# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.061 0.289 0.235 0.019 0.239 0.008 0.011 0.060 0.031 0.028 0.019 2 A 0.031 0.073 0.053 0.012 0.040 0.019 0.072 0.406 0.227 0.050 0.018 3 N 0.059 0.106 0.090 0.030 0.090 0.027 0.091 0.227 0.115 0.123 0.042 4 S 0.038 0.294 0.087 0.050 0.109 0.041 0.068 0.115 0.078 0.090 0.029 5 G 0.035 0.027 0.040 0.045 0.026 0.020 0.014 0.051 0.083 0.536 0.123 6 C 0.110 0.164 0.074 0.019 0.242 0.015 0.029 0.110 0.109 0.097 0.033 7 K 0.099 0.189 0.062 0.019 0.205 0.017 0.033 0.125 0.109 0.092 0.050 8 D 0.179 0.179 0.090 0.012 0.312 0.008 0.020 0.043 0.032 0.061 0.064 9 V 0.135 0.195 0.082 0.011 0.248 0.015 0.030 0.106 0.087 0.062 0.029 10 T 0.071 0.214 0.233 0.076 0.114 0.028 0.059 0.064 0.039 0.066 0.037 11 G 0.018 0.172 0.414 0.195 0.051 0.040 0.011 0.028 0.021 0.036 0.013 12 P 0.030 0.203 0.106 0.046 0.088 0.056 0.107 0.204 0.111 0.032 0.016 13 D 0.061 0.083 0.084 0.037 0.063 0.027 0.036 0.093 0.162 0.264 0.090 14 E 0.077 0.177 0.103 0.027 0.158 0.024 0.049 0.112 0.130 0.103 0.039 15 E 0.096 0.103 0.038 0.013 0.133 0.016 0.062 0.120 0.157 0.207 0.056 16 S 0.181 0.200 0.062 0.017 0.318 0.016 0.028 0.025 0.028 0.075 0.051 17 F 0.143 0.186 0.015 0.003 0.632 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.009 18 L 0.251 0.044 0.003 0.002 0.678 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 19 Y 0.194 0.069 0.003 0.002 0.709 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 20 F 0.304 0.057 0.004 0.002 0.561 0.002 0.004 0.007 0.002 0.006 0.051 21 A 0.319 0.087 0.015 0.008 0.412 0.008 0.011 0.017 0.006 0.021 0.095 22 Y 0.140 0.107 0.045 0.051 0.162 0.036 0.060 0.082 0.046 0.146 0.126 23 G 0.050 0.123 0.135 0.146 0.080 0.067 0.038 0.079 0.093 0.144 0.045 24 S 0.042 0.148 0.077 0.049 0.088 0.057 0.068 0.186 0.172 0.087 0.026 25 N 0.061 0.066 0.030 0.015 0.085 0.025 0.068 0.238 0.184 0.169 0.060 26 L 0.059 0.152 0.055 0.016 0.105 0.033 0.085 0.200 0.107 0.139 0.049 27 L 0.128 0.201 0.091 0.017 0.186 0.012 0.026 0.112 0.056 0.099 0.071 28 T 0.029 0.188 0.112 0.021 0.082 0.011 0.013 0.354 0.124 0.050 0.016 29 E 0.011 0.025 0.010 0.005 0.025 0.009 0.032 0.653 0.184 0.035 0.010 30 R 0.013 0.025 0.013 0.006 0.020 0.008 0.031 0.729 0.107 0.041 0.006 31 I 0.022 0.031 0.010 0.004 0.038 0.005 0.015 0.620 0.153 0.091 0.011 32 H 0.027 0.030 0.009 0.004 0.050 0.010 0.026 0.551 0.218 0.061 0.015 33 L 0.034 0.048 0.013 0.003 0.065 0.006 0.063 0.581 0.124 0.051 0.012 34 R 0.027 0.074 0.064 0.028 0.069 0.054 0.153 0.166 0.094 0.244 0.028 35 N 0.286 0.117 0.047 0.007 0.405 0.002 0.005 0.026 0.016 0.024 0.064 36 P 0.008 0.015 0.009 0.005 0.014 0.018 0.040 0.342 0.471 0.072 0.006 37 S 0.029 0.072 0.036 0.011 0.053 0.009 0.060 0.146 0.153 0.401 0.030 38 A 0.166 0.122 0.025 0.006 0.206 0.005 0.016 0.131 0.146 0.118 