# TARGET T0343 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.726 0.202 0.055 0.014 0.002 0.001 0.001 2 T 0.648 0.255 0.072 0.021 0.004 0.001 0.001 3 W 0.323 0.230 0.177 0.161 0.091 0.017 0.001 4 R 0.305 0.261 0.230 0.154 0.042 0.006 0.001 5 E 0.684 0.262 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 6 I 0.222 0.335 0.261 0.139 0.038 0.006 0.001 7 L 0.099 0.128 0.202 0.325 0.212 0.033 0.001 8 R 0.274 0.389 0.218 0.095 0.020 0.002 0.001 9 K 0.597 0.295 0.076 0.026 0.006 0.001 0.001 10 E 0.352 0.344 0.194 0.089 0.018 0.003 0.001 11 G 0.281 0.284 0.185 0.152 0.077 0.019 0.001 12 F 0.155 0.245 0.252 0.224 0.103 0.019 0.001 13 L 0.141 0.156 0.157 0.230 0.213 0.098 0.005 14 D 0.097 0.271 0.318 0.232 0.070 0.011 0.001 15 L 0.071 0.139 0.161 0.255 0.256 0.110 0.009 16 G 0.136 0.310 0.261 0.195 0.080 0.017 0.001 17 E 0.159 0.349 0.261 0.160 0.056 0.014 0.001 18 F 0.014 0.046 0.093 0.215 0.357 0.249 0.025 19 I 0.013 0.096 0.214 0.338 0.223 0.101 0.014 20 V 0.008 0.019 0.037 0.109 0.259 0.443 0.123 21 E 0.010 0.051 0.142 0.285 0.282 0.182 0.048 22 L 0.016 0.025 0.040 0.076 0.192 0.468 0.183 23 V 0.014 0.039 0.079 0.168 0.277 0.336 0.087 24 Y 0.022 0.054 0.107 0.209 0.270 0.277 0.061 25 I 0.066 0.122 0.151 0.235 0.241 0.156 0.029 26 D 0.143 0.260 0.236 0.190 0.117 0.047 0.007 27 C 0.117 0.167 0.210 0.251 0.161 0.082 0.012 28 P 0.309 0.298 0.173 0.125 0.067 0.025 0.003 29 C 0.228 0.178 0.172 0.202 0.155 0.058 0.007 30 E 0.314 0.321 0.189 0.119 0.044 0.011 0.002 31 P 0.429 0.313 0.144 0.072 0.031 0.010 0.001 32 I 0.108 0.166 0.221 0.280 0.162 0.058 0.006 33 P 0.103 0.164 0.210 0.247 0.180 0.087 0.009 34 P 0.085 0.120 0.162 0.229 0.230 0.148 0.026 35 T 0.031 0.071 0.133 0.225 0.270 0.226 0.043 36 L 0.011 0.019 0.044 0.115 0.258 0.432 0.121 37 A 0.018 0.045 0.084 0.156 0.269 0.353 0.075 38 I 0.023 0.041 0.077 0.145 0.262 0.382 0.071 39 Y 0.030 0.086 0.169 0.296 0.268 0.139 0.012 40 D 0.134 0.222 0.246 0.223 0.134 0.037 0.002 41 K 0.363 0.342 0.178 0.088 0.024 0.005 0.001 42 K 0.520 0.253 0.129 0.072 0.023 0.004 0.001 43 G 0.562 0.273 0.109 0.044 0.011 0.002 0.001 44 D 0.476 0.316 0.132 0.058 0.016 0.002 0.001 45 E 0.311 0.427 0.189 0.059 0.011 0.002 0.001 46 W 0.037 0.151 0.251 0.331 0.191 0.038 0.001 47 Y 0.022 0.060 0.177 0.350 0.297 0.091 0.003 48 K 0.152 0.418 0.268 0.122 0.035 0.005 0.001 49 V 0.032 0.063 0.153 0.350 0.312 0.087 0.003 50 E 0.284 0.360 0.204 0.113 0.033 0.006 0.001 51 E 0.369 0.393 0.153 0.064 0.018 0.003 0.001 52 A 0.232 0.309 0.249 