# TARGET T0342 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.669 0.217 0.082 0.025 0.005 0.001 0.001 2 A 0.386 0.224 0.159 0.144 0.068 0.017 0.001 3 N 0.401 0.247 0.147 0.113 0.067 0.023 0.002 4 S 0.309 0.176 0.159 0.165 0.134 0.051 0.006 5 G 0.430 0.277 0.162 0.088 0.031 0.010 0.002 6 C 0.322 0.198 0.169 0.169 0.100 0.037 0.005 7 K 0.336 0.226 0.179 0.147 0.087 0.024 0.002 8 D 0.377 0.291 0.170 0.098 0.047 0.015 0.001 9 V 0.286 0.218 0.201 0.181 0.087 0.025 0.002 10 T 0.374 0.271 0.173 0.125 0.047 0.011 0.001 11 G 0.548 0.249 0.116 0.062 0.021 0.004 0.001 12 P 0.598 0.215 0.104 0.061 0.018 0.003 0.001 13 D 0.729 0.192 0.049 0.022 0.006 0.001 0.001 14 E 0.547 0.288 0.114 0.041 0.008 0.001 0.001 15 E 0.336 0.400 0.169 0.073 0.019 0.003 0.001 16 S 0.052 0.218 0.278 0.284 0.139 0.029 0.001 17 F 0.003 0.031 0.089 0.276 0.382 0.204 0.015 18 L 0.001 0.002 0.009 0.047 0.203 0.541 0.197 19 Y 0.001 0.001 0.003 0.013 0.074 0.349 0.560 20 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.186 0.782 21 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 0.173 0.794 22 Y 0.001 0.003 0.006 0.017 0.045 0.211 0.717 23 G 0.001 0.002 0.004 0.019 0.070 0.300 0.605 24 S 0.001 0.004 0.010 0.031 0.131 0.436 0.387 25 N 0.006 0.024 0.057 0.121 0.204 0.370 0.217 26 L 0.007 0.021 0.047 0.123 0.247 0.373 0.182 27 L 0.013 0.038 0.061 0.138 0.268 0.365 0.117 28 T 0.020 0.058 0.126 0.259 0.281 0.203 0.053 29 E 0.108 0.280 0.264 0.168 0.102 0.063 0.014 30 R 0.022 0.069 0.155 0.289 0.284 0.157 0.025 31 I 0.015 0.027 0.052 0.142 0.335 0.372 0.056 32 H 0.081 0.205 0.224 0.242 0.156 0.077 0.015 33 L 0.181 0.311 0.221 0.146 0.087 0.045 0.010 34 R 0.088 0.168 0.234 0.258 0.173 0.070 0.009 35 N 0.160 0.194 0.210 0.224 0.149 0.058 0.005 36 P 0.384 0.256 0.155 0.120 0.061 0.021 0.003 37 S 0.480 0.275 0.132 0.071 0.029 0.011 0.002 38 A 0.231 0.195 0.174 0.200 0.141 0.053 0.007 39 A 0.225 0.289 0.213 0.155 0.081 0.033 0.005 40 F 0.156 0.169 0.188 0.230 0.173 0.075 0.010 41 F 0.115 0.214 0.221 0.229 0.146 0.066 0.010 42 C 0.041 0.092 0.136 0.224 0.276 0.204 0.027 43 V 0.037 0.139 0.245 0.298 0.192 0.081 0.008 44 A 0.017 0.047 0.069 0.159 0.328 0.349 0.031 45 R 0.015 0.114 0.295 0.382 0.160 0.032 0.002 46 L 0.011 0.033 0.082 0.236 0.409 0.215 0.013 47 Q 0.145 0.441 0.277 0.110 0.022 0.004 0.001 48 D 0.148 0.439 0.271 0.107 0.029 0.005 0.001 49 F 0.004 0.028 0.098 0.309 0.394 0.164 0.005 50 K 0.007 0.086 0.269 0.357 0.212 0.068 0.002 51 L 0.004 0.007 0.017 0.062 0.202 0.600 0.108 52 D 0.004 0.032 0.107 0.270 0.358 0.215 0.015 53 F 0.004 0.013 0.037 0.116 0.333 0.435 0.061 54 G 0.020 0.124 0.217 0.284 0.231 0.110 0.014 55 N 0.063 0.208 0.248 0.250 0.156 0.068 0.007 56 S 0.126 0.215 0.220 0.206 0.148 0.074 0.010 57 Q 0.190 0.198 0.185 0.183 0.148 0.085 0.010 58 G 0.238 0.189 0.176 0.171 0.136 0.080 0.011 59 K 0.309 0.272 0.179 0.136 0.071 0.029 0.005 60 T 0.236 0.214 0.185 0.181 0.124 0.053 0.007 61 S 0.181 0.161 0.176 0.209 0.165 0.092 0.015 62 Q 0.244 0.234 0.187 0.172 0.107 0.048 0.007 63 T 0.208 