# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.486 0.171 0.125 0.101 0.068 0.039 0.010 2 I 0.402 0.146 0.120 0.104 0.093 0.095 0.039 3 I 0.364 0.167 0.119 0.110 0.096 0.093 0.049 4 G 0.229 0.166 0.143 0.149 0.129 0.121 0.063 5 L 0.110 0.100 0.105 0.160 0.209 0.225 0.091 6 P 0.145 0.177 0.181 0.183 0.143 0.118 0.053 7 R 0.109 0.146 0.155 0.187 0.179 0.168 0.057 8 Y 0.041 0.103 0.163 0.225 0.206 0.195 0.067 9 M 0.022 0.043 0.071 0.155 0.287 0.335 0.086 10 E 0.066 0.217 0.268 0.240 0.132 0.065 0.013 11 V 0.045 0.085 0.136 0.243 0.284 0.180 0.027 12 N 0.151 0.386 0.294 0.132 0.030 0.006 0.001 13 I 0.078 0.109 0.168 0.320 0.259 0.063 0.002 14 K 0.483 0.341 0.125 0.043 0.007 0.001 0.001 15 D 0.775 0.179 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 16 G 0.422 0.332 0.178 0.059 0.008 0.001 0.001 17 K 0.360 0.379 0.186 0.062 0.012 0.001 0.001 18 I 0.097 0.117 0.185 0.277 0.238 0.082 0.004 19 I 0.136 0.272 0.266 0.202 0.094 0.029 0.002 20 G 0.145 0.174 0.185 0.226 0.172 0.086 0.011 21 R 0.226 0.293 0.230 0.164 0.063 0.021 0.003 22 S 0.256 0.292 0.220 0.141 0.063 0.023 0.004 23 L 0.142 0.129 0.157 0.216 0.196 0.132 0.029 24 D 0.246 0.266 0.200 0.153 0.083 0.044 0.008 25 P 0.238 0.193 0.157 0.164 0.128 0.090 0.029 26 R 0.281 0.220 0.159 0.154 0.105 0.065 0.016 27 E 0.283 0.208 0.154 0.123 0.102 0.095 0.036 28 G 0.302 0.191 0.160 0.145 0.103 0.074 0.025 29 G 0.209 0.232 0.207 0.159 0.104 0.067 0.021 30 L 0.110 0.098 0.117 0.173 0.216 0.223 0.063 31 Y 0.128 0.187 0.201 0.189 0.148 0.115 0.033 32 G 0.142 0.157 0.151 0.181 0.181 0.150 0.039 33 S 0.191 0.257 0.247 0.193 0.082 0.027 0.004 34 A 0.071 0.083 0.125 0.257 0.304 0.147 0.013 35 E 0.224 0.338 0.243 0.134 0.047 0.013 0.001 36 V 0.125 0.168 0.201 0.268 0.180 0.054 0.003 37 S 0.336 0.388 0.188 0.070 0.015 0.003 0.001 38 V 0.102 0.181 0.236 0.288 0.157 0.035 0.001 39 P 0.223 0.288 0.243 0.165 0.066 0.013 0.001 40 E 0.625 0.280 0.071 0.020 0.004 0.001 0.001 41 G 0.239 0.333 0.247 0.129 0.041 0.010 0.001 42 V 0.040 0.090 0.166 0.290 0.280 0.129 0.005 43 K 0.080 0.226 0.300 0.251 0.109 0.030 0.003 44 W 0.029 0.051 0.074 0.154 0.278 0.342 0.072 45 E 0.033 0.100 0.175 0.259 0.227 0.172 0.034 46 I 0.033 0.049 0.076 0.155 0.253 0.329 0.105 47 Y 0.082 0.142 0.187 0.243 0.186 0.128 0.032 48 P 0.145 0.184 0.185 0.195 0.152 0.111 0.029 49 N 0.214 0.184 0.180 0.174 0.132 0.089 0.026 50 P 0.208 0.195 0.168 0.159 0.131 0.107 0.033 51 V 0.225 0.145 0.128 0.154 0.154 0.148 0.045 52 A 0.140 0.114 0.113 0.171 0.201 0.202 0.059 53 R 0.137 0.138 0.150 0.194 0.183 0.147 0.052 54 R 0.184 0.117 0.132 0.176 0.180 0.162 0.048 55 F 0.230 0.136 0.108 0.118 0.126 0.189 0.093 56 M 0.186 0.111 0.134 0.186 0.161 0.163 0.058 57 I 0.142 0.120 0.123 0.139 0.168 0.235 0.073 58 F 0.261 0.121 0.094 0.132 0.161 0.184 0.048 59 E 0.261 0.212 0.199 0.163 0.101 0.055 0.008 60 I 0.303 0.132 0.130 0.189 0.154 0.085 0.007 61 F 0.407 0.252 0.173 0.115 0.044 0.010 0.001 62 S 0.644 0.233 0.085 0.031 0.006 0.001 0.001 63 K 0.775 0.162 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 64 R 0.853 0.110 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001