# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.095 0.035 0.015 0.020 0.026 0.110 0.105 0.594 2 A 0.074 0.029 0.009 0.009 0.015 0.111 0.027 0.727 3 N 0.222 0.054 0.009 0.010 0.016 0.098 0.052 0.539 4 S 0.060 0.039 0.015 0.014 0.021 0.130 0.046 0.675 5 G 0.087 0.035 0.020 0.017 0.040 0.120 0.054 0.627 6 C 0.080 0.019 0.029 0.038 0.046 0.125 0.131 0.532 7 K 0.036 0.012 0.034 0.044 0.074 0.134 0.073 0.594 8 D 0.091 0.008 0.029 0.035 0.061 0.109 0.049 0.618 9 V 0.022 0.004 0.023 0.048 0.059 0.134 0.029 0.680 10 T 0.031 0.007 0.019 0.016 0.035 0.113 0.023 0.755 11 G 0.085 0.014 0.014 0.034 0.040 0.147 0.044 0.622 12 P 0.044 0.009 0.010 0.011 0.012 0.109 0.050 0.754 13 D 0.222 0.064 0.010 0.013 0.018 0.092 0.136 0.446 14 E 0.116 0.053 0.015 0.012 0.022 0.149 0.076 0.558 15 E 0.040 0.056 0.032 0.028 0.069 0.132 0.056 0.587 16 S 0.013 0.036 0.089 0.053 0.155 0.151 0.074 0.430 17 F 0.006 0.023 0.150 0.105 0.257 0.111 0.095 0.253 18 L 0.005 0.017 0.279 0.179 0.266 0.046 0.116 0.091 19 Y 0.005 0.015 0.439 0.132 0.200 0.043 0.077 0.088 20 F 0.010 0.013 0.576 0.101 0.147 0.030 0.072 0.051 21 A 0.008 0.016 0.380 0.088 0.165 0.042 0.233 0.067 22 Y 0.043 0.080 0.311 0.060 0.149 0.098 0.102 0.155 23 G 0.177 0.091 0.111 0.047 0.097 0.122 0.155 0.199 24 S 0.023 0.057 0.060 0.015 0.031 0.108 0.413 0.293 25 N 0.052 0.175 0.040 0.016 0.033 0.142 0.192 0.351 26 L 0.088 0.187 0.028 0.014 0.020 0.163 0.095 0.406 27 L 0.104 0.375 0.014 0.011 0.015 0.078 0.072 0.331 28 T 0.112 0.502 0.009 0.005 0.009 0.044 0.075 0.245 29 E 0.070 0.413 0.017 0.015 0.018 0.068 0.091 0.308 30 R 0.144 0.214 0.038 0.028 0.032 0.072 0.096 0.376 31 I 0.153 0.087 0.034 0.036 0.050 0.085 0.185 0.371 32 H 0.170 0.050 0.024 0.018 0.029 0.099 0.068 0.542 33 L 0.013 0.011 0.021 0.026 0.037 0.116 0.046 0.731 34 R 0.011 0.008 0.009 0.007 0.010 0.094 0.023 0.839 35 N 0.563 0.075 0.008 0.010 0.009 0.056 0.073 0.208 36 P 0.111 0.053 0.008 0.006 0.008 0.104 0.030 0.681 37 S 0.070 0.065 0.015 0.007 0.019 0.098 0.064 0.663 38 A 0.081 0.069 0.026 0.026 0.042 0.138 0.122 0.496 39 A 0.049 0.059 0.045 0.056 0.083 0.106 0.097 0.505 40 F 0.029 0.045 0.065 0.058 0.156 0.089 0.072 0.485 41 F 0.016 0.015 0.092 0.104 0.177 0.085 0.064 0.445 42 C 0.030 0.020 0.081 0.252 0.278 0.051 0.049 0.237 43 V 0.031 0.015 0.061 0.100 0.182 0.068 0.051 0.492 44 A 0.004 0.006 0.122 0.241 0.292 0.064 0.041 0.231 45 R 0.024 0.011 0.083 0.103 0.176 0.079 0.051 0.474 46 L 0.283 0.032 0.063 0.114 0.066 0.057 0.103 0.280 47 Q 0.063 0.035 0.044 0.052 0.093 0.096 0.031 0.587 48 