0.236 0.209 0.181 0.111 0.047 0.008 64 W 0.109 0.128 0.171 0.252 0.217 0.104 0.019 65 H 0.230 0.282 0.211 0.148 0.081 0.038 0.010 66 G 0.126 0.212 0.207 0.209 0.148 0.078 0.019 67 G 0.048 0.094 0.151 0.245 0.259 0.173 0.031 68 I 0.039 0.083 0.137 0.213 0.259 0.224 0.045 69 A 0.014 0.026 0.056 0.154 0.310 0.360 0.079 70 T 0.028 0.116 0.207 0.260 0.238 0.134 0.018 71 I 0.014 0.034 0.082 0.206 0.322 0.296 0.046 72 F 0.064 0.208 0.255 0.277 0.148 0.045 0.004 73 Q 0.218 0.317 0.248 0.156 0.050 0.010 0.001 74 S 0.393 0.297 0.161 0.101 0.039 0.008 0.001 75 P 0.642 0.244 0.078 0.029 0.006 0.001 0.001 76 G 0.590 0.293 0.083 0.026 0.007 0.001 0.001 77 D 0.164 0.358 0.259 0.163 0.048 0.006 0.001 78 E 0.021 0.169 0.293 0.338 0.151 0.027 0.001 79 V 0.002 0.005 0.018 0.085 0.298 0.508 0.084 80 W 0.001 0.015 0.068 0.222 0.348 0.289 0.057 81 G 0.001 0.001 0.004 0.017 0.082 0.429 0.466 82 V 0.001 0.004 0.009 0.033 0.127 0.427 0.399 83 V 0.001 0.002 0.007 0.027 0.084 0.439 0.439 84 W 0.001 0.006 0.013 0.044 0.135 0.469 0.333 85 K 0.006 0.036 0.104 0.209 0.286 0.284 0.075 86 M 0.008 0.025 0.056 0.177 0.392 0.303 0.039 87 N 0.073 0.291 0.296 0.221 0.094 0.023 0.002 88 K 0.235 0.341 0.235 0.132 0.043 0.012 0.001 89 S 0.388 0.390 0.145 0.053 0.019 0.005 0.001 90 N 0.116 0.164 0.220 0.261 0.179 0.057 0.004 91 L 0.051 0.114 0.210 0.274 0.236 0.107 0.008 92 N 0.233 0.398 0.222 0.098 0.037 0.011 0.001 93 S 0.050 0.172 0.284 0.290 0.152 0.049 0.004 94 L 0.007 0.011 0.026 0.101 0.322 0.472 0.060 95 D 0.024 0.096 0.210 0.316 0.240 0.101 0.012 96 E 0.154 0.251 0.227 0.168 0.115 0.073 0.012 97 Q 0.064 0.120 0.176 0.266 0.222 0.129 0.022 98 E 0.065 0.082 0.133 0.220 0.270 0.199 0.032 99 G 0.210 0.280 0.193 0.152 0.103 0.054 0.008 100 V 0.146 0.165 0.181 0.226 0.177 0.090 0.015 101 K 0.299 0.260 0.178 0.133 0.076 0.044 0.010 102 S 0.278 0.223 0.169 0.145 0.115 0.062 0.008 103 G 0.194 0.245 0.203 0.184 0.114 0.052 0.008 104 M 0.094 0.122 0.169 0.249 0.221 0.125 0.019 105 Y 0.109 0.154 0.176 0.215 0.201 0.122 0.022 106 V 0.165 0.231 0.215 0.195 0.124 0.059 0.010 107 V 0.138 0.198 0.204 0.226 0.153 0.070 0.012 108 I 0.108 0.140 0.184 0.229 0.207 0.119 0.014 109 E 0.110 0.164 0.202 0.233 0.182 0.097 0.011 110 V 0.066 0.105 0.141 0.214 0.264 0.187 0.022 111 K 0.084 0.182 0.250 0.240 0.161 0.075 0.007 112 V 0.065 0.102 0.159 0.277 0.272 0.118 0.008 113 A 0.219 0.298 0.233 0.158 0.071 0.019 0.001 114 T 0.304 0.240 0.204 0.166 0.069 0.016 0.001 115 Q 0.643 0.217 0.081 0.041 0.014 0.004 0.001 116 E 0.692 0.188 0.071 0.034 0.012 0.003 0.001 117 G 0.645 0.208 0.087 0.043 0.014 0.003 0.001 118 K 0.440 0.290 0.147 0.083 0.031 0.008 0.001 119 E 0.153 0.200 0.217 0.233 0.145 0.047 0.005 120 I 0.094 0.163 0.213 0.253 0.182 0.085 0.010 121 T 0.053 0.085 0.134 0.231 0.259 0.201 0.037 122 C 0.039 0.038 0.057 0.128 0.253 0.375 0.111 123 R 0.052 0.069 0.103 0.181 0.245 0.275 0.076 124 S 0.054 0.067 0.097 0.161 0.224 0.297 0.101 125 Y 0.055 0.094 0.120 0.189 0.245 0.233 0.063 126 L 0.094 0.141 0.169 0.216 0.215 0.136 0.028 