# TARGET T0343 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.041 0.051 0.002 0.103 0.002 0.011 0.791 3 W 0.006 0.008 0.014 0.770 0.033 0.020 0.149 4 R 0.003 0.001 0.015 0.876 0.008 0.017 0.080 5 E 0.003 0.001 0.022 0.905 0.008 0.028 0.035 6 I 0.004 0.001 0.014 0.913 0.009 0.040 0.019 7 L 0.010 0.006 0.012 0.877 0.035 0.030 0.031 8 R 0.012 0.002 0.021 0.864 0.017 0.040 0.043 9 K 0.013 0.004 0.029 0.704 0.044 0.177 0.029 10 E 0.005 0.002 0.023 0.286 0.032 0.634 0.018 11 G 0.025 0.011 0.012 0.057 0.099 0.649 0.146 12 F 0.138 0.009 0.021 0.026 0.139 0.080 0.587 13 L 0.604 0.013 0.029 0.022 0.075 0.039 0.217 14 D 0.612 0.022 0.029 0.008 0.044 0.041 0.243 15 L 0.545 0.015 0.043 0.005 0.134 0.062 0.196 16 G 0.326 0.012 0.052 0.004 0.241 0.214 0.151 17 E 0.347 0.003 0.077 0.004 0.154 0.240 0.174 18 F 0.904 0.002 0.002 0.001 0.011 0.005 0.075 19 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 20 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 22 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 23 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 24 Y 0.870 0.005 0.002 0.002 0.014 0.003 0.104 25 I 0.643 0.006 0.008 0.006 0.096 0.032 0.208 26 D 0.241 0.027 0.016 0.007 0.246 0.102 0.360 27 C 0.093 0.014 0.017 0.006 0.234 0.071 0.564 28 P 0.055 0.015 0.022 0.006 0.238 0.199 0.466 29 C 0.038 0.034 0.045 0.009 0.295 0.142 0.437 30 E 0.021 0.016 0.028 0.007 0.349 0.084 0.495 31 P 0.032 0.024 0.025 0.006 0.210 0.123 0.578 32 I 0.059 0.056 0.010 0.006 0.372 0.051 0.447 33 P 0.059 0.020 0.005 0.002 0.188 0.015 0.710 34 P 0.091 0.005 0.009 0.002 0.158 0.024 0.711 35 T 0.661 0.010 0.009 0.003 0.148 0.012 0.157 36 L 0.939 0.010 0.003 0.002 0.005 0.001 0.040 37 A 0.977 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 38 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 39 Y 0.921 0.003 0.001 0.002 0.012 0.004 0.056 40 D 0.612 0.009 0.004 0.006 0.046 0.020 0.302 41 K 0.217 0.009 0.025 0.016 0.184 0.290 0.258 42 K 0.106 0.010 0.045 0.013 0.294 0.366 0.166 43 G 0.075 0.006 0.043 0.012 0.312 0.400 0.150 44 D 0.107 0.008 0.042 0.011 0.244 0.248 0.340 45 E 0.464 0.018 0.025 0.013 0.166 0.048 0.266 46 W 0.737 0.017 0.011 0.009 0.031 0.021 0.175 47 Y 0.828 0.009 0.009 0.010 0.024 0.008 0.113 48 K 0.871 0.012 0.005 0.008 0.010 0.006 0.087 49 V 0.653 0.016 0.016 0.018 0.026 0.021 0.251 50 E 0.481 0.010 0.029 0.026 0.109 0.069 0.276 51 E 0.260 0.018 0.024 0.032 0.226 0.062 0.378 52 A 0.139 0.023 0.012 0.018 0.168 0.026 0.614 53 P 0.090 0.016 0.021 0.026 0.167 0.074 0.606 54 N 0.051 0.022 0.037 0.030 0.181 0.147 0.534 55 V 0.038 0.013 0.130 0.104 0.171 0.180 0.365 56 Q 0.031 0.010 0.109 0.152 0.261 0.195 0.242 57 N 0.029 0.027 0.081 0.231 0.151 0.111 0.371 58 Y 0.011 0.011 0.053 0.600 0.075 0.062 0.188 59 R 0.004 0.002 0.020 0.839 0.033 0.047 0.055 60 E 0.003 0.001 0.018 0.902 0.015 0.039 0.022 61 A 0.001 0.001 0.010 0.935 0.009 0.026 0.017 62 V 0.001 0.001 0.005 0.959 0.007 0.015 0.012 63 E 0.001 0.001 0.003 0.975 0.005 0.011 0.005 64 W 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.012 0.003 65 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 67 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.001 70 E 0.002 0.001 0.004 0.982 0.001 0.008 0.002 71 R 0.003 0.001 0.007 0.968 0.004 0.015 0.003 72 I 0.006 0.001 0.010 0.952 0.004 0.023 0.004 73 R 0.012 0.002 0.009 0.879 0.016 0.070 0.012 74 D 0.015 0.002 0.013 0.463 0.052 0.406 0.048 75 G 0.020 0.002 0.021 0.067 0.260 0.363 0.268 76 E 0.046 0.009 0.033 0.022 0.403 0.291 0.195 77 N 0.151 0.007 0.029 0.007 0.193 0.270 0.345 78 V 0.546 0.010 0.008 0.004 0.039 0.020 0.374 79 K 0.840 0.006 0.004 0.003 0.034 0.006 0.109 80 L 0.929 0.007 0.003 0.002 0.009 0.002 0.048 81 V 0.935 0.007 0.002 0.002 0.005 0.001 0.048 82 S 0.858 0.008 0.003 0.003 0.013 0.005 0.111 83 L 0.642 0.009 0.005 0.004 0.072 0.032 0.236 84 D 0.230 0.016 0.006 0.003 0.298 0.072 0.375 85 G 0.078 0.018 0.011 0.008 0.440 0.053 0.393 86 P 0.026 0.026 0.008 0.007 0.281 0.056 0.596 87 A 0.013 0.032 0.010 0.017 0.314 0.071 0.543 88 P 0.006 0.013 0.009 0.078 0.308 0.054 0.531 89 P 0.002 0.003 0.036 0.620 0.101 0.084 0.155 90 K 0.002 0.003 0.038 0.831 0.023 0.060 0.043 91 V 0.001 0.002 0.033 0.903 0.009 0.031 0.021 92 M 0.002 0.002 0.010 0.949 0.008 0.015 0.014 93 K 0.002 0.001 0.008 0.942 0.008 0.027 0.010 94 R 0.002 0.001 0.011 0.921 0.008 0.045 0.011 95 L 0.001 0.001 0.010 0.937 0.007 0.029 0.015 96 S 0.001 0.001 0.013 0.939 0.009 0.028 0.009 97 L 0.002 0.001 0.013 0.917 0.011 0.043 0.013 98 A 0.001 0.001 0.020 0.900 0.010 0.047 0.021 99 L 0.003 0.004 0.035 0.815 0.020 0.074 0.049 100 Q 0.006 0.001 0.062 0.738 0.025 0.133 0.035 101 K 0.010 0.002 0.079 0.603 0.045 0.215 0.046 102 L 0.016 0.012 0.044 0.368 0.195 0.160 0.206 103 T 0.022 0.025 0.026 0.226 0.009 0.198 0.496 104 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.994