# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.016 0.025 0.012 0.466 0.455 2 A 0.017 0.013 0.114 0.028 0.536 0.292 3 N 0.017 0.015 0.129 0.028 0.579 0.232 4 S 0.015 0.015 0.197 0.045 0.558 0.170 5 G 0.021 0.015 0.070 0.033 0.476 0.385 6 C 0.055 0.046 0.078 0.050 0.382 0.389 7 K 0.095 0.053 0.064 0.055 0.311 0.420 8 D 0.109 0.053 0.058 0.043 0.342 0.394 9 V 0.064 0.031 0.040 0.028 0.334 0.502 10 T 0.059 0.037 0.019 0.016 0.282 0.587 11 G 0.033 0.023 0.009 0.006 0.402 0.527 12 P 0.018 0.020 0.017 0.007 0.421 0.518 13 D 0.016 0.016 0.021 0.006 0.479 0.462 14 E 0.023 0.017 0.093 0.022 0.633 0.211 15 E 0.051 0.010 0.048 0.020 0.513 0.358 16 S 0.179 0.016 0.037 0.018 0.420 0.330 17 F 0.641 0.011 0.010 0.012 0.122 0.204 18 L 0.936 0.004 0.002 0.007 0.016 0.035 19 Y 0.984 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 20 F 0.981 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 21 A 0.943 0.002 0.002 0.012 0.014 0.027 22 Y 0.754 0.007 0.011 0.021 0.078 0.129 23 G 0.332 0.011 0.095 0.036 0.294 0.232 24 S 0.116 0.013 0.239 0.069 0.347 0.216 25 N 0.040 0.011 0.248 0.089 0.370 0.241 26 L 0.032 0.019 0.091 0.087 0.415 0.356 27 L 0.025 0.022 0.029 0.172 0.284 0.468 28 T 0.014 0.007 0.051 0.443 0.258 0.228 29 E 0.006 0.003 0.066 0.756 0.114 0.055 30 R 0.011 0.007 0.086 0.749 0.099 0.048 31 I 0.016 0.006 0.133 0.678 0.105 0.061 32 H 0.039 0.008 0.151 0.574 0.129 0.098 33 L 0.054 0.015 0.084 0.547 0.157 0.144 34 R 0.054 0.021 0.038 0.439 0.179 0.269 35 N 0.020 0.012 0.005 0.024 0.566 0.373 36 P 0.006 0.003 0.081 0.042 0.735 0.132 37 S 0.014 0.004 0.107 0.028 0.755 0.093 38 A 0.050 0.015 0.176 0.025 0.653 0.082 39 A 0.195 0.016 0.071 0.029 0.316 0.374 40 F 0.566 0.018 0.041 0.027 0.134 0.214 41 F 0.739 0.015 0.014 0.023 0.076 0.133 42 C 0.797 0.007 0.007 0.014 0.055 0.120 43 V 0.806 0.006 0.006 0.011 0.048 0.123 44 A 0.844 0.009 0.007 0.007 0.032 0.101 45 R 0.839 0.022 0.004 0.005 0.034 0.095 46 L 0.624 0.022 0.013 0.009 0.272 0.060 47 Q 0.271 0.006 0.011 0.006 0.635 0.071 48 D 0.149 0.002 0.019 0.011 0.763 0.056 49 F 0.605 0.023 0.009 0.010 0.312 0.042 50 K 0.814 0.018 0.005 0.010 0.056 0.097 51 L 0.822 0.023 0.008 0.010 0.061 0.077 52 D 0.622 0.015 0.012 0.011 0.163 0.177 53 F 0.450 0.025 0.019 0.015 0.237 0.254 54 G 0.290 0.023 0.029 0.014 0.369 0.275 55 N 0.211 0.030 0.052 0.014 0.445 0.249 56 S 0.191 0.039 0.075 0.019 0.456 0.219 57 Q 0.141 0.043 0.061 0.020 0.510 0.224 58 G 0.082 0.023 0.038 0.017 0.597 0.243 59 K 0.061 0.017 0.032 0.018 0.550 0.322 60 T 0.063 0.073 0.030 0.021 0.457 0.356 61 S 0.068 0.112 0.037 0.025 0.486 0.272 62 Q 0.070 0.025 0.140 0.046 0.475 0.245 63 T 0.085 0.024 0.196 0.049 0.443 0.203 64 W 0.115 0.038 0.146 0.036 0.467 0.198 65 H 0.157 0.026 0.060 0.033 0.428 