# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.041 0.534 0.317 0.018 0.038 0.023 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 2 I 0.049 0.552 0.278 0.010 0.012 0.066 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 3 I 0.053 0.535 0.219 0.062 0.021 0.041 0.008 0.001 0.059 0.001 0.001 4 G 0.038 0.036 0.100 0.024 0.193 0.009 0.084 0.254 0.005 0.257 0.001 5 L 0.020 0.355 0.379 0.003 0.052 0.031 0.009 0.001 0.147 0.002 0.001 6 P 0.141 0.008 0.730 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 7 R 0.297 0.199 0.307 0.079 0.051 0.034 0.013 0.006 0.010 0.003 0.002 8 Y 0.099 0.416 0.181 0.146 0.069 0.030 0.016 0.004 0.035 0.001 0.002 9 M 0.010 0.480 0.240 0.023 0.138 0.023 0.017 0.001 0.066 0.002 0.001 10 E 0.018 0.223 0.624 0.010 0.019 0.083 0.005 0.001 0.012 0.001 0.005 11 V 0.009 0.809 0.090 0.009 0.043 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 12 N 0.008 0.409 0.377 0.006 0.014 0.141 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 13 I 0.072 0.448 0.367 0.032 0.027 0.034 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 14 K 0.123 0.526 0.156 0.015 0.044 0.023 0.007 0.002 0.096 0.008 0.001 15 D 0.084 0.023 0.426 0.153 0.007 0.041 0.224 0.004 0.020 0.008 0.011 16 G 0.004 0.001 0.008 0.005 0.014 0.001 0.055 0.877 0.001 0.035 0.001 17 K 0.043 0.448 0.394 0.035 0.027 0.030 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 18 I 0.012 0.334 0.559 0.002 0.007 0.061 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 19 I 0.158 0.359 0.139 0.262 0.020 0.034 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 20 G 0.016 0.059 0.100 0.013 0.623 0.004 0.033 0.078 0.004 0.070 0.001 21 R 0.109 0.452 0.225 0.067 0.097 0.020 0.005 0.003 0.018 0.003 0.001 22 S 0.101 0.340 0.358 0.047 0.084 0.027 0.008 0.005 0.021 0.006 0.001 23 L 0.148 0.354 0.286 0.095 0.048 0.043 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 24 D 0.021 0.189 0.356 0.005 0.047 0.067 0.010 0.001 0.298 0.005 0.001 25 P 0.839 0.003 0.096 0.026 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 26 R 0.730 0.041 0.073 0.106 0.013 0.011 0.012 0.005 0.007 0.002 0.001 27 E 0.258 0.073 0.167 0.435 0.013 0.016 0.013 0.002 0.018 0.001 0.003 28 G 0.045 0.007 0.069 0.033 0.059 0.001 0.111 0.431 0.002 0.241 0.001 29 G 0.117 0.023 0.211 0.049 0.126 0.013 0.065 0.134 0.004 0.253 0.004 30 L 0.258 0.224 0.230 0.179 0.039 0.041 0.007 0.003 0.013 0.003 0.004 31 Y 0.100 0.265 0.157 0.265 0.111 0.021 0.038 0.006 0.030 0.006 0.001 32 G 0.029 0.028 0.070 0.021 0.292 0.002 0.020 0.197 0.002 0.341 0.001 33 S 0.074 0.357 0.325 0.067 0.127 0.024 0.004 0.002 0.014 0.002 0.003 34 A 0.034 0.543 0.213 0.032 0.138 0.015 0.005 0.002 0.016 0.003 0.001 35 E 0.022 0.566 0.298 0.019 0.040 0.036 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 36 V 0.017 0.714 0.143 0.016 0.058 0.022 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 37 S 0.036 0.481 0.287 0.026 0.038 0.082 0.010 0.001 0.037 0.001 0.001 38 V 0.014 0.566 0.253 0.002 0.048 0.015 0.004 0.001 0.099 0.001 0.001 39 P 0.120 0.018 0.789 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 40 E 0.112 0.056 0.755 0.042 0.014 0.006 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 41 G 0.009 0.001 0.007 0.025 0.010 0.001 0.076 0.847 0.001 0.023 0.001 42 V 0.003 0.224 0.716 0.004 0.007 0.035 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 43 K 0.014 0.614 0.283 0.016 0.019 0.034 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 44 W 0.013 0.744 0.125 0.005 0.086 0.009 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 45 E 0.024 0.618 0.248 0.004 0.041 0.036 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 46 I 0.045 0.392 0.398 0.041 0.012 0.077 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 47 Y 0.006 0.389 0.214 0.001 0.047 0.024 0.009 0.001 0.310 0.001 0.001 48 P 0.213 0.004 0.535 0.027 0.001 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 49 N 0.030 0.198 0.358 0.010 0.124 0.065 0.022 0.002 0.185 0.005 0.001 50 P 0.679 0.016 0.177 0.033 0.002 0.046 0.005 0.002 0.003 0.001 0.036 51 V 0.615 0.075 0.109 0.135 0.012 0.027 0.009 0.003 0.013 0.001 0.001 52 A 0.448 0.169 0.134 0.149 0.048 0.026 0.007 0.004 0.013 0.002 0.001 53 R 0.448 0.270 0.118 0.057 0.045 0.026 0.015 0.003 0.015 0.002 0.001 54 R 0.278 0.379 0.164 0.076 0.044 0.032 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 55 F 0.115 0.507 0.170 0.069 0.084 0.017 0.013 0.002 0.021 0.001 0.001 56 M 0.056 0.646 0.192 0.007 0.053 0.024 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 57 I 0.054 0.738 0.146 0.009 0.013 0.028 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 58 F 0.087 0.684 0.114 0.018 0.059 0.015 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 59 E 0.027 0.644 0.216 0.003 0.048 0.034 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 60 I 0.137 0.433 0.307 0.020 0.006 0.068 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 61 F 0.280 0.300 0.136 0.165 0.058 0.033 0.005 0.001 0.019 0.002 0.001 62 S 0.155 0.333 0.144 0.098 0.186 0.024 0.027 0.007 0.020 0.007 0.001 63 K 0.170 0.348 0.190 0.166 0.050 0.023 0.014 0.004 0.033 0.002 0.001 64 R 0.178 0.222 0.283 0.076 0.082 0.027 0.053 0.022 0.028 0.028 0.001