# TARGET T0343 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.051 0.011 0.011 0.004 0.005 0.024 0.002 0.001 0.002 0.821 2 T 0.026 0.043 0.003 0.007 0.004 0.005 0.239 0.001 0.001 0.002 0.671 3 W 0.053 0.137 0.005 0.006 0.002 0.005 0.108 0.001 0.001 0.002 0.680 4 R 0.018 0.666 0.001 0.010 0.005 0.011 0.070 0.002 0.001 0.001 0.216 5 E 0.026 0.684 0.001 0.001 0.002 0.005 0.079 0.001 0.001 0.003 0.199 6 I 0.033 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 7 L 0.019 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 8 R 0.017 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 9 K 0.038 0.895 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.047 10 E 0.133 0.678 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.132 0.001 0.001 0.048 11 G 0.411 0.274 0.018 0.007 0.010 0.003 0.007 0.137 0.001 0.001 0.132 12 F 0.047 0.081 0.607 0.013 0.008 0.012 0.017 0.003 0.001 0.001 0.210 13 L 0.005 0.047 0.013 0.276 0.136 0.214 0.082 0.003 0.001 0.001 0.224 14 D 0.038 0.046 0.002 0.198 0.057 0.079 0.084 0.002 0.001 0.004 0.490 15 L 0.085 0.109 0.006 0.181 0.082 0.116 0.091 0.004 0.001 0.009 0.318 16 G 0.052 0.048 0.004 0.217 0.139 0.157 0.173 0.005 0.001 0.014 0.192 17 E 0.060 0.012 0.007 0.097 0.035 0.069 0.087 0.003 0.001 0.018 0.613 18 F 0.037 0.008 0.014 0.222 0.297 0.221 0.058 0.002 0.001 0.009 0.133 19 I 0.017 0.006 0.009 0.259 0.241 0.290 0.069 0.001 0.001 0.005 0.103 20 V 0.001 0.003 0.002 0.214 0.284 0.396 0.020 0.001 0.001 0.001 0.079 21 E 0.001 0.002 0.001 0.309 0.228 0.432 0.009 0.001 0.001 0.001 0.019 22 L 0.002 0.004 0.001 0.240 0.247 0.370 0.025 0.001 0.001 0.001 0.109 23 V 0.002 0.003 0.001 0.483 0.228 0.241 0.014 0.001 0.001 0.001 0.028 24 Y 0.003 0.004 0.001 0.270 0.187 0.356 0.044 0.001 0.001 0.002 0.132 25 I 0.003 0.003 0.001 0.263 0.214 0.345 0.048 0.001 0.001 0.003 0.118 26 D 0.032 0.005 0.003 0.117 0.097 0.172 0.121 0.003 0.001 0.011 0.438 27 C 0.060 0.003 0.013 0.093 0.088 0.104 0.134 0.002 0.001 0.009 0.493 28 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.950 29 C 0.029 0.001 0.003 0.066 0.030 0.075 0.128 0.001 0.001 0.008 0.661 30 E 0.102 0.002 0.001 0.041 0.026 0.046 0.123 0.001 0.001 0.005 0.654 31 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.986 32 I 0.042 0.001 0.001 0.059 0.022 0.066 0.109 0.001 0.001 0.005 0.695 33 P 0.125 0.001 0.001 0.027 0.016 0.024 0.058 0.001 0.001 0.005 0.743 34 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.970 35 T 0.010 0.001 0.001 0.259 0.125 0.226 0.103 0.001 0.001 0.003 0.273 36 L 0.074 0.001 0.001 0.490 0.115 0.139 0.029 0.001 0.001 0.005 0.146 37 A 0.005 0.004 0.001 0.489 0.168 0.246 0.021 0.001 0.001 0.001 0.066 38 I 0.002 0.001 0.001 0.373 0.252 0.314 0.014 0.001 0.001 0.001 0.043 39 Y 0.003 0.002 0.001 0.385 0.207 0.305 0.020 0.001 0.001 0.001 0.076 40 D 0.004 0.002 0.001 0.134 0.310 0.358 0.070 0.001 0.001 0.003 0.119 41 K 0.006 0.001 0.002 0.072 0.113 0.149 0.091 0.001 0.001 0.008 0.557 42 K 0.008 0.001 0.001 0.019 0.045 0.057 0.503 0.001 0.001 0.019 0.347 43 G 0.253 0.003 0.002 0.015 0.014 0.016 0.264 0.001 0.001 0.111 0.320 44 D 0.288 0.012 0.011 0.018 0.020 0.018 0.263 0.001 0.001 0.055 0.314 45 E 0.056 0.006 0.009 0.027 0.063 0.052 0.340 0.001 0.001 0.018 0.428 46 W 0.043 0.006 0.008 0.040 0.080 0.226 0.173 0.001 0.001 0.010 0.414 47 Y 0.006 0.003 0.001 0.074 0.372 0.463 0.030 0.001 0.001 0.001 0.050 48 K 0.003 0.004 0.001 0.053 0.253 0.346 0.057 0.001 0.001 0.001 0.283 49 V 0.004 0.004 0.001 0.085 0.265 0.435 0.026 0.001 0.001 0.001 0.179 50 E 0.003 0.005 0.001 0.174 0.146 0.486 0.048 0.001 0.001 0.002 0.135 51 E 0.018 0.011 0.001 0.089 0.086 0.213 0.077 0.003 0.001 0.008 0.494 52 A 0.132 0.018 0.006 0.105 0.064 0.142 0.127 0.004 0.001 0.013 0.388 53 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.972 