0.296 66 G 0.159 0.015 0.022 0.010 0.390 0.404 67 G 0.385 0.023 0.015 0.008 0.275 0.293 68 I 0.699 0.021 0.010 0.004 0.097 0.168 69 A 0.820 0.009 0.011 0.005 0.059 0.096 70 T 0.846 0.007 0.011 0.005 0.057 0.074 71 I 0.883 0.009 0.006 0.004 0.035 0.063 72 F 0.818 0.015 0.003 0.003 0.063 0.098 73 Q 0.575 0.050 0.003 0.002 0.121 0.250 74 S 0.096 0.017 0.004 0.001 0.838 0.044 75 P 0.014 0.004 0.012 0.003 0.938 0.029 76 G 0.005 0.002 0.020 0.003 0.946 0.025 77 D 0.083 0.021 0.022 0.002 0.834 0.038 78 E 0.405 0.028 0.013 0.002 0.199 0.353 79 V 0.792 0.030 0.007 0.002 0.075 0.095 80 W 0.880 0.004 0.001 0.001 0.041 0.073 81 G 0.899 0.001 0.001 0.001 0.028 0.069 82 V 0.907 0.002 0.001 0.002 0.025 0.063 83 V 0.965 0.002 0.001 0.002 0.009 0.022 84 W 0.975 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 85 K 0.953 0.002 0.002 0.003 0.009 0.032 86 M 0.654 0.011 0.001 0.005 0.040 0.290 87 N 0.089 0.003 0.001 0.005 0.063 0.838 88 K 0.002 0.001 0.103 0.858 0.027 0.010 89 S 0.002 0.001 0.145 0.816 0.033 0.004 90 N 0.002 0.001 0.177 0.782 0.034 0.004 91 L 0.004 0.002 0.037 0.927 0.020 0.010 92 N 0.004 0.002 0.029 0.921 0.028 0.016 93 S 0.002 0.001 0.037 0.881 0.051 0.026 94 L 0.009 0.009 0.043 0.582 0.201 0.156 95 D 0.011 0.008 0.091 0.375 0.312 0.203 96 E 0.010 0.003 0.207 0.440 0.226 0.115 97 Q 0.019 0.007 0.112 0.521 0.225 0.116 98 E 0.030 0.013 0.057 0.519 0.225 0.156 99 G 0.048 0.012 0.026 0.114 0.335 0.465 100 V 0.138 0.040 0.036 0.055 0.333 0.398 101 K 0.199 0.028 0.059 0.040 0.451 0.223 102 S 0.160 0.015 0.062 0.020 0.526 0.218 103 G 0.115 0.004 0.021 0.002 0.498 0.361 104 M 0.595 0.012 0.006 0.001 0.165 0.221 105 Y 0.860 0.007 0.001 0.001 0.021 0.110 106 V 0.941 0.002 0.001 0.001 0.013 0.043 107 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 108 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 109 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 110 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 111 K 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 112 V 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 113 A 0.911 0.005 0.001 0.001 0.019 0.065 114 T 0.650 0.020 0.001 0.001 0.287 0.041 115 Q 0.052 0.002 0.004 0.001 0.926 0.015 116 E 0.010 0.001 0.006 0.001 0.968 0.014 117 G 0.035 0.007 0.005 0.001 0.932 0.021 118 K 0.453 0.015 0.002 0.001 0.208 0.321 119 E 0.892 0.013 0.001 0.001 0.013 0.080 120 I 0.952 0.003 0.001 0.001 0.010 0.035 121 T 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 122 C 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 123 R 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 124 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 125 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 126 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 