# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.085 0.018 0.003 0.016 0.013 0.017 0.143 0.004 0.001 0.074 0.626 2 A 0.046 0.012 0.002 0.014 0.010 0.018 0.146 0.008 0.001 0.060 0.684 3 N 0.299 0.023 0.001 0.013 0.009 0.012 0.111 0.006 0.001 0.068 0.457 4 S 0.051 0.011 0.001 0.023 0.017 0.034 0.166 0.006 0.001 0.058 0.632 5 G 0.031 0.012 0.001 0.027 0.013 0.032 0.154 0.002 0.001 0.053 0.673 6 C 0.057 0.006 0.002 0.051 0.054 0.071 0.162 0.006 0.001 0.112 0.479 7 K 0.028 0.006 0.001 0.048 0.026 0.064 0.167 0.004 0.001 0.064 0.592 8 D 0.116 0.006 0.001 0.046 0.027 0.044 0.128 0.002 0.001 0.072 0.557 9 V 0.013 0.001 0.001 0.028 0.025 0.043 0.179 0.002 0.001 0.055 0.653 10 T 0.011 0.002 0.001 0.011 0.010 0.018 0.146 0.001 0.001 0.022 0.777 11 G 0.114 0.004 0.001 0.012 0.020 0.022 0.156 0.010 0.001 0.073 0.587 12 P 0.092 0.005 0.001 0.007 0.003 0.004 0.131 0.003 0.001 0.063 0.690 13 D 0.124 0.015 0.002 0.009 0.005 0.010 0.132 0.004 0.001 0.066 0.632 14 E 0.066 0.022 0.001 0.016 0.009 0.014 0.149 0.003 0.001 0.055 0.666 15 E 0.019 0.048 0.001 0.021 0.023 0.030 0.158 0.003 0.001 0.049 0.648 16 S 0.011 0.099 0.001 0.080 0.079 0.091 0.107 0.003 0.001 0.083 0.447 17 F 0.007 0.057 0.001 0.195 0.102 0.117 0.082 0.002 0.001 0.133 0.304 18 L 0.003 0.080 0.001 0.355 0.134 0.139 0.041 0.001 0.001 0.110 0.136 19 Y 0.006 0.100 0.002 0.410 0.131 0.170 0.026 0.002 0.001 0.065 0.089 20 F 0.011 0.031 0.001 0.395 0.130 0.123 0.022 0.001 0.001 0.194 0.091 21 A 0.007 0.048 0.005 0.398 0.079 0.096 0.044 0.002 0.002 0.205 0.114 22 Y 0.136 0.170 0.010 0.161 0.052 0.082 0.082 0.011 0.006 0.138 0.154 23 G 0.183 0.129 0.011 0.089 0.047 0.073 0.092 0.018 0.008 0.085 0.263 24 S 0.085 0.035 0.002 0.029 0.032 0.057 0.140 0.004 0.002 0.130 0.484 25 N 0.045 0.128 0.004 0.032 0.022 0.047 0.132 0.006 0.003 0.072 0.509 26 L 0.138 0.184 0.015 0.013 0.022 0.032 0.103 0.012 0.005 0.042 0.433 27 L 0.054 0.414 0.007 0.011 0.017 0.023 0.059 0.017 0.003 0.025 0.370 28 T 0.153 0.587 0.002 0.002 0.005 0.010 0.026 0.012 0.001 0.013 0.191 29 E 0.078 0.569 0.016 0.008 0.007 0.012 0.036 0.015 0.005 0.047 0.207 30 R 0.114 0.300 0.026 0.008 0.013 0.023 0.073 0.017 0.012 0.079 0.336 31 I 0.285 0.170 0.006 0.014 0.013 0.023 0.066 0.025 0.002 0.089 0.308 32 H 0.143 0.026 0.002 0.025 0.017 0.030 0.093 0.003 0.001 0.065 0.595 33 L 0.010 0.011 0.003 0.039 0.020 0.047 0.124 0.001 0.001 0.027 0.717 34 R 0.012 0.016 0.003 0.018 0.022 0.037 0.100 0.003 0.002 0.022 0.766 35 N 0.562 0.036 0.003 0.004 0.011 0.009 0.056 0.023 0.002 0.066 0.229 36 P 0.134 0.025 0.002 0.008 0.004 0.008 0.089 0.006 0.001 0.057 0.667 37 S 0.069 0.029 0.002 0.011 0.004 0.015 0.093 0.003 0.001 0.025 0.750 38 A 0.072 0.027 0.003 0.035 0.057 0.072 0.122 0.009 0.001 