54 N 0.020 0.002 0.001 0.016 0.015 0.020 0.219 0.001 0.001 0.004 0.701 55 V 0.343 0.014 0.011 0.016 0.006 0.017 0.092 0.001 0.001 0.014 0.486 56 Q 0.055 0.080 0.001 0.040 0.013 0.019 0.189 0.002 0.001 0.003 0.598 57 N 0.086 0.035 0.002 0.007 0.003 0.006 0.227 0.001 0.001 0.006 0.626 58 Y 0.091 0.205 0.005 0.012 0.003 0.007 0.117 0.001 0.001 0.003 0.555 59 R 0.022 0.316 0.001 0.012 0.006 0.015 0.255 0.003 0.001 0.008 0.361 60 E 0.047 0.477 0.001 0.003 0.003 0.005 0.126 0.003 0.001 0.004 0.332 61 A 0.030 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.064 62 V 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 63 E 0.015 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.028 64 W 0.018 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.027 65 A 0.029 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 66 I 0.007 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 67 E 0.009 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.031 68 V 0.014 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 69 L 0.010 0.965 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 70 E 0.007 0.947 0.002 0.003 0.006 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 71 R 0.034 0.881 0.002 0.002 0.005 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 0.050 72 I 0.086 0.813 0.008 0.004 0.012 0.013 0.003 0.022 0.001 0.001 0.037 73 R 0.067 0.680 0.024 0.014 0.028 0.048 0.015 0.030 0.001 0.002 0.092 74 D 0.048 0.353 0.021 0.013 0.046 0.044 0.056 0.046 0.001 0.002 0.372 75 G 0.334 0.158 0.014 0.016 0.019 0.024 0.048 0.044 0.001 0.012 0.332 76 E 0.289 0.040 0.076 0.009 0.014 0.012 0.167 0.010 0.001 0.022 0.360 77 N 0.092 0.008 0.063 0.033 0.027 0.026 0.208 0.004 0.001 0.016 0.521 78 V 0.085 0.005 0.058 0.135 0.098 0.135 0.110 0.001 0.001 0.017 0.356 79 K 0.008 0.001 0.002 0.299 0.293 0.229 0.083 0.001 0.001 0.002 0.082 80 L 0.003 0.001 0.002 0.171 0.141 0.214 0.036 0.001 0.001 0.001 0.431 81 V 0.001 0.001 0.001 0.484 0.207 0.268 0.015 0.001 0.001 0.001 0.024 82 S 0.002 0.001 0.001 0.200 0.105 0.187 0.068 0.001 0.001 0.002 0.434 83 L 0.003 0.001 0.001 0.362 0.149 0.223 0.047 0.001 0.001 0.002 0.212 84 D 0.008 0.001 0.001 0.145 0.052 0.120 0.149 0.001 0.001 0.006 0.517 85 G 0.046 0.003 0.001 0.124 0.047 0.068 0.125 0.001 0.001 0.008 0.577 86 P 0.007 0.001 0.001 0.008 0.003 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.949 87 A 0.062 0.006 0.003 0.056 0.026 0.109 0.092 0.001 0.001 0.006 0.639 88 P 0.049 0.003 0.001 0.008 0.005 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.897 89 P 0.016 0.004 0.001 0.007 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.956 90 K 0.013 0.011 0.001 0.013 0.007 0.010 0.054 0.001 0.001 0.001 0.891 91 V 0.152 0.160 0.001 0.021 0.010 0.016 0.053 0.001 0.001 0.002 0.585 92 M 0.044 0.744 0.001 0.017 0.011 0.041 0.030 0.001 0.001 0.001 0.111 93 K 0.035 0.753 0.001 0.008 0.005 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.156 94 R 0.082 0.797 0.002 0.002 0.001 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.102 95 L 0.036 0.873 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.070 96 S 0.023 0.889 0.003 0.003 0.003 0.006 0.008 0.008 0.001 0.001 0.055 97 L 0.022 0.798 0.007 0.002 0.003 0.005 0.017 0.010 0.001 0.001 0.137 98 A 0.057 0.822 0.003 0.001 0.002 0.002 0.010 0.009 0.001 0.001 0.094 99 L 0.064 0.849 0.008 0.002 0.003 0.005 0.012 0.009 0.001 0.002 0.047 100 Q 0.028 0.841 0.013 0.004 0.005 0.010 0.012 0.011 0.001 0.001 0.076 101 K 0.086 0.706 0.007 0.003 0.005 0.006 0.009 0.028 0.001 0.001 0.148 102 L 0.166 0.666 0.015 0.006 0.008 0.010 0.008 0.026 0.001 0.001 0.095 103 T 0.102 0.486 0.026 0.021 0.029 0.029 0.042 0.045 0.001 0.003 0.216 104 E 0.041 0.165 0.042 0.018 0.014 0.018 0.039 0.010 0.001 0.002 0.649