# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.411 0.219 0.071 0.118 0.064 0.040 0.031 0.018 0.014 0.009 0.005 2 A 0.278 0.109 0.050 0.113 0.101 0.093 0.094 0.062 0.046 0.034 0.021 3 N 0.328 0.226 0.071 0.129 0.085 0.052 0.046 0.026 0.018 0.011 0.006 4 S 0.178 0.117 0.048 0.115 0.121 0.107 0.117 0.080 0.060 0.038 0.017 5 G 0.323 0.168 0.073 0.138 0.099 0.063 0.058 0.030 0.022 0.016 0.011 6 C 0.053 0.052 0.040 0.098 0.099 0.094 0.166 0.127 0.117 0.093 0.060 7 K 0.181 0.146 0.108 0.189 0.132 0.089 0.079 0.035 0.023 0.013 0.006 8 D 0.138 0.114 0.086 0.177 0.135 0.102 0.116 0.059 0.040 0.021 0.010 9 V 0.086 0.050 0.035 0.073 0.079 0.097 0.169 0.127 0.123 0.102 0.059 10 T 0.215 0.225 0.077 0.160 0.101 0.067 0.066 0.034 0.028 0.018 0.010 11 G 0.150 0.067 0.032 0.093 0.092 0.111 0.148 0.108 0.093 0.066 0.038 12 P 0.420 0.217 0.057 0.103 0.061 0.045 0.039 0.021 0.016 0.012 0.009 13 D 0.343 0.255 0.079 0.160 0.075 0.039 0.026 0.011 0.007 0.004 0.002 14 E 0.400 0.122 0.041 0.108 0.093 0.083 0.075 0.033 0.022 0.013 0.007 15 E 0.205 0.204 0.113 0.243 0.127 0.057 0.035 0.009 0.005 0.002 0.001 16 S 0.018 0.038 0.035 0.139 0.182 0.169 0.193 0.102 0.072 0.038 0.016 17 F 0.002 0.007 0.010 0.052 0.104 0.147 0.275 0.192 0.116 0.064 0.028 18 L 0.001 0.003 0.007 0.026 0.055 0.119 0.251 0.203 0.161 0.110 0.066 19 Y 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.011 0.069 0.175 0.258 0.291 0.181 20 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.014 0.070 0.184 0.256 0.262 0.199 21 A 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.008 0.041 0.105 0.241 0.304 0.288 22 Y 0.002 0.003 0.012 0.028 0.030 0.048 0.155 0.207 0.249 0.177 0.089 23 G 0.002 0.005 0.009 0.019 0.023 0.046 0.174 0.205 0.237 0.187 0.093 24 S 0.010 0.022 0.026 0.051 0.056 0.073 0.160 0.163 0.189 0.153 0.097 25 N 0.019 0.025 0.021 0.050 0.061 0.080 0.153 0.169 0.191 0.133 0.098 26 L 0.031 0.039 0.024 0.087 0.141 0.154 0.196 0.144 0.092 0.061 0.030 27 L 0.024 0.065 0.033 0.094 0.093 0.095 0.143 0.129 0.139 0.114 0.071 28 T 0.043 0.055 0.038 0.130 0.172 0.166 0.166 0.092 0.079 0.039 0.020 29 E 0.393 0.108 0.092 0.143 0.076 0.059 0.055 0.030 0.022 0.014 0.009 30 R 0.063 0.096 0.072 0.152 0.131 0.129 0.167 0.084 0.058 0.032 0.017 31 I 0.014 0.009 0.013 0.020 0.021 0.044 0.123 0.165 0.216 0.212 0.163 32 H 0.040 0.056 0.072 0.190 0.179 0.145 0.148 0.075 0.049 0.029 0.015 33 L 0.041 0.075 0.237 0.153 0.104 0.090 0.098 0.067 0.064 0.044 0.025 34 R 0.029 0.039 0.033 0.109 0.139 0.162 0.199 0.120 0.088 0.053 0.028 35 N 0.047 0.054 0.025 0.061 0.067 0.093 0.170 0.159 0.152 0.108 0.063 36 P 0.303 0.168 0.091 0.145 0.105 0.072 0.052 0.027 0.019 0.011 0.005 37 S 0.432 0.224 0.076 0.124 0.065 0.035 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 38 A 0.079 0.041 0.020 0.060 0.059 0.076 0.136 0.134 