# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.002 0.003 0.008 0.011 0.008 0.957 2 A 0.029 0.024 0.047 0.106 0.031 0.141 0.622 3 N 0.031 0.016 0.090 0.091 0.135 0.205 0.432 4 S 0.034 0.013 0.147 0.086 0.159 0.272 0.289 5 G 0.051 0.021 0.089 0.097 0.149 0.265 0.329 6 C 0.066 0.018 0.059 0.062 0.162 0.083 0.550 7 K 0.090 0.032 0.064 0.070 0.110 0.098 0.535 8 D 0.086 0.045 0.068 0.058 0.128 0.104 0.511 9 V 0.068 0.035 0.048 0.030 0.165 0.098 0.557 10 T 0.053 0.033 0.022 0.020 0.155 0.126 0.590 11 G 0.029 0.025 0.011 0.008 0.156 0.048 0.722 12 P 0.012 0.009 0.019 0.008 0.131 0.084 0.739 13 D 0.014 0.009 0.065 0.016 0.225 0.258 0.413 14 E 0.015 0.006 0.135 0.025 0.254 0.299 0.267 15 E 0.026 0.002 0.069 0.014 0.323 0.262 0.305 16 S 0.148 0.010 0.020 0.004 0.258 0.095 0.466 17 F 0.668 0.011 0.001 0.001 0.026 0.005 0.289 18 L 0.935 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.055 19 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 22 Y 0.903 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.087 23 G 0.365 0.003 0.009 0.006 0.051 0.018 0.547 24 S 0.111 0.006 0.081 0.040 0.206 0.125 0.431 25 N 0.061 0.021 0.113 0.101 0.212 0.291 0.201 26 L 0.041 0.015 0.113 0.235 0.118 0.204 0.275 27 L 0.033 0.011 0.046 0.188 0.120 0.124 0.479 28 T 0.025 0.004 0.111 0.419 0.068 0.120 0.253 29 E 0.040 0.003 0.138 0.572 0.075 0.070 0.102 30 R 0.039 0.006 0.136 0.644 0.027 0.089 0.060 31 I 0.060 0.012 0.107 0.556 0.034 0.136 0.094 32 H 0.088 0.026 0.064 0.419 0.062 0.207 0.133 33 L 0.082 0.016 0.046 0.236 0.133 0.191 0.296 34 R 0.055 0.021 0.020 0.124 0.176 0.256 0.347 35 N 0.020 0.012 0.005 0.009 0.210 0.040 0.703 36 P 0.016 0.008 0.027 0.018 0.193 0.419 0.319 37 S 0.031 0.017 0.039 0.008 0.190 0.420 0.294 38 A 0.077 0.015 0.047 0.009 0.219 0.050 0.583 39 A 0.169 0.007 0.039 0.016 0.157 0.073 0.539 40 F 0.638 0.017 0.021 0.007 0.081 0.038 0.198 41 F 0.818 0.010 0.003 0.002 0.022 0.008 0.136 42 C 0.879 0.004 0.001 0.003 0.020 0.004 0.089 43 V 0.892 0.001 0.001 0.003 0.011 0.003 0.088 44 A 0.886 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.093 45 R 0.911 0.013 0.001 0.003 0.006 0.005 0.060 46 L 0.785 0.010 0.002 0.002 0.007 0.004 0.191 47 Q 0.163 0.001 0.012 0.004 0.099 0.668 0.054 48 D 0.070 0.001 0.012 0.001 0.057 0.837 0.021 49 F 0.745 0.013 0.009 0.003 0.028 0.018 0.184 50 K 0.877 0.014 0.004 0.002 0.010 0.005 0.088 51 L 0.827 0.006 0.009 0.002 0.023 0.007 0.127 52 D 0.806 0.017 0.007 0.005 0.023 0.008 0.135 53 F 0.552 0.028 0.012 0.008 0.094 0.041 0.265 54 G 0.206 0.028 0.013 0.004 0.196 0.193 0.361 55 N 0.101 0.016 0.021 0.005 0.286 0.145 0.427 56 S 0.087 0.028 0.027 0.007 0.289 0.274 0.288 57 Q 0.056 0.029 0.027 0.008 0.262 0.350 0.269 58 G 0.056 0.022 0.024 0.013 0.403 0.154 0.328 59 K 0.067 0.028 0.041 0.033 0.227 0.246 0.358 60 T 0.110 0.084 0.044 0.033 0.192 0.197 0.340 61 S 0.156 0.042 0.068 0.043 0.141 0.088 0.461 62 Q 0.123 0.021 0.151 0.105 0.133 0.273 0.194 63 T 0.121 0.022 0.183 0.084 0.120 0.272 0.198 64 W 0.174 0.026 0.089 0.053 0.206 0.087 0.365 65 H 0.160 0.025 0.079 0.048 0.115 0.308 