# TARGET T0344 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.006 0.009 0.001 0.400 0.113 0.143 0.055 0.002 0.001 0.053 0.217 2 I 0.016 0.003 0.001 0.436 0.126 0.130 0.046 0.001 0.001 0.070 0.170 3 I 0.003 0.001 0.002 0.370 0.112 0.164 0.053 0.001 0.001 0.027 0.267 4 G 0.038 0.005 0.003 0.218 0.057 0.124 0.097 0.003 0.003 0.039 0.413 5 L 0.148 0.010 0.004 0.064 0.067 0.100 0.133 0.018 0.003 0.097 0.356 6 P 0.076 0.004 0.005 0.031 0.033 0.081 0.136 0.002 0.004 0.061 0.568 7 R 0.012 0.002 0.001 0.033 0.142 0.360 0.086 0.005 0.001 0.035 0.326 8 Y 0.009 0.002 0.001 0.037 0.100 0.220 0.088 0.001 0.001 0.051 0.491 9 M 0.001 0.001 0.001 0.052 0.289 0.485 0.022 0.001 0.001 0.038 0.110 10 E 0.002 0.001 0.001 0.055 0.187 0.447 0.030 0.001 0.001 0.051 0.227 11 V 0.001 0.001 0.001 0.051 0.458 0.350 0.014 0.001 0.001 0.017 0.109 12 N 0.003 0.001 0.001 0.072 0.260 0.448 0.033 0.001 0.001 0.048 0.135 13 I 0.027 0.001 0.002 0.040 0.148 0.203 0.058 0.004 0.003 0.040 0.475 14 K 0.593 0.005 0.001 0.022 0.025 0.026 0.040 0.010 0.001 0.049 0.228 15 D 0.033 0.003 0.001 0.016 0.005 0.010 0.097 0.002 0.001 0.021 0.811 16 G 0.006 0.001 0.001 0.031 0.036 0.063 0.111 0.003 0.001 0.017 0.730 17 K 0.018 0.006 0.001 0.117 0.267 0.189 0.068 0.002 0.001 0.045 0.287 18 I 0.015 0.007 0.002 0.100 0.115 0.138 0.070 0.001 0.001 0.044 0.508 19 I 0.017 0.012 0.002 0.150 0.213 0.205 0.073 0.003 0.001 0.041 0.283 20 G 0.051 0.028 0.001 0.087 0.076 0.151 0.115 0.009 0.001 0.049 0.433 21 R 0.055 0.010 0.001 0.111 0.109 0.147 0.101 0.004 0.001 0.063 0.399 22 S 0.009 0.007 0.001 0.104 0.089 0.180 0.119 0.001 0.001 0.029 0.460 23 L 0.005 0.009 0.002 0.065 0.089 0.123 0.110 0.002 0.001 0.029 0.565 24 D 0.201 0.045 0.010 0.046 0.088 0.060 0.103 0.016 0.008 0.143 0.279 25 P 0.280 0.019 0.012 0.020 0.006 0.010 0.081 0.005 0.006 0.103 0.458 26 R 0.105 0.007 0.002 0.013 0.011 0.028 0.094 0.005 0.001 0.065 0.670 27 E 0.073 0.011 0.002 0.017 0.012 0.030 0.126 0.002 0.001 0.052 0.674 28 G 0.017 0.006 0.002 0.024 0.046 0.106 0.175 0.005 0.001 0.070 0.549 29 G 0.020 0.004 0.001 0.025 0.094 0.167 0.120 0.002 0.001 0.084 0.482 30 L 0.012 0.006 0.001 0.038 0.172 0.263 0.090 0.002 0.001 0.064 0.352 31 Y 0.014 0.006 0.002 0.050 0.113 0.266 0.099 0.001 0.001 0.051 0.396 32 G 0.004 0.002 0.001 0.050 0.217 0.505 