# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.803 0.138 0.039 0.014 0.004 0.001 0.001 2 A 0.615 0.194 0.110 0.055 0.021 0.005 0.001 3 N 0.678 0.197 0.078 0.033 0.011 0.003 0.001 4 S 0.616 0.214 0.094 0.048 0.020 0.006 0.001 5 G 0.450 0.257 0.162 0.087 0.034 0.010 0.001 6 C 0.362 0.228 0.196 0.136 0.061 0.016 0.001 7 K 0.512 0.250 0.135 0.068 0.026 0.008 0.001 8 D 0.600 0.231 0.105 0.046 0.014 0.003 0.001 9 V 0.470 0.216 0.153 0.106 0.044 0.010 0.001 10 T 0.613 0.236 0.091 0.042 0.014 0.003 0.001 11 G 0.468 0.264 0.150 0.086 0.026 0.005 0.001 12 P 0.636 0.228 0.085 0.038 0.011 0.002 0.001 13 D 0.709 0.193 0.063 0.026 0.007 0.001 0.001 14 E 0.632 0.227 0.091 0.038 0.010 0.002 0.001 15 E 0.398 0.352 0.166 0.066 0.016 0.002 0.001 16 S 0.077 0.236 0.291 0.251 0.117 0.026 0.002 17 F 0.006 0.028 0.083 0.229 0.382 0.244 0.030 18 L 0.001 0.006 0.028 0.113 0.296 0.428 0.129 19 Y 0.001 0.001 0.004 0.017 0.079 0.396 0.502 20 F 0.001 0.001 0.003 0.008 0.031 0.206 0.751 21 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.157 0.821 22 Y 0.001 0.001 0.003 0.013 0.048 0.227 0.707 23 G 0.001 0.003 0.007 0.024 0.081 0.316 0.568 24 S 0.005 0.010 0.016 0.036 0.103 0.374 0.457 25 N 0.011 0.027 0.049 0.121 0.225 0.353 0.214 26 L 0.021 0.059 0.112 0.203 0.272 0.250 0.084 27 L 0.052 0.112 0.166 0.234 0.231 0.164 0.041 28 T 0.170 0.236 0.216 0.190 0.117 0.057 0.014 29 E 0.265 0.276 0.190 0.132 0.080 0.045 0.013 30 R 0.112 0.163 0.178 0.215 0.186 0.122 0.025 31 I 0.046 0.070 0.103 0.201 0.282 0.248 0.050 32 H 0.089 0.168 0.204 0.229 0.175 0.112 0.024 33 L 0.148 0.187 0.192 0.194 0.147 0.103 0.027 34 R 0.148 0.168 0.192 0.217 0.161 0.094 0.019 35 N 0.153 0.170 0.178 0.196 0.160 0.115 0.029 36 P 0.322 0.226 0.159 0.136 0.090 0.052 0.015 37 S 0.336 0.284 0.167 0.110 0.060 0.034 0.010 38 A 0.148 0.131 0.145 0.199 0.197 0.143 0.036 39 A 0.126 0.214 0.209 0.188 0.137 0.098 0.028 40 F 0.040 0.083 0.133 0.211 0.254 0.222 0.058 41 F 0.031 0.104 0.163 0.224 0.227 0.200 0.051 42 C 0.008 0.035 0.073 0.155 0.274 0.364 0.092 43 V 0.009 0.071 0.224 0.329 0.228 0.118 0.021 44 A 0.004 0.017 0.032 0.094 0.268 0.471 0.113 45 R 0.007 0.061 0.211 0.364 0.258 0.091 0.007 46 L 0.003 0.012 0.031 0.127 0.381 0.408 0.039 47 Q 0.053 0.284 0.352 0.222 0.071 0.015 0.002 48 D 0.095 0.433 0.290 0.131 0.037 0.012 0.002 49 F 0.004 0.041 0.129 0.289 0.349 0.177 0.010 50 K 0.008 0.073 0.240 0.375 0.235 0.064 0.005 51 L 0.007 0.024 0.043 0.089 0.228 0.473 0.135 52 D 0.010 0.051 0.142 0.245 0.275 0.234 0.043 53 F 0.005 0.012 0.029 0.104 0.285 0.414 0.151 54 G 0.018 0.066 0.126 0.233 0.292 0.227 0.038 55 N 0.105 0.225 0.208 0.208 0.144 0.089 0.022 56 S 0.148 0.241 0.241 0.200 0.110 0.049 0.011 57 Q 0.265 0.249 0.193 0.146 0.085 0.049 0.014 58 G 0.202 0.162 0.156 0.172 0.153 0.116 0.039 59 K 0.175 0.195 0.184 0.163 0.135 0.108 0.038 60 T 0.226 0.165 0.147 0.156 0.135 0.113 0.057 61 S 0.134 0.139 0.139 0.182 0.183 0.162 0.061 62 Q 0.164 0.191 0.177 0.172 0.134 0.106 0.055 63 T 0.161 0.174 0.151 0.167 