D 0.036 0.024 0.043 0.023 0.084 0.072 0.046 0.673 49 F 0.024 0.026 0.072 0.195 0.177 0.094 0.067 0.345 50 K 0.020 0.012 0.080 0.141 0.197 0.075 0.064 0.411 51 L 0.030 0.010 0.061 0.158 0.191 0.076 0.068 0.406 52 D 0.038 0.007 0.083 0.145 0.177 0.092 0.090 0.367 53 F 0.036 0.008 0.057 0.072 0.113 0.113 0.070 0.530 54 G 0.035 0.009 0.050 0.064 0.106 0.109 0.054 0.573 55 N 0.150 0.011 0.032 0.041 0.063 0.118 0.071 0.514 56 S 0.072 0.008 0.023 0.032 0.044 0.126 0.070 0.625 57 Q 0.031 0.006 0.030 0.026 0.059 0.148 0.052 0.649 58 G 0.040 0.008 0.025 0.028 0.055 0.143 0.074 0.628 59 K 0.019 0.005 0.039 0.053 0.067 0.153 0.054 0.611 60 T 0.041 0.012 0.038 0.035 0.064 0.109 0.073 0.629 61 S 0.127 0.028 0.036 0.060 0.066 0.114 0.129 0.441 62 Q 0.028 0.016 0.061 0.047 0.081 0.133 0.055 0.581 63 T 0.039 0.015 0.034 0.029 0.060 0.132 0.048 0.643 64 W 0.153 0.042 0.042 0.055 0.055 0.125 0.093 0.435 65 H 0.090 0.064 0.034 0.028 0.069 0.123 0.050 0.541 66 G 0.021 0.020 0.089 0.039 0.095 0.118 0.091 0.528 67 G 0.030 0.038 0.106 0.130 0.156 0.117 0.110 0.314 68 I 0.079 0.028 0.078 0.091 0.144 0.097 0.115 0.368 69 A 0.034 0.014 0.072 0.137 0.210 0.080 0.058 0.393 70 T 0.014 0.006 0.117 0.144 0.350 0.053 0.048 0.267 71 I 0.021 0.004 0.059 0.152 0.193 0.095 0.053 0.422 72 F 0.009 0.002 0.095 0.225 0.243 0.079 0.047 0.299 73 Q 0.059 0.002 0.017 0.021 0.040 0.105 0.033 0.724 74 S 0.581 0.007 0.008 0.013 0.011 0.062 0.066 0.252 75 P 0.059 0.006 0.004 0.006 0.012 0.086 0.010 0.818 76 G 0.032 0.007 0.012 0.011 0.060 0.111 0.027 0.739 77 D 0.012 0.012 0.033 0.165 0.311 0.110 0.050 0.307 78 E 0.016 0.006 0.047 0.134 0.224 0.104 0.040 0.428 79 V 0.026 0.016 0.048 0.339 0.280 0.046 0.048 0.197 80 W 0.005 0.011 0.070 0.119 0.546 0.042 0.021 0.186 81 G 0.002 0.002 0.051 0.198 0.668 0.009 0.019 0.051 82 V 0.002 0.001 0.027 0.567 0.381 0.004 0.006 0.012 83 V 0.001 0.001 0.039 0.256 0.612 0.009 0.011 0.071 84 W 0.001 0.003 0.039 0.362 0.554 0.009 0.005 0.028 85 K 0.005 0.005 0.054 0.341 0.457 0.031 0.017 0.090 86 M 0.012 0.018 0.066 0.202 0.147 0.082 0.080 0.393 87 N 0.384 0.395 0.009 0.018 0.018 0.017 0.093 0.067 88 K 0.441 0.189 0.013 0.004 0.005 0.042 0.105 0.201 89 S 0.029 0.115 0.015 0.009 0.009 0.064 0.156 0.604 90 N 0.113 0.406 0.006 0.003 0.005 0.048 0.122 0.297 91 L 0.183 0.386 0.009 0.006 0.008 0.089 0.056 0.265 92 N 0.096 0.452 0.007 0.006 0.009 0.061 0.024 0.345 93 S 0.045 0.375 0.015 0.006 0.011 0.057 0.081 0.410 94 L 0.078 0.398 0.036 0.011 0.015 0.092 0.114 0.255 95 D 0.253 0.184 0.063 0.023 0.022 0.051 0.230 