# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.967 2 I 0.438 0.061 0.017 0.017 0.010 0.025 0.432 3 I 0.628 0.047 0.023 0.012 0.044 0.043 0.203 4 G 0.513 0.016 0.020 0.005 0.134 0.065 0.246 5 L 0.413 0.010 0.031 0.016 0.122 0.027 0.380 6 P 0.396 0.008 0.059 0.018 0.093 0.078 0.348 7 R 0.491 0.010 0.064 0.009 0.123 0.082 0.223 8 Y 0.728 0.013 0.025 0.006 0.054 0.043 0.131 9 M 0.833 0.005 0.006 0.003 0.025 0.014 0.113 10 E 0.886 0.004 0.003 0.004 0.013 0.011 0.079 11 V 0.919 0.003 0.001 0.003 0.007 0.003 0.063 12 N 0.919 0.011 0.001 0.003 0.005 0.003 0.058 13 I 0.723 0.014 0.002 0.005 0.013 0.016 0.228 14 K 0.448 0.010 0.007 0.004 0.075 0.156 0.301 15 D 0.052 0.002 0.014 0.003 0.173 0.704 0.051 16 G 0.066 0.001 0.016 0.002 0.297 0.551 0.068 17 K 0.507 0.029 0.012 0.005 0.097 0.029 0.321 18 I 0.823 0.059 0.004 0.002 0.021 0.007 0.085 19 I 0.769 0.021 0.006 0.004 0.048 0.019 0.133 20 G 0.519 0.010 0.017 0.006 0.092 0.078 0.278 21 R 0.368 0.011 0.019 0.005 0.183 0.064 0.349 22 S 0.419 0.064 0.012 0.004 0.101 0.046 0.355 23 L 0.386 0.073 0.006 0.005 0.132 0.022 0.376 24 D 0.136 0.034 0.003 0.001 0.039 0.007 0.780 25 P 0.016 0.004 0.117 0.026 0.061 0.715 0.061 26 R 0.017 0.005 0.115 0.024 0.077 0.715 0.047 27 E 0.082 0.036 0.234 0.055 0.166 0.294 0.132 28 G 0.106 0.028 0.051 0.034 0.186 0.378 0.216 29 G 0.198 0.017 0.044 0.014 0.216 0.184 0.327 30 L 0.465 0.082 0.031 0.014 0.107 0.078 0.223 31 Y 0.524 0.029 0.020 0.014 0.128 0.093 0.191 32 G 0.553 0.007 0.010 0.005 0.157 0.081 0.187 33 S 0.658 0.007 0.008 0.011 0.080 0.031 0.205 34 A 0.834 0.007 0.005 0.010 0.027 0.010 0.107 35 E 0.911 0.004 0.002 0.007 0.009 0.007 0.059 36 V 0.919 0.008 0.001 0.004 0.010 0.005 0.052 37 S 0.863 0.008 0.001 0.004 0.023 0.011 0.089 38 V 0.481 0.013 0.005 0.006 0.099 0.028 0.367 39 P 0.265 0.007 0.016 0.004 0.084 0.079 0.546 40 E 0.062 0.004 0.029 0.003 0.240 0.603 0.059 41 G 0.149 0.002 0.020 0.001 0.129 0.617 0.082 42 V 0.497 0.008 0.004 0.001 0.027 0.005 0.459 43 K 0.869 0.012 0.002 0.001 0.007 0.002 0.106 44 W 0.946 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.041 45 E 0.936 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.052 46 I 0.868 0.012 0.001 0.002 0.018 0.002 0.099 47 Y 0.416 0.010 0.001 0.002 0.082 0.015 0.474 48 P 0.125 0.014 0.003 0.016 0.290 0.089 0.463 49 N 0.034 0.007 0.005 0.052 0.319 0.052 0.532 50 P 0.007 0.002 0.027 0.659 0.071 0.176 0.057 51 V 0.016 0.003 0.027 0.807 0.021 0.097 0.029 52 A 0.046 0.005 0.033 0.832 0.015 0.027 0.041 53 R 0.089 0.003 0.015 0.813 0.015 0.025 0.040 54 R 0.248 0.004 0.016 0.623 0.024 0.051 0.033 55 F 0.367 0.004 0.012 0.524 0.015 0.040 0.038 56 M 0.461 0.002 0.005 0.459 0.017 0.024 0.032 57 I 0.622 0.002 0.003 0.328 0.008 0.014 0.022 58 F 0.631 0.002 0.002 0.325 0.005 0.016 0.020 59 E 0.583 0.002 0.004 0.359 0.006 0.026 0.021 60 I 0.582 0.004 0.004 0.297 0.015 0.039 0.060 61 F 0.474 0.009 0.016 0.161 0.091 0.087 0.163 62 S 0.259 0.011 0.017 0.075 0.197 0.139 0.301 63 K 0.075 0.012 0.028 0.055 0.050 0.140 0.640 64 R 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.984