# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.050 0.013 0.004 0.012 0.017 0.018 0.041 0.003 0.001 0.002 0.842 2 A 0.046 0.015 0.004 0.019 0.016 0.026 0.078 0.002 0.001 0.005 0.790 3 N 0.111 0.016 0.003 0.015 0.020 0.028 0.245 0.003 0.001 0.013 0.546 4 S 0.186 0.027 0.005 0.015 0.011 0.016 0.155 0.002 0.001 0.011 0.571 5 G 0.151 0.040 0.004 0.024 0.021 0.028 0.189 0.003 0.001 0.010 0.530 6 C 0.192 0.037 0.009 0.029 0.030 0.048 0.181 0.002 0.001 0.016 0.458 7 K 0.053 0.037 0.006 0.049 0.041 0.066 0.104 0.002 0.001 0.004 0.638 8 D 0.087 0.023 0.003 0.031 0.038 0.054 0.095 0.003 0.001 0.005 0.660 9 V 0.150 0.020 0.005 0.030 0.027 0.046 0.068 0.003 0.001 0.006 0.646 10 T 0.098 0.013 0.005 0.034 0.032 0.066 0.121 0.006 0.001 0.007 0.618 11 G 0.168 0.005 0.010 0.035 0.033 0.052 0.092 0.003 0.001 0.007 0.594 12 P 0.012 0.001 0.002 0.009 0.005 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.943 13 D 0.016 0.001 0.001 0.012 0.013 0.015 0.103 0.001 0.001 0.002 0.837 14 E 0.081 0.001 0.001 0.012 0.007 0.009 0.086 0.001 0.001 0.010 0.792 15 E 0.133 0.004 0.001 0.026 0.018 0.026 0.322 0.001 0.001 0.026 0.443 16 S 0.255 0.003 0.004 0.054 0.029 0.031 0.197 0.001 0.001 0.029 0.398 17 F 0.119 0.004 0.009 0.252 0.076 0.097 0.137 0.001 0.001 0.014 0.291 18 L 0.013 0.001 0.006 0.321 0.245 0.249 0.064 0.001 0.001 0.003 0.097 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.437 0.210 0.271 0.020 0.001 0.001 0.001 0.059 20 F 0.001 0.001 0.001 0.421 0.197 0.321 0.015 0.001 0.001 0.001 0.045 21 A 0.001 0.001 0.001 0.462 0.175 0.305 0.015 0.001 0.001 0.001 0.042 22 Y 0.001 0.002 0.001 0.279 0.132 0.297 0.051 0.001 0.001 0.002 0.236 23 G 0.006 0.003 0.001 0.269 0.163 0.309 0.064 0.001 0.001 0.008 0.179 24 S 0.019 0.011 0.001 0.090 0.073 0.134 0.238 0.001 0.001 0.013 0.418 25 N 0.044 0.023 0.002 0.038 0.040 0.066 0.193 0.003 0.001 0.016 0.574 26 L 0.159 0.062 0.009 0.029 0.045 0.063 0.240 0.005 0.001 0.035 0.353 27 L 0.137 0.107 0.011 0.009 0.018 0.027 0.312 0.003 0.001 0.019 0.354 28 T 0.029 0.096 0.008 0.006 0.011 0.014 0.099 0.002 0.001 0.004 0.731 29 E 0.041 0.149 0.003 0.006 0.016 0.020 0.209 0.003 0.001 0.009 0.544 30 R 0.094 0.225 0.004 0.006 0.025 0.045 0.338 0.009 0.001 0.028 0.225 31 I 0.104 0.629 0.008 0.010 0.022 0.028 0.047 0.008 0.001 0.004 0.139 32 H 0.139 0.577 0.004 0.009 0.018 0.021 0.020 0.025 0.001 0.003 0.184 33 L 0.325 0.287 0.016 0.008 0.016 0.028 0.018 0.042 0.001 0.005 0.255 34 R 0.175 0.090 0.054 0.017 0.012 0.017 0.025 0.058 0.001 0.002 0.550 35 N 0.171 0.023 0.035 0.035 0.023 0.027 0.084 0.025 0.001 0.004 0.572 36 P 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 37 S 0.014 0.001 0.001 0.021 0.009 0.016 0.271 0.001 0.001 0.004 0.665 38 