# TARGET T0343 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.401 0.147 0.109 0.118 0.093 0.057 0.033 0.019 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 2 T 0.431 0.264 0.162 0.076 0.034 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 W 0.057 0.042 0.071 0.129 0.200 0.219 0.118 0.072 0.061 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 4 R 0.202 0.192 0.179 0.199 0.127 0.051 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.735 0.198 0.048 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.159 0.170 0.189 0.193 0.174 0.066 0.028 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.068 0.049 0.105 0.180 0.220 0.167 0.120 0.062 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 R 0.526 0.240 0.120 0.065 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.694 0.197 0.060 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.415 0.301 0.164 0.064 0.036 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.303 0.166 0.165 0.111 0.107 0.085 0.035 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 12 F 0.106 0.074 0.090 0.147 0.271 0.158 0.076 0.033 0.030 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 13 L 0.133 0.075 0.078 0.175 0.157 0.122 0.098 0.076 0.035 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 14 D 0.376 0.274 0.148 0.091 0.045 0.031 0.018 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.062 0.041 0.072 0.126 0.188 0.186 0.121 0.072 0.062 0.034 0.022 0.009 0.003 0.001 16 G 0.126 0.121 0.145 0.170 0.143 0.111 0.092 0.045 0.022 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 17 E 0.150 0.140 0.141 0.127 0.142 0.109 0.077 0.043 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 18 F 0.018 0.017 0.033 0.066 0.116 0.149 0.150 0.153 0.111 0.091 0.054 0.023 0.014 0.005 19 I 0.024 0.029 0.043 0.100 0.142 0.155 0.146 0.089 0.093 0.073 0.047 0.035 0.012 0.012 20 V 0.010 0.006 0.008 0.017 0.023 0.047 0.085 0.128 0.190 0.168 0.148 0.112 0.041 0.017 21 E 0.008 0.009 0.015 0.028 0.042 0.060 0.091 0.221 0.181 0.131 0.104 0.056 0.038 0.017 22 L 0.005 0.003 0.005 0.007 0.013 0.026 0.038 0.084 0.117 0.169 0.190 0.174 0.106 0.063 23 V 0.010 0.005 0.008 0.014 0.024 0.036 0.066 0.110 0.160 0.204 0.130 0.129 0.064 0.040 24 Y 0.010 0.010 0.013 0.027 0.043 0.066 0.097 0.132 0.159 0.144 0.137 0.087 0.043 0.034 25 I 0.011 0.010 0.015 0.029 0.046 0.090 0.117 0.132 0.144 0.132 0.139 0.075 0.035 0.025 26 D 0.026 0.041 0.056 0.087 0.131 0.130 0.152 0.123 0.106 0.067 0.043 0.021 0.009 0.008 27 C 0.056 0.056 0.073 0.101 0.128 0.134 0.118 0.119 0.087 0.060 0.039 0.017 0.008 0.004 28 P 0.078 0.074 0.091 0.126 0.157 0.153 0.110 0.084 0.063 0.033 0.017 0.009 0.004 0.002 29 C 0.087 0.065 0.070 0.124 0.157 0.132 0.110 0.085 0.083 0.048 0.022 0.010 0.005 0.002 30 E 0.195 0.172 0.173 0.183 0.103 0.073 0.052 0.024 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 31 P 0.264 0.188 0.163 0.119 0.098 0.068 0.043 0.024 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 32 I 0.051 0.061 0.099 0.150 0.181 0.161 0.121 0.095 0.038 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 33 P 0.125 0.172 0.159 0.143 0.135 0.089 0.074 0.052 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 34 P 0.021 0.025 0.047 0.083 0.140 0.153 0.159 0.112 0.102 0.084 0.041 0.019 0.010 0.006 35 T 0.009 0.014 0.025 0.056 0.108 0.133 0.152 0.128 0.123 0.099 0.080 0.036 0.019 0.018 36 L 0.004 0.002 0.004 0.008 0.014 0.031 0.050 0.062 0.112 0.147 0.195 0.187 0.109 0.074 37 A 0.004 0.003 0.005 0.012 0.019 0.031 0.064 0.140 0.153 0.154 0.157 0.134 0.084 0.042 38 I 0.002 0.002 0.002 0.006 0.010 0.023 0.040 0.104 0.130 0.163 0.232 0.161 0.094 0.030 39 Y 0.005 0.008 0.012 0.033 0.053 0.098 0.130 0.176 0.158 0.136 0.100 0.052 0.025 0.013 40 D 0.043 0.067 0.072 0.122 0.172 0.130 0.108 0.090 0.088 0.049 0.036 0.015 0.004 0.004 41 K 0.079 0.122 0.150 0.192 0.165 0.108 0.073 0.043 0.040 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 42 K 0.169 0.191 0.170 0.156 0.116 0.088 0.046 0.028 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 43 G 0.302 0.227 0.198 0.113 0.080 0.039 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.437 0.236 0.155 0.077 0.050 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.263 0.216 0.161 0.128 0.122 0.052 0.028 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 46 W 0.059 0.064 0.087 0.125 0.186 0.138 0.133 0.116 0.048 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 47 Y 0.070 0.046 0.053 0.103 0.123 0.162 0.142 0.117 0.070 0.056 0.033 0.015 0.007 0.003 48 K 0.087 0.078 0.111 0.139 0.161 0.117 0.104 0.079 0.056 0.030 0.020 0.013 0.004 0.002 49 V 0.033 0.014 0.022 0.040 0.073 0.114 0.111 0.177 0.136 0.146 0.073 0.039 0.019 0.004 50 E 0.112 0.116 0.158 0.185 0.155 0.114 0.072 0.035 0.026 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 51 E 0.250 0.120 0.104 0.146 0.148 0.086 0.054 0.032 0.027 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 52 A 0.175 0.159 0.165 0.166 0.136 0.081 0.058 0.028 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 53 P 0.333 0.169 0.148 0.117 0.085 0.068 0.038 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 54 