# TARGET T0343 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.819 0.120 0.038 0.016 0.006 0.001 0.001 2 T 0.735 0.198 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 3 W 0.282 0.202 0.199 0.203 0.097 0.017 0.001 4 R 0.187 0.272 0.296 0.183 0.053 0.009 0.001 5 E 0.678 0.263 0.046 0.010 0.002 0.001 0.001 6 I 0.198 0.299 0.296 0.171 0.032 0.003 0.001 7 L 0.050 0.047 0.097 0.301 0.382 0.121 0.002 8 R 0.306 0.334 0.235 0.101 0.021 0.003 0.001 9 K 0.751 0.204 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 10 E 0.444 0.282 0.161 0.083 0.026 0.005 0.001 11 G 0.201 0.218 0.230 0.200 0.112 0.038 0.001 12 F 0.211 0.247 0.233 0.175 0.092 0.038 0.003 13 L 0.279 0.183 0.154 0.165 0.133 0.077 0.010 14 D 0.281 0.305 0.212 0.129 0.054 0.016 0.001 15 L 0.203 0.142 0.155 0.223 0.198 0.071 0.006 16 G 0.325 0.347 0.197 0.096 0.027 0.006 0.001 17 E 0.340 0.336 0.213 0.088 0.018 0.004 0.001 18 F 0.057 0.086 0.122 0.202 0.272 0.234 0.026 19 I 0.021 0.057 0.143 0.304 0.291 0.157 0.028 20 V 0.021 0.041 0.056 0.091 0.194 0.410 0.188 21 E 0.020 0.059 0.127 0.270 0.255 0.194 0.075 22 L 0.012 0.017 0.021 0.051 0.171 0.453 0.275 23 V 0.036 0.073 0.154 0.247 0.210 0.204 0.077 24 Y 0.051 0.094 0.144 0.225 0.232 0.197 0.057 25 I 0.089 0.105 0.130 0.185 0.221 0.205 0.064 26 D 0.184 0.219 0.204 0.199 0.118 0.063 0.014 27 C 0.262 0.212 0.179 0.146 0.108 0.072 0.021 28 P 0.384 0.308 0.158 0.100 0.036 0.012 0.003 29 C 0.257 0.182 0.157 0.182 0.139 0.071 0.010 30 E 0.372 0.260 0.175 0.121 0.051 0.018 0.003 31 P 0.328 0.307 0.198 0.110 0.042 0.014 0.002 32 I 0.141 0.124 0.160 0.228 0.219 0.115 0.013 33 P 0.279 0.307 0.211 0.129 0.053 0.017 0.003 34 P 0.129 0.172 0.192 0.215 0.166 0.106 0.021 35 T 0.086 0.153 0.213 0.248 0.179 0.106 0.014 36 L 0.039 0.049 0.080 0.164 0.275 0.330 0.064 37 A 0.077 0.108 0.148 0.198 0.208 0.219 0.041 38 I 0.056 0.065 0.103 0.193 0.284 0.266 0.033 39 Y 0.043 0.061 0.100 0.223 0.323 0.227 0.023 40 D 0.124 0.269 0.280 0.219 0.089 0.018 0.001 41 K 0.315 0.401 0.198 0.070 0.014 0.002 0.001 42 K 0.402 0.277 0.175 0.105 0.034 0.007 0.001 43 G 0.648 0.227 0.081 0.033 0.010 0.002 0.001 44 D 0.509 0.318 0.124 0.041 0.008 0.001 0.001 45 E 0.303 0.361 0.213 0.095 0.024 0.004 0.001 46 W 0.052 0.187 0.279 0.297 0.155 0.029 0.001 47 Y 0.024 0.058 0.148 0.320 0.340 0.106 0.004 48 K 0.109 0.385 0.343 0.137 0.023 0.002 0.001 49 V 0.040 0.087 0.193 0.361 0.266 0.052 0.001 50 E 0.415 0.370 0.154 0.051 0.009 0.001 0.001 51 E 0.557 0.301 0.102 0.033 0.005 0.001 0.001 52 A 0.382 