# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.037 0.014 0.521 0.012 0.005 0.014 0.020 0.005 0.082 0.028 0.004 0.119 0.139 2 I 0.092 0.025 0.167 0.011 0.006 0.021 0.076 0.025 0.155 0.012 0.005 0.061 0.345 3 I 0.120 0.009 0.116 0.060 0.007 0.017 0.075 0.043 0.103 0.025 0.016 0.307 0.102 4 G 0.111 0.013 0.172 0.014 0.007 0.014 0.052 0.012 0.066 0.075 0.032 0.079 0.353 5 L 0.022 0.009 0.415 0.028 0.006 0.009 0.006 0.002 0.034 0.148 0.019 0.218 0.084 6 P 0.014 0.008 0.481 0.025 0.034 0.018 0.002 0.001 0.016 0.113 0.093 0.025 0.168 7 R 0.046 0.014 0.167 0.064 0.096 0.029 0.009 0.001 0.018 0.173 0.200 0.115 0.069 8 Y 0.127 0.012 0.142 0.056 0.051 0.011 0.014 0.001 0.016 0.074 0.085 0.058 0.354 9 M 0.212 0.004 0.125 0.021 0.012 0.005 0.014 0.001 0.018 0.048 0.012 0.370 0.157 10 E 0.339 0.005 0.042 0.007 0.002 0.002 0.014 0.001 0.009 0.008 0.004 0.139 0.428 11 V 0.369 0.003 0.067 0.029 0.002 0.003 0.022 0.002 0.022 0.018 0.003 0.194 0.266 12 N 0.340 0.011 0.065 0.006 0.001 0.003 0.032 0.004 0.039 0.009 0.004 0.267 0.221 13 I 0.175 0.022 0.160 0.028 0.003 0.004 0.027 0.006 0.033 0.026 0.029 0.038 0.448 14 K 0.068 0.011 0.252 0.018 0.008 0.004 0.005 0.001 0.014 0.064 0.120 0.381 0.054 15 D 0.001 0.001 0.012 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.902 0.001 0.006 16 G 0.001 0.001 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.899 0.003 0.002 17 K 0.062 0.050 0.314 0.002 0.005 0.001 0.017 0.005 0.020 0.074 0.020 0.253 0.178 18 I 0.103 0.078 0.071 0.003 0.002 0.001 0.062 0.008 0.036 0.015 0.004 0.066 0.551 19 I 0.077 0.012 0.114 0.419 0.005 0.002 0.042 0.005 0.012 0.023 0.021 0.193 0.075 20 G 0.094 0.009 0.227 0.031 0.010 0.003 0.040 0.004 0.022 0.100 0.064 0.092 0.304 21 R 0.064 0.013 0.248 0.015 0.017 0.006 0.023 0.003 0.040 0.145 0.027 0.216 0.182 22 S 0.058 0.037 0.330 0.018 0.009 0.007 0.015 0.001 0.024 0.076 0.019 0.079 0.327 23 L 0.040 0.063 0.386 0.017 0.007 0.010 0.010 0.002 0.012 0.206 0.024 0.105 0.119 24 D 0.002 0.032 0.712 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.142 0.005 0.032 0.059 25 P 0.001 0.003 0.069 0.002 0.234 0.132 0.001 0.001 0.001 0.052 0.498 0.001 0.008 26 R 0.003 0.004 0.035 0.001 0.223 0.098 0.001 0.001 0.001 0.059 0.559 0.010 0.005 27 E 0.004 0.012 0.062 0.012 0.229 0.076 0.001 0.001 0.001 0.101 0.487 0.004 0.011 28 G 0.007 0.022 0.183 0.006 0.057 0.051 0.001 0.001 0.001 0.147 0.482 0.016 0.026 29 G 0.017 0.022 0.280 0.024 0.034 0.026 0.002 0.001 0.002 0.188 0.281 0.055 0.068 30 L 0.096 0.055 0.162 0.010 0.028 0.020 0.007 0.001 0.005 0.100 0.105 0.059 0.352 31 Y 0.193 0.018 0.138 0.100 0.013 0.013 0.018 0.001 0.008 0.063 0.060 0.167 0.208 32 G 0.185 0.006 0.144 0.007 0.011 0.010 0.019 