127 M 0.819 0.007 0.001 0.002 0.053 0.118 128 T 0.309 0.015 0.004 0.004 0.280 0.388 129 N 0.055 0.009 0.013 0.006 0.547 0.369 130 Y 0.019 0.011 0.053 0.010 0.645 0.261 131 E 0.027 0.022 0.070 0.018 0.619 0.244 132 S 0.019 0.010 0.063 0.011 0.578 0.318 133 A 0.017 0.016 0.014 0.007 0.298 0.648 134 P 0.012 0.018 0.005 0.004 0.108 0.853 135 P 0.005 0.012 0.001 0.005 0.083 0.893 136 S 0.003 0.005 0.012 0.159 0.142 0.679 137 P 0.001 0.001 0.020 0.968 0.008 0.004 138 Q 0.001 0.001 0.035 0.952 0.009 0.003 139 Y 0.001 0.001 0.015 0.978 0.004 0.002 140 K 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.005 141 K 0.003 0.001 0.004 0.981 0.009 0.003 142 I 0.006 0.001 0.003 0.979 0.009 0.003 143 I 0.006 0.001 0.002 0.989 0.003 0.001 144 C 0.005 0.001 0.002 0.989 0.003 0.001 145 M 0.005 0.001 0.004 0.982 0.005 0.005 146 G 0.017 0.004 0.014 0.736 0.043 0.187 147 A 0.024 0.012 0.077 0.520 0.131 0.237 148 K 0.047 0.013 0.158 0.345 0.310 0.127 149 E 0.060 0.012 0.132 0.206 0.419 0.172 150 N 0.024 0.011 0.057 0.211 0.368 0.329 151 G 0.011 0.010 0.006 0.014 0.191 0.768 152 L 0.008 0.015 0.001 0.010 0.080 0.886 153 P 0.004 0.009 0.002 0.074 0.072 0.839 154 L 0.001 0.001 0.014 0.978 0.005 0.003 155 E 0.001 0.001 0.020 0.974 0.005 0.001 156 Y 0.001 0.001 0.034 0.954 0.008 0.002 157 Q 0.005 0.002 0.010 0.970 0.008 0.005 158 E 0.006 0.001 0.014 0.953 0.018 0.008 159 K 0.005 0.001 0.017 0.938 0.021 0.019 160 L 0.005 0.002 0.023 0.914 0.032 0.024 161 K 0.007 0.003 0.046 0.810 0.061 0.073 162 A 0.012 0.006 0.069 0.402 0.170 0.341 163 I 0.032 0.031 0.037 0.120 0.264 0.516 164 E 0.029 0.031 0.018 0.042 0.345 0.535 165 P 0.011 0.012 0.063 0.042 0.616 0.256 166 N 0.009 0.007 0.080 0.028 0.690 0.186 167 D 0.009 0.010 0.070 0.037 0.733 0.141 168 Y 0.011 0.031 0.061 0.089 0.615 0.193 169 T 0.014 0.029 0.019 0.086 0.437 0.414 170 G 0.009 0.009 0.009 0.078 0.470 0.425 171 K 0.006 0.008 0.034 0.462 0.270 0.219 172 V 0.011 0.012 0.017 0.572 0.152 0.235 173 S 0.006 0.003 0.011 0.831 0.076 0.073 174 E 0.001 0.001 0.008 0.964 0.014 0.011 175 E 0.003 0.002 0.006 0.967 0.010 0.012 176 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.002 177 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 178 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 179 I 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 180 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.003 181 K 0.001 0.001 0.005 0.971 0.015 0.008 182 K 0.001 0.001 0.005 0.910 0.032 0.052 183 G 0.002 0.003 0.009 0.209 0.191 0.586 184 E 0.005 0.005 0.024 0.053 0.375 0.538 185 T 0.018 0.008 0.046 0.042 0.376 0.510 186 Q 0.031 0.015 0.044 0.055 0.250 0.606 187 T 0.033 0.020 0.015 0.045 0.121 0.766 188 L 0.017 0.006 0.004 0.012 0.060 0.901