# TARGET T0343 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.275 0.111 0.114 0.124 0.084 0.071 0.092 0.055 0.042 0.022 0.011 2 T 0.217 0.376 0.139 0.177 0.056 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 3 W 0.041 0.063 0.029 0.063 0.071 0.103 0.187 0.162 0.147 0.089 0.046 4 R 0.035 0.062 0.080 0.187 0.239 0.203 0.133 0.033 0.019 0.006 0.002 5 E 0.082 0.112 0.543 0.192 0.045 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 6 I 0.010 0.041 0.088 0.241 0.200 0.199 0.160 0.041 0.015 0.004 0.001 7 L 0.006 0.010 0.025 0.019 0.020 0.036 0.120 0.153 0.227 0.213 0.171 8 R 0.010 0.053 0.197 0.254 0.230 0.152 0.078 0.016 0.007 0.002 0.001 9 K 0.142 0.147 0.496 0.148 0.044 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.146 0.130 0.088 0.185 0.136 0.122 0.119 0.039 0.021 0.010 0.004 11 G 0.164 0.140 0.057 0.106 0.100 0.115 0.144 0.071 0.055 0.032 0.016 12 F 0.038 0.064 0.060 0.147 0.138 0.145 0.168 0.089 0.075 0.046 0.029 13 L 0.013 0.017 0.025 0.034 0.048 0.078 0.158 0.156 0.199 0.156 0.115 14 D 0.053 0.206 0.114 0.292 0.160 0.088 0.053 0.016 0.009 0.004 0.003 15 L 0.018 0.017 0.008 0.030 0.035 0.052 0.125 0.152 0.204 0.196 0.163 16 G 0.202 0.135 0.063 0.187 0.156 0.114 0.084 0.029 0.017 0.008 0.004 17 E 0.097 0.162 0.097 0.296 0.162 0.091 0.057 0.018 0.011 0.006 0.003 18 F 0.005 0.005 0.007 0.014 0.018 0.031 0.107 0.161 0.248 0.236 0.169 19 I 0.013 0.042 0.044 0.186 0.168 0.168 0.179 0.082 0.063 0.034 0.020 20 V 0.002 0.005 0.008 0.010 0.011 0.017 0.062 0.117 0.241 0.285 0.242 21 E 0.006 0.017 0.025 0.121 0.164 0.188 0.231 0.118 0.078 0.034 0.017 22 L 0.003 0.004 0.004 0.008 0.008 0.015 0.064 0.134 0.250 0.278 0.232 23 V 0.006 0.013 0.015 0.064 0.088 0.119 0.203 0.166 0.168 0.106 0.052 24 Y 0.010 0.030 0.030 0.064 0.061 0.090 0.176 0.168 0.187 0.122 0.063 25 I 0.012 0.018 0.018 0.043 0.048 0.062 0.139 0.166 0.216 0.177 0.101 26 D 0.022 0.056 0.038 0.138 0.147 0.141 0.177 0.116 0.093 0.048 0.024 27 C 0.034 0.035 0.016 0.060 0.076 0.100 0.174 0.167 0.170 0.115 0.053 28 P 0.187 0.181 0.071 0.193 0.135 0.093 0.075 0.031 0.021 0.009 0.004 29 C 0.049 0.037 0.015 0.049 0.062 0.093 0.170 0.155 0.166 0.127 0.078 30 E 0.348 0.224 0.073 0.160 0.082 0.044 0.032 0.014 0.011 0.007 0.006 31 P 0.311 0.172 0.049 0.144 0.107 0.083 0.065 0.030 0.021 0.012 0.007 32 I 0.045 0.027 0.012 0.048 0.055 0.081 0.148 0.141 0.174 0.151 0.117 33 P 0.191 0.244 0.073 0.190 0.124 0.076 0.052 0.021 0.015 0.008 0.006 34 P 0.059 0.042 0.024 0.076 0.090 0.109 0.183 0.147 0.135 0.087 0.049 35 T 0.060 0.092 0.044 0.205 0.200 0.157 0.131 0.051 0.033 0.017 0.009 36 L 0.003 