A 0.391 0.003 0.002 0.025 0.005 0.009 0.078 0.001 0.001 0.018 0.469 39 A 0.176 0.028 0.002 0.105 0.040 0.045 0.215 0.001 0.001 0.010 0.379 40 F 0.107 0.017 0.004 0.140 0.052 0.096 0.138 0.001 0.001 0.012 0.433 41 F 0.064 0.021 0.004 0.288 0.136 0.217 0.058 0.002 0.001 0.006 0.205 42 C 0.020 0.012 0.003 0.202 0.212 0.246 0.064 0.001 0.001 0.003 0.236 43 V 0.009 0.005 0.003 0.083 0.098 0.159 0.027 0.001 0.001 0.002 0.613 44 A 0.006 0.003 0.001 0.224 0.201 0.337 0.051 0.001 0.001 0.002 0.174 45 R 0.024 0.006 0.001 0.115 0.095 0.175 0.097 0.001 0.001 0.006 0.478 46 L 0.045 0.016 0.003 0.173 0.160 0.255 0.083 0.001 0.001 0.008 0.254 47 Q 0.021 0.012 0.002 0.083 0.075 0.150 0.123 0.001 0.001 0.006 0.527 48 D 0.041 0.009 0.002 0.042 0.046 0.092 0.119 0.001 0.001 0.014 0.633 49 F 0.173 0.024 0.011 0.057 0.103 0.130 0.136 0.003 0.001 0.021 0.341 50 K 0.057 0.043 0.007 0.068 0.127 0.175 0.155 0.002 0.001 0.011 0.355 51 L 0.024 0.035 0.006 0.084 0.227 0.301 0.070 0.001 0.001 0.005 0.246 52 D 0.033 0.045 0.003 0.072 0.198 0.323 0.083 0.002 0.001 0.004 0.238 53 F 0.036 0.035 0.005 0.065 0.200 0.255 0.056 0.003 0.001 0.005 0.341 54 G 0.035 0.029 0.006 0.066 0.130 0.225 0.150 0.003 0.001 0.010 0.345 55 N 0.081 0.022 0.009 0.052 0.097 0.136 0.177 0.005 0.001 0.016 0.404 56 S 0.054 0.022 0.006 0.046 0.060 0.082 0.152 0.004 0.001 0.012 0.561 57 Q 0.056 0.013 0.005 0.031 0.045 0.062 0.234 0.003 0.001 0.019 0.532 58 G 0.177 0.015 0.010 0.025 0.033 0.042 0.187 0.004 0.001 0.026 0.481 59 K 0.106 0.016 0.013 0.024 0.039 0.048 0.151 0.002 0.001 0.013 0.587 60 T 0.043 0.011 0.007 0.033 0.061 0.098 0.144 0.001 0.001 0.009 0.593 61 S 0.066 0.011 0.003 0.056 0.123 0.159 0.156 0.002 0.001 0.009 0.415 62 Q 0.024 0.005 0.002 0.019 0.026 0.033 0.055 0.001 0.001 0.003 0.831 63 T 0.051 0.009 0.002 0.043 0.073 0.142 0.220 0.002 0.001 0.014 0.443 64 W 0.169 0.014 0.003 0.051 0.069 0.098 0.206 0.003 0.001 0.021 0.365 65 H 0.071 0.014 0.004 0.029 0.028 0.039 0.096 0.002 0.001 0.008 0.709 66 G 0.057 0.006 0.007 0.043 0.046 0.074 0.113 0.001 0.001 0.012 0.641 67 G 0.105 0.006 0.006 0.061 0.074 0.101 0.188 0.002 0.001 0.016 0.442 68 I 0.048 0.006 0.007 0.059 0.071 0.128 0.090 0.001 0.001 0.006 0.583 69 A 0.010 0.004 0.002 0.090 0.144 0.259 0.048 0.001 0.001 0.003 0.439 70 T 0.022 0.005 0.001 0.118 0.189 0.250 0.085 0.001 0.001 0.005 0.324 71 I 0.059 0.010 0.003 0.082 0.118 0.191 0.054 0.001 0.001 0.005 0.478 72 F 0.022 0.007 0.002 0.088 0.245 0.393 0.041 0.002 0.001 0.003 0.197 73 Q 0.022 0.005 0.002 0.063 0.093 0.197 0.067 0.003 0.001 0.004 0.544 74 S 0.040 0.005 0.002 0.052 0.148 0.201 0.140 0.003 0.001 0.005 0.404 75 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.972 76 G 0.026 