# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.047 0.065 0.051 0.120 0.111 0.120 0.168 0.111 0.102 0.066 0.039 2 I 0.051 0.040 0.036 0.069 0.066 0.077 0.142 0.129 0.151 0.130 0.108 3 I 0.038 0.047 0.038 0.072 0.075 0.090 0.164 0.133 0.145 0.115 0.083 4 G 0.145 0.151 0.086 0.155 0.116 0.094 0.096 0.054 0.050 0.032 0.021 5 L 0.041 0.042 0.024 0.067 0.062 0.070 0.128 0.120 0.155 0.149 0.143 6 P 0.145 0.135 0.063 0.149 0.128 0.112 0.107 0.060 0.050 0.031 0.021 7 R 0.137 0.097 0.051 0.153 0.134 0.112 0.130 0.073 0.057 0.034 0.022 8 Y 0.032 0.033 0.027 0.092 0.096 0.114 0.155 0.123 0.131 0.113 0.084 9 M 0.015 0.020 0.022 0.048 0.054 0.080 0.162 0.147 0.176 0.152 0.126 10 E 0.071 0.155 0.163 0.344 0.164 0.059 0.028 0.008 0.004 0.002 0.002 11 V 0.004 0.004 0.006 0.010 0.016 0.033 0.113 0.146 0.241 0.235 0.191 12 N 0.092 0.251 0.129 0.337 0.132 0.038 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 13 I 0.002 0.003 0.002 0.006 0.009 0.022 0.089 0.120 0.220 0.244 0.283 14 K 0.132 0.268 0.150 0.253 0.117 0.049 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 15 D 0.411 0.307 0.082 0.145 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.308 0.145 0.053 0.147 0.123 0.098 0.064 0.025 0.018 0.011 0.009 17 K 0.049 0.247 0.108 0.359 0.162 0.053 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.036 0.116 0.143 0.226 0.232 0.224 19 I 0.028 0.104 0.103 0.280 0.194 0.123 0.095 0.034 0.019 0.010 0.010 20 G 0.137 0.069 0.033 0.095 0.091 0.098 0.147 0.094 0.090 0.079 0.068 21 R 0.105 0.137 0.090 0.253 0.171 0.105 0.070 0.027 0.019 0.012 0.009 22 S 0.207 0.156 0.045 0.145 0.100 0.078 0.086 0.054 0.054 0.042 0.034 23 L 0.058 0.041 0.022 0.062 0.062 0.078 0.124 0.110 0.150 0.142 0.152 24 D 0.093 0.228 0.086 0.219 0.133 0.079 0.067 0.033 0.028 0.018 0.015 25 P 0.158 0.113 0.053 0.135 0.113 0.101 0.100 0.067 0.065 0.053 0.041 26 R 0.263 0.137 0.051 0.139 0.115 0.086 0.077 0.044 0.037 0.027 0.024 27 E 0.209 0.146 0.072 0.164 0.115 0.090 0.084 0.043 0.035 0.024 0.016 28 G 0.162 0.110 0.051 0.129 0.100 0.092 0.100 0.067 0.073 0.063 0.053 29 G 0.185 0.174 0.085 0.180 0.117 0.081 0.069 0.038 0.032 0.023 0.016 30 L 0.039 0.034 0.026 0.056 0.059 0.073 0.124 0.117 0.161 0.159 0.151 31 Y 0.037 0.067 0.043 0.139 0.119 0.105 0.135 0.099 0.098 0.080 0.076 32 G 0.066 0.054 0.039 0.099 0.105 0.113 0.163 0.112 0.108 0.081 0.059 33 S 0.168 0.207 0.122 0.251 0.127 0.060 0.035 0.013 0.009 0.005 0.003 34 A 0.034 0.018 0.013 0.030 0.036 0.055 0.124 0.128 0.193 0.193 0.176 35 E 0.136 0.254 0.129 0.255 0.121 0.054 0.031 0.010 0.006 0.003 0.002 36 V 0.028 0.033 0.021 0.059 0.068 0.087 0.172 0.146 0.161 0.129 0.096 37 S 0.277 0.306 0.108 0.183 0.074 0.029 0.013 0.004 0.003 0.002 0.002 38 V 0.027 0.027 0.012 0.055 0.069 0.088 0.165 0.138 0.152 0.132 0.134 39 P 0.198 0.179 0.065 0.160 0.124 0.092 0.078 0.039 0.031 0.018 0.015 40 E 0.432 0.206 0.067 0.162 0.072 0.032 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 41 G 0.317 0.190 0.071 0.191 0.113 0.062 0.034 0.010 0.006 0.003 0.002 42 V 0.007 0.008 0.006 0.021 0.030 0.051 0.126 0.159 0.237 0.196 0.159 43 K 0.044 0.210 0.116 0.325 0.175 0.081 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 44 W 0.005 0.005 0.005 0.014 0.021 0.038 0.112 0.164 0.257 0.229 0.149 45 E 0.054 0.083 0.050 0.197 0.189 0.153 0.139 0.061 0.039 0.020 0.015 46 I 0.016 0.021 0.013 0.043 0.046 0.062 0.143 0.157 0.209 0.179 0.112 47 Y 0.026 0.046 0.027 0.107 0.127 0.136 0.192 0.130 0.111 0.064 0.034 48 P 0.114 0.071 0.040 0.099 0.095 0.105 0.142 0.106 0.108 0.075 0.046 49 N 0.104 0.082 0.029 0.112 0.119 0.120 0.164 0.108 0.088 0.051 0.023 50 P 0.162 0.103 0.039 0.111 0.100 0.118 0.145 0.089 0.072 0.042 0.019 51 V 0.147 0.080 0.052 0.090 0.074 0.088 0.142 0.100 0.105 0.076 0.046 52 A 0.076 0.077 0.081 0.120 0.085 0.085 0.130 0.097 0.109 0.081 0.058 53 R 0.027 0.061 0.091 0.124 0.095 0.103 0.161 0.117 0.114 0.074 0.033 54 R 0.018 0.036 0.083 0.128 0.113 0.123 0.189 0.116 0.104 0.062 0.028 55 F 0.023 0.039 0.138 0.094 0.073 0.081 0.151 0.117 0.125 0.099 0.058 56 M 0.008 0.021 0.061 0.105 0.106 0.128 0.228 0.135 0.116 0.065 0.026 57 I 0.003 0.013 0.047 0.046 0.030 0.037 0.123 0.135 0.215 0.206 0.145 58 F 0.004 0.011 0.057 0.055 0.060 0.087 0.182 0.151 0.176 0.142 0.075 59 E 0.013 0.036 0.137 0.175 0.162 0.143 0.161 0.081 0.054 0.026 0.012 60 I 0.005 0.015 0.038 0.041 0.041 0.059 0.157 0.169 0.207 0.171 0.099 61 F 0.008 0.027 0.053 0.125 0.134 0.155 0.213 0.120 0.096 0.049 0.019 62 S 0.105 0.141 0.142 0.199 0.154 0.113 0.084 0.032 0.018 0.008 0.003 63 K 0.278 0.192 0.149 0.188 0.092 0.051 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 64 R 0.386 0.168 0.057 0.102 0.072 0.064 0.065 0.033 0.027 0.016 0.008