0.005 0.005 0.019 0.021 0.034 0.106 0.146 0.242 0.239 0.179 37 A 0.011 0.033 0.034 0.136 0.146 0.145 0.178 0.119 0.098 0.062 0.037 38 I 0.006 0.014 0.015 0.035 0.039 0.051 0.134 0.174 0.224 0.187 0.121 39 Y 0.005 0.014 0.018 0.079 0.098 0.112 0.206 0.167 0.164 0.094 0.043 40 D 0.010 0.027 0.022 0.098 0.127 0.141 0.214 0.151 0.118 0.063 0.031 41 K 0.125 0.160 0.092 0.249 0.160 0.098 0.065 0.025 0.016 0.006 0.002 42 K 0.133 0.122 0.067 0.165 0.138 0.132 0.128 0.056 0.034 0.017 0.007 43 G 0.414 0.230 0.080 0.130 0.063 0.033 0.026 0.011 0.007 0.004 0.002 44 D 0.147 0.188 0.069 0.210 0.143 0.099 0.079 0.033 0.019 0.009 0.003 45 E 0.193 0.242 0.105 0.239 0.122 0.056 0.028 0.008 0.005 0.002 0.001 46 W 0.015 0.015 0.017 0.056 0.070 0.096 0.186 0.161 0.175 0.120 0.089 47 Y 0.009 0.020 0.027 0.071 0.107 0.158 0.256 0.149 0.115 0.060 0.029 48 K 0.027 0.157 0.166 0.361 0.177 0.065 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 49 V 0.004 0.005 0.004 0.010 0.018 0.036 0.120 0.165 0.243 0.220 0.174 50 E 0.202 0.229 0.116 0.250 0.124 0.049 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 51 E 0.278 0.198 0.086 0.177 0.104 0.069 0.054 0.017 0.010 0.005 0.002 52 A 0.079 0.092 0.059 0.136 0.124 0.126 0.150 0.096 0.073 0.043 0.023 53 P 0.270 0.153 0.043 0.079 0.080 0.098 0.126 0.064 0.049 0.025 0.013 54 N 0.338 0.328 0.076 0.126 0.063 0.034 0.021 0.006 0.004 0.002 0.001 55 V 0.046 0.026 0.014 0.044 0.064 0.099 0.170 0.149 0.170 0.126 0.093 56 Q 0.468 0.197 0.093 0.142 0.057 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 57 N 0.132 0.285 0.140 0.232 0.112 0.056 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 58 Y 0.015 0.020 0.023 0.041 0.059 0.113 0.225 0.172 0.163 0.111 0.057 59 R 0.150 0.100 0.133 0.226 0.180 0.125 0.066 0.013 0.006 0.002 0.001 60 E 0.089 0.132 0.479 0.168 0.065 0.033 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 61 A 0.011 0.024 0.074 0.085 0.094 0.162 0.276 0.122 0.087 0.044 0.021 62 V 0.005 0.009 0.055 0.037 0.034 0.076 0.296 0.190 0.157 0.100 0.042 63 E 0.021 0.048 0.608 0.199 0.083 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 64 W 0.003 0.021 0.168 0.136 0.172 0.220 0.197 0.052 0.022 0.007 0.002 65 A 0.001 0.002 0.020 0.012 0.012 0.019 0.103 0.142 0.276 0.257 0.158 66 I 0.003 0.008 0.116 0.048 0.055 0.122 0.356 0.139 0.084 0.050 0.020 67 E 0.001 0.017 0.439 0.322 0.148 0.050 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 68 V 0.001 0.003 0.030 0.013 0.015 0.031 0.168 0.168 0.258 0.201 0.113 69 L 0.001 0.003 0.041 0.030 0.031 0.048 0.173 0.164 0.215 0.188 0.108 70 E 0.007 0.030 0.361 0.149 0.135 