# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.101 0.476 0.291 0.031 0.036 0.033 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 2 I 0.110 0.435 0.306 0.020 0.010 0.080 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 3 I 0.096 0.434 0.257 0.080 0.017 0.050 0.010 0.001 0.053 0.001 0.001 4 G 0.063 0.041 0.093 0.023 0.241 0.010 0.068 0.239 0.008 0.214 0.001 5 L 0.037 0.298 0.412 0.004 0.033 0.046 0.014 0.001 0.152 0.002 0.003 6 P 0.186 0.006 0.692 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 7 R 0.333 0.202 0.249 0.075 0.050 0.049 0.019 0.008 0.011 0.004 0.001 8 Y 0.130 0.343 0.149 0.184 0.074 0.036 0.029 0.005 0.044 0.002 0.001 9 M 0.019 0.529 0.209 0.033 0.132 0.019 0.019 0.002 0.037 0.002 0.001 10 E 0.019 0.296 0.520 0.012 0.024 0.089 0.013 0.001 0.024 0.001 0.002 11 V 0.013 0.769 0.105 0.008 0.063 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 12 N 0.016 0.317 0.399 0.009 0.014 0.169 0.016 0.001 0.058 0.001 0.001 13 I 0.114 0.411 0.349 0.043 0.026 0.034 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 14 K 0.139 0.480 0.192 0.018 0.049 0.026 0.009 0.002 0.076 0.010 0.001 15 D 0.098 0.022 0.504 0.133 0.005 0.037 0.155 0.003 0.022 0.013 0.008 16 G 0.010 0.001 0.011 0.009 0.020 0.001 0.067 0.851 0.001 0.028 0.001 17 K 0.074 0.433 0.377 0.044 0.025 0.024 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 18 I 0.019 0.338 0.533 0.004 0.007 0.068 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 19 I 0.153 0.322 0.197 0.243 0.013 0.044 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 20 G 0.024 0.050 0.104 0.012 0.552 0.007 0.029 0.112 0.007 0.102 0.001 21 R 0.180 0.355 0.242 0.077 0.095 0.022 0.005 0.003 0.015 0.004 0.001 22 S 0.137 0.317 0.314 0.078 0.071 0.043 0.010 0.004 0.022 0.004 0.001 23 L 0.202 0.345 0.250 0.092 0.042 0.045 0.005 0.003 0.016 0.002 0.001 24 D 0.021 0.169 0.301 0.003 0.035 0.078 0.016 0.001 0.374 0.003 0.001 25 P 0.870 0.001 0.067 0.026 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 26 R 0.745 0.025 0.053 0.137 0.008 0.011 0.010 0.006 0.005 0.002 0.001 27 E 0.299 0.068 0.123 0.445 0.013 0.014 0.013 0.003 0.018 0.002 0.002 28 G 0.046 0.008 0.049 0.039 0.045 0.002 0.107 0.479 0.002 0.222 0.001 29 G 0.118 0.035 0.213 0.057 0.117 0.020 0.101 0.140 0.012 0.185 0.002 30 L 0.250 0.234 0.244 0.164 0.034 0.046 0.005 0.003 0.014 0.003 0.003 31 Y 0.119 0.276 0.140 0.224 0.103 0.029 0.050 0.010 0.043 0.005 0.001 32 G 0.036 0.039 0.093 0.021 0.312 0.004 0.025 0.154 0.003 0.312 0.001 33 S 0.067 0.383 0.296 0.063 0.132 0.023 0.007 0.003 0.020 0.004 0.003 34 A 0.038 0.545 0.198 0.034 0.136 0.016 0.007 0.002 0.020 0.005 0.001 35 E 0.030 0.511 0.348 0.016 0.029 0.044 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 36 V 0.029 0.708 0.144 0.016 0.054 0.020 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 37 S 0.050 0.434 0.294 0.032 0.032 0.093 0.012 0.001 0.049 0.001 0.001 38 V 0.018 0.441 0.328 0.002 0.048 0.017 0.006 0.001 0.138 0.001 0.001 39 P 0.212 0.009 0.661 0.016 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 40 E 0.122 0.057 0.683 0.082 0.015 0.012 0.015 0.003 0.005 0.005 0.001 41 G 0.011 0.003 0.008 0.028 0.016 0.001 0.083 0.804 0.002 0.043 0.001 42 V 0.003 0.294 0.649 0.003 0.011 0.026 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 43 K 0.018 0.488 0.385 0.012 0.011 0.061 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 44 W 0.007 0.774 0.089 0.003 0.104 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 45 E 0.017 0.646 0.234 0.003 0.030 0.039 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 46 I 0.033 0.492 0.314 0.031 0.016 0.078 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 47 Y 0.008 0.380 0.175 0.001 0.052 0.032 0.017 0.001 0.336 0.001 0.001 48 P 0.176 0.004 0.542 0.042 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 49 N 0.031 0.236 0.364 0.006 0.095 0.073 0.021 0.002 0.168 0.004 0.001 50 P 0.727 0.011 0.149 0.032 0.001 0.037 0.003 0.001 0.003 0.001 0.035 51 V 0.788 0.040 0.059 0.075 0.006 0.018 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 52 A 0.676 0.104 0.077 0.081 0.022 0.017 0.006 0.004 0.010 0.001 0.001 53 R 0.755 0.094 0.051 0.046 0.015 0.015 0.010 0.003 0.007 0.001 0.001 54 R 0.611 0.169 0.096 0.062 0.018 0.023 0.006 0.003 0.010 0.001 0.001 55 F 0.399 0.312 0.121 0.083 0.038 0.016 0.009 0.003 0.018 0.001 0.001 56 M 0.313 0.401 0.180 0.015 0.039 0.028 0.007 0.002 0.014 0.001 0.001 57 I 0.302 0.481 0.135 0.020 0.015 0.029 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 58 F 0.399 0.400 0.085 0.034 0.040 0.015 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 59 E 0.208 0.438 0.221 0.014 0.032 0.050 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 60 I 0.297 0.319 0.240 0.037 0.009 0.067 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 61 F 0.510 0.160 0.092 0.170 0.025 0.022 0.004 0.001 0.014 0.002 0.001 62 S 0.247 0.228 0.149 0.117 0.152 0.027 0.042 0.009 0.021 0.009 0.001 63 K 0.269 0.271 0.179 0.144 0.049 0.028 0.023 0.004 0.030 0.003 0.001 64 R 0.244 0.207 0.262 0.091 0.061 0.034 0.037 0.011 0.033 0.020 0.001