0.153 0.139 0.054 64 W 0.051 0.081 0.106 0.171 0.226 0.251 0.113 65 H 0.025 0.065 0.100 0.160 0.206 0.272 0.172 66 G 0.006 0.024 0.050 0.105 0.182 0.337 0.296 67 G 0.001 0.005 0.017 0.056 0.146 0.372 0.403 68 I 0.001 0.002 0.007 0.022 0.078 0.332 0.559 69 A 0.001 0.003 0.007 0.016 0.050 0.291 0.632 70 T 0.002 0.005 0.014 0.040 0.113 0.349 0.478 71 I 0.002 0.004 0.008 0.031 0.138 0.447 0.371 72 F 0.006 0.038 0.104 0.243 0.328 0.240 0.039 73 Q 0.075 0.288 0.294 0.228 0.090 0.024 0.002 74 S 0.181 0.329 0.249 0.167 0.060 0.013 0.001 75 P 0.531 0.277 0.111 0.057 0.018 0.004 0.001 76 G 0.563 0.262 0.102 0.048 0.019 0.006 0.001 77 D 0.175 0.298 0.276 0.174 0.063 0.014 0.001 78 E 0.080 0.216 0.277 0.234 0.146 0.043 0.003 79 V 0.003 0.011 0.036 0.138 0.349 0.410 0.052 80 W 0.005 0.031 0.123 0.238 0.281 0.258 0.064 81 G 0.002 0.009 0.017 0.043 0.138 0.495 0.296 82 V 0.001 0.008 0.038 0.138 0.266 0.400 0.149 83 V 0.002 0.007 0.018 0.060 0.215 0.531 0.167 84 W 0.004 0.018 0.054 0.164 0.328 0.370 0.062 85 K 0.011 0.077 0.186 0.299 0.277 0.142 0.008 86 M 0.005 0.019 0.085 0.301 0.443 0.142 0.006 87 N 0.275 0.490 0.184 0.045 0.006 0.001 0.001 88 K 0.567 0.331 0.081 0.018 0.003 0.001 0.001 89 S 0.731 0.211 0.042 0.013 0.003 0.001 0.001 90 N 0.102 0.317 0.323 0.200 0.051 0.006 0.001 91 L 0.018 0.061 0.205 0.387 0.275 0.052 0.002 92 N 0.119 0.434 0.305 0.111 0.027 0.004 0.001 93 S 0.045 0.222 0.382 0.246 0.085 0.018 0.001 94 L 0.007 0.014 0.031 0.124 0.381 0.414 0.029 95 D 0.027 0.102 0.223 0.325 0.234 0.082 0.006 96 E 0.194 0.380 0.239 0.124 0.044 0.018 0.002 97 Q 0.078 0.143 0.218 0.294 0.189 0.071 0.007 98 E 0.055 0.087 0.146 0.254 0.259 0.166 0.032 99 G 0.312 0.304 0.184 0.115 0.057 0.025 0.004 100 V 0.296 0.216 0.196 0.183 0.083 0.024 0.002 101 K 0.583 0.250 0.100 0.046 0.015 0.005 0.001 102 S 0.413 0.293 0.169 0.089 0.027 0.007 0.001 103 G 0.362 0.287 0.175 0.108 0.049 0.017 0.002 104 M 0.096 0.130 0.171 0.243 0.223 0.125 0.013 105 Y 0.032 0.074 0.130 0.224 0.279 0.224 0.037 106 V 0.062 0.172 0.212 0.252 0.189 0.096 0.016 107 V 0.030 0.130 0.216 0.277 0.217 0.113 0.016 108 I 0.020 0.062 0.128 0.238 0.307 0.212 0.033 109 E 0.035 0.233 0.327 0.246 0.110 0.043 0.005 110 V 0.003 0.012 0.042 0.170 0.408 0.336 0.028 111 K 0.018 0.160 0.327 0.318 0.141 0.034 0.002 112 V 0.005 0.012 0.037 0.151 0.399 0.372 0.025 113 A 0.048 0.210 0.326 0.286 0.107 0.021 0.001 114 T 0.076 0.240 0.327 0.271 0.077 0.008 0.001 115 Q 0.473 0.349 0.134 0.036 0.006 0.001 0.001 116 E 0.779 0.174 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 117 G 0.654 0.236 0.081 0.025 0.004 0.001 0.001 118 K 0.561 0.330 0.085 0.021 0.003 0.001 0.001 119 E 0.188 0.417 0.281 0.096 0.018 0.001 0.001 120 I 0.005 0.034 0.125 0.344 0.391 0.100 0.002 121 T 0.008 0.102 0.324 0.372 0.163 0.028 0.002 122 C 0.001 0.002 0.011 0.058 0.257 0.575 0.097 123 R 0.001 0.005 0.030 0.129 0.295 0.447 0.094 124 S 0.001 0.001 0.004 0.015 0.074 0.462 0.443 125 Y 0.001 0.003 0.009 0.027 0.093 0.422 0.445 126 L 0.001 0.005 