# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.035 0.006 0.047 0.035 0.067 0.100 0.006 0.704 2 A 0.066 0.019 0.146 0.082 0.112 0.095 0.009 0.471 3 N 0.036 0.010 0.036 0.027 0.060 0.472 0.011 0.348 4 S 0.248 0.020 0.061 0.038 0.064 0.213 0.016 0.339 5 G 0.075 0.027 0.032 0.021 0.036 0.486 0.011 0.311 6 C 0.207 0.023 0.054 0.025 0.061 0.248 0.019 0.364 7 K 0.087 0.090 0.092 0.073 0.084 0.159 0.012 0.402 8 D 0.062 0.044 0.034 0.057 0.122 0.097 0.022 0.563 9 V 0.157 0.025 0.064 0.057 0.151 0.069 0.015 0.462 10 T 0.041 0.014 0.022 0.036 0.084 0.232 0.013 0.557 11 G 0.103 0.009 0.018 0.038 0.064 0.171 0.012 0.585 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 13 D 0.010 0.004 0.005 0.013 0.034 0.152 0.003 0.778 14 E 0.074 0.006 0.007 0.007 0.015 0.090 0.006 0.794 15 E 0.069 0.016 0.008 0.010 0.018 0.285 0.008 0.586 16 S 0.157 0.025 0.012 0.014 0.016 0.320 0.012 0.444 17 F 0.185 0.125 0.067 0.045 0.052 0.187 0.012 0.327 18 L 0.052 0.127 0.134 0.134 0.215 0.148 0.008 0.182 19 Y 0.027 0.110 0.150 0.206 0.347 0.049 0.004 0.108 20 F 0.012 0.234 0.108 0.194 0.298 0.019 0.005 0.130 21 A 0.015 0.209 0.194 0.155 0.250 0.037 0.010 0.130 22 Y 0.020 0.374 0.130 0.125 0.160 0.036 0.010 0.145 23 G 0.062 0.349 0.113 0.070 0.141 0.041 0.030 0.194 24 S 0.134 0.247 0.132 0.038 0.054 0.076 0.043 0.276 25 N 0.175 0.195 0.050 0.023 0.026 0.069 0.055 0.407 26 L 0.309 0.125 0.065 0.015 0.025 0.181 0.028 0.253 27 L 0.112 0.120 0.029 0.011 0.022 0.390 0.022 0.294 28 T 0.096 0.240 0.023 0.007 0.017 0.080 0.011 0.526 29 E 0.034 0.324 0.016 0.005 0.009 0.197 0.008 0.407 30 R 0.065 0.545 0.006 0.004 0.007 0.176 0.010 0.187 31 I 0.037 0.868 0.004 0.003 0.007 0.011 0.004 0.066 32 H 0.025 0.875 0.005 0.004 0.009 0.011 0.007 0.065 33 L 0.079 0.803 0.011 0.006 0.007 0.008 0.020 0.068 34 R 0.122 0.718 0.016 0.008 0.010 0.009 0.059 0.058 35 N 0.221 0.354 0.036 0.036 0.029 0.019 0.041 0.264 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 S 0.019 0.013 0.014 0.017 0.039 0.435 0.010 0.453 38 A 0.531 0.020 0.019 0.006 0.008 0.072 0.020 0.324 39 A 0.090 0.064 0.038 0.028 0.022 0.186 0.011 0.561 40 F 0.124 0.034 0.081 0.036 0.047 0.191 0.018 0.468 41 F 0.156 0.051 0.130 0.096 0.135 0.116 0.009 0.307 42 C 0.025 0.022 0.136 0.278 0.304 0.045 0.007 0.182 43 V 0.016 0.013 0.105 0.124 0.275 0.031 0.004 0.433 44 A 0.009 0.012 0.239 0.344 0.298 0.014 0.004 0.080 45 R 0.018 0.011 0.062 0.149 0.244 0.058 0.005 0.453 46 L 0.023 0.012 0.160 0.170 0.480 0.033 0.005 0.117 47 Q 0.011 0.009 0.046 0.057 0.109 0.108 0.005 0.655 48 D 0.046 0.013 