0.058 39 A 0.081 0.177 0.049 0.012 0.226 0.029 0.052 0.152 0.110 0.075 0.037 40 F 0.299 0.107 0.020 0.006 0.413 0.005 0.018 0.024 0.021 0.040 0.047 41 F 0.328 0.070 0.026 0.014 0.337 0.022 0.028 0.021 0.022 0.054 0.078 42 C 0.090 0.297 0.081 0.011 0.477 0.006 0.006 0.010 0.004 0.006 0.012 43 V 0.431 0.050 0.007 0.002 0.331 0.003 0.011 0.011 0.010 0.029 0.114 44 A 0.101 0.309 0.044 0.007 0.494 0.010 0.004 0.006 0.004 0.005 0.015 45 R 0.334 0.087 0.008 0.001 0.461 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 0.084 46 L 0.241 0.122 0.125 0.073 0.274 0.023 0.005 0.014 0.016 0.034 0.074 47 Q 0.001 0.008 0.011 0.081 0.003 0.241 0.524 0.105 0.023 0.002 0.001 48 D 0.102 0.024 0.021 0.011 0.051 0.004 0.007 0.018 0.047 0.439 0.275 49 F 0.078 0.374 0.093 0.004 0.403 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.021 50 K 0.183 0.135 0.023 0.001 0.601 0.003 0.008 0.007 0.007 0.009 0.023 51 L 0.371 0.108 0.012 0.002 0.436 0.003 0.005 0.004 0.004 0.006 0.049 52 D 0.288 0.090 0.033 0.011 0.417 0.008 0.012 0.009 0.006 0.040 0.085 53 F 0.148 0.194 0.060 0.046 0.255 0.041 0.044 0.059 0.038 0.060 0.054 54 G 0.061 0.153 0.137 0.107 0.133 0.052 0.038 0.038 0.048 0.176 0.057 55 N 0.077 0.185 0.230 0.057 0.164 0.020 0.027 0.074 0.060 0.067 0.039 56 S 0.040 0.089 0.050 0.025 0.077 0.044 0.123 0.271 0.173 0.085 0.022 57 Q 0.037 0.274 0.159 0.091 0.109 0.034 0.068 0.041 0.043 0.111 0.033 58 G 0.056 0.063 0.116 0.132 0.057 0.045 0.022 0.037 0.048 0.274 0.151 59 K 0.081 0.169 0.094 0.024 0.165 0.023 0.058 0.137 0.108 0.091 0.050 60 T 0.099 0.193 0.094 0.024 0.176 0.016 0.032 0.099 0.094 0.106 0.068 61 S 0.063 0.323 0.159 0.025 0.185 0.014 0.018 0.069 0.068 0.054 0.022 62 Q 0.086 0.103 0.045 0.012 0.141 0.019 0.041 0.228 0.208 0.078 0.039 63 T 0.121 0.101 0.046 0.022 0.109 0.029 0.064 0.130 0.105 0.181 0.094 64 W 0.108 0.191 0.144 0.077 0.168 0.038 0.040 0.079 0.045 0.071 0.041 65 H 0.029 0.104 0.095 0.161 0.051 0.132 0.143 0.135 0.064 0.064 0.021 66 G 0.021 0.088 0.180 0.244 0.031 0.045 0.022 0.050 0.076 0.206 0.036 67 G 0.062 0.212 0.182 0.082 0.144 0.043 0.023 0.061 0.053 0.104 0.035 68 I 0.189 0.238 0.061 0.007 0.353 0.005 0.013 0.027 0.023 0.035 0.050 69 A 0.195 0.189 0.057 0.012 0.342 0.023 0.035 0.035 0.027 0.030 0.055 70 T 0.155 0.211 0.071 0.006 0.448 0.004 0.011 0.024 0.020 0.025 0.025 71 I 0.351 0.098 0.023 0.004 0.318 0.008 0.015 0.028 0.024 0.039 0.091 72 F 0.100 0.320 0.104 0.015 0.352 0.011 0.012 0.022 0.016 0.023 0.025 73 Q 0.187 0.250 0.076 0.013 0.295 0.009 0.013 0.021 0.016 0.050 0.071 74 S 0.032 0.164 0.588 0.090 0.086 0.012 0.003 0.006 0.004 0.005 0.009 75 P 0.001 0.004 0.005 0.061 0.001 0.198 0.488 0.194 0.043 0.003 0.001 76 G 0.010 0.047 0.047 0.080 0.016 0.016 0.012 0.022 0.088 0.579 0.083 77 D 0.087 0.247 0.054 0.011 0.236 0.010 