N 0.323 0.187 0.181 0.117 0.104 0.045 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.154 0.080 0.090 0.145 0.187 0.144 0.086 0.056 0.030 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 56 Q 0.406 0.220 0.118 0.111 0.069 0.036 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.308 0.179 0.173 0.123 0.095 0.055 0.032 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.059 0.036 0.062 0.119 0.192 0.213 0.141 0.089 0.050 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 59 R 0.201 0.173 0.190 0.165 0.131 0.066 0.037 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 60 E 0.320 0.191 0.136 0.137 0.095 0.057 0.028 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 A 0.105 0.095 0.104 0.171 0.185 0.140 0.094 0.062 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 62 V 0.030 0.032 0.063 0.121 0.158 0.199 0.178 0.130 0.051 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 63 E 0.243 0.239 0.186 0.119 0.098 0.054 0.032 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 W 0.060 0.082 0.129 0.175 0.188 0.161 0.093 0.057 0.028 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 65 A 0.019 0.019 0.032 0.095 0.166 0.182 0.208 0.147 0.082 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 66 I 0.038 0.048 0.065 0.096 0.136 0.208 0.188 0.100 0.065 0.029 0.018 0.007 0.003 0.001 67 E 0.143 0.143 0.170 0.164 0.150 0.094 0.061 0.034 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 68 V 0.023 0.021 0.042 0.082 0.131 0.191 0.178 0.137 0.097 0.051 0.029 0.010 0.004 0.002 69 L 0.020 0.019 0.038 0.081 0.155 0.189 0.165 0.120 0.118 0.060 0.021 0.010 0.004 0.001 70 E 0.177 0.196 0.146 0.156 0.121 0.070 0.053 0.044 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 71 R 0.080 0.113 0.142 0.171 0.167 0.123 0.105 0.063 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 72 I 0.028 0.021 0.055 0.099 0.159 0.184 0.238 0.132 0.050 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 73 R 0.104 0.107 0.221 0.180 0.176 0.107 0.062 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.400 0.154 0.124 0.122 0.110 0.049 0.019 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 G 0.248 0.198 0.124 0.198 0.128 0.050 0.025 0.012 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 76 E 0.461 0.251 0.135 0.073 0.034 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.206 0.139 0.174 0.138 0.150 0.095 0.049 0.022 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 78 V 0.096 0.070 0.097 0.130 0.172 0.146 0.110 0.093 0.038 0.026 0.015 0.004 0.002 0.001 79 K 0.148 0.121 0.096 0.134 0.142 0.099 0.075 0.069 0.046 0.035 0.020 0.008 0.004 0.002 80 L 0.031 0.032 0.048 0.087 0.127 0.119 0.134 0.162 0.110 0.074 0.037 0.025 0.008 0.005 81 V 0.027 0.016 0.024 0.044 0.064 0.117 0.115 0.163 0.129 0.124 0.080 0.057 0.030 0.008 82 S 0.081 0.075 0.091 0.136 0.134 0.116 0.110 0.079 0.077 0.041 0.032 0.020 0.006 0.004 83 L 0.045 0.032 0.044 0.081 0.103 0.159 0.127 0.109 0.105 0.093 0.064 0.025 0.009 0.003 84 D 0.208 0.173 0.153 0.134 0.125 0.086 0.051 0.027 0.025 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 85 G 0.228 0.179 0.161 0.156 0.112 0.065 0.043 0.026 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 86 P 0.370 0.219 0.147 0.096 0.072 0.045 0.024 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 87 A 0.203 0.153 0.151 0.147 0.127 0.097 0.060 0.033 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 88 P 0.213 0.165 0.150 0.130 0.132 0.098 0.059 0.029 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 89 P 0.303 0.203 0.164 0.117 0.102 0.053 0.028 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 90 K 0.256 0.171 0.162 0.139 0.112 0.067 0.044 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 91 V 0.051 0.037 0.051 0.097 0.157 0.181 0.144 0.127 0.089 0.036 0.020 0.007 0.003 0.001 92 M 0.043 0.051 0.074 0.150 0.174 0.174 0.139 0.083 0.059 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 93 K 0.479 0.243 0.116 0.072 0.039 0.021 0.014 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 94 R 0.166 0.164 0.187 0.150 0.136 0.085 0.060 0.028 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 95 L 0.021 0.019 0.046 0.095 0.179 0.229 0.193 0.126 0.055 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 96 S 0.199 0.175 0.226 0.158 0.134 0.057 0.028 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.499 0.176 0.104 0.096 0.063 0.030 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.143 0.148 0.119 0.196 0.175 0.105 0.058 0.032 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 99 L 0.032 0.035 0.066 0.146 0.195 0.188 0.144 0.098 0.062 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 100 Q 0.446 0.200 0.132 0.093 0.055 0.039 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.424 0.203 0.162 0.091 0.064 0.029 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.088 0.048 0.070 0.138 0.191 0.179 0.140 0.083 0.036 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 103 T 0.206 0.139 0.191 0.150 0.138 0.085 0.051 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 104 E 0.586 0.155 0.096 0.067 0.045 0.023 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001