# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.011 0.026 0.022 0.067 0.091 0.119 0.178 0.168 0.152 0.100 0.066 2 I 0.020 0.019 0.020 0.048 0.056 0.075 0.143 0.153 0.168 0.155 0.143 3 I 0.013 0.017 0.019 0.051 0.067 0.083 0.174 0.165 0.178 0.134 0.100 4 G 0.100 0.132 0.066 0.155 0.120 0.097 0.114 0.078 0.066 0.044 0.028 5 L 0.017 0.020 0.009 0.036 0.042 0.048 0.093 0.124 0.181 0.203 0.227 6 P 0.122 0.156 0.073 0.165 0.149 0.106 0.094 0.053 0.043 0.024 0.017 7 R 0.133 0.070 0.031 0.130 0.140 0.129 0.166 0.084 0.057 0.036 0.023 8 Y 0.025 0.028 0.022 0.081 0.098 0.115 0.157 0.128 0.127 0.115 0.104 9 M 0.013 0.015 0.016 0.046 0.058 0.092 0.169 0.160 0.173 0.149 0.110 10 E 0.095 0.144 0.160 0.310 0.153 0.074 0.039 0.013 0.006 0.003 0.002 11 V 0.003 0.003 0.007 0.010 0.015 0.030 0.110 0.145 0.232 0.259 0.186 12 N 0.094 0.240 0.101 0.313 0.166 0.052 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 13 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.015 0.060 0.097 0.220 0.256 0.333 14 K 0.187 0.260 0.147 0.234 0.107 0.042 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 15 D 0.508 0.295 0.053 0.099 0.030 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.472 0.128 0.034 0.097 0.079 0.069 0.053 0.027 0.019 0.013 0.008 17 K 0.074 0.271 0.115 0.315 0.149 0.055 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.002 0.002 0.007 0.015 0.034 0.114 0.153 0.244 0.224 0.203 19 I 0.023 0.094 0.081 0.271 0.219 0.134 0.103 0.041 0.019 0.009 0.007 20 G 0.113 0.070 0.032 0.090 0.100 0.108 0.162 0.116 0.096 0.066 0.047 21 R 0.114 0.140 0.084 0.258 0.172 0.110 0.062 0.026 0.017 0.010 0.007 22 S 0.188 0.139 0.036 0.129 0.107 0.088 0.116 0.068 0.059 0.043 0.029 23 L 0.049 0.028 0.015 0.046 0.052 0.065 0.124 0.125 0.168 0.164 0.164 24 D 0.107 0.225 0.070 0.165 0.129 0.089 0.097 0.047 0.035 0.021 0.015 25 P 0.185 0.116 0.046 0.132 0.101 0.093 0.089 0.069 0.067 0.056 0.047 26 R 0.185 0.106 0.040 0.123 0.133 0.116 0.115 0.070 0.050 0.035 0.027 27 E 0.170 0.144 0.063 0.156 0.116 0.094 0.100 0.058 0.047 0.030 0.022 28 G 0.152 0.081 0.038 0.099 0.094 0.099 0.113 0.093 0.090 0.078 0.063 29 G 0.199 0.171 0.069 0.171 0.117 0.079 0.070 0.043 0.035 0.026 0.019 30 L 0.033 0.034 0.022 0.057 0.069 0.084 0.145 0.138 0.157 0.139 0.123 31 Y 0.026 0.042 0.029 0.101 0.115 0.113 0.161 0.124 0.121 0.091 0.077 32 G 0.050 0.042 0.029 0.089 0.109 0.130 0.173 0.126 0.110 0.082 0.061 33 S 0.181 0.202 0.101 0.219 0.130 0.070 0.048 0.021 0.014 0.008 0.005 34 A 0.026 0.015 0.011 0.030 0.039 0.061 0.133 0.144 0.194 0.191 0.156 35 E 0.157 0.234 0.113 0.229 0.125 0.064 0.045 0.016 0.009 0.005 0.003 36 V 0.020 0.022 0.014 0.045 0.063 0.082 0.177 0.154 0.169 0.145 0.107 37 S 0.275 0.279 0.091 0.181 0.088 0.040 0.023 0.009 0.006 0.004 0.003 38 V 0.030 0.030 0.011 0.055 0.075 0.092 0.165 0.147 0.154 0.129 0.114 39 P 0.231 0.169 0.061 0.157 0.121 0.085 0.075 0.041 0.030 0.018 0.013 40 E 0.515 0.183 0.053 0.127 0.062 0.031 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 41 G 0.312 0.183 0.068 0.195 0.103 0.063 0.043 0.016 0.009 0.005 0.002 42 V 0.010 0.009 0.005 0.020 0.029 0.046 0.110 0.152 0.219 0.213 0.188 43 K 0.041 0.232 0.138 0.330 0.156 0.065 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 44 W 0.010 0.013 0.010 0.031 0.044 0.068 0.154 0.195 0.217 0.161 0.097 45 E 0.105 0.126 0.055 0.205 0.188 0.130 0.105 0.043 0.023 0.011 0.009 46 I 0.014 0.023 0.011 0.055 0.071 0.081 0.162 0.161 0.186 0.141 0.095 47 Y 0.016 0.030 0.017 0.089 0.124 0.139 0.191 0.142 0.124 0.079 0.049 48 P 0.115 0.071 0.035 0.105 0.095 0.102 0.156 0.109 0.099 0.070 0.045 49 N 0.047 0.045 0.018 0.100 0.127 0.141 0.202 0.135 0.099 0.061 0.026 50 P 0.064 0.067 0.029 0.102 0.103 0.135 0.186 0.122 0.100 0.062 0.031 51 V 0.063 0.042 0.043 0.085 0.071 0.086 0.155 0.127 0.134 0.117 0.077 52 A 0.038 0.034 0.053 0.079 0.069 0.083 0.159 0.140 0.147 0.117 0.081 53 R 0.018 0.034 0.062 0.122 0.107 0.107 0.178 0.150 0.120 0.072 0.030 54 R 0.014 0.025 0.052 0.083 0.090 0.112 0.194 0.154 0.137 0.095 0.044 55 F 0.012 0.020 0.100 0.083 0.074 0.081 0.149 0.135 0.151 0.123 0.072 56 M 0.005 0.012 0.037 0.063 0.072 0.098 0.233 0.179 0.156 0.102 0.044 57 I 0.002 0.008 0.030 0.034 0.030 0.045 0.129 0.153 0.215 0.217 0.136 58 F 0.003 0.007 0.038 0.038 0.042 0.063 0.166 0.177 0.221 0.165 0.079 59 E 0.009 0.025 0.072 0.129 0.140 0.141 0.205 0.131 0.089 0.042 0.017 60 I 0.004 0.011 0.032 0.038 0.042 0.057 0.155 0.179 0.221 0.179 0.082 61 F 0.006 0.018 0.032 0.107 0.134 0.146 0.217 0.149 0.115 0.055 0.021 62 S 0.058 0.086 0.100 0.181 0.172 0.144 0.147 0.063 0.034 0.012 0.003 63 K 0.262 0.184 0.123 0.204 0.105 0.060 0.036 0.015 0.007 0.003 0.001 64 R 0.353 0.173 0.053 0.114 0.080 0.064 0.068 0.042 0.029 0.017 0.007