PFRMAT RR TARGET T0344 AUTHOR 5370-1100-4902 REMARK From group SAM-TO6 under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Residue-residue contact predictions REMARK by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network. METHOD NN: logseploglen.5xt04_ent.5xnearNS_str2.miRpz_entR_pplR.n45.net METHOD Inputs may include separation and sequence length, METHOD e-value statistic based on mutual information values, METHOD a statistic based on propensity of residues in contact. METHOD Other inputs are distributions from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t04 and/or SAM-t06 of METHOD the University of California, Santa Cruz MODEL 1 LIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNP VARRFMIFEIFSKR 168 177 0 8 0.343893856158 168 178 0 8 0.364707957143 168 182 0 8 0.198537277929 168 183 0 8 0.272931049505 168 184 0 8 0.262753278841 168 185 0 8 0.265140998678 168 186 0 8 0.265418156348 168 187 0 8 0.236783084636 168 188 0 8 0.234359581532 168 195 0 8 0.230843062263 168 196 0 8 0.226975216369 168 197 0 8 0.236504951059 168 198 0 8 0.215284822938 168 199 0 8 0.245996625364 168 200 0 8 0.222386174987 168 201 0 8 0.247138762196 168 202 0 8 0.202186845893 168 203 0 8 0.232942238844 168 207 0 8 0.23768449767 168 209 0 8 0.235338741847 168 210 0 8 0.228546752409 168 211 0 8 0.245292996208 168 212 0 8 0.224281386945 168 213 0 8 0.204667927527 168 214 0 8 0.200944515912 168 216 0 8 0.210173345854 168 217 0 8 0.19959223371 168 218 0 8 0.211352567163 168 219 0 8 0.222433994445 168 220 0 8 0.217728820096 168 221 0 8 0.241314547488 168 222 0 8 0.253698811002 168 223 0 8 0.234636739203 168 224 0 8 0.211521724427 168 225 0 8 0.236400854281 168 226 0 8 0.21661303276 169 178 0 8 0.233739229798 169 183 0 8 0.216539189109 169 184 0 8 0.247825475626 169 185 0 8 0.285673142477 169 186 0 8 0.262305337395 169 187 0 8 0.229560720083 169 188 0 8 0.217071058582 169 195 0 8 0.200117597135 169 196 0 8 0.199005388126 169 197 0 8 0.253141242636 169 198 0 8 0.220554397003 169 202 0 8 0.207715685995 169 209 0 8 0.208515929973 169 210 0 8 0.240090434443 169 211 0 8 0.214019071183 169 212 0 8 0.213862275411 169 221 0 8 0.212431920626 169 223 0 8 0.204651337103 170 183 0 8 0.261215248951 170 184 0 8 0.250568425717 170 188 0 8 0.23615980518 170 195 0 8 0.222517922472 170 196 0 8 0.210166514503 170 199 0 8 0.230125770404 170 201 0 8 0.229367815742 170 203 0 8 0.209434909338 170 207 0 8 0.216107838086 170 209 0 8 0.225423198475 170 211 0 8 0.235036861192 170 212 0 8 0.210256623276 170 221 0 8 0.221051784419 170 222 0 8 0.221664654197 170 223 0 8 0.207437877719 170 225 0 8 0.210933252331 171 183 0 8 0.213016489093 171 184 0 8 0.230867785247 171 185 0 8 0.25182181598 171 197 0 8 0.219320199584 171 203 0 8 0.199824174343 171 211 0 8 0.210012971756 171 212 0 8 0.206822405522 172 188 0 8 0.20934414996 172 197 0 8 0.205761919599 172 201 0 8 0.206310704799 172 202 0 8 0.198047697772 172 203 0 8 0.218689763474 173 183 0 8 0.240236169932 173 184 0 8 0.264754214089 