# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.003 0.003 0.008 0.014 0.013 0.947 2 A 0.025 0.020 0.038 0.073 0.041 0.179 0.624 3 N 0.028 0.020 0.074 0.068 0.156 0.216 0.438 4 S 0.024 0.011 0.129 0.058 0.155 0.398 0.224 5 G 0.037 0.016 0.081 0.047 0.153 0.403 0.263 6 C 0.062 0.024 0.043 0.025 0.169 0.059 0.618 7 K 0.092 0.059 0.038 0.030 0.100 0.067 0.614 8 D 0.089 0.067 0.038 0.021 0.133 0.085 0.567 9 V 0.058 0.030 0.033 0.011 0.163 0.100 0.605 10 T 0.047 0.034 0.018 0.009 0.178 0.126 0.587 11 G 0.026 0.026 0.010 0.005 0.189 0.038 0.707 12 P 0.012 0.010 0.024 0.007 0.148 0.122 0.678 13 D 0.016 0.014 0.068 0.012 0.208 0.266 0.417 14 E 0.020 0.007 0.154 0.025 0.253 0.242 0.299 15 E 0.028 0.002 0.085 0.017 0.275 0.298 0.295 16 S 0.177 0.011 0.026 0.005 0.246 0.105 0.431 17 F 0.678 0.011 0.001 0.001 0.025 0.005 0.280 18 L 0.943 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 19 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 22 Y 0.894 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.095 23 G 0.337 0.004 0.010 0.007 0.056 0.018 0.568 24 S 0.098 0.006 0.085 0.035 0.219 0.122 0.436 25 N 0.051 0.020 0.138 0.085 0.190 0.330 0.185 26 L 0.036 0.016 0.141 0.170 0.124 0.244 0.270 27 L 0.033 0.013 0.048 0.145 0.139 0.160 0.461 28 T 0.022 0.005 0.062 0.269 0.112 0.101 0.429 29 E 0.019 0.003 0.088 0.625 0.081 0.087 0.098 30 R 0.017 0.005 0.110 0.682 0.027 0.098 0.061 31 I 0.031 0.008 0.152 0.622 0.023 0.092 0.072 32 H 0.050 0.011 0.142 0.527 0.046 0.147 0.077 33 L 0.051 0.009 0.112 0.515 0.038 0.214 0.063 34 R 0.043 0.017 0.040 0.445 0.105 0.232 0.118 35 N 0.026 0.009 0.008 0.026 0.224 0.043 0.663 36 P 0.014 0.004 0.030 0.018 0.145 0.621 0.168 37 S 0.034 0.013 0.036 0.006 0.174 0.589 0.148 38 A 0.116 0.013 0.038 0.006 0.208 0.054 0.565 39 A 0.227 0.008 0.028 0.010 0.162 0.068 0.498 40 F 0.729 0.013 0.012 0.004 0.060 0.027 0.155 41 F 0.865 0.008 0.002 0.001 0.015 0.004 0.105 42 C 0.917 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.063 43 V 0.911 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.075 44 A 0.902 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.080 45 R 0.913 0.013 0.001 0.002 0.006 0.005 0.060 46 L 0.764 0.011 0.001 0.002 0.007 0.004 0.212 47 Q 0.139 0.001 0.010 0.002 0.094 0.702 0.051 48 D 0.060 0.001 0.011 0.001 0.051 0.860 0.018 49 F 0.746 0.013 0.009 0.002 0.026 0.017 0.187 50 K 0.877 0.016 0.003 0.001 0.009 0.005 0.088 51 L 0.815 0.007 0.009 0.002 0.024 0.007 0.137 52 D 0.773 0.018 0.007 0.003 0.029 0.009 0.160 53 F 0.508 0.025 0.012 0.006 0.118 0.038 0.292 54 G 0.207 0.030 0.014 0.004 0.222 0.181 0.343 55 N 0.117 0.020 0.020 0.005 0.274 0.117 0.446 56 S 0.091 0.031 0.033 0.008 0.287 0.271 0.279 57 Q 0.056 0.028 0.035 0.010 0.220 0.410 0.241 58 G 0.053 0.021 0.035 0.017 0.365 0.221 0.286 59 K 0.058 0.024 0.049 0.031 0.236 0.261 0.341 60 T 0.108 0.079 0.050 0.031 0.205 0.196 0.331 61 S 0.166 0.046 0.078 0.043 0.143 0.099 0.425 62 Q 0.129 0.025 0.144 0.086 0.131 0.276 0.208 63 T 0.136 0.023 0.163 0.067 0.116 0.259 0.235 64 W 0.193 0.027 0.099 0.054 0.191 0.104 0.330 65 H 0.166 0.021 0.076 0.043 0.123 0.318 