# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.173 0.151 0.018 0.005 0.589 0.004 0.005 0.017 0.009 0.008 0.021 2 I 0.435 0.044 0.016 0.006 0.353 0.005 0.005 0.008 0.004 0.017 0.107 3 I 0.091 0.160 0.065 0.082 0.170 0.071 0.122 0.072 0.044 0.078 0.046 4 G 0.084 0.164 0.150 0.079 0.130 0.011 0.010 0.015 0.028 0.232 0.095 5 L 0.074 0.294 0.242 0.059 0.179 0.024 0.022 0.033 0.027 0.023 0.025 6 P 0.058 0.269 0.150 0.036 0.173 0.041 0.063 0.075 0.058 0.049 0.029 7 R 0.122 0.116 0.070 0.030 0.183 0.029 0.136 0.117 0.099 0.064 0.033 8 Y 0.236 0.096 0.039 0.018 0.242 0.023 0.022 0.035 0.043 0.108 0.137 9 M 0.089 0.284 0.041 0.019 0.435 0.016 0.012 0.022 0.018 0.037 0.026 10 E 0.457 0.032 0.005 0.002 0.390 0.003 0.004 0.007 0.006 0.028 0.064 11 V 0.161 0.222 0.018 0.006 0.546 0.006 0.003 0.004 0.003 0.006 0.023 12 N 0.247 0.104 0.009 0.001 0.590 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 13 I 0.337 0.182 0.062 0.007 0.279 0.004 0.005 0.014 0.008 0.017 0.084 14 K 0.015 0.086 0.263 0.382 0.034 0.153 0.028 0.023 0.007 0.004 0.005 15 D 0.004 0.035 0.025 0.274 0.009 0.205 0.275 0.095 0.059 0.016 0.003 16 G 0.009 0.009 0.017 0.043 0.006 0.008 0.009 0.023 0.064 0.697 0.115 17 K 0.033 0.542 0.144 0.009 0.227 0.003 0.005 0.009 0.009 0.012 0.007 18 I 0.410 0.078 0.018 0.015 0.302 0.011 0.010 0.013 0.009 0.015 0.119 19 I 0.030 0.056 0.042 0.143 0.064 0.170 0.317 0.062 0.041 0.051 0.022 20 G 0.088 0.133 0.165 0.119 0.101 0.038 0.013 0.035 0.077 0.161 0.069 21 R 0.147 0.193 0.096 0.034 0.196 0.014 0.018 0.045 0.060 0.096 0.101 22 S 0.092 0.246 0.112 0.015 0.304 0.009 0.038 0.051 0.034 0.063 0.036 23 L 0.083 0.334 0.099 0.010 0.306 0.006 0.010 0.023 0.022 0.076 0.032 24 D 0.146 0.159 0.031 0.002 0.634 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.015 25 P 0.014 0.031 0.012 0.006 0.030 0.005 0.020 0.316 0.501 0.054 0.010 26 R 0.008 0.015 0.026 0.013 0.009 0.036 0.305 0.372 0.131 0.079 0.007 27 E 0.029 0.179 0.082 0.053 0.073 0.107 0.199 0.159 0.049 0.054 0.018 28 G 0.030 0.065 0.079 0.219 0.037 0.094 0.041 0.049 0.054 0.201 0.131 29 G 0.058 0.085 0.146 0.095 0.095 0.041 0.029 0.046 0.045 0.282 0.077 30 L 0.176 0.123 0.035 0.020 0.203 0.022 0.051 0.077 0.067 0.144 0.080 31 Y 0.120 0.109 0.052 0.074 0.148 0.043 0.078 0.050 0.063 0.180 0.082 32 G 0.044 0.189 0.233 0.223 0.119 0.033 0.028 0.030 0.020 0.061 0.021 33 S 0.365 0.097 0.014 0.003 0.408 0.003 0.006 0.015 0.011 0.020 0.058 34 A 0.160 0.173 0.019 0.013 0.553 0.020 0.012 0.015 0.007 0.008 0.020 35 E 0.420 0.039 0.005 0.001 0.456 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.062 36 V 0.197 0.225 0.017 0.004 0.498 0.006 0.005 0.008 0.004 0.008 0.027 37 S 0.260 0.132 0.018 0.004 0.418 0.002 0.003 0.009 0.006 0.038 0.109 38 V 0.099 0.279 0.364 0.051 0.144 0.010 0.007 0.012 0.006 0.007 0.021 39 P 0.015 0.098 0.289 0.277 0.026 0.067 0.031 0.111 0.061 0.015 0.009 40 E 0.002 0.067 0.065 0.139 0.010 0.184 0.369 0.099 0.050 0.013 0.001 41 G 0.032 0.010 0.009 0.007 0.019 0.003 0.004 0.016 0.054 0.602 0.241 42 V 0.155 0.322 0.022 0.001 0.453 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.025 43 K 0.296 0.056 0.022 0.023 0.420 0.025 0.037 0.012 0.011 0.025 0.073 44 W 0.219 0.209 0.035 0.009 0.482 0.003 0.003 0.004 0.005 0.008 0.023 45 E 0.155 0.221 0.034 0.002 0.558 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.019 46 I 0.292 0.087 0.029 0.009 0.344 0.034 0.028 0.010 0.009 0.033 0.127 47 Y 0.091 0.330 0.193 0.028 0.301 0.006 0.009 0.005 0.003 0.009 0.025 48 P 0.100 0.226 0.121 0.049 0.154 0.043 0.034 0.031 0.041 0.121 0.079 49 N 0.073 0.326 0.152 0.016 0.354 0.003 0.004 0.015 0.025 0.015 0.016 50 P 0.022 0.075 0.027 0.010 0.064 0.009 0.047 0.320 0.352 0.061 0.012 51 V 0.084 0.038 0.008 0.002 0.100 0.007 0.102 0.289 0.153 0.178 0.039 52 A 0.129 0.105 0.020 0.016 0.153 0.035 0.053 0.196 0.104 0.107 0.081 53 R 0.085 0.135 0.061 0.023 0.216 0.034 0.069 0.201 0.078 0.069 0.030 54 R 0.199 0.098 0.039 0.017 0.271 0.018 0.056 0.139 0.060 0.050 0.053 55 F 0.182 0.195 0.027 0.007 0.445 0.006 0.010 0.044 0.018 0.027 0.039 56 M 0.155 0.127 0.014 0.005 0.537 0.006 0.014 0.064 0.016 0.028 0.035 57 I 0.378 0.039 0.006 0.006 0.409 0.004 0.011 0.058 0.013 0.019 0.056 58 F 0.119 0.174 0.019 0.010 0.575 0.012 0.017 0.047 0.009 0.006 0.013 59 E 0.258 0.097 0.015 0.001 0.554 0.001 0.003 0.026 0.006 0.004 0.034 60 I 0.331 0.053 0.016 0.010 0.240 0.019 0.031 0.114 0.035 0.048 0.104 61 F 0.057 0.165 0.065 0.078 0.136 0.090 0.128 0.143 0.053 0.058 0.028 62 S 0.078 0.197 0.184 0.058 0.141 0.021 0.019 0.085 0.070 0.097 0.050 63 K 0.056 0.106 0.071 0.039 0.104 0.044 0.073 0.218 0.150 0.104 0.033 64 R 0.072 0.153 0.086 0.039 0.131 0.042 0.094 0.156 0.089 0.100 0.040