179 0.001 0.001 0.006 0.453 19 I 0.007 0.011 0.001 0.069 0.206 0.437 0.072 0.001 0.001 0.002 0.194 20 G 0.021 0.015 0.001 0.046 0.155 0.232 0.056 0.001 0.001 0.005 0.469 21 R 0.050 0.017 0.003 0.036 0.134 0.289 0.085 0.002 0.001 0.008 0.375 22 S 0.053 0.008 0.003 0.045 0.118 0.186 0.122 0.007 0.001 0.009 0.450 23 L 0.070 0.007 0.013 0.154 0.085 0.147 0.112 0.005 0.001 0.018 0.389 24 D 0.037 0.003 0.003 0.052 0.080 0.070 0.483 0.002 0.001 0.006 0.263 25 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 26 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.016 0.739 0.001 0.001 0.006 0.223 27 E 0.559 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.216 0.001 0.001 0.100 0.110 28 G 0.528 0.130 0.002 0.032 0.012 0.010 0.068 0.005 0.001 0.015 0.199 29 G 0.288 0.039 0.020 0.024 0.027 0.022 0.208 0.002 0.001 0.032 0.338 30 L 0.073 0.024 0.030 0.044 0.041 0.066 0.072 0.001 0.001 0.006 0.642 31 Y 0.008 0.012 0.002 0.090 0.177 0.330 0.075 0.002 0.001 0.002 0.301 32 G 0.056 0.012 0.003 0.053 0.144 0.202 0.067 0.002 0.001 0.010 0.449 33 S 0.062 0.018 0.006 0.073 0.105 0.183 0.071 0.002 0.001 0.010 0.469 34 A 0.029 0.007 0.007 0.185 0.171 0.211 0.075 0.002 0.001 0.006 0.307 35 E 0.027 0.006 0.003 0.145 0.123 0.204 0.079 0.001 0.001 0.008 0.404 36 V 0.015 0.005 0.003 0.123 0.288 0.324 0.036 0.001 0.001 0.003 0.202 37 S 0.011 0.005 0.002 0.093 0.146 0.275 0.052 0.001 0.001 0.003 0.412 38 V 0.012 0.003 0.002 0.080 0.216 0.302 0.053 0.001 0.001 0.003 0.327 39 P 0.003 0.001 0.001 0.017 0.030 0.058 0.033 0.001 0.001 0.001 0.856 40 E 0.016 0.002 0.001 0.023 0.047 0.100 0.158 0.001 0.001 0.008 0.646 41 G 0.298 0.003 0.001 0.018 0.017 0.025 0.077 0.002 0.001 0.027 0.533 42 V 0.245 0.011 0.019 0.047 0.091 0.071 0.117 0.001 0.001 0.016 0.383 43 K 0.013 0.003 0.004 0.090 0.142 0.176 0.142 0.001 0.001 0.002 0.426 44 W 0.009 0.003 0.002 0.088 0.185 0.308 0.036 0.001 0.001 0.001 0.366 45 E 0.007 0.007 0.001 0.187 0.269 0.328 0.052 0.001 0.001 0.001 0.147 46 I 0.013 0.008 0.001 0.056 0.076 0.174 0.074 0.001 0.001 0.003 0.595 47 Y 0.029 0.008 0.003 0.242 0.125 0.316 0.051 0.001 0.001 0.003 0.223 48 P 0.005 0.001 0.001 0.026 0.010 0.031 0.021 0.001 0.001 0.001 0.903 49 N 0.028 0.003 0.001 0.072 0.030 0.107 0.136 0.001 0.001 0.004 0.618 50 P 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 51 V 0.046 0.038 0.001 0.019 0.023 0.034 0.200 0.001 0.001 0.005 0.633 52 A 0.154 0.087 0.002 0.020 0.042 0.112 0.194 0.002 0.001 0.013 0.375 53 R 0.091 0.506 0.001 0.031 0.058 0.083 0.048 0.002 0.001 0.002 0.177 54 R 0.097 0.502 0.003 0.013 0.033 0.069 0.023 0.003 0.001 0.003 0.255 55 F 0.112 0.378 0.009 0.040 0.099 0.171 0.019 0.013 0.001 0.004 0.154 56 M 0.065 0.167 0.018 0.123 0.251 0.232 0.023 0.016 0.001 0.003 0.102 57 I 0.024 0.079 0.039 0.126 0.199 0.309 0.026 0.006 0.001 0.002 0.190 58 F 0.005 0.021 0.004 0.196 0.300 0.414 0.014 0.001 0.001 0.001 0.045 59 E 0.008 0.022 0.003 0.217 0.187 0.306 0.040 0.002 0.001 0.002 0.213 60 I 0.011 0.028 0.005 0.190 0.204 0.309 0.042 0.002 0.001 0.002 0.208 61 F 0.011 0.022 0.003 0.185 0.174 0.361 0.061 0.002 0.001 0.004 0.177 62 S 0.016 0.020 0.002 0.075 0.108 0.225 0.117 0.002 0.001 0.006 0.429 63 K 0.042 0.019 0.004 0.037 0.055 0.083 0.096 0.003 0.001 0.009 0.653 64 R 0.090 0.030 0.006 0.018 0.036 0.052 0.170 0.003 0.001 0.013 0.581