# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.331 0.004 0.016 0.088 0.110 0.451 2 I 0.699 0.013 0.013 0.072 0.056 0.147 3 I 0.680 0.016 0.013 0.050 0.065 0.177 4 G 0.519 0.030 0.016 0.032 0.133 0.271 5 L 0.284 0.014 0.012 0.011 0.215 0.464 6 P 0.256 0.004 0.057 0.008 0.295 0.381 7 R 0.394 0.006 0.083 0.009 0.290 0.218 8 Y 0.648 0.013 0.053 0.008 0.142 0.136 9 M 0.822 0.006 0.004 0.005 0.068 0.095 10 E 0.912 0.003 0.001 0.003 0.024 0.057 11 V 0.911 0.004 0.001 0.002 0.014 0.069 12 N 0.886 0.008 0.001 0.002 0.030 0.074 13 I 0.697 0.027 0.002 0.002 0.149 0.124 14 K 0.218 0.013 0.005 0.002 0.702 0.060 15 D 0.048 0.003 0.008 0.003 0.887 0.051 16 G 0.052 0.004 0.008 0.003 0.875 0.059 17 K 0.637 0.051 0.005 0.003 0.220 0.084 18 I 0.794 0.056 0.005 0.003 0.066 0.076 19 I 0.693 0.026 0.011 0.009 0.139 0.122 20 G 0.445 0.009 0.028 0.009 0.294 0.214 21 R 0.476 0.014 0.022 0.007 0.242 0.239 22 S 0.424 0.043 0.015 0.011 0.186 0.322 23 L 0.277 0.075 0.014 0.008 0.209 0.418 24 D 0.112 0.040 0.007 0.003 0.415 0.422 25 P 0.019 0.005 0.154 0.014 0.666 0.141 26 R 0.020 0.006 0.157 0.017 0.703 0.097 27 E 0.026 0.009 0.170 0.017 0.701 0.076 28 G 0.050 0.014 0.041 0.013 0.669 0.214 29 G 0.224 0.043 0.038 0.015 0.372 0.309 30 L 0.500 0.069 0.033 0.013 0.239 0.145 31 Y 0.645 0.020 0.014 0.006 0.165 0.150 32 G 0.592 0.007 0.011 0.003 0.191 0.196 33 S 0.698 0.005 0.005 0.003 0.100 0.189 34 A 0.809 0.009 0.004 0.004 0.055 0.119 35 E 0.857 0.006 0.002 0.003 0.049 0.084 36 V 0.833 0.008 0.001 0.003 0.034 0.121 37 S 0.700 0.019 0.003 0.003 0.065 0.210 38 V 0.416 0.030 0.006 0.002 0.259 0.288 39 P 0.109 0.006 0.045 0.003 0.660 0.176 40 E 0.062 0.004 0.065 0.004 0.731 0.133 41 G 0.099 0.005 0.033 0.003 0.717 0.143 42 V 0.450 0.020 0.005 0.003 0.231 0.291 43 K 0.784 0.016 0.001 0.003 0.038 0.158 44 W 0.896 0.007 0.004 0.005 0.028 0.060 45 E 0.916 0.006 0.004 0.006 0.020 0.048 46 I 0.856 0.015 0.007 0.011 0.032 0.081 47 Y 0.475 0.011 0.005 0.011 0.177 0.320 48 P 0.164 0.010 0.008 0.027 0.249 0.541 49 N 0.052 0.012 0.010 0.069 0.317 0.539 50 P 0.039 0.007 0.036 0.546 0.250 0.122 51 V 0.047 0.008 0.084 0.592 0.196 0.073 52 A 0.098 0.008 0.102 0.544 0.185 0.063 53 R 0.171 0.003 0.113 0.457 0.162 0.094 54 R 0.392 0.006 0.058 0.361 0.101 0.082 55 F 0.609 0.003 0.012 0.204 0.084 0.089 56 M 0.761 0.002 0.005 0.147 0.040 0.045 57 I 0.821 0.002 0.002 0.147 0.012 0.016 58 F 0.759 0.001 0.004 0.194 0.019 0.024 59 E 0.706 0.001 0.004 0.243 0.018 0.027 60 I 0.680 0.003 0.007 0.213 0.032 0.065 61 F 0.451 0.006 0.010 0.216 0.077 0.240 62 S 0.284 0.006 0.014 0.095 0.132 0.468 63 K 0.091 0.009 0.013 0.063 0.131 0.693 64 R 0.006 0.001 0.001 0.002 0.026 0.965