0.017 0.071 0.227 0.458 0.220 127 M 0.004 0.014 0.041 0.137 0.332 0.379 0.093 128 T 0.039 0.170 0.261 0.287 0.169 0.065 0.009 129 N 0.148 0.300 0.257 0.180 0.084 0.027 0.003 130 Y 0.134 0.193 0.225 0.247 0.150 0.047 0.003 131 E 0.405 0.273 0.161 0.100 0.045 0.014 0.001 132 S 0.565 0.248 0.109 0.052 0.020 0.005 0.001 133 A 0.302 0.278 0.206 0.141 0.058 0.015 0.001 134 P 0.213 0.253 0.259 0.170 0.076 0.025 0.004 135 P 0.245 0.252 0.209 0.169 0.089 0.033 0.004 136 S 0.167 0.289 0.282 0.169 0.065 0.025 0.003 137 P 0.581 0.233 0.090 0.050 0.031 0.014 0.002 138 Q 0.129 0.315 0.272 0.187 0.079 0.018 0.001 139 Y 0.011 0.023 0.054 0.210 0.399 0.272 0.032 140 K 0.014 0.097 0.249 0.364 0.221 0.051 0.004 141 K 0.063 0.299 0.350 0.201 0.067 0.018 0.001 142 I 0.005 0.017 0.079 0.242 0.381 0.251 0.025 143 I 0.004 0.005 0.006 0.022 0.126 0.545 0.292 144 C 0.012 0.059 0.177 0.311 0.266 0.156 0.019 145 M 0.040 0.150 0.236 0.287 0.189 0.086 0.012 146 G 0.022 0.041 0.079 0.223 0.331 0.263 0.041 147 A 0.039 0.090 0.166 0.277 0.259 0.153 0.016 148 K 0.269 0.311 0.205 0.135 0.059 0.017 0.003 149 E 0.339 0.328 0.182 0.098 0.038 0.012 0.002 150 N 0.220 0.270 0.239 0.167 0.072 0.028 0.004 151 G 0.269 0.242 0.179 0.144 0.102 0.054 0.011 152 L 0.150 0.183 0.220 0.225 0.147 0.068 0.008 153 P 0.157 0.201 0.198 0.195 0.143 0.089 0.017 154 L 0.379 0.287 0.168 0.102 0.045 0.016 0.003 155 E 0.350 0.396 0.166 0.064 0.019 0.005 0.001 156 Y 0.038 0.066 0.129 0.300 0.319 0.139 0.009 157 Q 0.062 0.135 0.242 0.313 0.192 0.054 0.003 158 E 0.270 0.457 0.202 0.059 0.011 0.002 0.001 159 K 0.076 0.212 0.291 0.264 0.124 0.031 0.001 160 L 0.017 0.039 0.097 0.263 0.399 0.178 0.007 161 K 0.248 0.390 0.232 0.098 0.026 0.006 0.001 162 A 0.204 0.346 0.252 0.141 0.045 0.012 0.001 163 I 0.043 0.084 0.175 0.330 0.282 0.084 0.002 164 E 0.250 0.370 0.236 0.112 0.027 0.004 0.001 165 P 0.533 0.281 0.114 0.053 0.015 0.003 0.001 166 N 0.392 0.279 0.184 0.107 0.032 0.006 0.001 167 D 0.544 0.279 0.113 0.048 0.013 0.002 0.001 168 Y 0.172 0.164 0.228 0.261 0.141 0.033 0.001 169 T 0.410 0.345 0.149 0.067 0.023 0.006 0.001 170 G 0.376 0.266 0.180 0.118 0.046 0.012 0.001 171 K 0.460 0.298 0.135 0.068 0.029 0.009 0.001 172 V 0.094 0.159 0.218 0.273 0.187 0.066 0.004 173 S 0.046 0.127 0.246 0.294 0.195 0.085 0.008 174 E 0.278 0.361 0.214 0.099 0.038 0.010 0.001 175 E 0.082 0.214 0.292 0.262 0.116 0.031 0.003 176 I 0.009 0.017 0.034 0.121 0.361 0.422 0.035 177 E 0.029 0.107 0.250 0.345 0.199 0.064 0.005 178 D 0.149 0.494 0.254 0.082 0.017 0.004 0.001 179 I 0.022 0.062 0.186 0.384 0.275 0.069 0.002 180 I 0.020 0.025 0.063 0.236 0.452 0.199 0.006 181 K 0.261 0.408 0.244 0.075 0.011 0.001 0.001 182 K 0.583 0.338 0.067 0.011 0.001 0.001 0.001 183 G 0.326 0.283 0.213 0.135 0.038 0.005 0.001 184 E 0.565 0.249 0.116 0.053 0.014 0.002 0.001 185 T 0.749 0.160 0.058 0.026 0.006 0.001 0.001 186 Q 0.750 0.179 0.051 0.016 0.003 0.001 0.001 187 T 0.732 0.185 0.058 0.020 0.005 0.001 0.001 188 L 0.597 0.194 0.115 0.067 0.023 0.005 0.001