# TARGET T0343 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.868 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.052 0.010 0.023 0.005 2 T 0.002 0.050 0.741 0.001 0.002 0.107 0.001 0.001 0.003 0.016 0.006 0.010 0.063 3 W 0.003 0.006 0.080 0.001 0.017 0.840 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.005 0.014 4 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.018 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.004 0.003 5 E 0.003 0.001 0.018 0.001 0.025 0.922 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.003 0.009 6 I 0.002 0.001 0.030 0.001 0.011 0.922 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.005 0.006 7 L 0.003 0.002 0.032 0.001 0.007 0.906 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.003 0.006 8 R 0.001 0.003 0.052 0.004 0.010 0.835 0.001 0.001 0.001 0.024 0.062 0.002 0.005 9 K 0.001 0.002 0.043 0.001 0.023 0.749 0.001 0.001 0.001 0.030 0.139 0.006 0.005 10 E 0.001 0.002 0.030 0.001 0.024 0.300 0.001 0.001 0.001 0.042 0.597 0.001 0.003 11 G 0.001 0.002 0.090 0.001 0.021 0.094 0.001 0.001 0.002 0.079 0.698 0.005 0.005 12 F 0.020 0.031 0.443 0.011 0.014 0.049 0.010 0.002 0.035 0.104 0.064 0.031 0.187 13 L 0.034 0.015 0.224 0.003 0.007 0.018 0.013 0.002 0.050 0.083 0.026 0.451 0.074 14 D 0.024 0.034 0.315 0.002 0.008 0.022 0.009 0.003 0.035 0.038 0.018 0.031 0.462 15 L 0.008 0.015 0.321 0.022 0.086 0.136 0.004 0.002 0.013 0.062 0.211 0.046 0.073 16 G 0.005 0.002 0.125 0.052 0.100 0.089 0.001 0.001 0.003 0.246 0.338 0.018 0.020 17 E 0.023 0.002 0.190 0.076 0.072 0.109 0.004 0.001 0.005 0.193 0.201 0.030 0.094 18 F 0.194 0.009 0.164 0.007 0.015 0.048 0.049 0.005 0.028 0.046 0.022 0.140 0.273 19 I 0.392 0.004 0.039 0.008 0.002 0.016 0.129 0.021 0.049 0.011 0.003 0.134 0.192 20 V 0.543 0.001 0.019 0.012 0.001 0.006 0.122 0.029 0.054 0.003 0.001 0.089 0.121 21 E 0.508 0.001 0.021 0.067 0.001 0.009 0.133 0.043 0.043 0.008 0.001 0.100 0.068 22 L 0.521 0.001 0.018 0.015 0.002 0.008 0.158 0.045 0.032 0.004 0.001 0.062 0.134 23 V 0.577 0.001 0.017 0.015 0.002 0.012 0.159 0.072 0.028 0.003 0.002 0.054 0.058 24 Y 0.497 0.003 0.027 0.004 0.003 0.014 0.167 0.080 0.054 0.003 0.004 0.057 0.087 25 I 0.280 0.008 0.151 0.016 0.008 0.017 0.092 0.057 0.086 0.032 0.026 0.080 0.147 26 D 0.093 0.026 0.316 0.013 0.008 0.011 0.025 0.005 0.078 0.173 0.042 0.076 0.134 27 C 0.001 0.009 0.501 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.359 0.025 0.038 0.027 28 P 0.001 0.010 0.321 0.004 0.030 0.005 0.001 0.001 0.006 0.250 0.345 0.006 0.022 29 C 0.003 0.043 0.283 0.005 0.036 0.007 0.001 0.001 0.010 0.323 0.243 0.010 0.035 30 E 0.001 0.015 0.353 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.011 0.460 0.044 0.082 0.011 31 P 0.001 0.035 0.712 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.080 0.037 0.001 0.116 32 I 0.001 0.050 0.602 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.006 0.212 0.032 0.067 0.007 33 P 0.001 0.012 0.820 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.087 0.023 0.002 0.035 34 P 0.002 0.005 0.769 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 0.014 0.094 0.025 0.014 0.025 35 T 0.055 0.008 0.391 0.029 0.011 0.001 0.019 0.008 0.054 0.147 0.010 0.142 0.124 36 L 0.307 0.002 0.058 0.013 0.004 0.001 0.101 0.065 0.081 0.015 0.001 0.111 0.241 37 A 0.580 0.001 0.012 0.015 0.001 0.001 0.170 0.073 0.029 0.001 0.001 0.060 0.058 38 I 0.733 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.129 0.013 0.009 0.001 0.001 0.068 0.042 39 Y 0.669 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.099 0.008 0.018 0.001 0.001 0.050 0.129 40 D 0.153 0.004 0.287 0.006 0.001 0.001 0.017 0.002 0.035 0.026 0.007 0.196 0.267 41 K 0.029 0.002 0.124 0.008 0.016 0.002 0.002 0.001 0.003 0.215 0.469 0.020 0.109 42 K 0.005 0.005 0.069 0.002 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.264 0.556 0.051 0.020 43 G 0.001 0.002 0.103 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.391 0.448 0.009 0.016 44 D 0.005 0.004 0.200 0.004 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.309 0.404 0.011 0.043 45 E 0.111 0.028 0.177 0.009 0.011 0.007 