# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.122 0.246 0.146 0.017 0.275 0.007 0.017 0.056 0.026 0.041 0.046 2 A 0.043 0.146 0.075 0.019 0.079 0.024 0.047 0.256 0.204 0.083 0.025 3 N 0.082 0.099 0.074 0.031 0.122 0.036 0.071 0.191 0.108 0.126 0.060 4 S 0.051 0.148 0.082 0.040 0.104 0.032 0.073 0.175 0.136 0.125 0.033 5 G 0.030 0.066 0.070 0.076 0.041 0.038 0.039 0.143 0.130 0.314 0.053 6 C 0.115 0.129 0.049 0.014 0.199 0.015 0.035 0.149 0.118 0.123 0.055 7 K 0.083 0.175 0.057 0.023 0.182 0.037 0.062 0.153 0.106 0.073 0.047 8 D 0.221 0.135 0.045 0.005 0.383 0.004 0.018 0.047 0.029 0.053 0.059 9 V 0.144 0.184 0.097 0.017 0.217 0.021 0.043 0.103 0.071 0.066 0.036 10 T 0.050 0.207 0.203 0.073 0.107 0.027 0.082 0.078 0.047 0.096 0.030 11 G 0.023 0.153 0.352 0.265 0.049 0.052 0.022 0.030 0.018 0.022 0.014 12 P 0.031 0.274 0.147 0.043 0.096 0.034 0.062 0.143 0.112 0.042 0.016 13 D 0.055 0.117 0.098 0.037 0.084 0.035 0.055 0.124 0.166 0.175 0.056 14 E 0.059 0.120 0.099 0.025 0.097 0.017 0.035 0.133 0.212 0.159 0.044 15 E 0.070 0.140 0.067 0.015 0.141 0.018 0.054 0.134 0.173 0.145 0.043 16 S 0.178 0.178 0.060 0.009 0.270 0.010 0.024 0.050 0.059 0.102 0.060 17 F 0.155 0.252 0.038 0.002 0.524 0.001 0.003 0.005 0.003 0.004 0.013 18 L 0.257 0.061 0.004 0.002 0.651 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 19 Y 0.248 0.058 0.003 0.002 0.665 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 20 F 0.301 0.040 0.003 0.003 0.603 0.003 0.004 0.010 0.001 0.003 0.029 21 A 0.302 0.064 0.009 0.008 0.473 0.009 0.014 0.037 0.004 0.014 0.065 22 Y 0.166 0.124 0.034 0.032 0.232 0.023 0.033 0.095 0.025 0.116 0.120 23 G 0.055 0.111 0.126 0.172 0.092 0.065 0.023 0.085 0.053 0.158 0.062 24 S 0.039 0.166 0.094 0.049 0.082 0.060 0.086 0.217 0.122 0.060 0.023 25 N 0.044 0.042 0.027 0.020 0.053 0.025 0.081 0.287 0.144 0.205 0.072 26 L 0.036 0.080 0.043 0.022 0.053 0.035 0.097 0.306 0.140 0.150 0.039 27 L 0.083 0.188 0.074 0.015 0.164 0.011 0.022 0.267 0.068 0.069 0.039 28 T 0.018 0.036 0.015 0.010 0.032 0.013 0.022 0.643 0.169 0.031 0.011 29 E 0.011 0.019 0.009 0.004 0.020 0.005 0.023 0.726 0.138 0.037 0.007 30 R 0.008 0.013 0.006 0.003 0.013 0.007 0.033 0.797 0.097 0.021 0.003 31 I 0.024 0.022 0.005 0.003 0.031 0.005 0.021 0.645 0.160 0.070 0.014 32 H 0.038 0.042 0.012 0.007 0.060 0.015 0.058 0.393 0.200 0.153 0.023 33 L 0.070 0.169 0.064 0.010 0.156 0.009 0.057 0.293 0.080 0.072 0.021 34 R 0.062 0.112 0.076 0.030 0.106 0.050 0.139 0.133 0.095 0.148 0.049 35 N 0.218 0.164 0.099 0.022 0.292 0.008 0.017 0.032 0.021 0.050 0.078 36 P 0.037 0.115 0.053 0.014 0.076 0.015 0.031 0.231 0.283 0.122 0.023 37 S 0.068 0.174 0.082 0.019 0.142 0.021 0.056 0.113 0.103 0.182 0.040 38 A 0.122 0.124 0.045 0.011 0.169 0.009 0.024 0.159 0.180 0.112 0.045 39 A 0.103 