# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.118 0.025 0.283 0.016 0.013 0.020 0.044 0.039 0.095 0.037 0.013 0.137 0.161 2 I 0.206 0.029 0.104 0.017 0.009 0.020 0.106 0.073 0.110 0.014 0.011 0.084 0.216 3 I 0.162 0.010 0.136 0.059 0.013 0.018 0.072 0.063 0.078 0.035 0.044 0.201 0.108 4 G 0.112 0.017 0.230 0.035 0.007 0.006 0.029 0.010 0.047 0.082 0.056 0.114 0.255 5 L 0.017 0.013 0.482 0.031 0.004 0.004 0.003 0.001 0.019 0.181 0.023 0.131 0.092 6 P 0.015 0.011 0.487 0.038 0.011 0.007 0.002 0.001 0.013 0.108 0.055 0.041 0.212 7 R 0.050 0.014 0.159 0.047 0.070 0.022 0.005 0.001 0.014 0.161 0.224 0.150 0.084 8 Y 0.184 0.012 0.112 0.050 0.028 0.006 0.015 0.001 0.014 0.055 0.056 0.060 0.406 9 M 0.197 0.004 0.083 0.026 0.008 0.003 0.013 0.001 0.011 0.033 0.022 0.473 0.125 10 E 0.353 0.004 0.031 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.006 0.006 0.006 0.048 0.525 11 V 0.366 0.005 0.032 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.013 0.009 0.002 0.424 0.103 12 N 0.269 0.006 0.038 0.003 0.001 0.001 0.022 0.003 0.025 0.007 0.003 0.151 0.472 13 I 0.217 0.010 0.153 0.037 0.005 0.004 0.031 0.006 0.024 0.025 0.072 0.052 0.364 14 K 0.092 0.013 0.123 0.013 0.012 0.005 0.012 0.002 0.009 0.045 0.175 0.448 0.051 15 D 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.930 0.003 0.007 16 G 0.001 0.001 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.915 0.005 0.003 17 K 0.065 0.052 0.333 0.002 0.002 0.001 0.018 0.004 0.018 0.027 0.010 0.238 0.229 18 I 0.079 0.090 0.064 0.002 0.001 0.001 0.048 0.006 0.032 0.009 0.002 0.073 0.593 19 I 0.104 0.013 0.087 0.337 0.005 0.003 0.069 0.008 0.015 0.014 0.014 0.252 0.080 20 G 0.111 0.027 0.171 0.039 0.016 0.005 0.041 0.005 0.025 0.110 0.060 0.132 0.260 21 R 0.035 0.010 0.294 0.028 0.036 0.007 0.015 0.003 0.028 0.168 0.064 0.095 0.218 22 S 0.034 0.025 0.327 0.020 0.021 0.007 0.008 0.001 0.014 0.167 0.056 0.121 0.198 23 L 0.022 0.069 0.312 0.021 0.010 0.011 0.004 0.001 0.005 0.354 0.059 0.047 0.085 24 D 0.001 0.036 0.703 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.200 0.005 0.022 0.026 25 P 0.001 0.003 0.084 0.003 0.211 0.151 0.001 0.001 0.001 0.037 0.504 0.001 0.005 26 R 0.004 0.005 0.030 0.001 0.199 0.079 0.001 0.001 0.001 0.031 0.640 0.005 0.005 27 E 0.009 0.014 0.038 0.005 0.190 0.063 0.001 0.001 0.001 0.061 0.598 0.009 0.013 28 G 0.022 0.033 0.215 0.005 0.063 0.038 0.001 0.001 0.001 0.105 0.432 0.030 0.056 29 G 0.031 0.032 0.356 0.038 0.030 0.015 0.002 0.001 0.001 0.144 0.176 0.055 0.121 30 L 0.086 0.043 0.157 0.012 0.030 0.011 0.005 0.001 0.002 0.114 0.144 0.088 0.309 31 Y 0.202 0.015 0.092 0.090 0.012 0.007 0.011 0.001 0.003 0.071 0.128 0.177 0.192 32 G 0.215 0.007 0.122 0.012 0.006 0.004 0.017 0.001 0.011 