# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.215 0.239 0.257 0.093 0.127 0.020 0.011 0.011 0.018 0.009 0.001 2 A 0.382 0.134 0.186 0.095 0.100 0.020 0.018 0.017 0.010 0.037 0.001 3 N 0.214 0.158 0.155 0.240 0.029 0.086 0.039 0.003 0.071 0.003 0.001 4 S 0.355 0.088 0.191 0.255 0.067 0.007 0.015 0.008 0.005 0.007 0.001 5 G 0.126 0.020 0.067 0.087 0.065 0.006 0.098 0.421 0.006 0.104 0.001 6 C 0.114 0.217 0.465 0.084 0.037 0.046 0.011 0.003 0.019 0.002 0.003 7 K 0.285 0.308 0.216 0.096 0.031 0.025 0.015 0.002 0.018 0.003 0.001 8 D 0.129 0.148 0.346 0.121 0.053 0.094 0.051 0.005 0.048 0.003 0.001 9 V 0.236 0.230 0.318 0.110 0.029 0.037 0.008 0.002 0.026 0.001 0.002 10 T 0.218 0.162 0.348 0.195 0.024 0.030 0.004 0.002 0.013 0.002 0.001 11 G 0.046 0.044 0.258 0.009 0.158 0.003 0.014 0.037 0.020 0.409 0.001 12 P 0.241 0.011 0.628 0.043 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 13 D 0.094 0.084 0.448 0.127 0.048 0.108 0.022 0.010 0.051 0.007 0.001 14 E 0.645 0.047 0.100 0.135 0.020 0.012 0.017 0.011 0.007 0.005 0.001 15 E 0.589 0.032 0.107 0.219 0.012 0.010 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 16 S 0.399 0.144 0.185 0.153 0.081 0.009 0.009 0.008 0.007 0.003 0.001 17 F 0.334 0.367 0.163 0.037 0.057 0.018 0.007 0.001 0.014 0.002 0.001 18 L 0.331 0.346 0.251 0.016 0.010 0.031 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 19 Y 0.242 0.549 0.094 0.014 0.046 0.027 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 20 F 0.360 0.395 0.093 0.026 0.033 0.051 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 21 A 0.328 0.418 0.119 0.029 0.042 0.037 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 22 Y 0.427 0.230 0.061 0.118 0.064 0.032 0.017 0.005 0.038 0.007 0.001 23 G 0.520 0.063 0.084 0.082 0.113 0.016 0.034 0.029 0.014 0.046 0.001 24 S 0.675 0.039 0.083 0.128 0.035 0.014 0.009 0.005 0.002 0.009 0.001 25 N 0.370 0.015 0.030 0.362 0.013 0.059 0.098 0.019 0.028 0.004 0.001 26 L 0.255 0.087 0.228 0.248 0.026 0.090 0.035 0.009 0.019 0.003 0.001 27 L 0.205 0.087 0.344 0.034 0.018 0.214 0.025 0.003 0.066 0.005 0.001 28 T 0.983 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.968 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.965 0.004 0.006 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 H 0.967 0.004 0.005 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.854 0.024 0.016 0.093 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.427 0.056 0.056 0.431 0.005 0.012 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 35 N 0.018 0.103 0.266 0.004 0.023 0.040 0.041 0.001 0.502 0.003 0.001 36 P 0.849 0.001 0.088 0.045 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 37 S 0.282 0.039 0.107 0.447 0.037 0.019 0.026 0.021 0.018 0.005 0.001 38 A 0.244 0.079 0.404 0.114 0.059 0.026 0.020 0.018 0.021 0.013 0.002 39 A 0.375 0.166 0.248 0.128 0.030 0.017 0.014 0.005 0.012 0.002 0.001 40 F 0.119 0.274 0.349 0.094 0.050 0.071 0.012 0.005 0.023 0.003 0.001 41 F 0.096 0.521 0.159 0.119 0.047 0.023 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 42 C 0.029 0.355 0.185 0.018 0.344 0.019 0.017 0.004 0.019 0.008 0.001 43 V 0.056 0.579 0.241 0.036 0.023 0.039 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 44 A 0.029 0.568 0.139 0.012 0.194 0.021 0.006 0.002 0.026 0.004 0.001 45 R 0.019 0.582 0.229 0.009 0.021 0.071 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 46 L 0.053 0.202 0.582 0.016 0.010 0.078 0.003 0.001 0.051 0.001 0.003 47 Q 0.555 