# TARGET T0343 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.369 0.079 0.008 0.272 0.008 0.013 0.091 0.025 0.032 0.031 2 T 0.042 0.434 0.188 0.004 0.109 0.002 0.004 0.166 0.020 0.018 0.012 3 W 0.009 0.007 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 0.792 0.150 0.020 0.006 4 R 0.002 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.876 0.097 0.005 0.001 5 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.946 0.037 0.003 0.001 6 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.934 0.037 0.005 0.001 7 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.883 0.071 0.021 0.002 8 R 0.005 0.018 0.014 0.002 0.005 0.005 0.022 0.783 0.122 0.021 0.004 9 K 0.003 0.017 0.013 0.007 0.007 0.018 0.131 0.675 0.098 0.028 0.002 10 E 0.006 0.551 0.269 0.040 0.058 0.009 0.023 0.023 0.007 0.012 0.003 11 G 0.046 0.032 0.030 0.049 0.022 0.021 0.015 0.041 0.042 0.468 0.233 12 F 0.191 0.155 0.034 0.011 0.297 0.018 0.033 0.083 0.045 0.065 0.068 13 L 0.102 0.317 0.104 0.019 0.329 0.016 0.016 0.033 0.020 0.016 0.028 14 D 0.437 0.086 0.043 0.004 0.322 0.003 0.009 0.010 0.004 0.011 0.070 15 L 0.089 0.075 0.028 0.038 0.099 0.042 0.057 0.166 0.244 0.105 0.058 16 G 0.008 0.015 0.014 0.087 0.013 0.131 0.132 0.213 0.179 0.196 0.012 17 E 0.137 0.155 0.044 0.024 0.297 0.013 0.035 0.123 0.072 0.077 0.022 18 F 0.220 0.122 0.014 0.005 0.557 0.006 0.006 0.013 0.006 0.013 0.038 19 I 0.337 0.030 0.003 0.002 0.560 0.003 0.005 0.005 0.002 0.003 0.050 20 V 0.263 0.095 0.007 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 21 E 0.296 0.097 0.006 0.001 0.552 0.002 0.004 0.005 0.002 0.005 0.030 22 L 0.482 0.045 0.004 0.002 0.408 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.044 23 V 0.164 0.131 0.010 0.012 0.541 0.029 0.032 0.029 0.013 0.010 0.031 24 Y 0.290 0.130 0.020 0.002 0.487 0.002 0.003 0.010 0.005 0.017 0.034 25 I 0.241 0.179 0.033 0.021 0.303 0.021 0.027 0.046 0.026 0.034 0.071 26 D 0.086 0.102 0.074 0.097 0.169 0.076 0.109 0.051 0.058 0.124 0.054 27 C 0.107 0.225 0.169 0.031 0.226 0.015 0.031 0.058 0.054 0.047 0.037 28 P 0.047 0.114 0.051 0.029 0.107 0.030 0.099 0.201 0.161 0.131 0.030 29 C 0.092 0.132 0.130 0.055 0.119 0.038 0.046 0.052 0.069 0.193 0.074 30 E 0.017 0.377 0.318 0.043 0.129 0.020 0.026 0.043 0.017 0.007 0.004 31 P 0.208 0.153 0.126 0.013 0.215 0.013 0.027 0.051 0.032 0.075 0.087 32 I 0.022 0.341 0.487 0.017 0.086 0.005 0.015 0.013 0.005 0.005 0.005 33 P 0.047 0.386 0.268 0.049 0.150 0.023 0.022 0.020 0.007 0.010 0.017 34 P 0.161 0.258 0.042 0.006 0.363 0.007 0.009 0.027 0.040 0.043 0.045 35 T 0.193 0.101 0.018 0.009 0.450 0.020 0.056 0.049 0.031 0.040 0.033 36 L 0.266 0.077 0.008 0.001 0.621 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.018 37 A 0.177 0.087 0.006 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 38 I 0.399 0.045 0.005 0.001 0.443 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.093 39 Y 0.138 0.293 0.048 0.007 0.435 0.004 0.004 0.005 0.004 0.017 0.045 40 D 0.173 0.236 0.137 0.018 0.311 0.009 0.011 0.020 0.016 0.024 0.045 41 K 0.041 0.082 0.131 0.061 0.045 0.040 0.072 0.258 0.174 0.070 0.026 42 K 0.012 0.157 0.115 0.128 0.034 0.137 0.233 0.105 0.041 0.031 0.010 43 G 0.049 0.123 0.095 0.106 0.072 0.051 0.031 0.027 0.034 0.298 0.115 44 D 0.111 0.126 0.052 0.020 0.161 0.017 0.020 0.084 0.095 0.219 0.095 45 E 0.142 0.211 0.058 0.007 0.320 0.005 0.010 0.092 0.058 0.059 0.037 46 W 0.240 0.135 0.035 0.011 0.357 0.014 0.021 0.076 0.036 0.031 0.046 47 Y 0.115 0.318 0.051 0.004 0.444 0.003 0.005 0.030 0.007 0.007 0.016 48 K 0.286 0.154 0.024 0.001 0.432 0.001 0.004 0.032 0.006 0.014 0.045 49 V 0.262 0.137 0.043 0.022 0.273 0.029 0.036 0.076 0.034 0.032 0.058 50 E 0.049 0.126 0.086 0.077 0.111 0.087 0.148 0.174 0.076 0.046 0.020 51 E 0.083 0.194 