0.170 0.067 0.021 0.228 0.040 0.065 0.125 0.079 0.065 0.037 40 F 0.255 0.131 0.022 0.007 0.413 0.009 0.026 0.040 0.021 0.032 0.043 41 F 0.352 0.071 0.018 0.015 0.312 0.020 0.018 0.019 0.017 0.055 0.103 42 C 0.077 0.366 0.112 0.010 0.404 0.004 0.004 0.009 0.002 0.004 0.008 43 V 0.425 0.048 0.005 0.004 0.325 0.008 0.014 0.016 0.011 0.030 0.116 44 A 0.138 0.232 0.032 0.010 0.547 0.007 0.003 0.005 0.004 0.005 0.018 45 R 0.302 0.115 0.012 0.001 0.477 0.001 0.002 0.007 0.005 0.021 0.058 46 L 0.312 0.103 0.074 0.064 0.256 0.023 0.007 0.013 0.013 0.033 0.100 47 Q 0.001 0.008 0.008 0.109 0.004 0.260 0.421 0.150 0.035 0.004 0.001 48 D 0.115 0.029 0.025 0.011 0.065 0.005 0.011 0.025 0.050 0.449 0.213 49 F 0.102 0.355 0.055 0.004 0.418 0.001 0.002 0.011 0.012 0.017 0.022 50 K 0.202 0.166 0.025 0.003 0.516 0.004 0.010 0.021 0.013 0.010 0.031 51 L 0.365 0.123 0.018 0.005 0.353 0.009 0.017 0.021 0.014 0.011 0.065 52 D 0.222 0.086 0.044 0.022 0.314 0.030 0.061 0.059 0.026 0.065 0.072 53 F 0.102 0.215 0.090 0.073 0.170 0.046 0.046 0.061 0.037 0.094 0.066 54 G 0.077 0.101 0.124 0.142 0.115 0.050 0.025 0.035 0.039 0.201 0.091 55 N 0.123 0.119 0.096 0.032 0.159 0.019 0.026 0.079 0.104 0.167 0.077 56 S 0.044 0.092 0.073 0.045 0.077 0.036 0.070 0.227 0.173 0.129 0.033 57 Q 0.032 0.183 0.131 0.097 0.076 0.059 0.117 0.076 0.071 0.129 0.028 58 G 0.066 0.083 0.114 0.111 0.069 0.047 0.036 0.051 0.061 0.246 0.116 59 K 0.088 0.140 0.066 0.022 0.140 0.029 0.063 0.125 0.125 0.140 0.061 60 T 0.118 0.148 0.082 0.029 0.153 0.020 0.034 0.083 0.095 0.157 0.080 61 S 0.046 0.275 0.169 0.054 0.145 0.025 0.022 0.078 0.083 0.078 0.024 62 Q 0.098 0.109 0.046 0.011 0.178 0.012 0.031 0.195 0.187 0.087 0.046 63 T 0.124 0.114 0.053 0.019 0.150 0.027 0.083 0.209 0.096 0.073 0.053 64 W 0.150 0.140 0.079 0.045 0.179 0.030 0.051 0.126 0.052 0.091 0.058 65 H 0.040 0.079 0.078 0.142 0.056 0.152 0.168 0.132 0.058 0.067 0.028 66 G 0.019 0.069 0.156 0.271 0.027 0.048 0.030 0.062 0.063 0.215 0.039 67 G 0.042 0.197 0.219 0.135 0.097 0.053 0.023 0.051 0.044 0.112 0.026 68 I 0.192 0.254 0.059 0.007 0.327 0.006 0.016 0.034 0.029 0.034 0.041 69 A 0.247 0.119 0.034 0.022 0.314 0.036 0.048 0.032 0.025 0.037 0.087 70 T 0.155 0.205 0.067 0.007 0.490 0.006 0.011 0.012 0.011 0.020 0.017 71 I 0.424 0.056 0.010 0.004 0.344 0.010 0.010 0.013 0.011 0.023 0.095 72 F 0.109 0.315 0.083 0.011 0.412 0.005 0.005 0.010 0.008 0.017 0.025 73 Q 0.257 0.189 0.046 0.011 0.315 0.006 0.009 0.013 0.012 0.053 0.088 74 S 0.029 0.142 0.542 0.179 0.076 0.014 0.002 0.003 0.003 0.003 0.007 75 P 0.001 0.003 0.003 0.063 0.001 0.172 0.496 0.217 0.042 0.001 0.001 76 G 0.010 0.041 0.043 0.059 0.013 0.013 0.019 0.022 0.084 0.629 0.068 77 D 0.067 0.233 0.053 0.032 0.209 0.028 0.020 0.049 0.102 0.166 0.041 78 E 0.290 0.100 0.017 