0.075 0.220 0.063 0.029 0.016 0.014 0.005 0.004 0.018 0.001 48 D 0.145 0.088 0.086 0.328 0.071 0.032 0.194 0.029 0.022 0.003 0.002 49 F 0.041 0.384 0.292 0.096 0.109 0.026 0.019 0.006 0.024 0.003 0.001 50 K 0.031 0.662 0.166 0.015 0.032 0.047 0.007 0.001 0.037 0.001 0.001 51 L 0.038 0.556 0.296 0.018 0.038 0.032 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 52 D 0.041 0.482 0.251 0.037 0.046 0.076 0.010 0.002 0.052 0.001 0.001 53 F 0.111 0.319 0.259 0.159 0.067 0.021 0.024 0.003 0.030 0.006 0.001 54 G 0.027 0.013 0.062 0.034 0.068 0.010 0.148 0.424 0.005 0.210 0.001 55 N 0.128 0.144 0.425 0.141 0.030 0.059 0.025 0.008 0.033 0.006 0.001 56 S 0.323 0.139 0.207 0.183 0.034 0.026 0.046 0.015 0.014 0.012 0.001 57 Q 0.138 0.067 0.155 0.345 0.031 0.030 0.182 0.021 0.023 0.007 0.001 58 G 0.090 0.046 0.297 0.062 0.120 0.009 0.043 0.197 0.006 0.128 0.001 59 K 0.368 0.126 0.260 0.137 0.040 0.024 0.017 0.007 0.012 0.008 0.001 60 T 0.232 0.158 0.243 0.217 0.063 0.027 0.024 0.009 0.017 0.008 0.001 61 S 0.185 0.164 0.301 0.115 0.154 0.025 0.012 0.013 0.015 0.014 0.001 62 Q 0.325 0.173 0.242 0.124 0.073 0.022 0.011 0.007 0.015 0.008 0.001 63 T 0.229 0.242 0.306 0.119 0.040 0.028 0.007 0.003 0.022 0.003 0.001 64 W 0.201 0.197 0.231 0.195 0.055 0.039 0.032 0.010 0.029 0.010 0.001 65 H 0.088 0.095 0.129 0.199 0.040 0.041 0.331 0.021 0.043 0.011 0.001 66 G 0.051 0.024 0.100 0.075 0.119 0.004 0.104 0.374 0.004 0.145 0.001 67 G 0.102 0.109 0.388 0.028 0.168 0.008 0.016 0.072 0.004 0.103 0.003 68 I 0.128 0.406 0.306 0.065 0.042 0.029 0.004 0.001 0.015 0.002 0.002 69 A 0.099 0.337 0.241 0.071 0.184 0.022 0.015 0.005 0.017 0.009 0.001 70 T 0.042 0.488 0.190 0.042 0.193 0.020 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 71 I 0.040 0.614 0.227 0.023 0.043 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 72 F 0.019 0.718 0.151 0.011 0.049 0.026 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 73 Q 0.079 0.186 0.627 0.021 0.009 0.057 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 74 S 0.020 0.459 0.280 0.002 0.066 0.007 0.006 0.001 0.157 0.002 0.001 75 P 0.112 0.001 0.807 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 76 G 0.015 0.002 0.019 0.028 0.007 0.002 0.066 0.846 0.001 0.015 0.001 77 D 0.040 0.133 0.656 0.036 0.027 0.054 0.033 0.005 0.014 0.002 0.001 78 E 0.031 0.502 0.343 0.051 0.025 0.024 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 79 V 0.008 0.597 0.316 0.002 0.015 0.045 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 80 W 0.247 0.304 0.198 0.196 0.013 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 81 G 0.003 0.294 0.049 0.003 0.643 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 82 V 0.003 0.856 0.102 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 V 0.012 0.724 0.186 0.005 0.012 0.029 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 84 W 0.016 0.770 0.083 0.007 0.078 0.022 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 85 K 0.011 0.435 0.400 0.006 0.018 0.084 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 86 M 0.022 0.500 0.354 0.026 0.048 0.034 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 87 N 0.002 0.081 0.758 0.001 0.033 0.089 0.001 0.001 0.034 0.002 0.001 88 K 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.928 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 90 N 0.553 0.002 0.006 0.393 0.001 0.012 0.016 0.001 0.014 0.001 0.001 91 L 0.878 0.005 0.034 0.058 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.944 