# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.022 0.007 0.021 0.019 0.035 0.060 0.003 0.832 2 A 0.014 0.008 0.014 0.013 0.026 0.057 0.003 0.865 3 N 0.052 0.015 0.013 0.015 0.030 0.175 0.010 0.691 4 S 0.203 0.027 0.023 0.018 0.027 0.104 0.014 0.584 5 G 0.114 0.033 0.023 0.018 0.029 0.311 0.016 0.457 6 C 0.288 0.033 0.032 0.024 0.051 0.194 0.015 0.363 7 K 0.107 0.069 0.034 0.042 0.058 0.096 0.009 0.586 8 D 0.051 0.032 0.023 0.039 0.078 0.083 0.012 0.681 9 V 0.110 0.026 0.036 0.052 0.096 0.080 0.013 0.587 10 T 0.068 0.019 0.019 0.038 0.081 0.186 0.017 0.572 11 G 0.129 0.013 0.022 0.050 0.070 0.099 0.011 0.607 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 13 D 0.010 0.003 0.006 0.016 0.040 0.116 0.003 0.805 14 E 0.113 0.006 0.010 0.012 0.025 0.112 0.009 0.713 15 E 0.085 0.010 0.010 0.017 0.025 0.299 0.010 0.544 16 S 0.179 0.017 0.020 0.026 0.029 0.287 0.016 0.426 17 F 0.200 0.038 0.093 0.071 0.087 0.216 0.013 0.281 18 L 0.035 0.023 0.161 0.186 0.253 0.123 0.006 0.212 19 Y 0.013 0.021 0.198 0.253 0.352 0.032 0.003 0.128 20 F 0.007 0.020 0.269 0.233 0.352 0.019 0.003 0.097 21 A 0.005 0.025 0.271 0.246 0.303 0.028 0.003 0.120 22 Y 0.006 0.039 0.274 0.178 0.306 0.034 0.003 0.161 23 G 0.017 0.060 0.180 0.148 0.307 0.059 0.010 0.220 24 S 0.067 0.050 0.115 0.063 0.134 0.126 0.020 0.424 25 N 0.113 0.067 0.050 0.044 0.078 0.124 0.024 0.498 26 L 0.227 0.077 0.031 0.024 0.043 0.214 0.024 0.359 27 L 0.227 0.113 0.026 0.022 0.036 0.252 0.033 0.292 28 T 0.168 0.216 0.025 0.016 0.026 0.064 0.023 0.462 29 E 0.064 0.155 0.033 0.013 0.025 0.121 0.017 0.573 30 R 0.092 0.199 0.019 0.014 0.025 0.221 0.020 0.410 31 I 0.157 0.370 0.028 0.022 0.039 0.093 0.021 0.270 32 H 0.099 0.430 0.042 0.031 0.045 0.075 0.019 0.260 33 L 0.145 0.335 0.048 0.031 0.046 0.064 0.028 0.304 34 R 0.179 0.307 0.055 0.033 0.055 0.064 0.049 0.259 35 N 0.143 0.173 0.046 0.064 0.070 0.055 0.021 0.428 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 S 0.020 0.012 0.012 0.022 0.052 0.348 0.009 0.527 38 A 0.486 0.019 0.017 0.010 0.014 0.072 0.018 0.364 39 A 0.079 0.066 0.037 0.042 0.037 0.140 0.009 0.590 40 F 0.100 0.045 0.068 0.049 0.068 0.145 0.017 0.508 41 F 0.152 0.060 0.105 0.078 0.121 0.099 0.012 0.373 42 C 0.050 0.031 0.118 0.235 0.256 0.059 0.011 0.239 43 V 0.009 0.010 0.059 0.076 0.124 0.026 0.003 0.693 44 A 0.014 0.016 0.170 0.315 0.333 0.022 0.005 0.125 45 R 0.035 0.011 0.059 0.128 0.227 0.062 0.007 0.469 46 L 0.035 0.014 0.133 0.194 0.403 0.041 0.006 0.175 47 Q 0.012 0.011 0.056 0.090 0.123 0.078 0.004 0.626 48 D 0.033 0.009 0.022 0.041 