173 185 0 8 0.321442238365 173 186 0 8 0.310853409467 173 188 0 8 0.231644282148 173 195 0 8 0.219364440714 173 196 0 8 0.201152058863 173 197 0 8 0.248183308299 173 199 0 8 0.229401647195 173 201 0 8 0.237990281954 173 203 0 8 0.226532805064 173 209 0 8 0.213360333762 173 211 0 8 0.234359581532 173 212 0 8 0.224910196543 173 213 0 8 0.21112453016 173 221 0 8 0.216529430036 173 223 0 8 0.202120158895 173 225 0 8 0.213100091818 173 226 0 8 0.211427712025 174 183 0 8 0.30048815212 174 184 0 8 0.270550102011 174 185 0 8 0.310697040237 174 186 0 8 0.309259646154 174 187 0 8 0.252001708224 174 188 0 8 0.245921805805 174 195 0 8 0.229643672203 174 196 0 8 0.214307939741 174 197 0 8 0.234166677191 174 198 0 8 0.221203700654 174 199 0 8 0.26242114506 174 200 0 8 0.221096350852 174 201 0 8 0.262661868858 174 202 0 8 0.220752180881 174 203 0 8 0.251342320198 174 207 0 8 0.219887527022 174 209 0 8 0.230261096215 174 210 0 8 0.236918085145 174 211 0 8 0.242964806716 174 212 0 8 0.227613785039 174 213 0 8 0.202347219991 174 219 0 8 0.197098465281 174 220 0 8 0.212139799044 174 221 0 8 0.231941283267 174 222 0 8 0.222308427707 174 223 0 8 0.232231778337 174 224 0 8 0.20817826605 174 225 0 8 0.24247945549 174 226 0 8 0.237730365313 174 227 0 8 0.202854366479 175 184 0 8 0.265100010572 175 185 0 8 0.298762628429 175 186 0 8 0.271167599436 175 187 0 8 0.239984711153 175 188 0 8 0.216317007549 175 197 0 8 0.243987882858 175 210 0 8 0.232720707889 175 211 0 8 0.20436442036 175 212 0 8 0.197271851476 175 224 0 8 0.203067114269 176 185 0 8 0.295369956085 176 186 0 8 0.290744189937 176 187 0 8 0.244251377827 176 188 0 8 0.254874453984 176 195 0 8 0.241677259697 176 196 0 8 0.223936566369 176 197 0 8 0.238513693564 176 198 0 8 0.203162753183 176 199 0 8 0.260564318789 176 200 0 8 0.222717983466 176 201 0 8 0.260072136212 176 202 0 8 0.199366473824 176 203 0 8 0.24257054017 176 207 0 8 0.241943031783 176 209 0 8 0.242538009927 176 210 0 8 0.20834156787 176 211 0 8 0.250242147379 176 212 0 8 0.216866443353 176 219 0 8 0.20810865133 176 220 0 8 0.216620514716 176 221 0 8 0.238531910501 176 222 0 8 0.244032449291 176 223 0 8 0.238643814536 176 225 0 8 0.242924794517 176 226 0 8 0.223146081464 177 186 0 8 0.255158443005 177 187 0 8 0.224925160454 177 188 0 8 0.198387638812 177 197 0 8 0.223598251842 178 187 0 8 0.231850198586 178 188 0 8 0.240882220558 178 195 0 8 0.235211548597 178 196 0 8 0.215688523254 178 197 0 8 0.233071383909 178 199 0 8 0.251922334431 178 201 0 8 0.254042005065 178 203 0 8 0.230974159142 178 207 0 8 0.240308712374 178 209 0 8 0.232413297093 178 211 0 8 0.260099136314 178 212 0 8 0.205860486236 178 218 0 8 0.200524225172 178 219 0 8 0.202633160827 178 220 0 8 0.210348683864 178 221 0 8 0.227064999839 178 222 0 8 0.240263170034 178 223 0 8 0.224210796318 178 225 0 8 0.229794287228 178 226 0 8 0.203331585144 181 199 0 8 0.205952872126 181 200 0 8 0.224503243202 181 201 0 8 0.234844607455 181 202 0 8 0.228540896965 181 203 0 8 0.244388980755 