0.023 0.041 0.056 0.102 0.021 0.698 49 F 0.491 0.021 0.047 0.039 0.067 0.095 0.023 0.217 50 K 0.185 0.041 0.081 0.105 0.206 0.197 0.012 0.172 51 L 0.047 0.060 0.092 0.249 0.269 0.059 0.016 0.208 52 D 0.070 0.081 0.104 0.160 0.223 0.071 0.015 0.276 53 F 0.054 0.066 0.149 0.155 0.207 0.049 0.014 0.307 54 G 0.039 0.036 0.096 0.088 0.157 0.135 0.017 0.432 55 N 0.089 0.024 0.067 0.049 0.088 0.116 0.022 0.544 56 S 0.061 0.022 0.042 0.024 0.033 0.105 0.012 0.701 57 Q 0.085 0.015 0.038 0.023 0.039 0.219 0.019 0.562 58 G 0.162 0.018 0.056 0.026 0.038 0.198 0.021 0.481 59 K 0.096 0.023 0.076 0.041 0.056 0.171 0.011 0.527 60 T 0.037 0.017 0.039 0.031 0.055 0.147 0.006 0.667 61 S 0.069 0.028 0.044 0.045 0.101 0.150 0.007 0.556 62 Q 0.069 0.032 0.054 0.056 0.100 0.199 0.010 0.480 63 T 0.069 0.028 0.018 0.024 0.053 0.363 0.013 0.432 64 W 0.130 0.092 0.047 0.037 0.064 0.169 0.017 0.445 65 H 0.042 0.103 0.030 0.037 0.044 0.146 0.018 0.580 66 G 0.144 0.048 0.046 0.043 0.052 0.109 0.061 0.498 67 G 0.248 0.028 0.103 0.054 0.069 0.122 0.024 0.351 68 I 0.045 0.017 0.108 0.132 0.193 0.089 0.009 0.405 69 A 0.032 0.013 0.112 0.196 0.355 0.067 0.005 0.219 70 T 0.024 0.010 0.107 0.267 0.318 0.068 0.005 0.199 71 I 0.023 0.016 0.107 0.227 0.277 0.047 0.005 0.298 72 F 0.016 0.013 0.117 0.243 0.364 0.049 0.004 0.195 73 Q 0.023 0.009 0.036 0.102 0.239 0.072 0.011 0.509 74 S 0.051 0.013 0.031 0.076 0.189 0.178 0.008 0.455 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 G 0.023 0.004 0.006 0.021 0.033 0.349 0.020 0.544 77 D 0.764 0.002 0.004 0.007 0.004 0.040 0.029 0.150 78 E 0.151 0.010 0.072 0.040 0.047 0.166 0.010 0.503 79 V 0.064 0.006 0.065 0.171 0.281 0.177 0.006 0.230 80 W 0.017 0.004 0.105 0.214 0.244 0.057 0.003 0.357 81 G 0.009 0.003 0.084 0.284 0.408 0.045 0.003 0.165 82 V 0.009 0.002 0.255 0.252 0.342 0.031 0.002 0.106 83 V 0.002 0.002 0.102 0.413 0.437 0.011 0.001 0.032 84 W 0.003 0.002 0.120 0.225 0.576 0.022 0.001 0.051 85 K 0.002 0.008 0.181 0.405 0.331 0.015 0.002 0.056 86 M 0.013 0.013 0.252 0.199 0.317 0.046 0.004 0.157 87 N 0.012 0.024 0.080 0.142 0.327 0.075 0.005 0.336 88 K 0.010 0.010 0.020 0.011 0.072 0.034 0.004 0.840 89 S 0.023 0.012 0.004 0.004 0.008 0.511 0.008 0.430 90 N 0.224 0.045 0.002 0.002 0.003 0.448 0.032 0.245 91 L 0.160 0.636 0.014 0.005 0.007 0.038 0.009 0.131 92 N 0.032 0.475 0.018 0.009 0.016 0.196 0.016 0.238 93 S 0.216 0.446 0.020 0.010 0.015 0.050 0.017 0.225 94 L 0.230 0.557 0.024 0.013 0.035 0.038 0.014 0.090 95 D 0.075 0.578 0.032 0.049 0.065 0.052 0.022 0.126 96 E 0.093 0.457 0.078 