0.174 96 E 0.237 0.086 0.023 0.009 0.014 0.085 0.049 0.496 97 Q 0.125 0.027 0.029 0.014 0.024 0.073 0.050 0.659 98 E 0.017 0.009 0.018 0.026 0.045 0.144 0.029 0.712 99 G 0.009 0.003 0.022 0.024 0.046 0.105 0.042 0.748 100 V 0.104 0.005 0.015 0.046 0.032 0.120 0.041 0.636 101 K 0.397 0.011 0.011 0.017 0.021 0.061 0.057 0.426 102 S 0.068 0.006 0.010 0.012 0.032 0.106 0.019 0.748 103 G 0.024 0.004 0.031 0.047 0.184 0.084 0.027 0.599 104 M 0.007 0.003 0.029 0.138 0.371 0.057 0.044 0.352 105 Y 0.002 0.001 0.065 0.291 0.410 0.029 0.031 0.170 106 V 0.005 0.001 0.035 0.373 0.465 0.013 0.018 0.090 107 V 0.005 0.001 0.064 0.277 0.310 0.024 0.029 0.290 108 I 0.002 0.001 0.068 0.297 0.511 0.021 0.009 0.092 109 E 0.002 0.001 0.035 0.166 0.483 0.022 0.015 0.276 110 V 0.002 0.001 0.037 0.467 0.344 0.019 0.014 0.116 111 K 0.003 0.001 0.060 0.359 0.412 0.022 0.014 0.130 112 V 0.007 0.001 0.040 0.342 0.291 0.034 0.035 0.249 113 A 0.018 0.001 0.125 0.220 0.179 0.048 0.051 0.358 114 T 0.419 0.002 0.022 0.037 0.046 0.051 0.039 0.384 115 Q 0.405 0.002 0.008 0.018 0.016 0.043 0.027 0.480 116 E 0.018 0.001 0.006 0.007 0.037 0.089 0.006 0.837 117 G 0.008 0.001 0.012 0.019 0.089 0.084 0.025 0.762 118 K 0.007 0.002 0.021 0.375 0.319 0.051 0.030 0.195 119 E 0.003 0.002 0.054 0.131 0.242 0.051 0.031 0.487 120 I 0.004 0.002 0.073 0.361 0.381 0.025 0.026 0.128 121 T 0.005 0.004 0.138 0.224 0.441 0.020 0.056 0.111 122 C 0.002 0.004 0.108 0.273 0.431 0.024 0.029 0.129 123 R 0.001 0.002 0.150 0.265 0.540 0.007 0.018 0.018 124 S 0.002 0.002 0.101 0.292 0.456 0.012 0.062 0.073 125 Y 0.001 0.001 0.185 0.396 0.353 0.010 0.026 0.027 126 L 0.006 0.003 0.134 0.240 0.438 0.030 0.034 0.115 127 M 0.033 0.005 0.110 0.205 0.234 0.078 0.057 0.279 128 T 0.040 0.005 0.074 0.088 0.111 0.098 0.084 0.501 129 N 0.085 0.009 0.028 0.022 0.039 0.140 0.071 0.607 130 Y 0.169 0.007 0.020 0.022 0.029 0.120 0.071 0.561 131 E 0.063 0.003 0.010 0.014 0.017 0.104 0.025 0.765 132 S 0.032 0.003 0.011 0.011 0.025 0.090 0.047 0.781 133 A 0.039 0.006 0.010 0.011 0.017 0.160 0.037 0.720 134 P 0.013 0.007 0.012 0.014 0.014 0.171 0.027 0.741 135 P 0.040 0.076 0.005 0.003 0.003 0.074 0.034 0.764 136 S 0.215 0.672 0.002 0.001 0.001 0.016 0.039 0.053 137 P 0.042 0.787 0.004 0.002 0.002 0.024 0.029 0.109 138 Q 0.019 0.846 0.005 0.003 0.007 0.018 0.040 0.062 139 Y 0.015 0.870 0.005 0.003 0.006 0.012 0.059 0.030 140 K 0.008 0.849 0.006 0.007 0.014 0.012 0.073 0.031 141 K 0.011 0.732 0.036 0.020 0.033 0.019 0.088 0.060 142 I 0.024 0.585 0.079 0.048 0.062 0.034 0.094 