0.007 0.001 0.001 0.106 0.061 0.220 0.262 46 W 0.254 0.006 0.080 0.016 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.014 0.005 0.054 0.552 47 Y 0.338 0.002 0.029 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.514 0.095 48 K 0.278 0.004 0.031 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.548 49 V 0.134 0.003 0.162 0.101 0.006 0.006 0.013 0.001 0.002 0.010 0.005 0.167 0.390 50 E 0.132 0.003 0.158 0.068 0.011 0.005 0.011 0.001 0.002 0.057 0.029 0.232 0.293 51 E 0.074 0.012 0.175 0.012 0.014 0.005 0.008 0.001 0.002 0.182 0.048 0.139 0.327 52 A 0.002 0.006 0.710 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.144 0.018 0.037 0.058 53 P 0.001 0.006 0.566 0.014 0.028 0.020 0.001 0.001 0.002 0.121 0.205 0.011 0.026 54 N 0.004 0.013 0.456 0.004 0.030 0.034 0.001 0.001 0.004 0.160 0.240 0.025 0.029 55 V 0.005 0.026 0.494 0.003 0.057 0.108 0.002 0.002 0.009 0.130 0.079 0.014 0.073 56 Q 0.004 0.014 0.313 0.007 0.054 0.234 0.002 0.002 0.011 0.212 0.074 0.055 0.017 57 N 0.005 0.021 0.361 0.004 0.043 0.263 0.002 0.001 0.013 0.116 0.054 0.013 0.106 58 Y 0.004 0.006 0.136 0.004 0.051 0.687 0.001 0.001 0.009 0.027 0.040 0.013 0.020 59 R 0.002 0.002 0.027 0.002 0.015 0.905 0.001 0.002 0.003 0.013 0.020 0.005 0.004 60 E 0.002 0.001 0.018 0.001 0.009 0.933 0.001 0.001 0.003 0.012 0.012 0.003 0.005 61 A 0.001 0.001 0.020 0.001 0.006 0.950 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.001 0.003 62 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 63 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 64 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 69 L 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 70 E 0.002 0.001 0.006 0.001 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.004 0.003 71 R 0.002 0.001 0.010 0.001 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.002 0.004 72 I 0.005 0.003 0.053 0.001 0.011 0.857 0.001 0.001 0.004 0.018 0.023 0.003 0.019 73 R 0.005 0.011 0.061 0.004 0.013 0.742 0.002 0.002 0.009 0.035 0.081 0.018 0.016 74 D 0.001 0.002 0.019 0.004 0.009 0.230 0.001 0.001 0.001 0.052 0.674 0.004 0.004 75 G 0.001 0.001 0.057 0.002 0.008 0.022 0.001 0.001 0.001 0.077 0.830 0.001 0.002 76 E 0.003 0.014 0.496 0.002 0.012 0.049 0.001 0.001 0.009 0.181 0.180 0.025 0.026 77 N 0.014 0.032 0.408 0.006 0.014 0.035 0.008 0.003 0.044 0.143 0.098 0.036 0.160 78 V 0.038 0.014 0.302 0.017 0.013 0.032 0.018 0.005 0.080 0.096 0.018 0.254 0.113 79 K 0.047 0.025 0.341 0.022 0.010 0.025 0.025 0.005 0.094 0.047 0.010 0.079 0.270 80 L 0.062 0.037 0.236 0.023 0.024 0.046 0.041 0.007 0.095 0.036 0.017 0.101 0.277 81 V 0.077 0.023 0.224 0.064 0.025 0.051 0.031 0.009 0.066 0.060 0.046 0.202 0.123 82 S 0.065 0.030 0.293 0.019 0.032 0.036 0.020 0.006 0.046 0.078 0.102 0.087 0.186 83 L 0.032 0.033 0.315 0.008 0.039 0.036 0.013 0.005 0.024 0.139 0.197 0.047 0.112 84 D 0.011 0.022 0.375 0.007 0.024 0.022 0.005 0.002 0.014 0.294 0.155 0.034 0.036 85 G 0.001 0.007 0.346 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.004 0.572 0.031 0.017 0.009 86 P 0.001 0.014 0.702 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.150 0.091 0.001 0.019 87 A 0.001 0.042 0.566 0.001 0.021 0.022 0.001 0.001 0.003 0.236 0.098 0.009 0.003 88 P 0.001 0.006 0.692 0.001 0.017 0.080 0.001 0.001 0.001 0.154 0.045 0.001 0.005 89 P 0.001 0.001 0.095 0.001 0.043 0.744 0.001 0.001 0.001 0.050 0.065 0.001 0.001 90 K 0.001 0.003 0.022 0.001 0.030 0.900 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.001 0.001 91 V 0.001 0.002 0.010 0.001 0.024 0.940 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.002 92 M 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 96 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.052 0.850 0.001 0.001 0.001 0.013 0.070 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.048 0.816 0.001 0.001 0.001 0.009 0.109 0.001 0.001 102 L 0.001 0.002 0.055 0.001 0.036 0.724 0.001 0.001 0.001 0.035 0.145 0.001 0.002 103 T 0.001 0.008 0.425 0.001 0.015 0.273 0.001 0.001 0.002 0.062 0.205 0.001 0.006 104 E 0.001 0.002 0.910 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.003 0.002