181 204 0 8 0.227131361535 181 225 0 8 0.216048633044 181 226 0 8 0.236641578079 181 227 0 8 0.220216407779 182 194 0 8 0.210871770172 182 197 0 8 0.255465853802 182 198 0 8 0.261490454807 182 199 0 8 0.214883725042 182 200 0 8 0.261646925276 182 201 0 8 0.223086225817 182 202 0 8 0.263353787127 182 203 0 8 0.221592437058 182 204 0 8 0.204733313316 182 208 0 8 0.23249592391 182 209 0 8 0.216393128318 182 210 0 8 0.26071037958 182 211 0 8 0.225281691918 182 212 0 8 0.225724753827 182 223 0 8 0.223687384708 182 224 0 8 0.244885717565 182 225 0 8 0.216567165118 182 226 0 8 0.232911335113 182 227 0 8 0.231980319558 183 193 0 8 0.218973427193 183 194 0 8 0.231238630018 183 195 0 8 0.251631514058 183 196 0 8 0.245750046122 183 197 0 8 0.262978388123 183 198 0 8 0.244351245673 183 199 0 8 0.329486793443 183 200 0 8 0.238345837511 183 201 0 8 0.368429045685 183 202 0 8 0.241503222897 183 203 0 8 0.287435375167 183 204 0 8 0.23078776085 183 207 0 8 0.260031473408 183 208 0 8 0.233213541071 183 209 0 8 0.251219681182 183 210 0 8 0.24588895026 183 211 0 8 0.259666809384 183 212 0 8 0.23905922574 183 213 0 8 0.223245624008 183 214 0 8 0.225499319243 183 215 0 8 0.218451316793 183 216 0 8 0.231351835263 183 217 0 8 0.224064410224 183 218 0 8 0.231316051996 183 219 0 8 0.238169523593 183 220 0 8 0.233433445514 183 221 0 8 0.25397564337 183 222 0 8 0.259170397876 183 223 0 8 0.250482220573 183 224 0 8 0.23234465828 183 225 0 8 0.257069920085 183 226 0 8 0.248239910922 183 227 0 8 0.23353201215 184 193 0 8 0.233665386146 184 194 0 8 0.248986154697 184 195 0 8 0.257056907987 184 196 0 8 0.249383348964 184 197 0 8 0.353371553889 184 198 0 8 0.337323043478 184 199 0 8 0.262360638808 184 200 0 8 0.307587476591 184 201 0 8 0.262669676116 184 202 0 8 0.264808864897 184 203 0 8 0.257067642968 184 204 0 8 0.227736424055 184 206 0 8 0.213695395265 184 207 0 8 0.257157101136 184 208 0 8 0.251266850034 184 209 0 8 0.25733439096 184 210 0 8 0.286712498003 184 211 0 8 0.399833672085 184 212 0 8 0.255178286454 184 213 0 8 0.239908265082 184 214 0 8 0.237556653815 184 215 0 8 0.201568120671 184 216 0 8 0.225948236597 184 217 0 8 0.206396584641 184 218 0 8 0.231658920757 184 219 0 8 0.23697631428 184 220 0 8 0.226348683888 184 221 0 8 0.254161391057 184 222 0 8 0.262392193144 184 223 0 8 0.243786520654 184 224 0 8 0.235806526741 184 225 0 8 0.24188512795 184 226 0 8 0.234972126008 184 227 0 8 0.208304483393 185 194 0 8 0.249136119117 185 195 0 8 0.236106130279 185 196 0 8 0.232111091135 185 197 0 8 0.257065365851 185 198 0 8 0.24318633767 185 199 0 8 0.244825861918 185 200 0 8 0.203409007123 185 201 0 8 0.232317332876 185 202 0 8 0.212316112961 185 203 0 8 0.229830395798 185 204 0 8 0.204935326125 185 207 0 8 0.226969035623 185 208 0 8 0.221563159839 185 209 0 8 0.238695862925 185 210 0 8 0.207257334871 185 211 0 8 0.230899990188 185 212 0 8 0.22002252753 185 213 0 8 0.22429147132 185 214 0 8 0.231004412268 185 218 0 8 0.205868944099 185 219 0 8 0.221682545831 185 221 0 