# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.173 0.197 0.032 0.007 0.431 0.007 0.021 0.079 0.018 0.013 0.021 2 I 0.384 0.062 0.015 0.008 0.319 0.018 0.031 0.056 0.012 0.019 0.077 3 I 0.073 0.143 0.062 0.071 0.164 0.058 0.118 0.127 0.061 0.075 0.049 4 G 0.102 0.110 0.172 0.094 0.112 0.023 0.017 0.033 0.040 0.226 0.070 5 L 0.056 0.359 0.229 0.026 0.156 0.007 0.018 0.079 0.041 0.017 0.013 6 P 0.082 0.334 0.114 0.029 0.222 0.025 0.037 0.079 0.043 0.015 0.019 7 R 0.102 0.140 0.033 0.023 0.213 0.053 0.141 0.152 0.081 0.037 0.022 8 Y 0.322 0.057 0.016 0.017 0.209 0.023 0.032 0.035 0.036 0.123 0.130 9 M 0.112 0.317 0.043 0.003 0.488 0.003 0.003 0.004 0.003 0.007 0.017 10 E 0.443 0.032 0.004 0.001 0.396 0.002 0.005 0.005 0.004 0.030 0.077 11 V 0.161 0.242 0.026 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 12 N 0.260 0.093 0.007 0.001 0.596 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 13 I 0.463 0.105 0.033 0.012 0.244 0.006 0.004 0.012 0.012 0.018 0.091 14 K 0.007 0.034 0.122 0.502 0.018 0.207 0.044 0.035 0.016 0.010 0.004 15 D 0.002 0.025 0.024 0.341 0.006 0.162 0.302 0.103 0.024 0.008 0.002 16 G 0.016 0.016 0.022 0.044 0.014 0.008 0.003 0.014 0.056 0.687 0.121 17 K 0.055 0.369 0.078 0.009 0.347 0.008 0.016 0.049 0.036 0.027 0.007 18 I 0.581 0.030 0.009 0.002 0.210 0.003 0.005 0.008 0.004 0.012 0.135 19 I 0.016 0.038 0.044 0.337 0.026 0.218 0.179 0.037 0.028 0.056 0.020 20 G 0.065 0.077 0.169 0.298 0.071 0.042 0.011 0.021 0.026 0.153 0.067 21 R 0.124 0.175 0.079 0.028 0.237 0.018 0.024 0.093 0.086 0.087 0.049 22 S 0.190 0.187 0.056 0.007 0.347 0.005 0.017 0.059 0.024 0.060 0.050 23 L 0.087 0.311 0.117 0.034 0.242 0.035 0.037 0.025 0.019 0.044 0.049 24 D 0.251 0.075 0.021 0.001 0.596 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.046 25 P 0.014 0.023 0.015 0.002 0.013 0.003 0.009 0.259 0.588 0.062 0.012 26 R 0.011 0.027 0.031 0.012 0.016 0.029 0.172 0.385 0.210 0.098 0.009 27 E 0.039 0.351 0.091 0.047 0.146 0.040 0.089 0.076 0.039 0.063 0.019 28 G 0.052 0.099 0.123 0.132 0.050 0.049 0.024 0.027 0.040 0.225 0.178 29 G 0.071 0.096 0.094 0.110 0.092 0.074 0.042 0.067 0.066 0.208 0.080 30 L 0.314 0.077 0.038 0.024 0.205 0.025 0.025 0.058 0.043 0.079 0.111 31 Y 0.059 0.104 0.073 0.172 0.083 0.101 0.098 0.082 0.054 0.122 0.051 32 G 0.042 0.131 0.173 0.286 0.090 0.071 0.022 0.033 0.025 0.095 0.032 33 S 0.302 0.104 0.030 0.011 0.325 0.008 0.013 0.037 0.027 0.059 0.084 34 A 0.163 0.201 0.043 0.007 0.411 0.006 0.009 0.041 0.029 0.041 0.048 35 E 0.322 0.077 0.013 0.003 0.420 0.006 0.016 0.024 0.016 0.037 0.066 36 V 0.151 0.244 0.037 0.006 0.435 0.005 0.010 0.027 0.021 0.028 0.037 37 S 0.218 0.154 0.056 0.006 0.407 0.004 0.014 0.027 0.021 0.046 0.047 38 V 0.049 0.340 0.370 0.039 0.098 0.008 0.017 0.042 0.019 0.006 0.012 39 P 0.040 0.282 0.177 0.065 0.096 0.032 0.039 0.146 0.087 0.020 0.015 40 E 0.004 0.088 0.093 0.094 0.017 0.166 0.256 0.143 0.112 0.023 0.003 41 G 0.049 0.027 0.019 0.018 0.027 0.011 0.016 0.037 0.059 0.583 0.155 42 V 0.244 0.196 0.019 0.001 0.421 0.002 0.003 0.006 0.009 0.031 0.066 43 K 0.229 0.090 0.021 0.010 0.486 0.011 0.021 0.025 0.021 0.036 0.050 44 W 0.334 0.096 0.014 0.002 0.473 0.001 0.002 0.010 0.013 0.012 0.044 45 E 0.130 0.181 0.035 0.003 0.581 0.002 0.007 0.030 0.009 0.009 0.014 46 I 0.195 0.129 0.058 0.015 0.278 0.014 0.040 0.069 0.020 0.076 0.107 47 Y 0.120 0.325 0.135 0.013 0.323 0.003 0.010 0.024 0.005 0.009 0.032 48 P 0.031 0.223 0.114 0.032 0.092 0.043 0.035 0.054 0.107 0.235 0.034 49 N 0.247 0.102 0.064 0.008 0.372 0.004 0.020 0.050 0.029 0.026 0.078 50 P 0.008 0.027 0.015 0.005 0.017 0.004 0.012 0.513 0.352 0.041 0.006 51 V 0.009 0.015 0.006 0.005 0.014 0.020 0.101 0.551 0.202 0.073 0.005 52 A 0.026 0.036 0.009 0.007 0.039 0.017 0.038 0.580 0.174 0.060 0.014 53 R 0.025 0.040 0.016 0.008 0.059 0.015 0.054 0.598 0.128 0.039 0.018 54 R 0.070 0.033 0.007 0.008 0.084 0.019 0.088 0.446 0.136 0.083 0.026 55 F 0.091 0.137 0.025 0.010 0.225 0.011 0.026 0.327 0.092 0.027 0.028 56 M 0.127 0.109 0.015 0.004 0.268 0.005 0.032 0.331 0.061 0.024 0.025 57 I 0.294 0.042 0.005 0.006 0.241 0.010 0.033 0.237 0.060 0.026 0.046 58 F 0.165 0.119 0.016 0.015 0.322 0.025 0.034 0.226 0.051 0.010 0.017 59 E 0.223 0.142 0.021 0.004 0.363 0.006 0.027 0.157 0.023 0.011 0.024 60 I 0.199 0.064 0.018 0.020 0.166 0.041 0.091 0.260 0.050 0.044 0.048 61 F 0.082 0.148 0.047 0.068 0.148 0.076 0.072 0.183 0.083 0.061 0.033 62 S 0.070 0.157 0.089 0.041 0.124 0.024 0.038 0.156 0.116 0.139 0.044 63 K 0.062 0.112 0.067 0.041 0.100 0.032 0.082 0.210 0.132 0.120 0.040 64 R 0.061 0.222 0.139 0.050 0.147 0.029 0.058 0.134 0.070 0.057 0.033