0.013 0.036 0.080 0.171 0.055 78 E 0.235 0.109 0.027 0.001 0.480 0.003 0.014 0.030 0.030 0.036 0.035 79 V 0.456 0.081 0.015 0.007 0.347 0.011 0.009 0.009 0.005 0.011 0.050 80 W 0.194 0.066 0.033 0.191 0.178 0.041 0.074 0.017 0.015 0.116 0.074 81 G 0.078 0.200 0.167 0.237 0.197 0.081 0.005 0.005 0.002 0.012 0.016 82 V 0.152 0.139 0.009 0.002 0.667 0.002 0.004 0.006 0.002 0.003 0.014 83 V 0.424 0.042 0.007 0.002 0.438 0.003 0.004 0.005 0.003 0.007 0.065 84 W 0.086 0.265 0.024 0.005 0.559 0.009 0.011 0.011 0.004 0.008 0.019 85 K 0.406 0.067 0.010 0.001 0.327 0.001 0.001 0.003 0.002 0.043 0.141 86 M 0.038 0.466 0.197 0.029 0.191 0.017 0.013 0.010 0.007 0.016 0.015 87 N 0.027 0.571 0.226 0.001 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.376 0.617 0.004 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.787 0.196 0.008 0.001 90 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.555 0.233 0.205 0.001 91 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.750 0.207 0.031 0.003 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.760 0.199 0.006 0.001 93 S 0.004 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.011 0.555 0.129 0.279 0.005 94 L 0.035 0.063 0.016 0.002 0.049 0.003 0.011 0.605 0.139 0.060 0.016 95 D 0.019 0.029 0.011 0.007 0.055 0.009 0.029 0.639 0.132 0.052 0.018 96 E 0.019 0.027 0.013 0.001 0.015 0.001 0.017 0.498 0.349 0.047 0.014 97 Q 0.013 0.036 0.026 0.005 0.027 0.009 0.083 0.525 0.198 0.071 0.008 98 E 0.004 0.731 0.138 0.006 0.080 0.003 0.010 0.016 0.007 0.003 0.002 99 G 0.073 0.006 0.007 0.005 0.013 0.004 0.005 0.012 0.021 0.421 0.432 100 V 0.066 0.471 0.157 0.010 0.209 0.007 0.009 0.016 0.012 0.021 0.022 101 K 0.090 0.184 0.176 0.077 0.184 0.046 0.028 0.058 0.042 0.057 0.058 102 S 0.035 0.098 0.085 0.096 0.049 0.075 0.191 0.127 0.159 0.066 0.019 103 G 0.034 0.067 0.132 0.119 0.049 0.053 0.019 0.032 0.064 0.346 0.085 104 M 0.216 0.168 0.029 0.012 0.321 0.010 0.039 0.034 0.034 0.068 0.068 105 Y 0.209 0.178 0.017 0.001 0.526 0.003 0.003 0.004 0.004 0.016 0.039 106 V 0.081 0.308 0.021 0.001 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 V 0.642 0.010 0.001 0.001 0.291 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 108 I 0.055 0.262 0.043 0.022 0.591 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 109 E 0.459 0.019 0.002 0.001 0.454 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 110 V 0.116 0.234 0.027 0.003 0.607 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 111 K 0.370 0.044 0.003 0.001 0.512 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 112 V 0.187 0.242 0.021 0.002 0.512 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 113 A 0.067 0.327 0.057 0.005 0.506 0.004 0.004 0.005 0.003 0.011 0.013 114 T 0.118 0.202 0.397 0.017 0.136 0.004 0.013 0.061 0.025 0.009 0.018 