8 0.222084944937 185 222 0 8 0.201169299891 186 195 0 8 0.242865589474 186 196 0 8 0.23635791436 186 197 0 8 0.254235560011 186 198 0 8 0.237583979219 186 199 0 8 0.240225760254 186 200 0 8 0.233009576447 186 201 0 8 0.239504564767 186 202 0 8 0.228636861182 186 203 0 8 0.243461868829 186 204 0 8 0.221060567585 186 207 0 8 0.223317190542 186 208 0 8 0.223508468371 186 209 0 8 0.231993006353 186 210 0 8 0.237814943945 186 211 0 8 0.242533780996 186 212 0 8 0.243296289892 186 213 0 8 0.243087120429 186 214 0 8 0.248922070118 186 215 0 8 0.198305987902 186 218 0 8 0.201290312395 186 219 0 8 0.203133475964 186 221 0 8 0.209525994018 186 226 0 8 0.197666768626 187 196 0 8 0.215768547652 187 197 0 8 0.251380705885 187 198 0 8 0.203614598258 187 199 0 8 0.215817343016 187 201 0 8 0.204611650207 187 203 0 8 0.209683765697 187 210 0 8 0.198444892039 187 211 0 8 0.221198170513 187 212 0 8 0.210563383468 187 213 0 8 0.206883237076 187 214 0 8 0.217223950724 188 197 0 8 0.252434360456 188 198 0 8 0.224499990178 188 199 0 8 0.241754356373 188 200 0 8 0.210238081038 188 201 0 8 0.243394205923 188 202 0 8 0.218448389071 188 203 0 8 0.237081712267 188 204 0 8 0.220565457286 188 206 0 8 0.220669554064 188 207 0 8 0.258863637684 188 208 0 8 0.247739595785 188 209 0 8 0.254533211735 188 210 0 8 0.238864044282 188 211 0 8 0.264562610957 188 212 0 8 0.24925973404 188 213 0 8 0.247740896994 188 214 0 8 0.254618766274 188 215 0 8 0.241718573106 188 216 0 8 0.24931991499 188 217 0 8 0.242403985326 188 218 0 8 0.252136708732 188 219 0 8 0.24831863411 188 220 0 8 0.23912753925 188 221 0 8 0.256525363817 188 222 0 8 0.251871912554 188 223 0 8 0.240614171356 188 224 0 8 0.232517719173 188 225 0 8 0.242157406084 188 226 0 8 0.238956104869 188 227 0 8 0.233151083004 189 198 0 8 0.197411406219 189 199 0 8 0.207613541032 189 209 0 8 0.20423722711 189 211 0 8 0.217050239226 189 212 0 8 0.222592091426 189 213 0 8 0.227476182111 189 214 0 8 0.238851357487 189 215 0 8 0.199311497713 189 218 0 8 0.23053077193 189 219 0 8 0.224552038567 189 221 0 8 0.209096269508 189 224 0 8 0.202169930166 189 227 0 8 0.198763688421 190 199 0 8 0.263531727556 190 200 0 8 0.237735895454 190 201 0 8 0.260185341458 190 202 0 8 0.24008197658 190 203 0 8 0.270008114943 190 204 0 8 0.263793596012 190 205 0 8 0.240437532136 190 206 0 8 0.253935956473 190 207 0 8 0.298756531172 190 208 0 8 0.296260446675 190 209 0 8 0.265291288401 190 210 0 8 0.292505163373 190 211 0 8 0.354035066789 190 212 0 8 0.366847598985 190 213 0 8 0.405623640506 190 214 0 8 0.470545257674 190 215 0 8 0.470996105816 190 216 0 8 0.215967958041 190 217 0 8 0.202122761314 190 218 0 8 0.235723899924 190 219 0 8 0.222721887095 190 221 0 8 0.225974586094 190 222 0 8 0.199455931992 190 226 0 8 0.205608702155 190 227 0 8 0.20002325943 191 200 0 8 0.206551428597 191 201 0 8 0.235282464526 191 202 0 8 0.228911416433 191 203 0 8 0.249360252491 191 204 0 8 0.240209495133 191 205 0 8 0.206810369332 191 206 0 8 0.210349985074 191 207 0 8 