0.160 0.134 0.102 39 A 0.144 0.160 0.097 0.215 0.152 0.106 0.066 0.028 0.019 0.009 0.004 40 F 0.047 0.063 0.076 0.142 0.123 0.134 0.163 0.106 0.080 0.043 0.023 41 F 0.014 0.018 0.023 0.072 0.100 0.146 0.203 0.157 0.123 0.086 0.057 42 C 0.013 0.017 0.019 0.047 0.058 0.086 0.178 0.176 0.181 0.144 0.082 43 V 0.015 0.043 0.063 0.257 0.232 0.163 0.111 0.054 0.033 0.018 0.010 44 A 0.004 0.003 0.008 0.007 0.009 0.015 0.057 0.109 0.230 0.289 0.269 45 R 0.009 0.041 0.047 0.245 0.250 0.178 0.145 0.048 0.023 0.009 0.004 46 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.014 0.058 0.116 0.240 0.279 0.272 47 Q 0.077 0.108 0.103 0.293 0.200 0.120 0.063 0.020 0.010 0.004 0.002 48 D 0.309 0.223 0.085 0.172 0.091 0.050 0.040 0.015 0.008 0.004 0.002 49 F 0.006 0.007 0.004 0.019 0.027 0.050 0.133 0.174 0.208 0.205 0.167 50 K 0.070 0.178 0.089 0.279 0.180 0.102 0.062 0.020 0.011 0.005 0.004 51 L 0.004 0.006 0.007 0.018 0.028 0.043 0.105 0.145 0.215 0.225 0.204 52 D 0.040 0.096 0.058 0.198 0.159 0.128 0.141 0.076 0.051 0.031 0.022 53 F 0.019 0.016 0.009 0.032 0.047 0.069 0.157 0.160 0.194 0.177 0.120 54 G 0.099 0.108 0.050 0.156 0.117 0.109 0.116 0.078 0.067 0.055 0.045 55 N 0.121 0.107 0.060 0.156 0.123 0.101 0.114 0.073 0.064 0.050 0.031 56 S 0.201 0.096 0.048 0.117 0.084 0.077 0.110 0.079 0.076 0.063 0.048 57 Q 0.163 0.148 0.061 0.148 0.111 0.083 0.099 0.065 0.059 0.040 0.024 58 G 0.210 0.108 0.045 0.109 0.088 0.088 0.101 0.072 0.071 0.059 0.049 59 K 0.162 0.155 0.061 0.173 0.129 0.097 0.090 0.051 0.040 0.026 0.016 60 T 0.154 0.089 0.041 0.094 0.096 0.103 0.121 0.089 0.088 0.068 0.058 61 S 0.112 0.110 0.044 0.127 0.106 0.092 0.117 0.092 0.085 0.065 0.050 62 Q 0.163 0.100 0.062 0.148 0.139 0.128 0.107 0.058 0.044 0.030 0.021 63 T 0.188 0.160 0.084 0.178 0.119 0.080 0.073 0.043 0.032 0.023 0.020 64 W 0.008 0.013 0.010 0.043 0.069 0.097 0.181 0.175 0.165 0.140 0.098 65 H 0.026 0.055 0.036 0.118 0.149 0.142 0.165 0.111 0.093 0.059 0.045 66 G 0.016 0.014 0.013 0.039 0.052 0.075 0.149 0.165 0.179 0.161 0.137 67 G 0.005 0.005 0.004 0.020 0.036 0.067 0.171 0.188 0.190 0.172 0.144 68 I 0.001 0.002 0.002 0.010 0.013 0.026 0.085 0.134 0.207 0.245 0.274 69 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.017 0.066 0.116 0.214 0.270 0.304 70 T 0.003 0.005 0.005 0.017 0.023 0.039 0.122 0.155 0.206 0.226 0.199 71 I 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 0.020 0.075 0.125 0.209 0.272 0.277 72 F 0.002 0.008 0.007 0.044 0.084 0.117 0.206 0.166 0.161 0.116 0.089 73 Q 0.048 0.082 0.043 0.194 0.203 0.157 0.138 0.065 0.037 0.019 0.013 74 S 0.118 0.110 0.054 0.166 0.145 0.131 0.129 0.066 0.043 0.025 0.013 75 P 0.434 0.207 0.055 0.156 0.072 0.039 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 76 G 0.580 0.216 0.042 0.095 0.038 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 