# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.278 0.161 0.152 0.177 0.136 0.077 0.018 2 I 0.236 0.121 0.101 0.139 0.159 0.177 0.066 3 I 0.226 0.086 0.073 0.126 0.162 0.205 0.122 4 G 0.259 0.103 0.085 0.104 0.126 0.183 0.141 5 L 0.156 0.076 0.076 0.113 0.153 0.222 0.202 6 P 0.198 0.100 0.102 0.130 0.139 0.193 0.138 7 R 0.171 0.109 0.144 0.182 0.175 0.166 0.053 8 Y 0.166 0.128 0.150 0.173 0.189 0.162 0.032 9 M 0.112 0.109 0.116 0.162 0.239 0.224 0.039 10 E 0.188 0.206 0.192 0.194 0.136 0.075 0.010 11 V 0.268 0.154 0.128 0.178 0.164 0.098 0.010 12 N 0.441 0.250 0.148 0.104 0.044 0.013 0.001 13 I 0.299 0.173 0.168 0.177 0.142 0.039 0.001 14 K 0.527 0.214 0.133 0.092 0.028 0.005 0.001 15 D 0.732 0.163 0.064 0.030 0.010 0.002 0.001 16 G 0.596 0.255 0.088 0.043 0.014 0.003 0.001 17 K 0.215 0.335 0.245 0.143 0.050 0.011 0.001 18 I 0.109 0.119 0.172 0.266 0.229 0.096 0.009 19 I 0.160 0.184 0.195 0.225 0.161 0.068 0.005 20 G 0.305 0.190 0.138 0.155 0.135 0.069 0.008 21 R 0.239 0.297 0.229 0.150 0.064 0.018 0.002 22 S 0.206 0.218 0.185 0.197 0.135 0.052 0.006 23 L 0.100 0.106 0.126 0.220 0.230 0.182 0.035 24 D 0.171 0.172 0.176 0.206 0.164 0.095 0.016 25 P 0.191 0.126 0.136 0.152 0.165 0.165 0.065 26 R 0.249 0.169 0.141 0.179 0.139 0.092 0.031 27 E 0.203 0.169 0.166 0.152 0.127 0.118 0.066 28 G 0.247 0.193 0.137 0.140 0.123 0.107 0.052 29 G 0.117 0.140 0.128 0.155 0.175 0.184 0.101 30 L 0.081 0.073 0.099 0.152 0.194 0.260 0.141 31 Y 0.093 0.107 0.126 0.184 0.201 0.214 0.076 32 G 0.061 0.100 0.139 0.196 0.240 0.209 0.054 33 S 0.082 0.190 0.276 0.248 0.140 0.057 0.007 34 A 0.035 0.073 0.109 0.236 0.342 0.190 0.017 35 E 0.084 0.258 0.312 0.233 0.089 0.022 0.002 36 V 0.046 0.097 0.153 0.307 0.279 0.111 0.007 37 S 0.281 0.419 0.193 0.078 0.023 0.005 0.001 38 V 0.091 0.171 0.230 0.309 0.167 0.032 0.001 39 P 0.262 0.265 0.221 0.173 0.066 0.012 0.001 40 E 0.547 0.340 0.085 0.023 0.004 0.001 0.001 41 G 0.363 0.378 0.168 0.071 0.017 0.003 0.001 42 V 0.029 0.082 0.142 0.285 0.335 0.121 0.007 43 K 0.036 0.161 0.267 0.299 0.174 0.057 0.007 44 W 0.024 0.029 0.053 0.140 0.275 0.363 0.116 45 E 0.038 0.092 0.136 0.210 0.254 0.205 0.065 46 I 0.024 0.046 0.082 0.135 0.203 0.313 0.196 47 Y 0.033 0.053 0.071 0.141 0.224 0.294 0.184 48 P 0.038 0.072 0.084 0.137 0.185 0.270 0.215 49 N 0.060 0.086 0.091 0.151 0.193 0.234 0.185 50 P 0.059 0.073 0.090 0.145 0.215 0.244 0.174 51 V 0.087 0.089 0.095 0.143 0.158 0.235 0.194 52 A 0.041 0.035 0.040 0.074 0.150 0.310 0.350 53 R 0.027 0.041 0.059 0.116 0.200 0.343 0.214 54 R 0.014 0.032 0.061 0.121 0.197 0.341 0.234 55 F 0.013 0.019 0.035 0.077 0.155 0.343 0.359 56 M 0.021 0.034 0.051 0.109 0.203 0.339 0.244 57 I 0.023 0.033 0.066 0.132 0.225 0.338 0.183 58 F 0.024 0.025 0.045 0.099 0.173 0.417 0.217 59 E 0.074 0.091 0.120 0.190 0.237 0.231 0.058 60 I 0.065 0.069 0.108 0.197 0.299 0.236 0.026 61 F 0.145 0.173 0.185 0.233 0.191 0.070 0.004 62 S 0.304 0.263 0.220 0.153 0.051 0.009 0.001 63 K 0.635 0.237 0.084 0.033 0.009 0.002 0.001 64 R 0.704 0.183 0.069 0.030 0.011 0.003 0.001