0.064 0.083 0.015 0.733 49 F 0.338 0.014 0.054 0.039 0.067 0.101 0.020 0.369 50 K 0.073 0.026 0.099 0.100 0.134 0.157 0.011 0.399 51 L 0.027 0.037 0.083 0.152 0.204 0.083 0.012 0.403 52 D 0.047 0.052 0.125 0.107 0.179 0.098 0.013 0.379 53 F 0.051 0.054 0.154 0.150 0.185 0.062 0.010 0.334 54 G 0.036 0.030 0.104 0.090 0.127 0.123 0.012 0.477 55 N 0.069 0.027 0.082 0.075 0.133 0.118 0.015 0.481 56 S 0.062 0.029 0.049 0.040 0.063 0.094 0.009 0.653 57 Q 0.053 0.014 0.024 0.024 0.048 0.464 0.014 0.361 58 G 0.170 0.025 0.023 0.021 0.030 0.250 0.028 0.453 59 K 0.172 0.066 0.055 0.037 0.043 0.204 0.015 0.408 60 T 0.052 0.039 0.047 0.040 0.052 0.189 0.017 0.565 61 S 0.107 0.032 0.036 0.042 0.095 0.148 0.010 0.530 62 Q 0.039 0.028 0.038 0.051 0.100 0.095 0.006 0.642 63 T 0.044 0.032 0.018 0.030 0.078 0.334 0.013 0.451 64 W 0.165 0.078 0.043 0.035 0.060 0.171 0.020 0.427 65 H 0.031 0.069 0.020 0.026 0.027 0.090 0.012 0.726 66 G 0.154 0.042 0.060 0.051 0.059 0.102 0.048 0.484 67 G 0.231 0.024 0.137 0.055 0.072 0.115 0.020 0.346 68 I 0.046 0.014 0.120 0.113 0.217 0.083 0.009 0.397 69 A 0.020 0.013 0.146 0.157 0.256 0.060 0.004 0.344 70 T 0.022 0.012 0.148 0.212 0.260 0.106 0.007 0.232 71 I 0.054 0.019 0.139 0.131 0.200 0.075 0.008 0.374 72 F 0.030 0.018 0.205 0.217 0.276 0.056 0.007 0.191 73 Q 0.019 0.008 0.048 0.075 0.144 0.057 0.010 0.638 74 S 0.038 0.011 0.039 0.058 0.173 0.177 0.008 0.496 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 G 0.023 0.003 0.007 0.019 0.027 0.339 0.020 0.561 77 D 0.724 0.002 0.006 0.007 0.005 0.046 0.030 0.181 78 E 0.130 0.008 0.078 0.036 0.044 0.146 0.008 0.551 79 V 0.062 0.005 0.071 0.170 0.290 0.172 0.005 0.224 80 W 0.020 0.003 0.140 0.200 0.251 0.059 0.003 0.325 81 G 0.008 0.003 0.099 0.296 0.370 0.038 0.003 0.182 82 V 0.011 0.002 0.292 0.222 0.352 0.030 0.002 0.089 83 V 0.003 0.003 0.099 0.342 0.453 0.018 0.001 0.081 84 W 0.004 0.002 0.136 0.237 0.556 0.020 0.001 0.044 85 K 0.006 0.007 0.154 0.374 0.282 0.028 0.003 0.147 86 M 0.022 0.008 0.291 0.150 0.266 0.057 0.004 0.201 87 N 0.012 0.011 0.059 0.080 0.229 0.139 0.004 0.466 88 K 0.006 0.004 0.008 0.004 0.037 0.020 0.002 0.918 89 S 0.013 0.009 0.003 0.002 0.005 0.357 0.004 0.608 90 N 0.081 0.027 0.001 0.001 0.001 0.688 0.013 0.188 91 L 0.083 0.813 0.004 0.002 0.003 0.009 0.004 0.081 92 N 0.018 0.739 0.010 0.004 0.010 0.058 0.008 0.154 93 S 0.124 0.612 0.016 0.007 0.008 0.022 0.016 0.193 94 L 0.168 0.708 0.014 0.007 0.018 0.015 0.013 0.057 95 D 0.066 0.708 0.021 0.033 0.041 0.024 0.019 0.087 96 E 0.083 0.559 0.073 0.021 0.052 0.037 