0.001 0.485 0.002 0.007 0.020 0.022 0.023 0.033 79 V 0.430 0.085 0.030 0.014 0.315 0.015 0.010 0.007 0.004 0.013 0.078 80 W 0.204 0.055 0.037 0.160 0.178 0.044 0.062 0.014 0.012 0.131 0.103 81 G 0.064 0.182 0.192 0.316 0.160 0.060 0.004 0.002 0.001 0.006 0.013 82 V 0.190 0.120 0.008 0.001 0.659 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.013 83 V 0.428 0.042 0.009 0.003 0.413 0.003 0.003 0.004 0.002 0.009 0.084 84 W 0.082 0.268 0.028 0.005 0.566 0.005 0.007 0.009 0.005 0.006 0.018 85 K 0.424 0.083 0.014 0.001 0.356 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.094 86 M 0.040 0.480 0.210 0.032 0.198 0.010 0.008 0.005 0.003 0.005 0.009 87 N 0.017 0.650 0.191 0.001 0.138 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.357 0.633 0.003 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.755 0.212 0.019 0.001 90 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.593 0.187 0.208 0.001 91 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.772 0.185 0.025 0.003 92 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.804 0.149 0.008 0.001 93 S 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.600 0.121 0.251 0.006 94 L 0.038 0.038 0.009 0.001 0.052 0.002 0.008 0.646 0.135 0.054 0.016 95 D 0.015 0.039 0.011 0.008 0.042 0.010 0.039 0.660 0.131 0.036 0.007 96 E 0.030 0.025 0.017 0.005 0.020 0.005 0.044 0.570 0.204 0.056 0.024 97 Q 0.017 0.034 0.031 0.014 0.032 0.034 0.176 0.450 0.146 0.054 0.012 98 E 0.022 0.539 0.104 0.028 0.141 0.018 0.035 0.049 0.028 0.025 0.011 99 G 0.136 0.026 0.020 0.013 0.051 0.009 0.011 0.034 0.048 0.408 0.244 100 V 0.098 0.327 0.132 0.027 0.232 0.022 0.029 0.048 0.026 0.028 0.031 101 K 0.107 0.137 0.126 0.111 0.167 0.069 0.054 0.064 0.041 0.068 0.056 102 S 0.046 0.091 0.080 0.124 0.060 0.086 0.196 0.110 0.096 0.077 0.033 103 G 0.044 0.107 0.140 0.135 0.076 0.054 0.017 0.021 0.041 0.285 0.080 104 M 0.251 0.146 0.028 0.006 0.425 0.006 0.019 0.024 0.019 0.028 0.048 105 Y 0.269 0.127 0.019 0.003 0.523 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.040 106 V 0.065 0.318 0.025 0.001 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 V 0.685 0.009 0.001 0.001 0.240 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 108 I 0.034 0.347 0.048 0.011 0.548 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.601 0.009 0.001 0.001 0.308 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.076 110 V 0.075 0.350 0.029 0.003 0.536 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 K 0.379 0.044 0.003 0.001 0.508 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.059 112 V 0.276 0.151 0.009 0.002 0.524 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 113 A 0.048 0.368 0.044 0.003 0.519 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.006 114 T 0.105 0.208 0.481 0.015 0.109 