0.266 66 G 0.186 0.014 0.057 0.020 0.164 0.381 0.178 67 G 0.435 0.029 0.031 0.014 0.156 0.101 0.235 68 I 0.708 0.031 0.012 0.009 0.044 0.016 0.180 69 A 0.806 0.010 0.009 0.007 0.032 0.017 0.119 70 T 0.848 0.008 0.010 0.008 0.020 0.015 0.091 71 I 0.889 0.005 0.004 0.009 0.017 0.009 0.066 72 F 0.886 0.012 0.002 0.005 0.016 0.005 0.074 73 Q 0.665 0.038 0.001 0.005 0.044 0.009 0.237 74 S 0.130 0.004 0.002 0.001 0.122 0.014 0.728 75 P 0.009 0.002 0.013 0.002 0.114 0.832 0.029 76 G 0.009 0.001 0.014 0.001 0.116 0.805 0.054 77 D 0.069 0.003 0.009 0.001 0.264 0.039 0.615 78 E 0.597 0.026 0.003 0.001 0.030 0.012 0.332 79 V 0.901 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.089 80 W 0.919 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.055 81 G 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 82 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 84 W 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 85 K 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.025 86 M 0.792 0.013 0.001 0.001 0.030 0.002 0.163 87 N 0.128 0.010 0.001 0.001 0.028 0.003 0.831 88 K 0.002 0.001 0.418 0.437 0.012 0.116 0.015 89 S 0.001 0.001 0.471 0.427 0.008 0.089 0.004 90 N 0.001 0.001 0.599 0.313 0.004 0.073 0.009 91 L 0.001 0.002 0.210 0.716 0.007 0.054 0.010 92 N 0.001 0.001 0.126 0.729 0.006 0.132 0.006 93 S 0.001 0.001 0.040 0.827 0.007 0.119 0.007 94 L 0.003 0.003 0.014 0.859 0.022 0.043 0.055 95 D 0.009 0.003 0.032 0.825 0.027 0.054 0.050 96 E 0.012 0.002 0.050 0.821 0.015 0.078 0.023 97 Q 0.013 0.005 0.056 0.761 0.026 0.119 0.021 98 E 0.017 0.009 0.038 0.393 0.040 0.470 0.033 99 G 0.017 0.005 0.016 0.032 0.125 0.678 0.127 100 V 0.045 0.016 0.010 0.006 0.220 0.039 0.663 101 K 0.092 0.028 0.022 0.003 0.193 0.098 0.564 102 S 0.095 0.015 0.051 0.004 0.211 0.363 0.261 103 G 0.180 0.016 0.045 0.002 0.294 0.231 0.232 104 M 0.397 0.012 0.013 0.001 0.099 0.020 0.459 105 Y 0.714 0.006 0.002 0.001 0.067 0.011 0.199 106 V 0.945 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.041 107 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 108 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 109 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 110 V 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.085 111 K 0.925 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.066 112 V 0.900 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.088 113 A 0.919 0.020 0.001 0.001 0.008 0.003 0.049 114 T 0.548 0.018 0.002 0.001 0.014 0.007 0.410 115 Q 0.105 0.003 0.014 0.001 0.204 0.464 0.210 116 E 0.009 0.002 0.009 0.001 0.196 0.751 0.033 117 G 0.017 0.001 0.007 0.001 0.585 0.276 0.114 118 K 0.082 0.004 0.001 0.001 0.123 0.006 0.784 119 E 0.737 0.036 0.001 0.001 0.010 0.002 0.215 120 I 0.899 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.093 121 T 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.065 122 C 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 123 R 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 124 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 L 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 