77 D 0.052 0.077 0.025 0.130 0.127 0.153 0.184 0.104 0.074 0.046 0.028 78 E 0.034 0.144 0.075 0.316 0.219 0.140 0.055 0.010 0.005 0.002 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.039 0.105 0.255 0.316 0.271 80 W 0.001 0.016 0.016 0.234 0.313 0.222 0.137 0.040 0.014 0.005 0.003 81 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.030 0.095 0.169 0.269 0.250 0.164 82 V 0.003 0.008 0.008 0.099 0.161 0.198 0.247 0.139 0.083 0.037 0.018 83 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.063 0.158 0.267 0.291 0.194 84 W 0.001 0.003 0.006 0.039 0.067 0.088 0.205 0.190 0.212 0.125 0.066 85 K 0.010 0.056 0.045 0.162 0.166 0.155 0.230 0.096 0.055 0.020 0.006 86 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.017 0.069 0.154 0.255 0.286 0.206 87 N 0.062 0.631 0.094 0.151 0.045 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.609 0.141 0.043 0.128 0.056 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.903 0.063 0.012 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 N 0.004 0.034 0.019 0.082 0.097 0.219 0.306 0.125 0.074 0.028 0.011 91 L 0.001 0.003 0.006 0.021 0.061 0.174 0.299 0.194 0.126 0.074 0.041 92 N 0.111 0.117 0.648 0.083 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 93 S 0.009 0.031 0.088 0.356 0.290 0.147 0.059 0.013 0.004 0.002 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.072 0.204 0.311 0.379 95 D 0.001 0.003 0.021 0.089 0.219 0.307 0.249 0.070 0.030 0.009 0.003 96 E 0.009 0.036 0.777 0.122 0.037 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.004 0.017 0.028 0.075 0.131 0.237 0.323 0.114 0.045 0.018 0.007 98 E 0.011 0.005 0.004 0.006 0.008 0.020 0.117 0.184 0.260 0.233 0.154 99 G 0.274 0.253 0.100 0.191 0.093 0.046 0.025 0.008 0.005 0.003 0.002 100 V 0.017 0.036 0.050 0.076 0.083 0.104 0.170 0.153 0.153 0.102 0.057 101 K 0.438 0.229 0.087 0.125 0.061 0.030 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 102 S 0.232 0.135 0.056 0.135 0.103 0.110 0.115 0.053 0.032 0.018 0.010 103 G 0.343 0.176 0.041 0.114 0.089 0.075 0.061 0.037 0.031 0.022 0.012 104 M 0.058 0.083 0.041 0.155 0.155 0.152 0.147 0.082 0.064 0.037 0.025 105 Y 0.007 0.011 0.010 0.028 0.040 0.062 0.151 0.164 0.205 0.185 0.137 106 V 0.037 0.072 0.062 0.246 0.214 0.144 0.116 0.054 0.030 0.016 0.010 107 V 0.027 0.036 0.033 0.134 0.147 0.127 0.144 0.133 0.106 0.072 0.041 108 I 0.019 0.025 0.023 0.101 0.135 0.169 0.213 0.136 0.095 0.053 0.032 109 E 0.059 0.157 0.095 0.351 0.187 0.084 0.045 0.014 0.006 0.002 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.021 0.091 0.153 0.243 0.272 0.203 111 K 0.086 0.253 0.148 0.356 0.121 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.046 0.094 0.235 0.312 0.298 113 A 0.026 0.131 0.086 0.330 0.218 0.115 0.066 0.016 0.008 0.003 0.002 114 T 0.016 0.028 0.011 0.055 0.078 0.105 0.227 