0.220 0.040 0.127 0.012 0.033 0.069 0.042 0.134 0.049 52 A 0.049 0.314 0.259 0.079 0.148 0.022 0.017 0.059 0.021 0.015 0.018 53 P 0.043 0.187 0.069 0.028 0.110 0.055 0.080 0.213 0.150 0.044 0.020 54 N 0.142 0.085 0.034 0.009 0.140 0.009 0.019 0.115 0.074 0.239 0.133 55 V 0.132 0.091 0.022 0.009 0.190 0.007 0.010 0.241 0.121 0.111 0.065 56 Q 0.012 0.033 0.014 0.022 0.033 0.106 0.137 0.512 0.089 0.034 0.008 57 N 0.093 0.097 0.050 0.007 0.100 0.003 0.010 0.394 0.064 0.129 0.053 58 Y 0.034 0.017 0.005 0.002 0.036 0.002 0.004 0.679 0.136 0.062 0.023 59 R 0.008 0.021 0.005 0.003 0.017 0.006 0.013 0.790 0.118 0.014 0.005 60 E 0.007 0.008 0.003 0.001 0.008 0.002 0.016 0.880 0.065 0.008 0.003 61 A 0.001 0.004 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.910 0.052 0.012 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.088 0.008 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.033 0.001 0.001 64 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.910 0.074 0.012 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.061 0.003 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.016 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.002 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.092 0.004 0.001 70 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.916 0.071 0.002 0.001 71 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.898 0.062 0.006 0.001 72 I 0.011 0.007 0.004 0.002 0.008 0.006 0.045 0.775 0.119 0.019 0.004 73 R 0.009 0.023 0.018 0.019 0.013 0.034 0.092 0.620 0.130 0.037 0.005 74 D 0.010 0.318 0.168 0.079 0.053 0.037 0.112 0.121 0.037 0.055 0.009 75 G 0.030 0.047 0.061 0.078 0.025 0.020 0.013 0.052 0.070 0.466 0.138 76 E 0.049 0.156 0.041 0.019 0.144 0.042 0.118 0.240 0.128 0.045 0.018 77 N 0.204 0.072 0.018 0.006 0.204 0.005 0.013 0.060 0.075 0.207 0.135 78 V 0.129 0.329 0.073 0.010 0.352 0.005 0.008 0.033 0.023 0.016 0.022 79 K 0.134 0.209 0.054 0.012 0.305 0.022 0.058 0.120 0.039 0.021 0.026 80 L 0.282 0.095 0.021 0.008 0.286 0.009 0.029 0.088 0.046 0.060 0.077 81 V 0.152 0.226 0.039 0.015 0.341 0.018 0.022 0.046 0.030 0.047 0.065 82 S 0.199 0.167 0.066 0.010 0.359 0.006 0.010 0.031 0.018 0.069 0.064 83 L 0.184 0.135 0.042 0.018 0.244 0.019 0.031 0.087 0.069 0.098 0.072 84 D 0.056 0.106 0.140 0.112 0.097 0.042 0.056 0.066 0.075 0.200 0.049 85 G 0.011 0.138 0.340 0.219 0.038 0.039 0.032 0.079 0.049 0.047 0.009 86 P 0.055 0.219 0.236 0.032 0.095 0.025 0.081 0.064 0.045 0.106 0.042 87 A 0.018 0.398 0.430 0.024 0.076 0.006 0.013 0.015 0.005 0.006 0.008 88 P 0.009 0.555 0.326 0.009 0.058 0.003 0.003 0.020 0.007 0.008 0.003 89 P 0.005 0.027 0.016 0.004 0.015 0.011 0.018 0.695 0.198 0.008 0.003 90 K 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.005 0.826 0.114 0.029 0.006 91 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.917 0.057 0.015 0.001 92 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.946 0.045 0.005 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.028 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.016 0.003 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.055 0.016 0.001 96 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.051 0.003 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.035 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.945 0.035 0.009 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.816 0.154 0.025 0.001 100 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.810 0.162 0.006 0.001 101 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.030 0.715 0.144 0.097 0.002 102 L 0.024 0.028 0.014 0.005 0.033 0.014 0.089 0.500 0.173 0.105 0.015 103 T 0.029 0.153 0.069 0.027 0.070 0.016 0.037 0.307 0.143 0.129 0.021 104 E 0.022 0.071 0.052 0.024 0.043 0.020 0.042 0.396 0.205 0.111 0.016