0.055 0.547 39 A 0.054 0.023 0.002 0.026 0.053 0.073 0.098 0.004 0.001 0.032 0.635 40 F 0.031 0.013 0.002 0.042 0.143 0.157 0.093 0.005 0.001 0.034 0.480 41 F 0.025 0.024 0.001 0.040 0.053 0.071 0.109 0.003 0.001 0.027 0.646 42 C 0.054 0.039 0.002 0.060 0.118 0.193 0.100 0.020 0.001 0.060 0.356 43 V 0.039 0.029 0.002 0.065 0.097 0.162 0.076 0.002 0.001 0.036 0.493 44 A 0.010 0.009 0.007 0.067 0.174 0.257 0.081 0.001 0.003 0.039 0.351 45 R 0.049 0.034 0.004 0.046 0.166 0.173 0.076 0.007 0.002 0.044 0.398 46 L 0.500 0.026 0.003 0.017 0.035 0.040 0.061 0.010 0.002 0.039 0.267 47 Q 0.045 0.029 0.002 0.040 0.041 0.080 0.111 0.008 0.001 0.037 0.607 48 D 0.020 0.020 0.003 0.036 0.018 0.062 0.107 0.002 0.001 0.042 0.688 49 F 0.010 0.017 0.002 0.070 0.309 0.262 0.065 0.004 0.001 0.063 0.198 50 K 0.021 0.009 0.002 0.100 0.128 0.207 0.071 0.002 0.001 0.102 0.357 51 L 0.011 0.004 0.002 0.172 0.179 0.147 0.067 0.002 0.001 0.057 0.358 52 D 0.034 0.004 0.001 0.194 0.086 0.154 0.091 0.003 0.001 0.110 0.321 53 F 0.059 0.004 0.002 0.101 0.056 0.082 0.126 0.003 0.001 0.102 0.465 54 G 0.017 0.002 0.001 0.103 0.034 0.085 0.158 0.004 0.001 0.055 0.541 55 N 0.081 0.005 0.002 0.049 0.026 0.052 0.152 0.003 0.002 0.082 0.547 56 S 0.059 0.002 0.001 0.048 0.027 0.041 0.162 0.005 0.001 0.082 0.572 57 Q 0.071 0.004 0.001 0.032 0.012 0.023 0.161 0.004 0.001 0.067 0.625 58 G 0.059 0.005 0.001 0.034 0.015 0.035 0.160 0.004 0.001 0.086 0.601 59 K 0.030 0.004 0.001 0.025 0.013 0.030 0.162 0.002 0.001 0.059 0.674 60 T 0.018 0.007 0.001 0.035 0.044 0.103 0.163 0.005 0.001 0.072 0.552 61 S 0.077 0.010 0.001 0.025 0.037 0.055 0.144 0.001 0.001 0.080 0.570 62 Q 0.008 0.002 0.001 0.021 0.065 0.101 0.186 0.003 0.001 0.043 0.569 63 T 0.082 0.005 0.002 0.016 0.020 0.041 0.129 0.003 0.002 0.051 0.648 64 W 0.349 0.008 0.003 0.013 0.017 0.025 0.100 0.014 0.002 0.107 0.361 65 H 0.058 0.004 0.001 0.010 0.008 0.019 0.129 0.003 0.001 0.040 0.728 66 G 0.012 0.003 0.001 0.027 0.037 0.099 0.136 0.001 0.001 0.039 0.644 67 G 0.005 0.003 0.001 0.052 0.192 0.282 0.093 0.002 0.001 0.073 0.298 68 I 0.010 0.003 0.001 0.067 0.149 0.220 0.074 0.002 0.001 0.064 0.409 69 A 0.004 0.001 0.001 0.085 0.263 0.370 0.038 0.001 0.001 0.037 0.201 70 T 0.003 0.001 0.001 0.074 0.159 0.392 0.048 0.001 0.001 0.045 0.277 71 I 0.003 0.001 0.001 0.128 0.205 0.237 0.059 0.001 0.001 0.043 0.324 72 F 0.003 0.001 0.001 0.079 0.210 0.246 0.096 0.001 0.001 0.054 0.309 73 Q 0.031 0.001 0.002 0.034 0.036 0.056 0.091 0.002 0.003 0.032 0.712 74 S 0.542 0.004 0.002 0.011 0.011 0.010 0.053 0.008 0.002 0.084 0.273 75 P 0.052 0.005 0.001 0.006 0.002 0.004 0.096 0.002 0.001 0.042 0.790 76 G 0.021 0.001 0.001 0.008 0.010 0.021 0.129 0.002 0.001 0.023 0.783 77 D 0.012 