0.004 0.008 0.035 0.011 0.005 0.019 115 Q 0.009 0.021 0.052 0.099 0.009 0.108 0.145 0.410 0.125 0.018 0.005 116 E 0.001 0.501 0.261 0.168 0.017 0.021 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 117 G 0.011 0.004 0.007 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.657 0.299 118 K 0.010 0.607 0.204 0.005 0.153 0.002 0.003 0.007 0.006 0.004 0.001 119 E 0.500 0.048 0.005 0.001 0.391 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.044 120 I 0.130 0.294 0.081 0.008 0.462 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 121 T 0.393 0.048 0.009 0.006 0.447 0.008 0.018 0.005 0.001 0.010 0.056 122 C 0.242 0.134 0.010 0.002 0.591 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 123 R 0.295 0.034 0.001 0.001 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 124 S 0.250 0.046 0.004 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 125 Y 0.203 0.122 0.007 0.001 0.633 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.026 126 L 0.350 0.108 0.018 0.003 0.398 0.003 0.005 0.007 0.002 0.016 0.088 127 M 0.147 0.211 0.079 0.037 0.264 0.023 0.024 0.030 0.030 0.078 0.076 128 T 0.073 0.241 0.139 0.070 0.169 0.070 0.072 0.049 0.050 0.041 0.027 129 N 0.138 0.133 0.085 0.028 0.214 0.017 0.045 0.064 0.068 0.123 0.086 130 Y 0.111 0.180 0.078 0.028 0.220 0.028 0.047 0.083 0.091 0.090 0.043 131 E 0.043 0.118 0.072 0.041 0.109 0.056 0.150 0.187 0.118 0.086 0.021 132 S 0.040 0.098 0.197 0.102 0.065 0.039 0.058 0.080 0.069 0.204 0.047 133 A 0.013 0.241 0.528 0.060 0.052 0.014 0.024 0.029 0.013 0.018 0.008 134 P 0.021 0.431 0.377 0.021 0.088 0.009 0.012 0.017 0.006 0.008 0.009 135 P 0.027 0.476 0.296 0.008 0.118 0.005 0.009 0.015 0.011 0.022 0.013 136 S 0.038 0.474 0.257 0.005 0.175 0.001 0.002 0.024 0.007 0.006 0.011 137 P 0.002 0.008 0.004 0.001 0.006 0.003 0.006 0.632 0.324 0.012 0.002 138 Q 0.002 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.013 0.861 0.081 0.025 0.002 139 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.852 0.081 0.056 0.001 140 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.950 0.044 0.002 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.970 0.019 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.966 0.019 0.003 0.001 143 I 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.943 0.026 0.006 0.002 144 C 0.008 0.006 0.001 0.001 0.009 0.004 0.016 0.891 0.051 0.012 0.002 145 M 0.015 0.019 0.009 0.005 0.019 0.010 0.060 0.730 0.073 0.050 0.010 146 G 0.014 0.037 0.033 0.018 0.026 0.017 0.042 0.663 0.097 0.047 0.008 147 A 0.046 0.074 0.013 0.009 0.085 0.015 0.039 0.496 0.133 0.077 0.015 148 K 0.022 0.081 0.117 0.027 0.028 0.016 0.042 0.470 0.144 0.038 0.016 149 E 0.015 0.024 0.020 0.016 0.023 0.056 0.281 0.445 0.087 0.025 0.008 150 N 0.007 0.493 0.265 0.066 0.067 0.012 0.018 0.019 