0.079 0.091 0.295 0.139 33 S 0.427 0.005 0.048 0.006 0.001 0.001 0.027 0.001 0.006 0.013 0.008 0.057 0.399 34 A 0.393 0.002 0.034 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.008 0.002 0.457 0.075 35 E 0.323 0.003 0.034 0.008 0.001 0.001 0.031 0.001 0.006 0.005 0.002 0.034 0.553 36 V 0.147 0.003 0.059 0.011 0.001 0.001 0.024 0.001 0.007 0.008 0.003 0.656 0.080 37 S 0.095 0.021 0.180 0.016 0.001 0.002 0.036 0.003 0.019 0.028 0.010 0.039 0.551 38 V 0.010 0.017 0.651 0.015 0.003 0.002 0.003 0.001 0.008 0.085 0.015 0.140 0.051 39 P 0.003 0.004 0.294 0.013 0.028 0.005 0.001 0.001 0.002 0.109 0.492 0.012 0.037 40 E 0.001 0.003 0.045 0.009 0.024 0.002 0.001 0.001 0.003 0.186 0.714 0.007 0.006 41 G 0.017 0.008 0.198 0.023 0.023 0.001 0.004 0.001 0.009 0.226 0.398 0.056 0.039 42 V 0.056 0.014 0.549 0.003 0.002 0.001 0.021 0.003 0.039 0.033 0.003 0.067 0.210 43 K 0.134 0.032 0.178 0.035 0.003 0.001 0.057 0.016 0.077 0.022 0.002 0.178 0.267 44 W 0.241 0.008 0.058 0.057 0.006 0.003 0.184 0.022 0.062 0.008 0.002 0.099 0.251 45 E 0.162 0.006 0.071 0.026 0.009 0.008 0.118 0.035 0.136 0.017 0.008 0.325 0.078 46 I 0.053 0.009 0.121 0.014 0.007 0.006 0.074 0.027 0.157 0.020 0.008 0.032 0.471 47 Y 0.010 0.008 0.395 0.029 0.004 0.003 0.006 0.004 0.092 0.097 0.019 0.282 0.052 48 P 0.005 0.019 0.345 0.013 0.006 0.007 0.002 0.001 0.012 0.376 0.085 0.008 0.120 49 N 0.001 0.011 0.553 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.371 0.017 0.019 0.008 50 P 0.001 0.003 0.138 0.002 0.101 0.285 0.001 0.001 0.001 0.079 0.383 0.001 0.007 51 V 0.009 0.015 0.068 0.003 0.116 0.295 0.003 0.001 0.002 0.046 0.416 0.009 0.017 52 A 0.070 0.014 0.090 0.009 0.141 0.307 0.006 0.001 0.003 0.088 0.182 0.043 0.046 53 R 0.175 0.013 0.145 0.016 0.052 0.253 0.008 0.001 0.008 0.049 0.093 0.069 0.117 54 R 0.217 0.009 0.098 0.042 0.028 0.199 0.022 0.002 0.010 0.049 0.074 0.097 0.151 55 F 0.332 0.004 0.083 0.014 0.010 0.093 0.037 0.004 0.012 0.029 0.030 0.083 0.269 56 M 0.451 0.004 0.047 0.014 0.003 0.077 0.044 0.004 0.009 0.016 0.007 0.236 0.088 57 I 0.383 0.004 0.024 0.012 0.003 0.103 0.072 0.013 0.026 0.005 0.004 0.051 0.302 58 F 0.619 0.001 0.017 0.043 0.002 0.075 0.051 0.007 0.009 0.003 0.006 0.110 0.056 59 E 0.601 0.002 0.018 0.003 0.004 0.057 0.062 0.006 0.013 0.005 0.007 0.091 0.130 60 I 0.363 0.006 0.062 0.007 0.011 0.078 0.046 0.007 0.023 0.011 0.016 0.089 0.282 61 F 0.179 0.009 0.190 0.064 0.027 0.088 0.018 0.003 0.015 0.049 0.080 0.146 0.133 62 S 0.047 0.010 0.247 0.017 0.040 0.072 0.005 0.001 0.007 0.159 0.187 0.078 0.129 63 K 0.013 0.013 0.443 0.011 0.033 0.056 0.002 0.001 0.003 0.172 0.140 0.040 0.075 64 R 0.001 0.010 0.795 0.003 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.104 0.024 0.017 0.019