0.002 0.001 0.045 0.226 0.224 0.099 0.002 0.001 0.051 0.338 78 E 0.005 0.001 0.001 0.041 0.079 0.257 0.083 0.001 0.001 0.068 0.465 79 V 0.001 0.001 0.001 0.063 0.335 0.382 0.038 0.001 0.001 0.038 0.140 80 W 0.001 0.001 0.001 0.099 0.229 0.480 0.036 0.001 0.001 0.034 0.120 81 G 0.001 0.001 0.001 0.087 0.280 0.508 0.014 0.001 0.001 0.040 0.070 82 V 0.001 0.001 0.001 0.106 0.305 0.502 0.009 0.001 0.001 0.036 0.041 83 V 0.001 0.001 0.001 0.040 0.374 0.503 0.009 0.001 0.001 0.023 0.050 84 W 0.001 0.001 0.001 0.068 0.405 0.412 0.013 0.001 0.001 0.023 0.078 85 K 0.004 0.001 0.001 0.093 0.296 0.329 0.045 0.001 0.001 0.072 0.160 86 M 0.002 0.004 0.001 0.081 0.190 0.157 0.081 0.001 0.001 0.048 0.432 87 N 0.329 0.442 0.003 0.008 0.012 0.016 0.027 0.035 0.002 0.013 0.113 88 K 0.247 0.232 0.007 0.009 0.002 0.002 0.026 0.011 0.002 0.158 0.304 89 S 0.024 0.098 0.014 0.006 0.004 0.007 0.065 0.004 0.006 0.390 0.381 90 N 0.254 0.383 0.004 0.004 0.008 0.013 0.043 0.023 0.001 0.102 0.166 91 L 0.152 0.306 0.021 0.013 0.011 0.013 0.055 0.034 0.010 0.072 0.313 92 N 0.048 0.392 0.002 0.008 0.016 0.021 0.083 0.005 0.001 0.010 0.414 93 S 0.050 0.426 0.002 0.006 0.009 0.029 0.049 0.009 0.001 0.012 0.407 94 L 0.030 0.379 0.010 0.012 0.010 0.014 0.078 0.015 0.003 0.107 0.342 95 D 0.121 0.286 0.076 0.012 0.006 0.012 0.067 0.012 0.058 0.193 0.158 96 E 0.399 0.178 0.021 0.007 0.003 0.005 0.040 0.021 0.007 0.086 0.233 97 Q 0.262 0.053 0.003 0.007 0.008 0.014 0.069 0.012 0.002 0.055 0.514 98 E 0.036 0.019 0.002 0.025 0.009 0.027 0.095 0.001 0.001 0.035 0.750 99 G 0.011 0.009 0.009 0.020 0.009 0.028 0.092 0.001 0.003 0.048 0.768 100 V 0.099 0.003 0.004 0.010 0.036 0.037 0.100 0.013 0.002 0.080 0.615 101 K 0.332 0.007 0.001 0.011 0.005 0.010 0.065 0.003 0.001 0.050 0.515 102 S 0.041 0.002 0.001 0.011 0.005 0.014 0.087 0.002 0.001 0.031 0.807 103 G 0.011 0.001 0.001 0.008 0.012 0.023 0.109 0.003 0.001 0.018 0.815 104 M 0.009 0.001 0.001 0.029 0.092 0.104 0.114 0.002 0.001 0.027 0.622 105 Y 0.009 0.001 0.001 0.072 0.074 0.135 0.079 0.001 0.001 0.054 0.573 106 V 0.005 0.001 0.001 0.063 0.208 0.217 0.071 0.002 0.001 0.043 0.391 107 V 0.004 0.001 0.001 0.092 0.066 0.084 0.093 0.001 0.001 0.017 0.642 108 I 0.001 0.001 0.001 0.179 0.267 0.312 0.035 0.001 0.001 0.027 0.179 109 E 0.001 0.001 0.001 0.173 0.120 0.266 0.042 0.001 0.001 0.044 0.352 110 V 0.001 0.001 0.001 0.130 0.348 0.297 0.019 0.001 0.001 0.019 0.186 111 K 0.001 0.001 0.001 0.194 0.314 0.304 0.019 0.001 0.001 0.022 0.145 112 V 0.001 0.001 0.001 0.063 0.380 0.346 0.021 0.001 0.001 0.020 0.168 113 A 0.004 0.001 0.004 0.194 0.176 0.241 0.061 0.002 0.005 0.030 0.282 114 T 0.668 0.005 0.004 0.014 0.025 0.039 0.023 0.009 0.005 0.030 0.178 115 Q 0.436 0.001 0.001 