0.155 0.048 0.007 0.001 53 P 0.230 0.230 0.216 0.204 0.097 0.022 0.001 54 N 0.533 0.308 0.105 0.040 0.012 0.002 0.001 55 V 0.214 0.216 0.233 0.219 0.097 0.020 0.001 56 Q 0.476 0.320 0.123 0.058 0.019 0.004 0.001 57 N 0.308 0.345 0.189 0.104 0.042 0.010 0.001 58 Y 0.084 0.108 0.165 0.297 0.247 0.091 0.009 59 R 0.156 0.285 0.263 0.182 0.086 0.025 0.002 60 E 0.140 0.212 0.212 0.233 0.147 0.050 0.007 61 A 0.055 0.111 0.137 0.200 0.250 0.208 0.039 62 V 0.016 0.037 0.072 0.176 0.315 0.315 0.069 63 E 0.058 0.170 0.219 0.233 0.182 0.109 0.029 64 W 0.028 0.064 0.115 0.228 0.279 0.231 0.054 65 A 0.006 0.008 0.011 0.034 0.125 0.475 0.342 66 I 0.006 0.021 0.056 0.160 0.261 0.345 0.151 67 E 0.016 0.086 0.164 0.251 0.221 0.187 0.074 68 V 0.003 0.009 0.025 0.085 0.259 0.410 0.208 69 L 0.002 0.004 0.009 0.036 0.128 0.494 0.328 70 E 0.014 0.060 0.120 0.227 0.269 0.235 0.074 71 R 0.030 0.072 0.117 0.204 0.270 0.248 0.061 72 I 0.013 0.029 0.059 0.143 0.282 0.397 0.077 73 R 0.060 0.119 0.167 0.284 0.252 0.106 0.012 74 D 0.234 0.334 0.238 0.135 0.045 0.012 0.002 75 G 0.264 0.257 0.198 0.168 0.088 0.022 0.003 76 E 0.376 0.351 0.173 0.074 0.020 0.006 0.001 77 N 0.196 0.299 0.230 0.167 0.082 0.024 0.002 78 V 0.036 0.064 0.128 0.262 0.325 0.169 0.018 79 K 0.074 0.206 0.246 0.246 0.148 0.071 0.008 80 L 0.017 0.022 0.058 0.140 0.282 0.388 0.093 81 V 0.026 0.057 0.097 0.203 0.316 0.256 0.045 82 S 0.055 0.143 0.232 0.261 0.187 0.101 0.021 83 L 0.063 0.082 0.112 0.193 0.263 0.223 0.065 84 D 0.219 0.280 0.207 0.155 0.083 0.045 0.011 85 G 0.173 0.180 0.184 0.204 0.156 0.088 0.017 86 P 0.225 0.198 0.170 0.162 0.139 0.092 0.015 87 A 0.173 0.201 0.195 0.223 0.146 0.054 0.006 88 P 0.234 0.294 0.242 0.149 0.061 0.018 0.002 89 P 0.521 0.289 0.115 0.053 0.017 0.004 0.001 90 K 0.399 0.351 0.158 0.064 0.020 0.006 0.001 91 V 0.111 0.140 0.181 0.267 0.212 0.082 0.007 92 M 0.108 0.133 0.204 0.256 0.205 0.087 0.008 93 K 0.401 0.355 0.160 0.061 0.018 0.005 0.001 94 R 0.183 0.248 0.253 0.204 0.089 0.022 0.002 95 L 0.078 0.074 0.111 0.230 0.315 0.180 0.012 96 S 0.232 0.280 0.242 0.168 0.064 0.013 0.001 97 L 0.461 0.357 0.132 0.038 0.010 0.002 0.001 98 A 0.230 0.230 0.236 0.194 0.089 0.021 0.001 99 L 0.156 0.131 0.192 0.283 0.192 0.044 0.002 100 Q 0.563 0.294 0.103 0.031 0.007 0.001 0.001 101 K 0.661 0.239 0.071 0.024 0.005 0.001 0.001 102 L 0.426 0.216 0.173 0.133 0.046 0.006 0.001 103 T 0.633 0.227 0.094 0.037 0.008 0.001 0.001 104 E 0.828 0.138 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001