0.025 0.149 97 Q 0.136 0.290 0.021 0.019 0.025 0.318 0.046 0.146 98 E 0.550 0.178 0.038 0.029 0.019 0.054 0.060 0.072 99 G 0.215 0.189 0.060 0.040 0.028 0.044 0.053 0.370 100 V 0.074 0.035 0.370 0.075 0.107 0.065 0.027 0.247 101 K 0.010 0.014 0.035 0.056 0.083 0.074 0.006 0.724 102 S 0.014 0.010 0.028 0.041 0.088 0.055 0.011 0.752 103 G 0.134 0.012 0.079 0.096 0.071 0.123 0.046 0.439 104 M 0.354 0.003 0.075 0.062 0.085 0.163 0.020 0.237 105 Y 0.038 0.002 0.076 0.327 0.282 0.059 0.005 0.210 106 V 0.013 0.001 0.049 0.321 0.469 0.029 0.001 0.119 107 V 0.001 0.001 0.025 0.183 0.209 0.013 0.001 0.568 108 I 0.001 0.001 0.058 0.428 0.476 0.006 0.001 0.030 109 E 0.003 0.001 0.027 0.178 0.418 0.019 0.001 0.355 110 V 0.002 0.001 0.064 0.349 0.541 0.010 0.001 0.032 111 K 0.002 0.001 0.034 0.301 0.320 0.024 0.001 0.318 112 V 0.002 0.001 0.035 0.239 0.538 0.019 0.001 0.164 113 A 0.007 0.001 0.055 0.289 0.439 0.038 0.001 0.170 114 T 0.008 0.002 0.021 0.237 0.360 0.041 0.002 0.329 115 Q 0.026 0.004 0.029 0.098 0.240 0.119 0.006 0.478 116 E 0.030 0.004 0.008 0.027 0.045 0.324 0.018 0.544 117 G 0.262 0.013 0.010 0.033 0.021 0.072 0.125 0.463 118 K 0.398 0.004 0.028 0.032 0.041 0.275 0.020 0.203 119 E 0.002 0.001 0.003 0.015 0.013 0.025 0.001 0.939 120 I 0.030 0.001 0.024 0.239 0.572 0.065 0.002 0.068 121 T 0.010 0.001 0.027 0.256 0.252 0.042 0.002 0.412 122 C 0.005 0.001 0.038 0.267 0.533 0.033 0.001 0.122 123 R 0.005 0.001 0.085 0.411 0.483 0.008 0.001 0.007 124 S 0.003 0.001 0.061 0.391 0.510 0.008 0.001 0.026 125 Y 0.001 0.001 0.161 0.329 0.485 0.004 0.001 0.019 126 L 0.001 0.001 0.155 0.298 0.451 0.015 0.001 0.078 127 M 0.002 0.002 0.171 0.229 0.496 0.022 0.002 0.075 128 T 0.008 0.005 0.084 0.133 0.324 0.081 0.005 0.360 129 N 0.029 0.004 0.034 0.037 0.088 0.086 0.009 0.714 130 Y 0.075 0.006 0.014 0.014 0.027 0.171 0.010 0.684 131 E 0.075 0.014 0.018 0.016 0.021 0.253 0.021 0.582 132 S 0.081 0.032 0.013 0.010 0.017 0.173 0.021 0.653 133 A 0.239 0.043 0.016 0.008 0.017 0.074 0.023 0.580 134 P 0.010 0.003 0.002 0.002 0.002 0.018 0.001 0.961 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 S 0.041 0.008 0.010 0.018 0.053 0.177 0.003 0.690 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 Q 0.007 0.012 0.001 0.003 0.008 0.306 0.001 0.662 139 Y 0.224 0.108 0.003 0.002 0.004 0.256 0.004 0.400 140 K 0.044 0.828 0.002 0.002 0.003 0.012 0.001 0.108 141 K 0.012 0.930 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.044 142 I 0.029 0.898 0.008 0.003 0.004 0.006 0.006 0.047 143 I 0.007 0.969 0.002 0.004 0.006 0.002 0.002 