0.031 0.082 0.050 0.028 0.180 97 Q 0.123 0.210 0.021 0.024 0.038 0.389 0.041 0.154 98 E 0.529 0.147 0.045 0.042 0.030 0.062 0.056 0.088 99 G 0.145 0.148 0.064 0.045 0.036 0.050 0.040 0.474 100 V 0.053 0.031 0.333 0.090 0.134 0.062 0.022 0.274 101 K 0.009 0.011 0.035 0.056 0.088 0.064 0.006 0.731 102 S 0.015 0.008 0.024 0.040 0.088 0.056 0.009 0.760 103 G 0.171 0.011 0.077 0.102 0.080 0.113 0.045 0.402 104 M 0.288 0.003 0.090 0.076 0.099 0.138 0.017 0.288 105 Y 0.024 0.002 0.081 0.367 0.279 0.045 0.005 0.198 106 V 0.010 0.001 0.047 0.250 0.368 0.031 0.002 0.290 107 V 0.002 0.001 0.054 0.281 0.327 0.020 0.001 0.314 108 I 0.002 0.001 0.072 0.373 0.461 0.015 0.001 0.076 109 E 0.004 0.001 0.055 0.252 0.494 0.021 0.001 0.173 110 V 0.003 0.001 0.088 0.363 0.471 0.013 0.001 0.061 111 K 0.003 0.001 0.062 0.310 0.422 0.021 0.001 0.181 112 V 0.002 0.001 0.069 0.299 0.471 0.016 0.001 0.142 113 A 0.004 0.001 0.052 0.242 0.441 0.036 0.001 0.223 114 T 0.010 0.003 0.026 0.149 0.354 0.058 0.003 0.397 115 Q 0.030 0.005 0.020 0.059 0.144 0.141 0.007 0.594 116 E 0.054 0.007 0.008 0.024 0.035 0.210 0.018 0.644 117 G 0.234 0.017 0.012 0.030 0.025 0.119 0.052 0.511 118 K 0.250 0.015 0.036 0.042 0.056 0.207 0.021 0.374 119 E 0.028 0.010 0.032 0.074 0.097 0.099 0.007 0.652 120 I 0.030 0.016 0.053 0.187 0.303 0.079 0.005 0.328 121 T 0.023 0.012 0.072 0.196 0.282 0.074 0.005 0.337 122 C 0.019 0.016 0.100 0.238 0.354 0.053 0.004 0.217 123 R 0.017 0.016 0.126 0.317 0.388 0.035 0.003 0.098 124 S 0.010 0.020 0.107 0.243 0.328 0.035 0.003 0.253 125 Y 0.014 0.021 0.117 0.214 0.409 0.041 0.004 0.180 126 L 0.020 0.038 0.093 0.169 0.305 0.071 0.005 0.299 127 M 0.039 0.060 0.076 0.102 0.242 0.100 0.014 0.368 128 T 0.104 0.069 0.046 0.052 0.077 0.111 0.023 0.519 129 N 0.185 0.053 0.025 0.026 0.036 0.099 0.032 0.544 130 Y 0.178 0.052 0.037 0.022 0.038 0.103 0.021 0.550 131 E 0.067 0.056 0.039 0.019 0.033 0.288 0.021 0.476 132 S 0.123 0.069 0.018 0.009 0.020 0.190 0.023 0.547 133 A 0.370 0.092 0.020 0.008 0.014 0.064 0.031 0.402 134 P 0.027 0.010 0.009 0.005 0.004 0.038 0.004 0.903 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 136 S 0.039 0.009 0.012 0.017 0.060 0.310 0.003 0.550 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 Q 0.005 0.008 0.001 0.001 0.004 0.382 0.001 0.598 139 Y 0.137 0.056 0.001 0.001 0.002 0.497 0.003 0.302 140 K 0.025 0.899 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.067 141 K 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 142 I 0.027 0.910 0.005 0.002 0.002 0.004 0.007 0.043 143 I 0.010 0.972 