0.219915503031 191 208 0 8 0.224465508121 191 209 0 8 0.216843021578 191 211 0 8 0.221369604893 191 212 0 8 0.236090841065 191 213 0 8 0.240530243329 191 214 0 8 0.239959988169 191 215 0 8 0.224235844605 191 216 0 8 0.208350351036 191 218 0 8 0.219850767847 191 219 0 8 0.218492955504 191 221 0 8 0.209902043627 192 201 0 8 0.209302185946 192 203 0 8 0.217263312318 192 211 0 8 0.21461177221 192 212 0 8 0.222990912205 192 213 0 8 0.233712229696 192 214 0 8 0.234442858954 192 215 0 8 0.209631717308 192 218 0 8 0.211220169074 192 219 0 8 0.202276954666 193 202 0 8 0.257823971118 193 203 0 8 0.26507301047 193 204 0 8 0.255164623752 193 207 0 8 0.199763017486 193 209 0 8 0.208565701245 193 210 0 8 0.220715747009 193 211 0 8 0.236864410244 193 212 0 8 0.242018176644 193 213 0 8 0.246903893842 193 214 0 8 0.244959561217 193 215 0 8 0.226790119286 193 216 0 8 0.215630619421 193 217 0 8 0.209206872334 193 218 0 8 0.231065243822 193 219 0 8 0.226861035216 193 220 0 8 0.199140388635 193 221 0 8 0.231100701787 193 223 0 8 0.197257538169 193 225 0 8 0.222295740912 193 226 0 8 0.249947098075 193 227 0 8 0.219519609973 194 203 0 8 0.264776985259 194 204 0 8 0.215808885153 194 209 0 8 0.211426410815 194 210 0 8 0.244333679341 194 211 0 8 0.234764583058 194 212 0 8 0.248169645597 194 213 0 8 0.236935651476 194 214 0 8 0.232494297398 194 215 0 8 0.202435702252 194 221 0 8 0.204572288613 195 207 0 8 0.22790167769 195 209 0 8 0.236229745203 195 211 0 8 0.246044119519 195 212 0 8 0.237712473679 195 216 0 8 0.218237918399 195 217 0 8 0.206012727773 195 220 0 8 0.214146264433 195 221 0 8 0.230467012653 195 222 0 8 0.221582352683 195 223 0 8 0.228155088283 195 225 0 8 0.227942340493 195 226 0 8 0.231749680135 196 207 0 8 0.219846864218 196 209 0 8 0.251652008111 196 211 0 8 0.257680838048 196 212 0 8 0.251433730181 196 213 0 8 0.234410654014 196 215 0 8 0.209549415793 196 216 0 8 0.203297753691 196 218 0 8 0.21626626037 196 219 0 8 0.218920402897 196 220 0 8 0.219546935377 196 221 0 8 0.24050226732 196 222 0 8 0.225025678905 196 223 0 8 0.246887303418 196 224 0 8 0.247557101121 196 225 0 8 0.233168324033 196 226 0 8 0.236783084636 196 227 0 8 0.222201403207 197 207 0 8 0.218351774249 197 208 0 8 0.224072542785 197 209 0 8 0.242819721832 197 210 0 8 0.264254224253 197 211 0 8 0.250369015327 197 212 0 8 0.239726421024 197 213 0 8 0.230443265576 197 214 0 8 0.230715869013 197 215 0 8 0.197327478192 197 218 0 8 0.208030904049 197 220 0 8 0.204516987199 197 221 0 8 0.231886632458 197 222 0 8 0.215193412955 197 223 0 8 0.227099156595 197 225 0 8 0.230375602671 197 226 0 8 0.241879272506 197 227 0 8 0.218422039574 198 221 0 8 0.222644139814 198 223 0 8 0.219606465722 199 209 0 8 0.280713274011 199 211 0 8 0.263134533289 199 212 0 8 0.236776578588 199 216 0 8 0.197317068514 199 217 0 8 0.202975378983 199 220 0 8 0.232259429043 199 221 0 8 0.249654000586 199 222 0 8 0.245974179496 199 223 0 8 0.252229094622 199 225 0 8 0.243541242622 199 226 0 8 0.235564827036 201 211 0 8 