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.352 0.001 0.001 0.016 0.574 77 D 0.717 0.002 0.003 0.006 0.004 0.005 0.087 0.001 0.001 0.040 0.136 78 E 0.143 0.028 0.004 0.025 0.031 0.023 0.230 0.001 0.001 0.008 0.507 79 V 0.039 0.023 0.007 0.055 0.112 0.223 0.193 0.001 0.001 0.008 0.339 80 W 0.013 0.024 0.001 0.108 0.184 0.437 0.058 0.001 0.001 0.003 0.171 81 G 0.014 0.017 0.001 0.037 0.179 0.336 0.048 0.001 0.001 0.004 0.363 82 V 0.017 0.013 0.002 0.037 0.318 0.477 0.020 0.001 0.001 0.003 0.112 83 V 0.008 0.015 0.002 0.107 0.258 0.428 0.026 0.001 0.001 0.002 0.152 84 W 0.009 0.013 0.002 0.142 0.246 0.392 0.032 0.002 0.001 0.002 0.158 85 K 0.029 0.019 0.004 0.117 0.158 0.270 0.049 0.004 0.001 0.004 0.347 86 M 0.032 0.015 0.010 0.098 0.139 0.298 0.080 0.004 0.001 0.005 0.319 87 N 0.025 0.008 0.005 0.051 0.058 0.118 0.193 0.003 0.001 0.005 0.534 88 K 0.008 0.002 0.003 0.015 0.007 0.013 0.044 0.001 0.001 0.003 0.905 89 S 0.013 0.004 0.001 0.005 0.005 0.008 0.372 0.001 0.001 0.006 0.587 90 N 0.221 0.018 0.001 0.005 0.004 0.005 0.292 0.002 0.001 0.020 0.432 91 L 0.175 0.260 0.006 0.008 0.004 0.008 0.093 0.001 0.001 0.013 0.431 92 N 0.039 0.261 0.003 0.004 0.009 0.023 0.267 0.002 0.001 0.008 0.385 93 S 0.158 0.402 0.001 0.004 0.010 0.015 0.042 0.012 0.001 0.003 0.354 94 L 0.145 0.732 0.003 0.003 0.007 0.007 0.006 0.006 0.001 0.001 0.091 95 D 0.036 0.599 0.005 0.004 0.023 0.027 0.067 0.017 0.001 0.003 0.218 96 E 0.078 0.515 0.009 0.007 0.018 0.029 0.042 0.020 0.001 0.003 0.279 97 Q 0.157 0.589 0.016 0.012 0.016 0.025 0.045 0.024 0.001 0.007 0.108 98 E 0.118 0.387 0.020 0.022 0.033 0.041 0.127 0.046 0.001 0.008 0.197 99 G 0.221 0.131 0.028 0.030 0.045 0.031 0.039 0.065 0.001 0.007 0.401 100 V 0.253 0.105 0.162 0.032 0.031 0.045 0.059 0.007 0.001 0.010 0.296 101 K 0.008 0.012 0.005 0.023 0.041 0.050 0.057 0.003 0.001 0.002 0.801 102 S 0.033 0.007 0.003 0.048 0.034 0.058 0.049 0.002 0.001 0.006 0.759 103 G 0.127 0.009 0.003 0.032 0.039 0.039 0.184 0.003 0.001 0.018 0.546 104 M 0.335 0.012 0.010 0.056 0.036 0.047 0.107 0.002 0.001 0.025 0.370 105 Y 0.058 0.010 0.012 0.143 0.132 0.166 0.132 0.001 0.001 0.009 0.337 106 V 0.015 0.004 0.002 0.189 0.261 0.284 0.069 0.001 0.001 0.003 0.170 107 V 0.007 0.003 0.002 0.108 0.155 0.318 0.037 0.001 0.001 0.002 0.367 108 I 0.002 0.001 0.001 0.148 0.319 0.452 0.019 0.001 0.001 0.001 0.055 109 E 0.005 0.001 0.001 0.077 0.152 0.328 0.039 0.001 0.001 0.003 0.394 110 V 0.003 0.001 0.001 0.157 0.325 0.391 0.017 0.001 0.001 0.002 0.103 111 K 0.003 0.001 0.001 0.119 0.222 0.344 0.042 0.001 0.001 0.002 0.267 112 V 0.003 0.001 0.001 0.045 0.301 0.319 0.018 0.001 0.001 0.002 0.310 113 A 0.002 0.001 0.001 0.044 0.292 0.421 0.029 0.001 0.001 0.002 0.210 