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.009 144 C 0.004 0.969 0.006 0.003 0.005 0.001 0.002 0.010 145 M 0.007 0.953 0.006 0.004 0.003 0.003 0.003 0.021 146 G 0.030 0.880 0.012 0.006 0.004 0.004 0.011 0.052 147 A 0.031 0.856 0.027 0.007 0.015 0.007 0.008 0.049 148 K 0.012 0.873 0.013 0.006 0.012 0.013 0.006 0.066 149 E 0.034 0.894 0.005 0.003 0.004 0.008 0.012 0.042 150 N 0.159 0.712 0.007 0.004 0.002 0.003 0.082 0.032 151 G 0.745 0.020 0.008 0.002 0.001 0.002 0.187 0.037 152 L 0.174 0.024 0.515 0.012 0.012 0.105 0.013 0.144 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 154 L 0.002 0.009 0.008 0.003 0.015 0.059 0.001 0.905 155 E 0.017 0.021 0.003 0.001 0.001 0.157 0.002 0.800 156 Y 0.067 0.383 0.003 0.001 0.002 0.089 0.002 0.453 157 Q 0.011 0.911 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.067 158 E 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 159 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 160 L 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 161 K 0.013 0.961 0.003 0.004 0.003 0.001 0.007 0.009 162 A 0.061 0.818 0.009 0.007 0.007 0.005 0.033 0.060 163 I 0.201 0.508 0.038 0.015 0.017 0.012 0.083 0.124 164 E 0.063 0.200 0.055 0.053 0.030 0.039 0.022 0.539 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 166 N 0.027 0.014 0.040 0.052 0.078 0.113 0.010 0.668 167 D 0.194 0.012 0.024 0.016 0.016 0.049 0.015 0.674 168 Y 0.123 0.017 0.040 0.022 0.036 0.242 0.009 0.512 169 T 0.101 0.013 0.021 0.014 0.020 0.291 0.008 0.531 170 G 0.189 0.041 0.039 0.028 0.025 0.095 0.021 0.562 171 K 0.090 0.009 0.022 0.013 0.021 0.200 0.007 0.637 172 V 0.026 0.009 0.015 0.014 0.028 0.083 0.002 0.823 173 S 0.014 0.026 0.010 0.023 0.073 0.115 0.002 0.738 174 E 0.015 0.022 0.004 0.007 0.020 0.057 0.002 0.874 175 E 0.038 0.075 0.004 0.005 0.012 0.427 0.004 0.434 176 I 0.152 0.348 0.005 0.008 0.016 0.154 0.010 0.307 177 E 0.018 0.812 0.005 0.004 0.007 0.022 0.002 0.129 178 D 0.013 0.825 0.003 0.004 0.009 0.020 0.003 0.123 179 I 0.026 0.900 0.002 0.003 0.009 0.006 0.003 0.051 180 I 0.010 0.967 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.013 181 K 0.055 0.879 0.003 0.003 0.003 0.004 0.020 0.034 182 K 0.140 0.700 0.014 0.005 0.004 0.005 0.063 0.069 183 G 0.355 0.264 0.021 0.011 0.006 0.011 0.111 0.220 184 E 0.155 0.083 0.260 0.018 0.023 0.088 0.034 0.340 185 T 0.050 0.108 0.114 0.044 0.058 0.115 0.015 0.496 186 Q 0.130 0.077 0.184 0.055 0.087 0.133 0.016 0.317 187 T 0.049 0.088 0.095 0.044 0.058 0.171 0.008 0.487 188 L 0.056 0.115 0.146 0.071 0.133 0.098 0.011 0.371