0.002 0.017 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 S 0.886 0.011 0.012 0.077 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 94 L 0.872 0.024 0.045 0.045 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 95 D 0.910 0.019 0.028 0.025 0.002 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 96 E 0.918 0.015 0.020 0.038 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.848 0.025 0.038 0.068 0.002 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 98 E 0.395 0.082 0.084 0.404 0.012 0.006 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 99 G 0.103 0.008 0.041 0.044 0.035 0.006 0.158 0.467 0.004 0.133 0.001 100 V 0.116 0.273 0.469 0.037 0.038 0.039 0.004 0.001 0.021 0.003 0.001 101 K 0.466 0.086 0.254 0.116 0.013 0.037 0.008 0.003 0.009 0.004 0.003 102 S 0.208 0.218 0.198 0.245 0.086 0.009 0.015 0.003 0.014 0.003 0.001 103 G 0.048 0.045 0.085 0.057 0.175 0.005 0.121 0.369 0.009 0.085 0.001 104 M 0.027 0.427 0.362 0.060 0.081 0.027 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 105 Y 0.004 0.687 0.184 0.007 0.085 0.011 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 106 V 0.001 0.622 0.327 0.001 0.008 0.020 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 107 V 0.002 0.222 0.726 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 108 I 0.012 0.664 0.207 0.010 0.021 0.045 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 109 E 0.002 0.567 0.384 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 110 V 0.002 0.696 0.226 0.002 0.020 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 111 K 0.004 0.452 0.471 0.001 0.007 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 112 V 0.011 0.708 0.167 0.008 0.021 0.044 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 113 A 0.023 0.340 0.504 0.010 0.027 0.072 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 114 T 0.130 0.381 0.264 0.083 0.087 0.027 0.004 0.002 0.017 0.004 0.001 115 Q 0.230 0.232 0.186 0.118 0.096 0.026 0.025 0.009 0.051 0.026 0.001 116 E 0.138 0.049 0.264 0.278 0.040 0.014 0.142 0.022 0.015 0.036 0.002 117 G 0.025 0.007 0.038 0.026 0.042 0.002 0.118 0.647 0.001 0.094 0.001 118 K 0.071 0.377 0.397 0.055 0.040 0.029 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 119 E 0.027 0.363 0.520 0.006 0.011 0.048 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 120 I 0.094 0.542 0.236 0.031 0.036 0.033 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 121 T 0.059 0.463 0.293 0.025 0.107 0.029 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 122 C 0.043 0.605 0.120 0.023 0.174 0.017 0.003 0.002 0.012 0.002 0.001 123 R 0.043 0.697 0.097 0.024 0.109 0.012 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 124 S 0.040 0.668 0.156 0.012 0.087 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 125 Y 0.054 0.655 0.133 0.014 0.050 0.035 0.005 0.001 0.053 0.001 0.001 126 L 0.099 0.382 0.369 0.021 0.020 0.063 0.007 0.001 0.037 0.001 0.001 127 M 0.171 0.217 0.333 0.060 0.062 0.079 0.028 0.005 0.038 0.005 0.003 128 T 0.347 0.205 0.186 0.154 0.049 0.025 0.013 0.005 0.011 0.005 0.001 129 N 0.136 0.196 0.184 0.200 0.075 0.043 0.092 0.013 0.055 0.005 0.001 130 Y 0.248 0.200 0.272 0.123 0.040 0.035 0.030 0.009 0.039 0.003 0.001 131 E 0.425 0.134 0.232 0.137 0.021 0.018 0.015 0.005 0.007 0.005 0.001 132 S 0.136 0.052 0.222 0.404 0.035 0.029 0.076 0.027 0.009 0.008 0.002 133 A 0.017 0.297 0.424 0.001 0.035 0.007 0.015 0.001 0.200 0.003 0.001 134 P 0.006 0.002 0.878 