0.034 0.002 0.001 0.044 0.142 33 S 0.012 0.002 0.001 0.046 0.170 0.370 0.055 0.001 0.001 0.084 0.258 34 A 0.004 0.001 0.001 0.055 0.335 0.418 0.027 0.001 0.001 0.024 0.134 35 E 0.011 0.001 0.001 0.042 0.205 0.307 0.058 0.001 0.001 0.042 0.333 36 V 0.001 0.001 0.001 0.027 0.343 0.322 0.041 0.001 0.001 0.015 0.251 37 S 0.025 0.003 0.005 0.057 0.099 0.151 0.087 0.002 0.004 0.047 0.521 38 V 0.337 0.004 0.004 0.016 0.057 0.057 0.070 0.033 0.003 0.089 0.329 39 P 0.201 0.003 0.002 0.011 0.004 0.008 0.068 0.002 0.001 0.042 0.658 40 E 0.013 0.002 0.001 0.026 0.026 0.057 0.100 0.002 0.001 0.022 0.752 41 G 0.008 0.003 0.001 0.035 0.040 0.072 0.105 0.001 0.001 0.025 0.711 42 V 0.004 0.004 0.001 0.095 0.319 0.186 0.065 0.002 0.001 0.044 0.280 43 K 0.008 0.008 0.001 0.188 0.157 0.232 0.050 0.003 0.001 0.056 0.297 44 W 0.011 0.002 0.001 0.139 0.224 0.222 0.045 0.001 0.001 0.037 0.318 45 E 0.003 0.001 0.001 0.324 0.129 0.204 0.053 0.001 0.001 0.023 0.263 46 I 0.004 0.001 0.001 0.247 0.066 0.092 0.068 0.001 0.001 0.030 0.490 47 Y 0.023 0.006 0.001 0.119 0.142 0.100 0.118 0.006 0.001 0.078 0.405 48 P 0.081 0.233 0.003 0.024 0.005 0.006 0.073 0.006 0.002 0.028 0.538 49 N 0.097 0.480 0.003 0.006 0.008 0.008 0.040 0.021 0.002 0.049 0.285 50 P 0.079 0.502 0.006 0.009 0.005 0.008 0.040 0.005 0.002 0.075 0.268 51 V 0.073 0.561 0.004 0.007 0.015 0.027 0.038 0.007 0.001 0.100 0.167 52 A 0.094 0.402 0.006 0.018 0.033 0.043 0.047 0.007 0.002 0.124 0.224 53 R 0.048 0.290 0.005 0.035 0.065 0.117 0.087 0.003 0.001 0.105 0.244 54 R 0.016 0.182 0.003 0.067 0.093 0.197 0.074 0.002 0.001 0.127 0.237 55 F 0.009 0.160 0.005 0.078 0.116 0.186 0.080 0.003 0.001 0.124 0.238 56 M 0.009 0.086 0.004 0.104 0.212 0.316 0.039 0.004 0.001 0.133 0.091 57 I 0.009 0.062 0.004 0.108 0.169 0.289 0.040 0.002 0.001 0.107 0.208 58 F 0.011 0.014 0.003 0.095 0.279 0.279 0.036 0.001 0.001 0.112 0.168 59 E 0.013 0.015 0.004 0.125 0.200 0.288 0.053 0.002 0.002 0.096 0.202 60 I 0.052 0.012 0.008 0.088 0.153 0.208 0.072 0.004 0.006 0.081 0.316 61 F 0.141 0.010 0.005 0.064 0.092 0.134 0.086 0.007 0.005 0.074 0.382 62 S 0.089 0.007 0.002 0.023 0.039 0.075 0.094 0.003 0.002 0.038 0.627 63 K 0.042 0.007 0.002 0.018 0.028 0.046 0.101 0.004 0.001 0.028 0.724 64 R 0.039 0.008 0.002 0.014 0.027 0.035 0.114 0.007 0.001 0.029 0.723