0.252 66 G 0.199 0.011 0.053 0.018 0.178 0.355 0.187 67 G 0.499 0.027 0.021 0.010 0.127 0.073 0.243 68 I 0.774 0.029 0.007 0.005 0.032 0.011 0.142 69 A 0.843 0.007 0.006 0.005 0.028 0.012 0.100 70 T 0.869 0.006 0.008 0.006 0.018 0.011 0.082 71 I 0.902 0.004 0.003 0.007 0.016 0.008 0.059 72 F 0.896 0.011 0.002 0.004 0.015 0.004 0.068 73 Q 0.687 0.033 0.001 0.005 0.038 0.009 0.227 74 S 0.137 0.004 0.002 0.001 0.125 0.014 0.718 75 P 0.010 0.002 0.014 0.003 0.117 0.822 0.032 76 G 0.011 0.001 0.016 0.001 0.118 0.792 0.061 77 D 0.072 0.003 0.009 0.001 0.269 0.041 0.605 78 E 0.632 0.023 0.003 0.001 0.030 0.013 0.299 79 V 0.912 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.078 80 W 0.931 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.046 81 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 82 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 83 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 84 W 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 85 K 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 86 M 0.800 0.013 0.001 0.001 0.031 0.002 0.154 87 N 0.132 0.010 0.001 0.001 0.030 0.003 0.825 88 K 0.002 0.001 0.399 0.459 0.012 0.113 0.015 89 S 0.001 0.001 0.468 0.433 0.008 0.086 0.004 90 N 0.001 0.001 0.584 0.330 0.004 0.073 0.008 91 L 0.001 0.002 0.209 0.718 0.008 0.053 0.009 92 N 0.001 0.001 0.126 0.727 0.005 0.135 0.006 93 S 0.001 0.001 0.042 0.819 0.006 0.126 0.007 94 L 0.002 0.003 0.013 0.857 0.025 0.042 0.057 95 D 0.008 0.003 0.033 0.823 0.027 0.057 0.049 96 E 0.010 0.002 0.052 0.812 0.014 0.087 0.023 97 Q 0.012 0.005 0.062 0.743 0.028 0.127 0.022 98 E 0.015 0.009 0.040 0.346 0.044 0.515 0.031 99 G 0.012 0.003 0.013 0.024 0.111 0.747 0.090 100 V 0.037 0.016 0.005 0.003 0.194 0.022 0.723 101 K 0.083 0.032 0.013 0.002 0.119 0.074 0.676 102 S 0.108 0.021 0.040 0.003 0.198 0.309 0.320 103 G 0.175 0.015 0.042 0.002 0.306 0.198 0.262 104 M 0.352 0.012 0.016 0.001 0.119 0.028 0.472 105 Y 0.683 0.007 0.002 0.001 0.065 0.011 0.230 106 V 0.938 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.047 107 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 108 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 109 E 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 110 V 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.092 111 K 0.918 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.071 112 V 0.889 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.099 113 A 0.909 0.019 0.001 0.001 0.009 0.003 0.059 114 T 0.554 0.018 0.003 0.001 0.016 0.008 0.401 115 Q 0.127 0.003 0.016 0.001 0.209 0.398 0.246 116 E 0.011 0.002 0.010 0.001 0.218 0.717 0.042 117 G 0.018 0.001 0.007 0.001 0.569 0.290 0.115 118 K 0.088 0.004 0.001 0.001 0.124 0.006 0.777 119 E 0.725 0.035 0.001 0.001 0.010 0.002 0.228 120 I 0.889 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.102 121 T 0.916 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.080 122 C 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 123 R 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 124 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 L 