115 Q 0.008 0.021 0.044 0.095 0.008 0.156 0.162 0.343 0.124 0.031 0.006 116 E 0.001 0.502 0.214 0.208 0.016 0.017 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 117 G 0.008 0.004 0.008 0.017 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.634 0.315 118 K 0.007 0.626 0.223 0.003 0.119 0.001 0.003 0.008 0.006 0.003 0.001 119 E 0.476 0.051 0.006 0.001 0.407 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.046 120 I 0.125 0.315 0.060 0.012 0.451 0.009 0.008 0.003 0.002 0.003 0.011 121 T 0.385 0.051 0.008 0.004 0.490 0.005 0.009 0.003 0.001 0.004 0.039 122 C 0.246 0.130 0.010 0.003 0.590 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 123 R 0.274 0.044 0.002 0.002 0.647 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 124 S 0.286 0.067 0.007 0.002 0.610 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 125 Y 0.179 0.161 0.014 0.002 0.600 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.030 126 L 0.401 0.087 0.012 0.003 0.384 0.003 0.005 0.004 0.002 0.011 0.087 127 M 0.140 0.190 0.081 0.044 0.271 0.034 0.028 0.029 0.029 0.075 0.078 128 T 0.082 0.223 0.141 0.073 0.196 0.068 0.066 0.045 0.044 0.039 0.023 129 N 0.111 0.136 0.108 0.043 0.188 0.025 0.041 0.087 0.082 0.117 0.063 130 Y 0.069 0.133 0.099 0.050 0.148 0.037 0.049 0.141 0.124 0.113 0.037 131 E 0.030 0.129 0.094 0.051 0.087 0.055 0.140 0.231 0.107 0.062 0.015 132 S 0.038 0.159 0.187 0.081 0.087 0.034 0.050 0.090 0.058 0.176 0.039 133 A 0.016 0.317 0.439 0.038 0.087 0.011 0.019 0.026 0.013 0.023 0.011 134 P 0.016 0.501 0.369 0.003 0.087 0.002 0.005 0.008 0.003 0.003 0.005 135 P 0.016 0.603 0.225 0.003 0.114 0.002 0.008 0.011 0.006 0.005 0.007 136 S 0.013 0.646 0.229 0.001 0.077 0.001 0.001 0.016 0.008 0.005 0.004 137 P 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.535 0.432 0.010 0.001 138 Q 0.002 0.010 0.006 0.001 0.003 0.001 0.008 0.846 0.087 0.035 0.002 139 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.788 0.105 0.098 0.001 140 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.061 0.002 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.033 0.002 0.001 142 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.942 0.033 0.010 0.001 143 I 0.013 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.899 0.050 0.012 0.003 144 C 0.011 0.011 0.002 0.003 0.019 0.007 0.039 0.801 0.076 0.026 0.006 145 M 0.019 0.035 0.022 0.015 0.027 0.023 0.112 0.523 0.084 0.123 0.017 146 G 0.022 0.073 0.062 0.045 0.039 0.021 0.043 0.483 0.108 0.087 0.016 147 A 0.032 0.074 0.023 0.013 0.068 0.029 0.048 0.451 0.179 0.068 0.014 148 K 0.022 0.098 0.089 0.029 0.036 0.025 0.083 0.431 0.147 0.027 0.013 149 E 0.025 0.032 0.021 0.018 0.035 0.048 0.211 0.410 0.110 0.072 0.017 150 N 0.010 0.508 0.257 0.048 0.086 0.011 0.027 0.013 0.009 0.023 0.008 151 G 0.027 0.016 