127 M 0.209 0.247 0.198 0.172 0.109 0.054 0.010 128 T 0.309 0.251 0.174 0.145 0.082 0.035 0.004 129 N 0.274 0.252 0.197 0.154 0.085 0.033 0.004 130 Y 0.350 0.222 0.169 0.138 0.084 0.033 0.004 131 E 0.455 0.248 0.141 0.093 0.045 0.016 0.002 132 S 0.406 0.262 0.157 0.103 0.050 0.019 0.002 133 A 0.212 0.221 0.188 0.198 0.126 0.050 0.005 134 P 0.206 0.273 0.222 0.162 0.093 0.039 0.005 135 P 0.105 0.134 0.171 0.267 0.217 0.095 0.011 136 S 0.157 0.237 0.239 0.204 0.119 0.039 0.004 137 P 0.344 0.367 0.168 0.086 0.028 0.006 0.001 138 Q 0.072 0.239 0.304 0.253 0.102 0.026 0.004 139 Y 0.004 0.011 0.033 0.124 0.374 0.408 0.045 140 K 0.007 0.045 0.105 0.224 0.332 0.252 0.034 141 K 0.046 0.232 0.322 0.263 0.102 0.033 0.003 142 I 0.011 0.034 0.090 0.263 0.382 0.199 0.020 143 I 0.006 0.009 0.010 0.032 0.133 0.558 0.251 144 C 0.028 0.065 0.133 0.276 0.311 0.166 0.022 145 M 0.098 0.276 0.294 0.211 0.093 0.026 0.002 146 G 0.049 0.088 0.157 0.301 0.272 0.125 0.009 147 A 0.054 0.080 0.131 0.229 0.284 0.200 0.022 148 K 0.236 0.366 0.209 0.122 0.052 0.014 0.001 149 E 0.358 0.337 0.165 0.096 0.036 0.007 0.001 150 N 0.260 0.271 0.219 0.162 0.068 0.019 0.001 151 G 0.385 0.332 0.159 0.078 0.034 0.010 0.001 152 L 0.092 0.140 0.238 0.343 0.161 0.025 0.002 153 P 0.335 0.379 0.188 0.068 0.024 0.006 0.001 154 L 0.437 0.328 0.143 0.069 0.019 0.004 0.001 155 E 0.276 0.457 0.194 0.054 0.014 0.004 0.001 156 Y 0.009 0.031 0.101 0.273 0.406 0.167 0.012 157 Q 0.016 0.076 0.185 0.321 0.282 0.111 0.009 158 E 0.143 0.494 0.250 0.086 0.022 0.005 0.001 159 K 0.022 0.119 0.327 0.383 0.129 0.020 0.001 160 L 0.006 0.012 0.028 0.131 0.434 0.370 0.019 161 K 0.087 0.245 0.322 0.246 0.084 0.015 0.001 162 A 0.273 0.439 0.203 0.066 0.016 0.003 0.001 163 I 0.066 0.168 0.292 0.320 0.131 0.022 0.001 164 E 0.277 0.289 0.209 0.142 0.066 0.017 0.001 165 P 0.469 0.261 0.140 0.085 0.037 0.008 0.001 166 N 0.427 0.280 0.157 0.095 0.034 0.007 0.001 167 D 0.616 0.247 0.090 0.036 0.009 0.002 0.001 168 Y 0.454 0.229 0.154 0.107 0.045 0.010 0.001 169 T 0.710 0.179 0.066 0.033 0.010 0.002 0.001 170 G 0.625 0.228 0.089 0.040 0.014 0.003 0.001 171 K 0.540 0.250 0.116 0.063 0.023 0.006 0.001 172 V 0.309 0.228 0.195 0.169 0.077 0.019 0.002 173 S 0.446 0.277 0.150 0.080 0.034 0.011 0.002 174 E 0.303 0.278 0.193 0.145 0.061 0.018 0.002 175 E 0.270 0.200 0.166 0.178 0.128 0.051 0.006 176 I 0.260 0.214 0.183 0.178 0.115 0.045 0.006 177 E 0.417 0.278 0.139 0.090 0.050 0.022 0.003 178 D 0.219 0.192 0.185 0.193 0.138 0.066 0.007 179 I 0.310 0.146 0.151 0.185 0.142 0.061 0.005 180 I 0.495 0.244 0.141 0.080 0.031 0.008 0.001 181 K 0.649 0.193 0.089 0.048 0.017 0.004 0.001 182 K 0.617 0.202 0.104 0.053 0.020 0.004 0.001 183 G 0.809 0.130 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 184 E 0.774 0.155 0.047 0.019 0.004 0.001 0.001 185 T 0.785 0.139 0.049 0.019 0.006 0.001 0.001 186 Q 0.727 0.153 0.067 0.040 0.011 0.002 0.001 187 T 0.834 0.117 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 188 L 0.764 0.126 0.054 0.033 0.017 0.005 0.001