0.328 0.191 0.082 0.015 0.002 0.001 53 P 0.377 0.253 0.189 0.131 0.043 0.006 0.001 54 N 0.513 0.334 0.112 0.032 0.007 0.001 0.001 55 V 0.171 0.196 0.254 0.256 0.106 0.017 0.001 56 Q 0.520 0.282 0.126 0.053 0.016 0.003 0.001 57 N 0.419 0.320 0.162 0.072 0.022 0.004 0.001 58 Y 0.152 0.145 0.217 0.286 0.157 0.041 0.002 59 R 0.400 0.341 0.170 0.068 0.017 0.003 0.001 60 E 0.362 0.297 0.176 0.104 0.044 0.015 0.002 61 A 0.133 0.188 0.186 0.219 0.173 0.093 0.008 62 V 0.036 0.068 0.141 0.285 0.303 0.153 0.015 63 E 0.129 0.294 0.286 0.182 0.078 0.026 0.004 64 W 0.052 0.123 0.212 0.289 0.214 0.100 0.011 65 A 0.010 0.016 0.029 0.079 0.244 0.503 0.120 66 I 0.023 0.050 0.108 0.234 0.315 0.240 0.030 67 E 0.076 0.214 0.273 0.250 0.122 0.056 0.009 68 V 0.020 0.034 0.079 0.199 0.300 0.316 0.052 69 L 0.014 0.023 0.040 0.111 0.270 0.436 0.107 70 E 0.081 0.163 0.212 0.252 0.185 0.093 0.015 71 R 0.086 0.214 0.273 0.241 0.130 0.049 0.007 72 I 0.035 0.048 0.086 0.212 0.312 0.269 0.038 73 R 0.152 0.211 0.254 0.211 0.114 0.051 0.006 74 D 0.358 0.355 0.172 0.078 0.027 0.008 0.002 75 G 0.368 0.252 0.173 0.121 0.059 0.023 0.004 76 E 0.533 0.238 0.117 0.069 0.032 0.011 0.001 77 N 0.323 0.260 0.191 0.138 0.065 0.021 0.002 78 V 0.285 0.230 0.203 0.176 0.083 0.022 0.002 79 K 0.446 0.307 0.151 0.068 0.022 0.005 0.001 80 L 0.197 0.207 0.221 0.211 0.120 0.040 0.003 81 V 0.153 0.123 0.141 0.219 0.222 0.128 0.014 82 S 0.282 0.278 0.215 0.144 0.059 0.020 0.003 83 L 0.262 0.175 0.167 0.193 0.131 0.064 0.009 84 D 0.457 0.281 0.133 0.076 0.035 0.016 0.002 85 G 0.392 0.256 0.171 0.117 0.047 0.016 0.002 86 P 0.481 0.286 0.129 0.067 0.027 0.009 0.001 87 A 0.158 0.175 0.198 0.236 0.156 0.069 0.007 88 P 0.211 0.253 0.244 0.164 0.084 0.038 0.005 89 P 0.406 0.313 0.169 0.081 0.024 0.006 0.001 90 K 0.317 0.359 0.200 0.087 0.029 0.007 0.001 91 V 0.072 0.108 0.167 0.284 0.258 0.108 0.004 92 M 0.048 0.113 0.207 0.304 0.243 0.082 0.003 93 K 0.438 0.405 0.118 0.032 0.005 0.001 0.001 94 R 0.213 0.299 0.280 0.165 0.037 0.005 0.001 95 L 0.129 0.073 0.091 0.221 0.329 0.155 0.003 96 S 0.316 0.279 0.234 0.123 0.039 0.008 0.001 97 L 0.504 0.334 0.117 0.035 0.008 0.002 0.001 98 A 0.320 0.248 0.223 0.145 0.053 0.011 0.001 99 L 0.294 0.117 0.143 0.216 0.168 0.059 0.001 100 Q 0.587 0.269 0.105 0.030 0.006 0.001 0.001 101 K 0.732 0.204 0.047 0.013 0.003 0.001 0.001 102 L 0.601 0.163 0.121 0.085 0.025 0.004 0.001 103 T 0.772 0.152 0.050 0.020 0.005 0.001 0.001 104 E 0.898 0.083 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001