0.163 0.158 0.097 0.063 115 Q 0.268 0.174 0.085 0.179 0.104 0.079 0.056 0.023 0.016 0.009 0.006 116 E 0.515 0.250 0.041 0.105 0.046 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 117 G 0.549 0.126 0.030 0.087 0.058 0.043 0.039 0.025 0.020 0.014 0.009 118 K 0.180 0.268 0.064 0.233 0.123 0.075 0.036 0.012 0.006 0.003 0.001 119 E 0.082 0.173 0.107 0.328 0.185 0.078 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 120 I 0.001 0.002 0.002 0.012 0.027 0.060 0.190 0.254 0.240 0.149 0.063 121 T 0.026 0.148 0.120 0.399 0.215 0.069 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 122 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.092 0.254 0.351 0.278 123 R 0.002 0.011 0.009 0.164 0.244 0.271 0.193 0.061 0.029 0.011 0.006 124 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.038 0.101 0.262 0.314 0.273 125 Y 0.001 0.002 0.003 0.033 0.063 0.127 0.253 0.215 0.170 0.089 0.044 126 L 0.002 0.008 0.007 0.025 0.034 0.050 0.146 0.210 0.244 0.182 0.092 127 M 0.003 0.010 0.011 0.066 0.091 0.100 0.177 0.184 0.198 0.109 0.050 128 T 0.054 0.106 0.058 0.231 0.207 0.149 0.109 0.052 0.024 0.008 0.003 129 N 0.216 0.233 0.059 0.203 0.137 0.065 0.047 0.023 0.011 0.005 0.001 130 Y 0.077 0.084 0.032 0.115 0.119 0.136 0.170 0.123 0.081 0.043 0.019 131 E 0.422 0.201 0.043 0.098 0.078 0.048 0.048 0.026 0.018 0.011 0.007 132 S 0.372 0.187 0.039 0.108 0.078 0.058 0.067 0.040 0.029 0.016 0.005 133 A 0.292 0.088 0.022 0.088 0.080 0.075 0.111 0.081 0.074 0.056 0.032 134 P 0.122 0.101 0.033 0.100 0.105 0.104 0.153 0.112 0.088 0.058 0.024 135 P 0.060 0.127 0.034 0.099 0.101 0.117 0.133 0.109 0.098 0.077 0.045 136 S 0.047 0.095 0.029 0.129 0.158 0.156 0.164 0.099 0.066 0.036 0.020 137 P 0.628 0.121 0.052 0.083 0.053 0.030 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 138 Q 0.204 0.202 0.089 0.247 0.135 0.060 0.039 0.014 0.006 0.002 0.001 139 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.030 0.136 0.207 0.260 0.216 0.132 140 K 0.002 0.004 0.013 0.069 0.144 0.210 0.272 0.142 0.081 0.042 0.021 141 K 0.014 0.056 0.517 0.250 0.094 0.042 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.006 0.030 0.059 0.141 0.299 0.227 0.131 0.076 0.030 143 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.071 0.194 0.330 0.380 144 C 0.001 0.002 0.019 0.050 0.116 0.235 0.282 0.131 0.096 0.045 0.024 145 M 0.003 0.028 0.280 0.218 0.167 0.124 0.094 0.040 0.027 0.014 0.006 146 G 0.002 0.003 0.002 0.009 0.020 0.053 0.222 0.221 0.206 0.165 0.099 147 A 0.018 0.013 0.008 0.028 0.031 0.056 0.149 0.190 0.213 0.173 0.121 148 K 0.084 0.130 0.094 0.208 0.204 0.131 0.084 0.034 0.018 0.008 0.004 149 E 0.199 0.159 0.137 0.171 0.102 0.090 0.071 0.033 0.021 0.012 0.006 150 N 0.190 0.088 0.033 0.094 0.091 0.088 0.152 0.097 0.077 0.059 0.032 151 G 0.441 0.172 0.040 0.078 0.055 0.047 0.054 