114 T 0.006 0.001 0.001 0.030 0.250 0.335 0.056 0.001 0.001 0.003 0.319 115 Q 0.005 0.001 0.001 0.025 0.119 0.161 0.111 0.001 0.001 0.005 0.572 116 E 0.013 0.001 0.001 0.006 0.024 0.041 0.259 0.001 0.001 0.016 0.640 117 G 0.457 0.003 0.001 0.007 0.009 0.009 0.138 0.001 0.001 0.094 0.280 118 K 0.422 0.008 0.010 0.009 0.022 0.012 0.263 0.001 0.001 0.040 0.213 119 E 0.043 0.004 0.017 0.018 0.059 0.069 0.217 0.001 0.001 0.009 0.563 120 I 0.005 0.002 0.003 0.048 0.227 0.512 0.059 0.001 0.001 0.002 0.142 121 T 0.002 0.001 0.001 0.051 0.301 0.509 0.037 0.001 0.001 0.001 0.097 122 C 0.002 0.001 0.001 0.034 0.279 0.509 0.013 0.001 0.001 0.001 0.161 123 R 0.001 0.001 0.001 0.101 0.304 0.561 0.011 0.001 0.001 0.001 0.021 124 S 0.003 0.002 0.001 0.213 0.224 0.435 0.024 0.001 0.001 0.002 0.096 125 Y 0.001 0.002 0.001 0.322 0.310 0.333 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 126 L 0.002 0.003 0.001 0.196 0.232 0.390 0.025 0.001 0.001 0.002 0.149 127 M 0.004 0.003 0.001 0.182 0.282 0.420 0.025 0.001 0.001 0.002 0.080 128 T 0.006 0.003 0.001 0.086 0.203 0.360 0.073 0.001 0.001 0.003 0.262 129 N 0.007 0.002 0.002 0.050 0.075 0.132 0.075 0.001 0.001 0.004 0.653 130 Y 0.017 0.003 0.001 0.036 0.042 0.064 0.168 0.001 0.001 0.008 0.661 131 E 0.089 0.006 0.002 0.020 0.020 0.032 0.191 0.001 0.001 0.018 0.620 132 S 0.135 0.011 0.002 0.015 0.014 0.014 0.126 0.001 0.001 0.006 0.677 133 A 0.221 0.011 0.006 0.016 0.007 0.013 0.087 0.001 0.001 0.010 0.627 134 P 0.126 0.004 0.006 0.010 0.006 0.014 0.121 0.001 0.001 0.003 0.708 135 P 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977 136 S 0.041 0.001 0.001 0.020 0.008 0.026 0.209 0.001 0.001 0.002 0.692 137 P 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 138 Q 0.018 0.010 0.001 0.015 0.006 0.009 0.331 0.001 0.001 0.003 0.608 139 Y 0.210 0.053 0.001 0.021 0.006 0.017 0.303 0.001 0.001 0.020 0.368 140 K 0.048 0.713 0.001 0.050 0.014 0.037 0.035 0.002 0.001 0.003 0.098 141 K 0.037 0.739 0.001 0.014 0.014 0.035 0.023 0.005 0.001 0.002 0.131 142 I 0.070 0.797 0.001 0.018 0.018 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 0.064 143 I 0.025 0.888 0.003 0.015 0.014 0.017 0.002 0.009 0.001 0.001 0.026 144 C 0.021 0.753 0.010 0.029 0.033 0.067 0.007 0.014 0.001 0.001 0.067 145 M 0.026 0.560 0.006 0.062 0.051 0.127 0.022 0.019 0.001 0.001 0.126 146 G 0.168 0.340 0.020 0.026 0.026 0.030 0.038 0.018 0.001 0.002 0.332 147 A 0.055 0.214 0.047 0.048 0.028 0.074 0.074 0.006 0.001 0.003 0.452 148 K 0.029 0.098 0.006 0.079 0.050 0.072 0.104 0.009 0.001 0.004 0.549 149 E 0.264 0.122 0.010 0.009 0.008 0.015 0.076 0.004 0.001 0.006 0.485 150 N 0.162 0.186 0.004 0.012 0.006 0.014 0.072 0.016 0.001 0.002 0.527 151 G 0.505 0.036 