0.056 0.063 0.010 0.038 0.008 0.015 0.025 0.551 0.190 152 L 0.010 0.563 0.302 0.011 0.084 0.002 0.007 0.012 0.003 0.004 0.003 153 P 0.020 0.713 0.125 0.001 0.126 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.004 154 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.555 0.432 0.006 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.066 0.006 0.001 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.072 0.035 0.001 157 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.070 0.004 0.001 158 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.924 0.063 0.002 0.001 159 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.846 0.083 0.052 0.001 160 L 0.012 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.006 0.629 0.253 0.066 0.007 161 K 0.003 0.008 0.002 0.002 0.006 0.012 0.058 0.616 0.270 0.021 0.002 162 A 0.016 0.014 0.007 0.003 0.025 0.003 0.064 0.381 0.209 0.262 0.015 163 I 0.116 0.205 0.101 0.010 0.239 0.012 0.055 0.098 0.055 0.064 0.043 164 E 0.052 0.283 0.226 0.046 0.141 0.020 0.035 0.099 0.043 0.028 0.026 165 P 0.033 0.190 0.093 0.021 0.099 0.023 0.046 0.195 0.208 0.072 0.020 166 N 0.043 0.135 0.071 0.028 0.093 0.039 0.069 0.118 0.149 0.202 0.053 167 D 0.094 0.097 0.052 0.015 0.146 0.016 0.046 0.088 0.093 0.267 0.087 168 Y 0.112 0.130 0.061 0.028 0.175 0.034 0.055 0.121 0.078 0.140 0.066 169 T 0.045 0.088 0.061 0.086 0.067 0.061 0.108 0.121 0.090 0.216 0.056 170 G 0.019 0.114 0.192 0.131 0.055 0.034 0.016 0.135 0.098 0.172 0.034 171 K 0.026 0.081 0.038 0.005 0.058 0.007 0.028 0.461 0.189 0.087 0.020 172 V 0.029 0.109 0.047 0.005 0.048 0.005 0.018 0.476 0.130 0.109 0.026 173 S 0.014 0.085 0.030 0.004 0.038 0.003 0.007 0.671 0.106 0.032 0.009 174 E 0.002 0.012 0.006 0.002 0.007 0.007 0.012 0.824 0.112 0.013 0.002 175 E 0.005 0.015 0.008 0.001 0.005 0.001 0.004 0.886 0.040 0.032 0.003 176 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.066 0.015 0.001 177 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.063 0.001 0.001 178 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.002 0.001 179 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.930 0.052 0.007 0.001 180 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.818 0.137 0.026 0.002 181 K 0.002 0.006 0.005 0.003 0.003 0.009 0.065 0.687 0.175 0.044 0.002 182 K 0.004 0.200 0.167 0.029 0.033 0.048 0.233 0.202 0.044 0.036 0.004 183 G 0.064 0.025 0.019 0.016 0.028 0.006 0.015 0.047 0.055 0.518 0.208 184 E 0.065 0.304 0.093 0.025 0.190 0.031 0.060 0.124 0.057 0.031 0.021 185 T 0.086 0.128 0.041 0.017 0.153 0.018 0.032 0.119 0.136 0.187 0.083 186 Q 0.076 0.292 0.115 0.012 0.258 0.008 0.025 0.099 0.062 0.034 0.019 187 T 0.135 0.237 0.054 0.005 0.307 0.007 0.027 0.117 0.043 0.034 0.034 188 L 0.115 0.193 0.059 0.017 0.215 0.017 0.038 0.154 0.072 0.067 0.052