127 M 0.875 0.004 0.001 0.001 0.018 0.005 0.097 128 T 0.419 0.012 0.008 0.002 0.161 0.061 0.337 129 N 0.129 0.016 0.035 0.006 0.257 0.144 0.413 130 Y 0.042 0.021 0.110 0.011 0.183 0.138 0.496 131 E 0.016 0.013 0.097 0.008 0.192 0.276 0.398 132 S 0.011 0.009 0.053 0.005 0.305 0.291 0.325 133 A 0.015 0.011 0.008 0.002 0.338 0.035 0.592 134 P 0.011 0.021 0.001 0.001 0.082 0.010 0.874 135 P 0.008 0.024 0.001 0.001 0.055 0.008 0.903 136 S 0.005 0.008 0.001 0.017 0.029 0.004 0.935 137 P 0.001 0.001 0.031 0.922 0.009 0.028 0.010 138 Q 0.001 0.001 0.020 0.956 0.002 0.017 0.004 139 Y 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.005 0.003 140 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 141 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 143 I 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 144 C 0.003 0.001 0.002 0.978 0.001 0.015 0.001 145 M 0.002 0.001 0.003 0.944 0.002 0.046 0.004 146 G 0.006 0.002 0.010 0.839 0.010 0.096 0.038 147 A 0.010 0.006 0.032 0.786 0.034 0.079 0.052 148 K 0.013 0.004 0.079 0.540 0.118 0.159 0.087 149 E 0.009 0.003 0.105 0.293 0.076 0.455 0.059 150 N 0.004 0.003 0.030 0.055 0.050 0.828 0.031 151 G 0.005 0.005 0.013 0.009 0.203 0.520 0.244 152 L 0.008 0.017 0.001 0.002 0.135 0.009 0.828 153 P 0.008 0.029 0.001 0.008 0.023 0.004 0.926 154 L 0.001 0.001 0.037 0.909 0.007 0.031 0.014 155 E 0.001 0.001 0.054 0.910 0.003 0.025 0.007 156 Y 0.001 0.001 0.038 0.946 0.001 0.011 0.004 157 Q 0.001 0.001 0.014 0.968 0.002 0.011 0.004 158 E 0.001 0.001 0.027 0.912 0.003 0.050 0.005 159 K 0.001 0.001 0.044 0.832 0.005 0.108 0.009 160 L 0.004 0.004 0.111 0.720 0.026 0.100 0.036 161 K 0.006 0.003 0.153 0.494 0.034 0.271 0.039 162 A 0.009 0.004 0.139 0.319 0.048 0.415 0.065 163 I 0.026 0.019 0.035 0.097 0.312 0.058 0.453 164 E 0.024 0.025 0.027 0.038 0.088 0.050 0.749 165 P 0.027 0.016 0.128 0.083 0.131 0.171 0.443 166 N 0.022 0.012 0.134 0.056 0.174 0.414 0.188 167 D 0.022 0.005 0.099 0.031 0.232 0.339 0.274 168 Y 0.044 0.026 0.048 0.050 0.177 0.109 0.546 169 T 0.044 0.036 0.030 0.064 0.162 0.163 0.500 170 G 0.022 0.008 0.021 0.098 0.403 0.117 0.330 171 K 0.028 0.014 0.027 0.357 0.109 0.101 0.363 172 V 0.031 0.031 0.021 0.498 0.067 0.064 0.289 173 S 0.011 0.005 0.011 0.788 0.020 0.019 0.146 174 E 0.002 0.001 0.007 0.956 0.009 0.014 0.011 175 E 0.002 0.001 0.008 0.962 0.004 0.013 0.010 176 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.003 177 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 178 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 179 I 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.002 180 I 0.001 0.001 0.004 0.970 0.003 0.016 0.005 181 K 0.001 0.001 0.007 0.871 0.006 0.102 0.012 182 K 0.001 0.001 0.007 0.669 0.015 0.278 0.030 183 G 0.002 0.002 0.014 0.435 0.038 0.336 0.173 184 E 0.005 0.004 0.023 0.233 0.137 0.158 0.440 185 T 0.015 0.005 0.088 0.205 0.171 0.110 0.405 186 Q 0.020 0.006 0.078 0.158 0.214 0.147 0.377 187 T 0.019 0.014 0.030 0.075 0.031 0.079 0.751 188 L 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.990