0.008 0.012 0.005 0.004 0.044 0.028 0.001 0.011 0.346 152 L 0.324 0.023 0.245 0.005 0.002 0.004 0.135 0.001 0.001 0.007 0.254 153 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.984 154 L 0.008 0.005 0.001 0.022 0.003 0.010 0.103 0.001 0.001 0.002 0.846 155 E 0.071 0.034 0.001 0.008 0.003 0.007 0.260 0.001 0.001 0.010 0.608 156 Y 0.110 0.539 0.001 0.016 0.006 0.007 0.073 0.003 0.001 0.002 0.244 157 Q 0.052 0.843 0.001 0.008 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.077 158 E 0.024 0.879 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.072 159 K 0.044 0.882 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.053 160 L 0.045 0.905 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.027 161 K 0.046 0.852 0.006 0.002 0.003 0.005 0.007 0.015 0.001 0.001 0.064 162 A 0.135 0.566 0.012 0.004 0.005 0.009 0.012 0.086 0.001 0.001 0.169 163 I 0.362 0.416 0.037 0.009 0.005 0.007 0.007 0.046 0.001 0.001 0.109 164 E 0.171 0.176 0.064 0.026 0.023 0.028 0.053 0.032 0.001 0.002 0.426 165 P 0.004 0.003 0.012 0.005 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.965 166 N 0.025 0.006 0.001 0.031 0.012 0.022 0.111 0.002 0.001 0.001 0.788 167 D 0.411 0.012 0.002 0.015 0.004 0.005 0.074 0.003 0.001 0.010 0.464 168 Y 0.207 0.061 0.010 0.036 0.011 0.016 0.150 0.002 0.001 0.008 0.500 169 T 0.083 0.022 0.004 0.028 0.007 0.013 0.302 0.001 0.001 0.006 0.535 170 G 0.170 0.022 0.003 0.022 0.003 0.005 0.115 0.002 0.001 0.009 0.649 171 K 0.093 0.040 0.014 0.007 0.002 0.004 0.201 0.001 0.001 0.007 0.632 172 V 0.044 0.041 0.004 0.007 0.005 0.007 0.379 0.002 0.001 0.006 0.505 173 S 0.081 0.174 0.003 0.013 0.003 0.008 0.121 0.002 0.001 0.005 0.591 174 E 0.027 0.302 0.001 0.003 0.002 0.002 0.101 0.002 0.001 0.002 0.558 175 E 0.049 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.002 0.001 0.003 0.242 176 I 0.013 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.052 177 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 178 D 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 179 I 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 180 I 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 181 K 0.014 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 182 K 0.035 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.020 183 G 0.209 0.689 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.043 184 E 0.126 0.434 0.134 0.003 0.002 0.003 0.011 0.029 0.001 0.001 0.257 185 T 0.050 0.243 0.088 0.022 0.014 0.024 0.060 0.038 0.001 0.002 0.460 186 Q 0.168 0.135 0.014 0.028 0.009 0.013 0.058 0.014 0.001 0.004 0.557 187 T 0.172 0.110 0.012 0.023 0.014 0.017 0.143 0.009 0.001 0.008 0.493 188 L 0.126 0.105 0.026 0.042 0.022 0.031 0.104 0.005 0.001 0.008 0.530