# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.036 0.625 0.002 0.004 0.044 0.001 0.001 0.004 0.172 0.019 0.074 0.015 2 T 0.003 0.059 0.664 0.001 0.002 0.082 0.001 0.001 0.005 0.047 0.005 0.009 0.124 3 W 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 4 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 7 L 0.001 0.003 0.016 0.001 0.011 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.002 0.002 8 R 0.002 0.004 0.027 0.006 0.026 0.833 0.001 0.001 0.001 0.013 0.082 0.002 0.005 9 K 0.002 0.001 0.052 0.002 0.038 0.660 0.001 0.001 0.001 0.038 0.197 0.005 0.004 10 E 0.001 0.003 0.060 0.001 0.034 0.268 0.001 0.001 0.002 0.058 0.568 0.002 0.003 11 G 0.001 0.007 0.187 0.001 0.024 0.110 0.001 0.001 0.009 0.114 0.526 0.011 0.009 12 F 0.013 0.039 0.425 0.024 0.015 0.037 0.007 0.002 0.054 0.068 0.052 0.020 0.246 13 L 0.019 0.013 0.170 0.006 0.005 0.009 0.007 0.002 0.052 0.049 0.015 0.613 0.040 14 D 0.013 0.027 0.281 0.006 0.009 0.011 0.007 0.002 0.057 0.028 0.024 0.020 0.513 15 L 0.008 0.028 0.223 0.041 0.132 0.063 0.005 0.003 0.022 0.049 0.285 0.079 0.062 16 G 0.004 0.003 0.070 0.074 0.124 0.028 0.001 0.001 0.005 0.152 0.495 0.022 0.023 17 E 0.014 0.002 0.168 0.170 0.087 0.020 0.003 0.001 0.005 0.175 0.251 0.021 0.085 18 F 0.178 0.008 0.136 0.008 0.009 0.004 0.044 0.005 0.028 0.041 0.010 0.265 0.263 19 I 0.389 0.005 0.021 0.004 0.001 0.001 0.153 0.019 0.059 0.005 0.001 0.145 0.198 20 V 0.492 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.154 0.021 0.056 0.001 0.001 0.086 0.166 21 E 0.328 0.001 0.015 0.340 0.001 0.001 0.134 0.030 0.043 0.007 0.001 0.064 0.040 22 L 0.591 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.174 0.024 0.027 0.002 0.001 0.077 0.091 23 V 0.632 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.209 0.039 0.019 0.001 0.001 0.025 0.060 24 Y 0.478 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.251 0.091 0.049 0.002 0.001 0.074 0.032 25 I 0.281 0.003 0.122 0.010 0.001 0.001 0.147 0.134 0.094 0.013 0.010 0.047 0.137 26 D 0.091 0.015 0.421 0.017 0.002 0.001 0.035 0.017 0.076 0.130 0.019 0.054 0.120 27 C 0.002 0.009 0.454 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.411 0.014 0.049 0.019 28 P 0.001 0.010 0.441 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.008 0.256 0.230 0.004 0.029 29 C 0.003 0.066 0.387 0.005 0.044 0.006 0.001 0.001 0.005 0.258 0.186 0.016 0.022 30 E 0.001 0.013 0.438 0.002 0.026 0.004 0.001 0.001 0.004 0.383 0.090 0.029 0.010 31 P 0.001 0.020 0.680 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.004 0.107 0.115 0.001 0.051 32 I 0.001 0.041 0.528 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.331 0.034 0.042 0.006 33 P 0.001 0.011 0.803 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.129 0.017 0.003 0.021 34 P 0.002 0.009 0.818 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.018 0.085 0.013 0.021 0.019 35 T 0.069 0.009 0.405 0.053 0.006 0.001 0.029 0.010 0.058 0.099 0.007 0.089 0.164 36 L 0.357 0.002 0.044 0.019 0.002 0.001 0.140 0.068 0.074 0.011 0.001 0.140 0.141 37 A 0.537 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.209 0.101 0.040 0.001 0.001 0.056 0.042 38 I 0.715 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.158 0.023 0.011 0.001 0.001 0.039 0.048 39 Y 0.581 0.002 0.024 0.014 0.001 0.001 0.112 0.027 0.046 0.002 0.001 0.083 0.109 40 D 0.153 0.003 0.248 0.018 0.001 0.001 0.020 0.003 0.072 0.030 0.014 0.126 0.310 41 K 0.023 0.003 0.161 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.009 0.223 0.441 0.023 0.084 42 K 0.006 0.009 0.053 0.004 0.024 0.003 0.001 0.001 0.003 0.226 0.584 0.063 0.023 43 G 0.001 0.003 0.079 0.004 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.262 0.595 0.013 0.017 44 D 0.012 0.005 0.184 0.014 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.280 0.403 0.017 