# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.130 0.100 0.111 0.163 0.198 0.223 0.074 2 I 0.112 0.084 0.086 0.119 0.172 0.268 0.159 3 I 0.116 0.090 0.088 0.122 0.164 0.245 0.175 4 G 0.139 0.127 0.125 0.151 0.160 0.176 0.122 5 L 0.064 0.062 0.086 0.148 0.226 0.269 0.146 6 P 0.106 0.154 0.183 0.195 0.177 0.128 0.057 7 R 0.094 0.175 0.188 0.197 0.170 0.137 0.039 8 Y 0.044 0.091 0.143 0.201 0.239 0.207 0.075 9 M 0.025 0.046 0.076 0.152 0.259 0.349 0.094 10 E 0.047 0.193 0.282 0.253 0.136 0.071 0.020 11 V 0.026 0.049 0.085 0.214 0.331 0.257 0.038 12 N 0.083 0.339 0.326 0.183 0.054 0.013 0.001 13 I 0.067 0.097 0.173 0.319 0.275 0.066 0.002 14 K 0.477 0.328 0.147 0.041 0.007 0.001 0.001 15 D 0.736 0.209 0.044 0.010 0.001 0.001 0.001 16 G 0.518 0.271 0.145 0.055 0.010 0.001 0.001 17 K 0.349 0.383 0.186 0.066 0.014 0.002 0.001 18 I 0.087 0.105 0.165 0.282 0.270 0.085 0.006 19 I 0.103 0.221 0.265 0.240 0.128 0.040 0.004 20 G 0.121 0.180 0.209 0.236 0.175 0.070 0.009 21 R 0.205 0.262 0.234 0.177 0.084 0.033 0.005 22 S 0.141 0.219 0.229 0.202 0.132 0.063 0.013 23 L 0.069 0.083 0.124 0.225 0.266 0.188 0.043 24 D 0.137 0.195 0.193 0.200 0.150 0.100 0.026 25 P 0.168 0.185 0.170 0.174 0.140 0.112 0.051 26 R 0.155 0.209 0.204 0.187 0.126 0.087 0.033 27 E 0.192 0.206 0.175 0.157 0.127 0.100 0.042 28 G 0.228 0.188 0.158 0.147 0.120 0.103 0.055 29 G 0.195 0.238 0.191 0.157 0.110 0.079 0.029 30 L 0.084 0.090 0.122 0.197 0.228 0.205 0.074 31 Y 0.144 0.185 0.195 0.203 0.149 0.095 0.030 32 G 0.135 0.169 0.190 0.198 0.171 0.108 0.028 33 S 0.179 0.275 0.248 0.174 0.085 0.032 0.007 34 A 0.066 0.088 0.149 0.252 0.289 0.140 0.017 35 E 0.136 0.321 0.275 0.167 0.073 0.025 0.004 36 V 0.102 0.136 0.185 0.256 0.227 0.085 0.008 37 S 0.170 0.329 0.256 0.160 0.061 0.021 0.003 38 V 0.062 0.119 0.192 0.300 0.236 0.085 0.006 39 P 0.150 0.252 0.279 0.206 0.090 0.021 0.002 40 E 0.597 0.297 0.079 0.020 0.005 0.001 0.001 41 G 0.237 0.284 0.242 0.152 0.063 0.019 0.002 42 V 0.054 0.073 0.130 0.264 0.304 0.161 0.013 43 K 0.124 0.303 0.292 0.185 0.071 0.022 0.003 44 W 0.056 0.080 0.126 0.230 0.263 0.210 0.035 45 E 0.043 0.100 0.136 0.195 0.255 0.220 0.050 46 I 0.044 0.049 0.083 0.158 0.238 0.301 0.125 47 Y 0.069 0.116 0.171 0.229 0.203 0.157 0.055 48 P 0.094 0.141 0.171 0.193 0.189 0.156 0.056 49 N 0.119 0.143 0.161 0.197 0.178 0.141 0.061 50 P 0.094 0.112 0.137 0.162 0.187 0.198 0.111 51 V 0.087 0.079 0.095 0.149 0.195 0.243 0.153 52 A 0.054 0.067 0.094 0.157 0.196 0.270 0.161 53 R 0.064 0.079 0.097 0.155 0.194 0.263 0.148 54 R 0.071 0.077 0.103 0.160 0.203 0.252 0.133 55 F 0.071 0.076 0.087 0.136 0.176 0.291 0.163 56 M 0.078 0.084 0.121 0.189 0.190 0.226 0.111 57 I 0.067 0.077 0.092 0.139 0.194 0.319 0.113 58 F 0.089 0.084 0.103 0.181 0.245 0.239 0.059 59 E 0.091 0.164 0.196 0.239 0.186 0.113 0.011 60 I 0.135 0.121 0.146 0.215 0.234 0.135 0.013 61 F 0.141 0.202 0.253 0.247 0.127 0.029 0.001 62 S 0.547 0.292 0.112 0.038 0.009 0.001 0.001 63 K 0.712 0.198 0.065 0.020 0.004 0.001 0.001 64 R 0.757 0.158 0.056 0.022 0.006 0.001 0.001