0.074 143 I 0.097 0.419 0.132 0.044 0.075 0.048 0.083 0.101 144 C 0.082 0.207 0.121 0.058 0.074 0.070 0.142 0.245 145 M 0.062 0.174 0.066 0.041 0.054 0.083 0.057 0.462 146 G 0.080 0.062 0.093 0.042 0.059 0.113 0.191 0.360 147 A 0.056 0.019 0.093 0.049 0.047 0.134 0.178 0.425 148 K 0.651 0.006 0.010 0.006 0.009 0.037 0.022 0.259 149 E 0.129 0.002 0.005 0.004 0.005 0.069 0.039 0.748 150 N 0.005 0.004 0.006 0.002 0.007 0.134 0.010 0.831 151 G 0.006 0.008 0.005 0.003 0.007 0.122 0.008 0.840 152 L 0.029 0.128 0.010 0.022 0.008 0.104 0.029 0.670 153 P 0.064 0.869 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 0.037 154 L 0.035 0.898 0.003 0.001 0.001 0.005 0.034 0.023 155 E 0.012 0.904 0.012 0.003 0.003 0.006 0.025 0.035 156 Y 0.042 0.876 0.009 0.002 0.003 0.006 0.039 0.023 157 Q 0.091 0.737 0.028 0.004 0.005 0.016 0.070 0.048 158 E 0.078 0.420 0.044 0.016 0.016 0.038 0.086 0.302 159 K 0.090 0.164 0.023 0.007 0.010 0.066 0.113 0.527 160 L 0.246 0.118 0.026 0.012 0.012 0.078 0.091 0.417 161 K 0.137 0.029 0.012 0.013 0.015 0.086 0.036 0.673 162 A 0.016 0.007 0.009 0.004 0.008 0.090 0.043 0.821 163 I 0.027 0.011 0.030 0.020 0.022 0.177 0.054 0.659 164 E 0.280 0.013 0.015 0.011 0.013 0.106 0.041 0.521 165 P 0.122 0.010 0.010 0.005 0.006 0.095 0.043 0.707 166 N 0.022 0.010 0.024 0.008 0.018 0.162 0.027 0.729 167 D 0.090 0.017 0.016 0.008 0.017 0.129 0.032 0.690 168 Y 0.132 0.034 0.017 0.020 0.015 0.119 0.039 0.624 169 T 0.046 0.049 0.016 0.006 0.014 0.094 0.087 0.689 170 G 0.082 0.167 0.017 0.015 0.022 0.101 0.128 0.469 171 K 0.040 0.288 0.021 0.024 0.018 0.098 0.048 0.463 172 V 0.035 0.740 0.004 0.004 0.005 0.023 0.022 0.168 173 S 0.030 0.879 0.002 0.001 0.002 0.008 0.045 0.033 174 E 0.008 0.890 0.002 0.003 0.003 0.008 0.049 0.038 175 E 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.012 176 I 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 177 E 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 178 D 0.010 0.949 0.004 0.001 0.001 0.003 0.019 0.013 179 I 0.122 0.469 0.073 0.006 0.004 0.016 0.267 0.042 180 I 0.435 0.263 0.024 0.004 0.004 0.029 0.106 0.135 181 K 0.129 0.031 0.013 0.002 0.002 0.040 0.101 0.682 182 K 0.011 0.019 0.006 0.001 0.002 0.078 0.036 0.847 183 G 0.033 0.021 0.018 0.006 0.007 0.115 0.100 0.700 184 E 0.134 0.038 0.011 0.011 0.009 0.119 0.052 0.625 185 T 0.149 0.033 0.020 0.006 0.010 0.083 0.064 0.635 186 Q 0.052 0.021 0.030 0.021 0.026 0.146 0.045 0.660 187 T 0.035 0.017 0.036 0.017 0.032 0.099 0.073 0.690 188 L 0.050 0.023 0.040 0.033 0.033 0.120 0.067 0.634