# TARGET T0343 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.908 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.014 0.052 2 T 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.017 3 W 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 4 R 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 5 E 0.009 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.090 0.017 6 I 0.003 0.829 0.020 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.008 0.097 0.028 7 L 0.062 0.122 0.461 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.202 0.086 0.035 8 R 0.606 0.055 0.012 0.001 0.001 0.001 0.022 0.024 0.015 0.050 0.212 9 K 0.105 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.002 0.001 0.012 0.828 10 E 0.014 0.026 0.003 0.008 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 0.017 0.868 11 G 0.016 0.024 0.003 0.018 0.022 0.050 0.120 0.006 0.001 0.085 0.656 12 F 0.056 0.011 0.002 0.022 0.025 0.037 0.100 0.002 0.001 0.091 0.653 13 L 0.039 0.010 0.003 0.104 0.039 0.048 0.120 0.002 0.001 0.074 0.561 14 D 0.185 0.024 0.002 0.083 0.028 0.071 0.145 0.007 0.001 0.125 0.330 15 L 0.079 0.007 0.002 0.061 0.016 0.036 0.166 0.005 0.001 0.053 0.574 16 G 0.010 0.004 0.001 0.095 0.074 0.137 0.130 0.004 0.001 0.043 0.502 17 E 0.004 0.003 0.001 0.108 0.065 0.163 0.107 0.001 0.001 0.049 0.499 18 F 0.001 0.003 0.001 0.154 0.312 0.294 0.037 0.001 0.001 0.053 0.143 19 I 0.002 0.003 0.001 0.222 0.253 0.287 0.027 0.001 0.001 0.067 0.138 20 V 0.001 0.004 0.001 0.198 0.288 0.262 0.024 0.001 0.001 0.054 0.169 21 E 0.002 0.002 0.001 0.285 0.293 0.290 0.015 0.001 0.001 0.050 0.063 22 L 0.003 0.002 0.001 0.207 0.233 0.335 0.029 0.001 0.001 0.054 0.135 23 V 0.003 0.001 0.001 0.284 0.245 0.329 0.023 0.001 0.001 0.044 0.070 24 Y 0.031 0.001 0.001 0.192 0.197 0.270 0.053 0.001 0.001 0.081 0.172 25 I 0.004 0.001 0.001 0.174 0.135 0.233 0.099 0.001 0.001 0.027 0.323 26 D 0.040 0.003 0.004 0.064 0.045 0.096 0.112 0.004 0.004 0.042 0.586 27 C 0.334 0.003 0.002 0.020 0.022 0.022 0.099 0.010 0.002 0.104 0.382 28 P 0.033 0.002 0.001 0.011 0.009 0.022 0.119 0.004 0.001 0.047 0.753 29 C 0.039 0.001 0.001 0.010 0.008 0.018 0.082 0.001 0.001 0.030 0.810 30 E 0.026 0.001 0.001 0.009 0.062 0.055 0.129 0.004 0.001 0.056 0.658 31 P 0.010 0.001 0.001 0.011 0.015 0.030 0.128 0.001 0.001 0.023 0.782 32 I 0.054 0.001 0.001 0.029 0.060 0.079 0.140 0.004 0.001 0.057 0.574 33 P 0.034 0.002 0.001 0.031 0.022 0.026 0.210 0.002 0.001 0.040 0.632 34 P 0.002 0.001 0.001 0.083 0.077 0.168 0.176 0.002 0.001 0.036 0.455 35 T 0.001 0.002 0.001 0.288 0.118 0.324 0.041 0.001 0.001 0.084 0.142 36 L 0.001 0.001 0.001 0.295 0.216 0.295 0.020 0.001 0.001 0.044 0.128 37 A 0.001 0.001 0.001 0.301 0.283 0.330 0.009 0.001 0.001 0.024 0.051 38 I 0.004 0.001 0.001 0.185 0.288 0.364 0.015 0.001 0.001 0.056 0.087 39 Y 0.005 0.002 0.001 0.193 0.237 0.315 0.043 0.001 0.001 0.049 0.153 40 D 0.143 0.012 0.005 0.053 0.075 0.134 0.114 0.007 0.009 0.056 0.394 41 K 0.255 0.005 0.003 0.014 0.033 0.043 0.081 0.007 0.004 0.053 0.502 42 K 0.041 0.003 0.001 0.007 0.016 0.029 0.088 0.002 0.001 0.025 0.788 43 G 0.025 0.014 0.003 0.017 0.020 0.045 0.110 0.003 0.001 0.034 0.729 44 D 0.066 0.046 0.003 0.018 0.072 0.070 0.107 0.007 0.001 0.080 0.531 45 E 0.021 0.020 0.001 0.025 0.206 0.243 0.072 0.005 0.001 0.053 0.353 46 W 0.007 0.026 0.001 0.031 0.117 0.258 0.069 0.001 0.001 0.030 0.460 47 Y 0.010 0.015 0.002 0.046 0.315 0.353 0.045 0.003 0.001 0.048 0.163 48 K 0.039 0.023 0.001 0.060 0.161 0.275 0.067 0.007 0.001 0.079 0.286 49 V 0.058 0.004 0.001 0.048 0.171 0.233 0.064 0.002 0.001 0.052 0.367 50 E 0.007 0.002 0.001 0.069 0.112 0.213 0.083 0.001 0.001 0.030 0.482 51 E 0.011 0.006 0.003 0.029 0.067 0.086 0.085 0.001 0.002 0.023 0.687 52 A 0.262 0.024 0.004 0.016 0.079 0.042 0.087 