# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.225 0.331 0.094 0.105 0.035 0.059 0.023 0.020 0.011 0.001 2 T 0.150 0.267 0.350 0.025 0.061 0.073 0.027 0.003 0.036 0.007 0.001 3 W 0.834 0.045 0.040 0.047 0.009 0.013 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 4 R 0.954 0.009 0.020 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.968 0.007 0.010 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.983 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.949 0.006 0.011 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.957 0.010 0.011 0.013 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.942 0.020 0.014 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.427 0.018 0.050 0.489 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 11 G 0.014 0.003 0.009 0.013 0.023 0.001 0.106 0.788 0.002 0.043 0.001 12 F 0.187 0.186 0.222 0.149 0.045 0.102 0.078 0.002 0.017 0.009 0.002 13 L 0.022 0.527 0.301 0.018 0.064 0.035 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 14 D 0.017 0.124 0.421 0.011 0.021 0.332 0.006 0.001 0.064 0.001 0.002 15 L 0.425 0.116 0.097 0.263 0.018 0.028 0.018 0.002 0.031 0.001 0.001 16 G 0.206 0.017 0.048 0.042 0.098 0.001 0.019 0.206 0.001 0.362 0.001 17 E 0.203 0.129 0.139 0.394 0.077 0.016 0.023 0.006 0.010 0.001 0.002 18 F 0.022 0.433 0.316 0.035 0.142 0.017 0.016 0.004 0.011 0.003 0.001 19 I 0.008 0.725 0.202 0.005 0.026 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 20 V 0.003 0.836 0.107 0.001 0.030 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 E 0.008 0.499 0.396 0.001 0.006 0.065 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 22 L 0.011 0.544 0.347 0.001 0.010 0.062 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 V 0.019 0.843 0.060 0.004 0.034 0.012 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 24 Y 0.018 0.628 0.229 0.005 0.029 0.055 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 25 I 0.046 0.602 0.183 0.040 0.026 0.063 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 26 D 0.090 0.216 0.210 0.150 0.067 0.139 0.045 0.003 0.071 0.006 0.001 27 C 0.027 0.284 0.271 0.006 0.137 0.033 0.035 0.001 0.199 0.005 0.001 28 P 0.304 0.011 0.480 0.087 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 29 C 0.097 0.151 0.303 0.127 0.075 0.047 0.097 0.052 0.040 0.009 0.002 30 E 0.025 0.537 0.318 0.003 0.030 0.014 0.008 0.001 0.063 0.002 0.001 31 P 0.044 0.008 0.829 0.012 0.001 0.064 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 32 I 0.004 0.492 0.334 0.001 0.017 0.013 0.004 0.001 0.135 0.001 0.001 33 P 0.008 0.003 0.909 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 34 P 0.046 0.006 0.858 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 35 T 0.099 0.415 0.298 0.039 0.047 0.061 0.012 0.002 0.025 0.001 0.002 36 L 0.006 0.744 0.189 0.004 0.021 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 37 A 0.005 0.866 0.072 0.001 0.030 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 38 I 0.007 0.787 0.113 0.003 0.013 0.044 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 39 Y 0.018 0.620 0.114 0.015 0.060 0.086 0.005 0.001 0.081 0.001 0.001 40 D 0.099 0.236 0.274 0.042 0.080 0.166 0.029 0.002 0.065 0.005 0.002 41 K 0.238 0.215 0.261 0.135 0.037 0.051 0.019 0.003 0.031 0.002 0.007 42 K 0.209 0.124 0.437 0.124 0.018 0.020 0.035 0.004 0.023 0.004 0.003 43 G 0.054 0.009 0.074 0.026 0.049 0.005 0.084 0.450 0.003 0.244 0.001 44 D 0.173 0.131 0.292 0.203 0.036 0.062 0.062 0.007 0.029 0.003 0.002 45 E 0.122 0.430 0.276 0.063 0.066 0.018 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 46 W 0.130 0.481 0.301 0.027 0.019 0.027 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 47 Y 0.029 0.751 0.065 0.008 0.109 0.009 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 48 K 0.028 0.459 0.447 0.004 0.009 0.041 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 49 V 0.058 0.550 0.259 0.010 0.020 0.069 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 50 E 0.577 0.192 0.066 0.113 0.020 0.018 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 51 E 0.089 0.414 0.165 0.108 0.147 0.018 0.022 0.001 0.033 0.002 0.001 52 A 0.033 0.217 0.469 0.002 0.020 0.017 0.011 0.001 0.222 0.004 0.002 53 P 0.297 0.007 0.598 0.014 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 54 N 0.120 0.122 0.235 0.153 0.066 0.136 0.082 0.034 0.039 0.011 0.001 55 V 0.474 0.158 0.137 0.158 0.022 0.025 0.007 0.004 0.012 0.003 0.001 56 Q 0.727 0.041 0.050 0.144 0.009 0.008 0.014 0.002 0.005 0.002 0.001 57 N 0.261 0.105 0.149 0.258 0.070 0.049 0.063 0.009 0.033 0.002 0.001 58 Y 0.626 0.067 0.118 0.107 0.011 0.029 0.021 0.004 0.015 0.002 0.001 59 R 0.825 0.056 0.063 0.034 0.005 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 60 E 0.922 0.015 0.030 0.022 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.942 0.006 0.021 0.017 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 62 V 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 W 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.988 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.921 0.006 0.004 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.852 0.019 0.034 0.074 0.002 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 73 R 0.764 0.060 0.038 0.106 0.006 0.010 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 74 D 0.268 0.031 0.160 0.424 0.019 0.017 0.066 0.003 0.009 0.003 0.001 75 G 0.078 0.007 0.066 0.029 0.041 0.002 0.063 0.616 0.002 0.095 0.001 76 E 0.400 0.117 0.339 0.081 0.026 0.017 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 77 N 0.185 0.143 0.226 0.211 0.025 0.086 0.072 0.014 0.032 0.005 0.001 78 V 0.085 0.411 0.353 0.026 0.029 0.034 0.006 0.001 0.055 0.001 0.001 79 K 0.253 0.138 0.507 0.022 0.006 0.052 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 80 L 0.120 0.243 0.372 0.050 0.022 0.119 0.019 0.001 0.047 0.001 0.006 81 V 0.122 0.537 0.166 0.091 0.038 0.022 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 82 S 0.052 0.301 0.280 0.032 0.212 0.054 0.012 0.006 0.035 0.015 0.001 83 L 0.297 0.248 0.162 0.197 0.026 0.034 0.006 0.002 0.024 0.003 0.001 84 D 0.145 0.065 0.112 0.385 0.018 0.077 0.105 0.008 0.083 0.002 0.001 85 G 0.166 0.077 0.233 0.038 0.164 0.008 0.057 0.075 0.011 0.170 0.001 86 P 0.235 0.023 0.490 0.135 0.004 0.048 0.008 0.003 0.006 0.003 0.046 87 A 0.033 0.269 0.547 0.003 0.025 0.018 0.010 0.001 0.090 0.002 0.001 88 P 0.052 0.002 0.886 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 89 P 0.948 0.001 0.036 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 90 K 0.972 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 91 V 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 M 0.989 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.963 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 S 0.982 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.940 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.940 0.003 0.009 0.042 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.972 0.003 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.902 0.003 0.015 0.071 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 102 L 0.702 0.017 0.130 0.122 0.001 0.019 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 103 T 0.420 0.108 0.175 0.226 0.018 0.027 0.005 0.003 0.016 0.002 0.001 104 E 0.518 0.074 0.166 0.116 0.036 0.011 0.023 0.018 0.009 0.030 0.001