0.006 0.005 0.008 0.035 0.003 0.001 0.046 0.457 116 E 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 0.061 0.001 0.001 0.007 0.909 117 G 0.011 0.001 0.002 0.020 0.030 0.048 0.101 0.001 0.001 0.033 0.754 118 K 0.001 0.001 0.001 0.011 0.516 0.226 0.044 0.001 0.001 0.040 0.160 119 E 0.002 0.001 0.001 0.021 0.108 0.220 0.075 0.001 0.001 0.044 0.528 120 I 0.001 0.001 0.001 0.046 0.312 0.463 0.034 0.001 0.001 0.032 0.112 121 T 0.001 0.001 0.001 0.066 0.205 0.593 0.018 0.001 0.001 0.064 0.054 122 C 0.001 0.001 0.001 0.091 0.348 0.447 0.009 0.001 0.001 0.040 0.064 123 R 0.001 0.001 0.001 0.094 0.381 0.489 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 124 S 0.001 0.001 0.001 0.048 0.475 0.396 0.004 0.001 0.001 0.042 0.034 125 Y 0.001 0.001 0.001 0.122 0.497 0.301 0.008 0.001 0.001 0.034 0.038 126 L 0.007 0.001 0.001 0.132 0.231 0.418 0.039 0.001 0.001 0.064 0.107 127 M 0.036 0.002 0.001 0.087 0.227 0.283 0.065 0.001 0.002 0.069 0.227 128 T 0.032 0.004 0.003 0.058 0.068 0.128 0.129 0.003 0.004 0.076 0.496 129 N 0.083 0.009 0.005 0.033 0.017 0.038 0.137 0.007 0.004 0.079 0.588 130 Y 0.287 0.009 0.002 0.015 0.011 0.017 0.087 0.008 0.001 0.105 0.457 131 E 0.064 0.003 0.001 0.011 0.006 0.011 0.105 0.002 0.001 0.055 0.742 132 S 0.007 0.001 0.001 0.009 0.009 0.025 0.135 0.002 0.001 0.022 0.788 133 A 0.025 0.003 0.001 0.009 0.014 0.013 0.123 0.001 0.001 0.025 0.786 134 P 0.008 0.004 0.001 0.007 0.024 0.020 0.209 0.003 0.001 0.044 0.680 135 P 0.026 0.152 0.001 0.004 0.003 0.005 0.123 0.008 0.001 0.033 0.644 136 S 0.092 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.013 0.032 137 P 0.044 0.858 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.023 0.058 138 Q 0.022 0.885 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.002 0.001 0.017 0.053 139 Y 0.028 0.880 0.001 0.002 0.005 0.005 0.010 0.004 0.001 0.022 0.041 140 K 0.038 0.832 0.002 0.005 0.010 0.015 0.015 0.004 0.001 0.037 0.042 141 K 0.017 0.772 0.003 0.013 0.013 0.028 0.020 0.002 0.001 0.045 0.085 142 I 0.059 0.373 0.038 0.024 0.038 0.050 0.057 0.011 0.009 0.158 0.183 143 I 0.122 0.323 0.023 0.044 0.035 0.048 0.065 0.018 0.009 0.133 0.179 144 C 0.157 0.116 0.012 0.026 0.028 0.050 0.083 0.009 0.007 0.076 0.434 145 M 0.059 0.050 0.003 0.022 0.020 0.045 0.094 0.005 0.002 0.038 0.663 146 G 0.051 0.065 0.007 0.020 0.038 0.092 0.107 0.004 0.004 0.057 0.554 147 A 0.056 0.026 0.030 0.028 0.027 0.050 0.119 0.007 0.013 0.049 0.595 148 K 0.406 0.023 0.003 0.011 0.019 0.029 0.049 0.022 0.002 0.059 0.376 149 E 0.315 0.011 0.001 0.009 0.005 0.009 0.069 0.003 0.001 0.039 0.540 150 N 0.006 0.003 0.001 0.014 0.007 0.015 0.088 0.001 0.001 0.008 0.859 151 G 0.009 0.023 0.001 0.014 0.012 0.013 0.101 0.001 0.001 0.016 0.811 152 L 