0.058 45 E 0.126 0.048 0.147 0.008 0.019 0.007 0.010 0.001 0.002 0.056 0.044 0.294 0.237 46 W 0.222 0.009 0.079 0.026 0.004 0.002 0.018 0.001 0.002 0.017 0.005 0.026 0.590 47 Y 0.228 0.003 0.054 0.006 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.005 0.001 0.631 0.046 48 K 0.271 0.007 0.018 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.070 0.603 49 V 0.205 0.005 0.125 0.120 0.011 0.006 0.021 0.001 0.007 0.008 0.007 0.274 0.211 50 E 0.155 0.004 0.152 0.029 0.029 0.006 0.015 0.001 0.004 0.064 0.044 0.173 0.325 51 E 0.031 0.008 0.266 0.017 0.043 0.008 0.006 0.001 0.003 0.269 0.106 0.084 0.158 52 A 0.001 0.009 0.628 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.276 0.013 0.028 0.024 53 P 0.001 0.006 0.622 0.005 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.099 0.207 0.006 0.011 54 N 0.002 0.021 0.487 0.001 0.042 0.026 0.001 0.001 0.004 0.135 0.248 0.009 0.024 55 V 0.002 0.030 0.555 0.004 0.062 0.049 0.002 0.001 0.010 0.162 0.083 0.008 0.033 56 Q 0.002 0.016 0.431 0.005 0.036 0.106 0.002 0.001 0.017 0.256 0.058 0.059 0.012 57 N 0.003 0.031 0.419 0.003 0.038 0.186 0.002 0.001 0.019 0.141 0.061 0.011 0.085 58 Y 0.002 0.012 0.180 0.004 0.046 0.598 0.001 0.002 0.012 0.053 0.067 0.010 0.014 59 R 0.001 0.002 0.029 0.001 0.014 0.896 0.001 0.002 0.003 0.018 0.027 0.003 0.004 60 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.008 0.937 0.001 0.001 0.003 0.013 0.011 0.002 0.003 61 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.005 0.950 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.001 0.002 62 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 72 I 0.002 0.002 0.028 0.001 0.006 0.929 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.002 0.005 73 R 0.002 0.011 0.079 0.001 0.014 0.778 0.001 0.001 0.004 0.021 0.070 0.009 0.009 74 D 0.001 0.002 0.023 0.002 0.010 0.254 0.001 0.001 0.001 0.033 0.667 0.002 0.003 75 G 0.001 0.001 0.074 0.003 0.010 0.035 0.001 0.001 0.001 0.087 0.784 0.003 0.002 76 E 0.001 0.013 0.599 0.002 0.018 0.046 0.001 0.001 0.005 0.166 0.111 0.009 0.029 77 N 0.004 0.041 0.520 0.013 0.021 0.036 0.003 0.001 0.025 0.129 0.086 0.031 0.087 78 V 0.021 0.026 0.395 0.019 0.025 0.048 0.012 0.005 0.070 0.136 0.034 0.112 0.097 79 K 0.017 0.027 0.385 0.027 0.016 0.040 0.016 0.007 0.126 0.120 0.019 0.082 0.119 80 L 0.044 0.036 0.220 0.018 0.024 0.047 0.043 0.022 0.170 0.023 0.014 0.080 0.260 81 V 0.070 0.054 0.204 0.040 0.030 0.067 0.038 0.033 0.104 0.048 0.063 0.125 0.124 82 S 0.066 0.030 0.283 0.024 0.040 0.042 0.025 0.017 0.051 0.090 0.129 0.095 0.109 83 L 0.025 0.025 0.378 0.007 0.039 0.032 0.014 0.010 0.027 0.138 0.162 0.042 0.101 84 D 0.007 0.028 0.386 0.008 0.031 0.031 0.004 0.003 0.013 0.267 0.170 0.023 0.030 85 G 0.001 0.005 0.362 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.556 0.047 0.006 0.004 86 P 0.001 0.009 0.634 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.184 0.138 0.001 0.007 87 A 0.001 0.045 0.517 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.329 0.078 0.004 0.002 88 P 0.001 0.008 0.840 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.110 0.008 0.001 0.002 89 P 0.001 0.001 0.021 0.001 0.015 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 92 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 96 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.024 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.001 0.017 0.001 0.070 0.793 0.001 0.001 0.001 0.015 0.102 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.033 0.001 0.076 0.677 0.001 0.001 0.001 0.019 0.188 0.001 0.002 102 L 0.001 0.010 0.187 0.001 0.051 0.494 0.001 0.001 0.003 0.085 0.160 0.002 0.006 103 T 0.001 0.011 0.584 0.002 0.022 0.126 0.001 0.001 0.003 0.105 0.135 0.003 0.009 104 E 0.001 0.006 0.780 0.002 0.013 0.046 0.001 0.001 0.003 0.113 0.029 0.004 0.005