0.001 0.015 0.071 0.048 0.341 0.143 33 S 0.305 0.006 0.084 0.013 0.007 0.006 0.022 0.001 0.012 0.031 0.015 0.056 0.442 34 A 0.347 0.002 0.064 0.009 0.003 0.003 0.022 0.001 0.010 0.014 0.004 0.413 0.107 35 E 0.365 0.004 0.042 0.008 0.003 0.005 0.030 0.002 0.013 0.009 0.004 0.057 0.459 36 V 0.247 0.006 0.086 0.022 0.003 0.005 0.040 0.002 0.017 0.021 0.008 0.412 0.131 37 S 0.127 0.028 0.190 0.010 0.003 0.006 0.030 0.002 0.023 0.042 0.016 0.059 0.465 38 V 0.016 0.026 0.498 0.019 0.005 0.006 0.004 0.001 0.016 0.134 0.029 0.152 0.093 39 P 0.003 0.006 0.387 0.010 0.038 0.011 0.001 0.001 0.004 0.140 0.333 0.011 0.056 40 E 0.002 0.004 0.069 0.015 0.050 0.006 0.001 0.001 0.002 0.263 0.568 0.011 0.009 41 G 0.013 0.007 0.174 0.012 0.049 0.005 0.003 0.001 0.006 0.227 0.418 0.034 0.052 42 V 0.064 0.022 0.422 0.010 0.010 0.003 0.016 0.002 0.023 0.075 0.013 0.107 0.232 43 K 0.131 0.020 0.231 0.021 0.004 0.003 0.035 0.003 0.032 0.023 0.004 0.181 0.311 44 W 0.246 0.006 0.081 0.047 0.010 0.012 0.094 0.010 0.042 0.023 0.006 0.112 0.311 45 E 0.260 0.005 0.073 0.019 0.012 0.019 0.102 0.019 0.050 0.018 0.011 0.291 0.122 46 I 0.141 0.010 0.095 0.008 0.007 0.012 0.078 0.009 0.054 0.022 0.007 0.047 0.510 47 Y 0.023 0.009 0.326 0.041 0.003 0.008 0.009 0.001 0.046 0.065 0.012 0.391 0.066 48 P 0.008 0.015 0.525 0.010 0.004 0.017 0.003 0.001 0.013 0.178 0.053 0.009 0.166 49 N 0.001 0.009 0.699 0.002 0.003 0.027 0.001 0.001 0.003 0.207 0.018 0.022 0.009 50 P 0.001 0.004 0.120 0.001 0.069 0.472 0.001 0.001 0.001 0.098 0.227 0.001 0.008 51 V 0.003 0.007 0.054 0.002 0.084 0.518 0.001 0.001 0.002 0.059 0.254 0.006 0.009 52 A 0.024 0.008 0.076 0.009 0.118 0.528 0.003 0.001 0.004 0.072 0.103 0.022 0.032 53 R 0.043 0.008 0.096 0.012 0.057 0.574 0.006 0.002 0.011 0.042 0.058 0.033 0.059 54 R 0.116 0.004 0.088 0.039 0.021 0.434 0.020 0.002 0.011 0.043 0.057 0.067 0.098 55 F 0.209 0.004 0.059 0.005 0.007 0.395 0.027 0.005 0.013 0.024 0.023 0.056 0.172 56 M 0.294 0.003 0.035 0.006 0.004 0.394 0.032 0.003 0.008 0.010 0.010 0.137 0.064 57 I 0.283 0.003 0.023 0.006 0.005 0.394 0.041 0.003 0.011 0.007 0.008 0.044 0.172 58 F 0.333 0.001 0.037 0.071 0.008 0.317 0.023 0.002 0.006 0.011 0.016 0.108 0.067 59 E 0.420 0.003 0.031 0.002 0.009 0.179 0.038 0.002 0.011 0.009 0.022 0.140 0.136 60 I 0.264 0.006 0.062 0.004 0.016 0.212 0.030 0.002 0.010 0.024 0.030 0.071 0.269 61 F 0.172 0.009 0.185 0.057 0.018 0.165 0.019 0.001 0.012 0.066 0.077 0.092 0.127 62 S 0.057 0.009 0.230 0.006 0.022 0.108 0.007 0.001 0.006 0.154 0.143 0.097 0.160 63 K 0.011 0.008 0.592 0.004 0.014 0.071 0.002 0.001 0.003 0.102 0.085 0.030 0.079 64 R 0.001 0.002 0.954 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.005 0.009