0.037 0.033 0.024 0.017 152 L 0.023 0.079 0.019 0.067 0.089 0.114 0.157 0.134 0.130 0.113 0.074 153 P 0.055 0.107 0.029 0.110 0.121 0.130 0.150 0.096 0.090 0.064 0.048 154 L 0.251 0.094 0.055 0.147 0.155 0.119 0.100 0.040 0.024 0.010 0.004 155 E 0.241 0.172 0.117 0.242 0.115 0.056 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 156 Y 0.002 0.005 0.009 0.020 0.025 0.051 0.145 0.191 0.236 0.192 0.123 157 Q 0.005 0.004 0.016 0.038 0.067 0.119 0.229 0.188 0.165 0.109 0.061 158 E 0.018 0.042 0.531 0.213 0.099 0.051 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 159 K 0.004 0.015 0.066 0.097 0.131 0.208 0.269 0.108 0.060 0.031 0.012 160 L 0.003 0.003 0.008 0.010 0.012 0.022 0.085 0.141 0.225 0.265 0.227 161 K 0.102 0.134 0.232 0.201 0.143 0.092 0.061 0.019 0.010 0.004 0.002 162 A 0.054 0.082 0.233 0.175 0.141 0.108 0.102 0.046 0.033 0.018 0.009 163 I 0.011 0.015 0.012 0.027 0.043 0.075 0.194 0.176 0.179 0.163 0.105 164 E 0.253 0.227 0.084 0.152 0.101 0.063 0.056 0.026 0.018 0.011 0.008 165 P 0.245 0.124 0.087 0.130 0.109 0.092 0.093 0.051 0.036 0.023 0.011 166 N 0.283 0.105 0.040 0.093 0.088 0.086 0.116 0.069 0.054 0.040 0.024 167 D 0.394 0.232 0.082 0.144 0.068 0.032 0.025 0.010 0.007 0.004 0.002 168 Y 0.074 0.050 0.019 0.054 0.074 0.093 0.153 0.133 0.142 0.121 0.086 169 T 0.240 0.284 0.119 0.168 0.081 0.045 0.033 0.014 0.009 0.005 0.002 170 G 0.353 0.111 0.045 0.122 0.101 0.082 0.091 0.043 0.031 0.015 0.006 171 K 0.460 0.227 0.092 0.123 0.051 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 172 V 0.019 0.071 0.033 0.084 0.095 0.155 0.197 0.130 0.104 0.073 0.037 173 S 0.022 0.046 0.041 0.097 0.137 0.178 0.211 0.120 0.083 0.042 0.021 174 E 0.447 0.139 0.170 0.123 0.057 0.030 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 175 E 0.022 0.059 0.174 0.342 0.209 0.108 0.060 0.016 0.006 0.002 0.001 176 I 0.001 0.002 0.009 0.006 0.008 0.018 0.099 0.157 0.256 0.266 0.179 177 E 0.002 0.003 0.069 0.132 0.188 0.232 0.228 0.084 0.042 0.016 0.005 178 D 0.005 0.021 0.809 0.113 0.035 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.001 0.004 0.039 0.040 0.075 0.208 0.369 0.145 0.075 0.034 0.011 180 I 0.001 0.002 0.013 0.007 0.009 0.017 0.107 0.174 0.267 0.257 0.147 181 K 0.012 0.046 0.420 0.188 0.156 0.091 0.057 0.018 0.007 0.003 0.001 182 K 0.042 0.091 0.514 0.167 0.098 0.049 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 183 G 0.285 0.103 0.069 0.077 0.077 0.086 0.129 0.070 0.052 0.035 0.016 184 E 0.226 0.187 0.073 0.111 0.082 0.081 0.108 0.058 0.040 0.024 0.011 185 T 0.322 0.184 0.132 0.126 0.080 0.052 0.044 0.025 0.019 0.011 0.005 186 Q 0.289 0.131 0.097 0.128 0.091 0.080 0.084 0.045 0.030 0.017 0.008 187 T 0.300 0.218 0.097 0.131 0.083 0.052 0.051 0.028 0.021 0.012 0.007 188 L 0.196 0.082 0.041 0.089 0.090 0.091 0.109 0.095 0.093 0.070 0.044