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 135 P 0.026 0.003 0.922 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 136 S 0.005 0.075 0.807 0.001 0.049 0.037 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 137 P 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 Y 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 K 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 I 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 C 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.950 0.002 0.003 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 G 0.943 0.001 0.004 0.014 0.002 0.001 0.008 0.021 0.001 0.004 0.001 147 A 0.969 0.006 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.989 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.952 0.005 0.003 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.058 0.002 0.004 0.924 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 151 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.563 0.415 0.001 0.015 0.001 152 L 0.002 0.332 0.614 0.001 0.019 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 153 P 0.003 0.002 0.938 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 K 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.965 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 K 0.957 0.005 0.009 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 162 A 0.841 0.014 0.028 0.099 0.006 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 163 I 0.420 0.126 0.201 0.178 0.007 0.019 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 164 E 0.068 0.067 0.645 0.001 0.006 0.031 0.021 0.001 0.156 0.003 0.001 165 P 0.454 0.004 0.419 0.033 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 166 N 0.220 0.095 0.146 0.276 0.063 0.070 0.068 0.027 0.030 0.005 0.001 167 D 0.187 0.098 0.167 0.325 0.050 0.064 0.056 0.009 0.039 0.005 0.001 168 Y 0.238 0.170 0.254 0.196 0.036 0.047 0.017 0.004 0.034 0.003 0.001 169 T 0.217 0.110 0.285 0.327 0.019 0.018 0.010 0.003 0.008 0.003 0.001 170 G 0.080 0.020 0.098 0.029 0.130 0.003 0.034 0.235 0.004 0.368 0.001 171 K 0.183 0.165 0.496 0.052 0.020 0.046 0.009 0.002 0.023 0.001 0.004 172 V 0.150 0.147 0.602 0.018 0.004 0.051 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 173 S 0.324 0.118 0.443 0.032 0.019 0.043 0.005 0.002 0.008 0.003 0.002 174 E 0.723 0.097 0.074 0.045 0.037 0.008 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 175 E 0.581 0.155 0.146 0.038 0.042 0.015 0.003 0.004 0.012 0.004 0.001 176 I 0.934 0.018 0.018 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 177 E 0.960 0.011 0.014 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 D 0.960 0.007 0.010 0.015 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.962 0.006 0.007 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 I 0.931 0.016 0.018 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 K 0.862 0.016 0.019 0.063 0.003 0.007 0.020 0.002 0.006 0.001 0.001 182 K 0.301 0.020 0.104 0.539 0.004 0.004 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 183 G 0.019 0.001 0.011 0.010 0.006 0.001 0.172 0.753 0.001 0.027 0.001 184 E 0.238 0.224 0.373 0.096 0.027 0.025 0.006 0.002 0.007 0.003 0.001 185 T 0.146 0.291 0.379 0.088 0.034 0.036 0.006 0.002 0.016 0.001 0.001 186 Q 0.102 0.408 0.287 0.039 0.050 0.054 0.007 0.001 0.050 0.001 0.001 187 T 0.121 0.391 0.340 0.048 0.023 0.043 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 188 L 0.177 0.229 0.374 0.059 0.040 0.069 0.010 0.003 0.032 0.005 0.001