0.309563363314 201 212 0 8 0.236251215163 201 213 0 8 0.223482118874 201 215 0 8 0.197261767101 201 216 0 8 0.209161329994 201 217 0 8 0.205731991776 201 220 0 8 0.226521419479 201 221 0 8 0.249727844237 201 222 0 8 0.252673783044 201 223 0 8 0.245163525841 201 225 0 8 0.241279414825 201 226 0 8 0.214766616167 203 212 0 8 0.233378794705 203 213 0 8 0.222854935789 203 214 0 8 0.236516336644 203 215 0 8 0.211872725749 203 216 0 8 0.221238182712 203 217 0 8 0.21228651044 203 218 0 8 0.22978647997 203 219 0 8 0.232907106182 203 220 0 8 0.223438203046 203 221 0 8 0.243067602283 203 222 0 8 0.241984345191 203 223 0 8 0.235335488822 203 224 0 8 0.208653858203 203 225 0 8 0.234509871255 203 226 0 8 0.219378103416 203 227 0 8 0.202759703472 204 213 0 8 0.210948866847 204 214 0 8 0.229303731163 205 214 0 8 0.219948683879 205 226 0 8 0.228433872465 206 225 0 8 0.211042228645 206 226 0 8 0.247605896486 206 227 0 8 0.223410227037 207 216 0 8 0.234974403125 207 217 0 8 0.232486815442 207 218 0 8 0.239152262235 207 219 0 8 0.239852313064 207 220 0 8 0.253411894258 207 221 0 8 0.26303694256 207 222 0 8 0.301234061146 207 223 0 8 0.295656393977 207 224 0 8 0.250611040335 207 225 0 8 0.408629559494 207 226 0 8 0.329783469945 207 227 0 8 0.252606120139 208 217 0 8 0.213059103712 208 218 0 8 0.24687559253 208 219 0 8 0.254157162126 208 220 0 8 0.253595364829 208 221 0 8 0.281258909605 208 222 0 8 0.259278398283 208 223 0 8 0.273668158416 208 224 0 8 0.267463217134 208 225 0 8 0.250763607175 208 226 0 8 0.252839361981 208 227 0 8 0.246542482842 209 218 0 8 0.245831697032 209 219 0 8 0.253671160295 209 220 0 8 0.260739982101 209 221 0 8 0.362954371429 209 222 0 8 0.301222657325 209 223 0 8 0.392433335223 209 224 0 8 0.287138817089 209 225 0 8 0.265262987089 209 226 0 8 0.259586134382 209 227 0 8 0.245869432114 210 219 0 8 0.287597522029 210 220 0 8 0.260218522306 210 221 0 8 0.368948084602 210 222 0 8 0.321591307605 210 223 0 8 0.30523669351 210 224 0 8 0.288337850467 210 225 0 8 0.24527185155 210 226 0 8 0.247407136701 210 227 0 8 0.24106048629 211 220 0 8 0.303202321644 211 221 0 8 0.440728885411 211 222 0 8 0.483618750808 211 223 0 8 0.44034354695 211 224 0 8 0.318844224352 211 225 0 8 0.318194368658 211 226 0 8 0.248649141379 211 227 0 8 0.237273640701 212 221 0 8 0.361148652055 212 222 0 8 0.325001107492 212 223 0 8 0.347836669875 212 224 0 8 0.264261055604 212 225 0 8 0.249655627098 212 226 0 8 0.24017436247 212 227 0 8 0.227906882529 213 222 0 8 0.243182434041 213 223 0 8 0.247088665622 213 224 0 8 0.2535914612 213 225 0 8 0.225715970662 213 226 0 8 0.229082200209 213 227 0 8 0.228609535778 214 223 0 8 0.240262519429 214 224 0 8 0.243253024669 214 225 0 8 0.21874278777 214 226 0 8 0.222175704315 214 227 0 8 0.228968019056 215 224 0 8 0.2194295012 215 225 0 8 0.222660730238 215 226 0 8 0.22688836062 215 227 0 8 0.22802887094 216 225 0 8 0.242463190368 216 226 0 8 0.232071404239 216 227 0 8 0.220610023719 217 226 0 8 0.240583592927 217 227 0 8 0.22214284877 END