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 127 M 0.875 0.004 0.001 0.001 0.018 0.005 0.097 128 T 0.428 0.012 0.008 0.002 0.159 0.055 0.336 129 N 0.136 0.017 0.031 0.006 0.254 0.127 0.430 130 Y 0.044 0.020 0.099 0.010 0.178 0.121 0.527 131 E 0.018 0.014 0.097 0.008 0.186 0.248 0.428 132 S 0.012 0.010 0.054 0.006 0.294 0.278 0.346 133 A 0.015 0.011 0.008 0.002 0.325 0.037 0.602 134 P 0.010 0.019 0.001 0.001 0.084 0.010 0.875 135 P 0.008 0.023 0.001 0.002 0.061 0.009 0.897 136 S 0.005 0.008 0.001 0.018 0.033 0.005 0.930 137 P 0.001 0.001 0.031 0.922 0.009 0.026 0.011 138 Q 0.001 0.001 0.021 0.955 0.002 0.017 0.004 139 Y 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.005 0.003 140 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 141 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 143 I 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 144 C 0.003 0.001 0.002 0.977 0.001 0.016 0.001 145 M 0.003 0.001 0.003 0.932 0.002 0.055 0.004 146 G 0.008 0.002 0.013 0.795 0.012 0.124 0.046 147 A 0.013 0.008 0.040 0.721 0.047 0.099 0.072 148 K 0.016 0.005 0.093 0.453 0.160 0.164 0.109 149 E 0.010 0.004 0.123 0.236 0.081 0.478 0.068 150 N 0.005 0.004 0.038 0.050 0.057 0.806 0.040 151 G 0.006 0.007 0.016 0.010 0.220 0.447 0.293 152 L 0.010 0.019 0.002 0.003 0.132 0.011 0.823 153 P 0.009 0.028 0.001 0.010 0.027 0.005 0.920 154 L 0.001 0.001 0.034 0.915 0.007 0.030 0.013 155 E 0.001 0.001 0.045 0.921 0.003 0.024 0.007 156 Y 0.001 0.001 0.032 0.953 0.001 0.010 0.004 157 Q 0.001 0.001 0.012 0.972 0.002 0.009 0.004 158 E 0.001 0.001 0.021 0.928 0.003 0.040 0.005 159 K 0.001 0.001 0.035 0.860 0.005 0.089 0.009 160 L 0.004 0.004 0.086 0.759 0.020 0.095 0.032 161 K 0.007 0.003 0.122 0.523 0.033 0.273 0.040 162 A 0.011 0.005 0.119 0.336 0.057 0.395 0.077 163 I 0.025 0.019 0.034 0.105 0.326 0.072 0.418 164 E 0.022 0.029 0.017 0.030 0.117 0.051 0.734 165 P 0.021 0.020 0.066 0.044 0.125 0.098 0.627 166 N 0.017 0.011 0.099 0.039 0.206 0.326 0.303 167 D 0.016 0.005 0.094 0.028 0.223 0.361 0.274 168 Y 0.030 0.026 0.056 0.049 0.199 0.107 0.534 169 T 0.031 0.033 0.035 0.060 0.156 0.154 0.531 170 G 0.018 0.009 0.031 0.101 0.367 0.132 0.341 171 K 0.022 0.014 0.045 0.333 0.111 0.143 0.333 172 V 0.027 0.032 0.036 0.459 0.074 0.093 0.279 173 S 0.012 0.007 0.018 0.740 0.027 0.026 0.171 174 E 0.003 0.001 0.011 0.940 0.011 0.020 0.014 175 E 0.003 0.001 0.010 0.951 0.005 0.017 0.012 176 I 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.006 0.004 177 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 178 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 179 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.009 0.002 180 I 0.001 0.001 0.005 0.967 0.004 0.017 0.005 181 K 0.001 0.001 0.010 0.858 0.007 0.111 0.011 182 K 0.001 0.001 0.007 0.595 0.014 0.361 0.021 183 G 0.002 0.002 0.014 0.307 0.047 0.436 0.193 184 E 0.004 0.003 0.016 0.096 0.135 0.078 0.669 185 T 0.018 0.006 0.075 0.098 0.116 0.082 0.605 186 Q 0.032 0.011 0.093 0.116 0.182 0.110 0.457 187 T 0.033 0.017 0.037 0.059 0.032 0.074 0.748 188 L 0.005 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.983