0.020 0.003 0.079 0.385 53 P 0.104 0.031 0.002 0.012 0.006 0.007 0.092 0.007 0.001 0.043 0.696 54 N 0.088 0.149 0.002 0.010 0.009 0.013 0.086 0.007 0.001 0.028 0.607 55 V 0.094 0.191 0.002 0.017 0.016 0.022 0.084 0.008 0.001 0.026 0.540 56 Q 0.025 0.343 0.001 0.023 0.021 0.028 0.070 0.004 0.001 0.036 0.449 57 N 0.036 0.707 0.003 0.012 0.012 0.014 0.033 0.006 0.001 0.046 0.132 58 Y 0.019 0.881 0.001 0.004 0.003 0.003 0.012 0.004 0.001 0.013 0.061 59 R 0.015 0.928 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.014 0.027 60 E 0.012 0.873 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.051 0.046 61 A 0.003 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.042 0.019 62 V 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.010 63 E 0.003 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.036 0.016 64 W 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.011 65 A 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.007 66 I 0.007 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.009 67 E 0.013 0.910 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.039 0.023 68 V 0.038 0.781 0.021 0.004 0.002 0.002 0.018 0.011 0.006 0.047 0.069 69 L 0.163 0.581 0.008 0.009 0.005 0.009 0.035 0.019 0.003 0.072 0.097 70 E 0.079 0.317 0.008 0.021 0.008 0.022 0.065 0.005 0.005 0.086 0.385 71 R 0.041 0.066 0.051 0.021 0.014 0.026 0.140 0.005 0.023 0.081 0.531 72 I 0.192 0.035 0.019 0.024 0.014 0.025 0.092 0.013 0.011 0.065 0.509 73 R 0.392 0.017 0.002 0.008 0.007 0.010 0.064 0.007 0.002 0.044 0.446 74 D 0.031 0.007 0.001 0.009 0.003 0.009 0.083 0.003 0.001 0.017 0.837 75 G 0.037 0.005 0.001 0.008 0.007 0.017 0.085 0.003 0.001 0.014 0.822 76 E 0.021 0.004 0.001 0.028 0.070 0.076 0.124 0.004 0.001 0.033 0.639 77 N 0.050 0.020 0.002 0.045 0.030 0.057 0.106 0.004 0.001 0.050 0.636 78 V 0.091 0.012 0.002 0.063 0.059 0.058 0.127 0.008 0.001 0.069 0.509 79 K 0.013 0.007 0.001 0.125 0.084 0.137 0.121 0.002 0.001 0.036 0.473 80 L 0.011 0.005 0.001 0.148 0.083 0.185 0.097 0.001 0.001 0.062 0.407 81 V 0.007 0.001 0.001 0.168 0.167 0.162 0.084 0.002 0.001 0.048 0.358 82 S 0.083 0.004 0.001 0.102 0.095 0.122 0.105 0.003 0.001 0.078 0.407 83 L 0.017 0.002 0.001 0.065 0.049 0.108 0.126 0.006 0.001 0.056 0.570 84 D 0.054 0.005 0.001 0.045 0.012 0.029 0.121 0.002 0.001 0.032 0.698 85 G 0.053 0.003 0.001 0.028 0.037 0.044 0.166 0.004 0.001 0.068 0.597 86 P 0.010 0.006 0.001 0.017 0.010 0.012 0.145 0.001 0.001 0.027 0.771 87 A 0.025 0.108 0.001 0.010 0.019 0.016 0.114 0.014 0.001 0.043 0.649 88 P 0.049 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.008 0.072 89 P 0.019 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.012 0.057 90 K 0.013 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.017 0.033 91 V 0.032 0.857 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.061 0.032 92 M 0.020 0.339 0.007 0.005 0.002 0.002 0.015 0.004 0.002 0.556 0.050 93 K 0.019 0.794 0.003 0.004 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.075 0.082 94 R 0.026 0.726 0.010 0.004 0.001 0.002 0.018 0.008 0.002 0.066 0.135 95 L 0.020 0.827 0.008 0.003 0.001 0.002 0.017 0.008 0.002 0.032 0.081 96 S 0.035 0.865 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.008 0.073 97 L 0.053 0.699 0.012 0.003 0.001 0.002 0.019 0.012 0.005 0.037 0.157 98 A 0.116 0.520 0.024 0.005 0.002 0.003 0.046 0.016 0.014 0.065 0.190 99 L 0.260 0.132 0.019 0.009 0.002 0.005 0.074 0.018 0.008 0.145 0.327 100 Q 0.143 0.078 0.010 0.026 0.007 0.013 0.107 0.010 0.005 0.120 0.481 101 K 0.055 0.021 0.005 0.023 0.005 0.015 0.130 0.002 0.003 0.039 0.701 102 L 0.028 0.014 0.004 0.032 0.015 0.026 0.115 0.007 0.002 0.039 0.717 103 T 0.198 0.026 0.002 0.011 0.013 0.018 0.108 0.008 0.001 0.051 0.565 104 E 0.071 0.011 0.002 0.016 0.008 0.018 0.108 0.010 0.001 0.042 0.713