0.012 0.035 0.007 151 G 0.046 0.023 0.054 0.070 0.015 0.031 0.014 0.029 0.033 0.490 0.196 152 L 0.013 0.468 0.315 0.020 0.089 0.011 0.019 0.035 0.010 0.013 0.006 153 P 0.098 0.421 0.104 0.003 0.310 0.001 0.001 0.024 0.005 0.011 0.024 154 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.672 0.304 0.008 0.001 155 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.921 0.057 0.008 0.001 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.082 0.024 0.001 157 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.072 0.004 0.001 158 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.924 0.057 0.003 0.001 159 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.870 0.068 0.033 0.001 160 L 0.014 0.013 0.002 0.001 0.014 0.002 0.007 0.629 0.233 0.077 0.009 161 K 0.004 0.010 0.003 0.003 0.006 0.012 0.043 0.624 0.260 0.032 0.003 162 A 0.015 0.019 0.009 0.002 0.026 0.004 0.059 0.502 0.185 0.169 0.011 163 I 0.099 0.171 0.081 0.011 0.192 0.012 0.050 0.149 0.093 0.099 0.042 164 E 0.044 0.305 0.300 0.033 0.131 0.011 0.023 0.085 0.032 0.021 0.016 165 P 0.041 0.154 0.071 0.025 0.091 0.027 0.066 0.254 0.174 0.074 0.023 166 N 0.042 0.195 0.096 0.037 0.130 0.034 0.065 0.095 0.112 0.147 0.047 167 D 0.090 0.072 0.044 0.023 0.103 0.019 0.044 0.103 0.110 0.290 0.102 168 Y 0.111 0.130 0.060 0.020 0.171 0.022 0.054 0.123 0.088 0.149 0.072 169 T 0.047 0.088 0.061 0.063 0.072 0.064 0.112 0.153 0.114 0.178 0.048 170 G 0.022 0.099 0.152 0.152 0.051 0.052 0.028 0.144 0.099 0.161 0.041 171 K 0.035 0.100 0.052 0.009 0.069 0.007 0.026 0.397 0.173 0.104 0.026 172 V 0.026 0.143 0.072 0.006 0.050 0.005 0.014 0.483 0.109 0.074 0.018 173 S 0.017 0.068 0.023 0.005 0.040 0.004 0.007 0.684 0.112 0.031 0.010 174 E 0.003 0.010 0.005 0.002 0.007 0.008 0.017 0.853 0.084 0.009 0.002 175 E 0.003 0.012 0.008 0.001 0.004 0.001 0.003 0.906 0.033 0.026 0.002 176 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.059 0.006 0.001 177 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 178 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 179 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.031 0.003 0.001 180 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.891 0.087 0.016 0.001 181 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.039 0.804 0.117 0.025 0.001 182 K 0.007 0.123 0.081 0.022 0.033 0.027 0.171 0.415 0.069 0.046 0.006 183 G 0.036 0.049 0.034 0.029 0.034 0.020 0.056 0.316 0.129 0.235 0.061 184 E 0.080 0.055 0.012 0.011 0.076 0.034 0.100 0.290 0.162 0.131 0.049 185 T 0.059 0.160 0.048 0.023 0.142 0.019 0.033 0.223 0.146 0.108 0.039 186 Q 0.072 0.138 0.059 0.018 0.151 0.022 0.061 0.255 0.122 0.069 0.034 187 T 0.089 0.177 0.084 0.014 0.162 0.011 0.041 0.240 0.086 0.065 0.031 188 L 0.070 0.147 0.043 0.014 0.133 0.015 0.031 0.322 0.129 0.063 0.034