0.130 0.120 0.038 0.019 0.008 0.003 71 R 0.003 0.020 0.131 0.168 0.193 0.200 0.184 0.058 0.028 0.011 0.004 72 I 0.001 0.003 0.008 0.008 0.010 0.019 0.093 0.128 0.253 0.269 0.208 73 R 0.023 0.050 0.064 0.125 0.175 0.210 0.208 0.074 0.043 0.020 0.009 74 D 0.201 0.284 0.222 0.189 0.061 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 75 G 0.269 0.131 0.059 0.118 0.100 0.099 0.106 0.048 0.035 0.023 0.012 76 E 0.379 0.230 0.065 0.122 0.073 0.048 0.041 0.016 0.012 0.007 0.006 77 N 0.141 0.169 0.067 0.152 0.119 0.096 0.103 0.060 0.047 0.028 0.018 78 V 0.067 0.052 0.034 0.089 0.105 0.139 0.167 0.111 0.107 0.075 0.054 79 K 0.205 0.202 0.147 0.227 0.108 0.055 0.031 0.011 0.007 0.004 0.002 80 L 0.021 0.035 0.043 0.098 0.105 0.131 0.204 0.132 0.115 0.073 0.042 81 V 0.027 0.023 0.019 0.041 0.048 0.066 0.128 0.137 0.189 0.174 0.147 82 S 0.098 0.163 0.078 0.196 0.149 0.110 0.099 0.045 0.035 0.019 0.009 83 L 0.029 0.031 0.031 0.060 0.073 0.102 0.173 0.140 0.155 0.121 0.085 84 D 0.193 0.200 0.082 0.160 0.109 0.083 0.082 0.039 0.027 0.015 0.010 85 G 0.329 0.131 0.046 0.118 0.100 0.083 0.089 0.043 0.031 0.019 0.010 86 P 0.421 0.210 0.073 0.114 0.068 0.041 0.032 0.014 0.013 0.008 0.005 87 A 0.051 0.045 0.017 0.054 0.069 0.096 0.150 0.124 0.153 0.129 0.110 88 P 0.131 0.206 0.068 0.156 0.123 0.102 0.097 0.047 0.035 0.020 0.014 89 P 0.339 0.186 0.088 0.155 0.108 0.064 0.040 0.012 0.005 0.002 0.001 90 K 0.528 0.170 0.087 0.109 0.053 0.029 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 91 V 0.008 0.015 0.017 0.051 0.062 0.102 0.229 0.179 0.176 0.107 0.054 92 M 0.006 0.008 0.041 0.049 0.066 0.127 0.279 0.164 0.141 0.082 0.037 93 K 0.032 0.072 0.575 0.202 0.076 0.027 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 94 R 0.010 0.039 0.221 0.195 0.175 0.171 0.134 0.035 0.015 0.004 0.001 95 L 0.002 0.006 0.052 0.022 0.018 0.030 0.130 0.148 0.222 0.219 0.150 96 S 0.016 0.034 0.288 0.190 0.168 0.149 0.123 0.022 0.008 0.002 0.001 97 L 0.020 0.048 0.743 0.134 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.020 0.024 0.129 0.061 0.087 0.182 0.320 0.097 0.054 0.021 0.006 99 L 0.003 0.008 0.101 0.034 0.030 0.055 0.238 0.167 0.172 0.126 0.067 100 Q 0.008 0.041 0.609 0.168 0.095 0.045 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 101 K 0.029 0.076 0.566 0.185 0.083 0.041 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 102 L 0.019 0.029 0.099 0.042 0.040 0.065 0.204 0.140 0.159 0.126 0.077 103 T 0.057 0.138 0.183 0.124 0.106 0.108 0.137 0.063 0.047 0.026 0.011 104 E 0.328 0.194 0.299 0.105 0.040 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001