0.008 144 C 0.008 0.941 0.008 0.008 0.014 0.003 0.004 0.015 145 M 0.019 0.909 0.011 0.012 0.009 0.005 0.009 0.026 146 G 0.093 0.733 0.027 0.019 0.013 0.007 0.031 0.076 147 A 0.106 0.564 0.076 0.029 0.047 0.016 0.027 0.136 148 K 0.065 0.345 0.050 0.031 0.063 0.048 0.036 0.361 149 E 0.099 0.245 0.037 0.015 0.020 0.063 0.028 0.493 150 N 0.164 0.214 0.020 0.011 0.010 0.053 0.085 0.443 151 G 0.775 0.007 0.006 0.002 0.001 0.006 0.099 0.103 152 L 0.172 0.013 0.379 0.013 0.012 0.188 0.008 0.215 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 154 L 0.003 0.008 0.007 0.004 0.022 0.043 0.001 0.912 155 E 0.018 0.027 0.005 0.003 0.004 0.245 0.002 0.697 156 Y 0.087 0.379 0.006 0.004 0.007 0.128 0.003 0.386 157 Q 0.012 0.936 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.037 158 E 0.002 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 159 K 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 160 L 0.033 0.945 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.009 161 K 0.053 0.860 0.007 0.007 0.006 0.004 0.023 0.041 162 A 0.150 0.551 0.021 0.010 0.011 0.013 0.060 0.184 163 I 0.298 0.347 0.047 0.017 0.024 0.020 0.081 0.167 164 E 0.094 0.139 0.070 0.048 0.040 0.066 0.029 0.514 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 166 N 0.019 0.010 0.024 0.032 0.046 0.090 0.006 0.773 167 D 0.201 0.010 0.018 0.012 0.013 0.049 0.015 0.682 168 Y 0.170 0.020 0.067 0.024 0.034 0.160 0.008 0.516 169 T 0.058 0.014 0.027 0.013 0.020 0.269 0.005 0.593 170 G 0.132 0.030 0.025 0.013 0.019 0.073 0.015 0.695 171 K 0.108 0.016 0.023 0.010 0.013 0.199 0.009 0.623 172 V 0.028 0.011 0.012 0.006 0.010 0.153 0.003 0.777 173 S 0.070 0.052 0.018 0.015 0.067 0.184 0.006 0.589 174 E 0.022 0.051 0.007 0.006 0.020 0.090 0.003 0.802 175 E 0.025 0.091 0.002 0.003 0.006 0.231 0.003 0.639 176 I 0.050 0.499 0.003 0.003 0.008 0.082 0.004 0.352 177 E 0.007 0.889 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.090 178 D 0.004 0.927 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.059 179 I 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 180 I 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 181 K 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 182 K 0.036 0.904 0.004 0.002 0.001 0.001 0.021 0.030 183 G 0.320 0.499 0.012 0.003 0.002 0.003 0.087 0.074 184 E 0.248 0.263 0.126 0.013 0.010 0.034 0.070 0.235 185 T 0.035 0.099 0.066 0.012 0.013 0.051 0.018 0.706 186 Q 0.109 0.067 0.090 0.018 0.028 0.114 0.018 0.555 187 T 0.071 0.062 0.050 0.015 0.020 0.276 0.013 0.494 188 L 0.100 0.078 0.088 0.027 0.044 0.138 0.013 0.513