0.003 0.030 0.001 0.013 0.053 0.016 0.111 0.011 0.001 0.025 0.739 153 P 0.022 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.024 154 L 0.047 0.858 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.036 0.044 155 E 0.010 0.708 0.006 0.004 0.001 0.002 0.017 0.003 0.002 0.155 0.092 156 Y 0.040 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.024 0.040 157 Q 0.059 0.712 0.021 0.006 0.002 0.002 0.012 0.024 0.009 0.049 0.104 158 E 0.096 0.462 0.012 0.005 0.004 0.007 0.059 0.006 0.008 0.056 0.286 159 K 0.082 0.343 0.028 0.007 0.003 0.010 0.051 0.014 0.018 0.062 0.382 160 L 0.299 0.117 0.014 0.005 0.003 0.006 0.070 0.045 0.006 0.087 0.349 161 K 0.153 0.023 0.001 0.020 0.006 0.017 0.086 0.003 0.001 0.057 0.633 162 A 0.006 0.004 0.001 0.016 0.003 0.011 0.083 0.001 0.001 0.019 0.857 163 I 0.006 0.004 0.003 0.038 0.014 0.019 0.146 0.003 0.001 0.040 0.727 164 E 0.387 0.015 0.002 0.020 0.011 0.011 0.089 0.017 0.002 0.110 0.337 165 P 0.236 0.007 0.001 0.011 0.002 0.003 0.075 0.002 0.001 0.057 0.606 166 N 0.010 0.003 0.001 0.011 0.003 0.009 0.141 0.002 0.001 0.022 0.798 167 D 0.085 0.026 0.002 0.016 0.005 0.009 0.126 0.003 0.001 0.028 0.699 168 Y 0.231 0.033 0.001 0.011 0.013 0.012 0.128 0.013 0.001 0.074 0.483 169 T 0.054 0.022 0.001 0.009 0.005 0.009 0.108 0.003 0.001 0.065 0.724 170 G 0.064 0.174 0.002 0.016 0.005 0.009 0.120 0.002 0.001 0.084 0.523 171 K 0.036 0.447 0.003 0.008 0.009 0.009 0.086 0.006 0.001 0.072 0.324 172 V 0.011 0.785 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.006 0.001 0.019 0.152 173 S 0.019 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 0.027 174 E 0.010 0.799 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.133 0.039 175 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 176 I 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 177 E 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.015 178 D 0.008 0.803 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.128 0.037 179 I 0.065 0.136 0.330 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.138 0.236 0.047 180 I 0.631 0.052 0.018 0.003 0.001 0.001 0.027 0.027 0.017 0.095 0.128 181 K 0.063 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 0.021 0.844 182 K 0.006 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.077 0.001 0.001 0.011 0.890 183 G 0.055 0.004 0.002 0.008 0.004 0.009 0.118 0.005 0.001 0.065 0.730 184 E 0.083 0.007 0.001 0.011 0.007 0.014 0.112 0.011 0.001 0.086 0.669 185 T 0.108 0.008 0.001 0.011 0.002 0.007 0.084 0.002 0.001 0.023 0.754 186 Q 0.055 0.004 0.001 0.029 0.028 0.049 0.125 0.008 0.001 0.041 0.660 187 T 0.035 0.013 0.001 0.027 0.013 0.024 0.128 0.001 0.001 0.024 0.733 188 L 0.025 0.006 0.002 0.049 0.050 0.070 0.129 0.012 0.001 0.038 0.619