# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37322 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.002 0.003 0.001 0.093 0.163 0.097 0.154 0.002 0.001 0.043 0.444 2 K 0.001 0.002 0.001 0.389 0.111 0.220 0.040 0.001 0.001 0.075 0.162 3 I 0.001 0.001 0.001 0.499 0.121 0.147 0.022 0.001 0.001 0.052 0.157 4 I 0.001 0.001 0.001 0.559 0.216 0.127 0.010 0.001 0.001 0.024 0.063 5 C 0.008 0.003 0.001 0.359 0.155 0.174 0.029 0.001 0.001 0.052 0.218 6 M 0.006 0.002 0.001 0.219 0.148 0.251 0.043 0.003 0.001 0.044 0.284 7 G 0.027 0.019 0.005 0.114 0.084 0.263 0.093 0.002 0.006 0.100 0.287 8 A 0.077 0.008 0.044 0.050 0.129 0.136 0.089 0.004 0.034 0.065 0.364 9 K 0.401 0.008 0.003 0.010 0.062 0.067 0.043 0.026 0.003 0.055 0.322 10 E 0.401 0.006 0.001 0.005 0.004 0.007 0.048 0.003 0.001 0.028 0.497 11 N 0.007 0.003 0.001 0.008 0.008 0.019 0.079 0.002 0.001 0.009 0.865 12 G 0.006 0.015 0.001 0.004 0.011 0.013 0.085 0.001 0.001 0.009 0.855 13 L 0.005 0.051 0.001 0.013 0.127 0.032 0.109 0.009 0.001 0.018 0.634 14 P 0.022 0.876 0.001 0.006 0.003 0.004 0.011 0.004 0.001 0.003 0.069 15 L 0.040 0.833 0.002 0.009 0.003 0.004 0.008 0.005 0.001 0.025 0.072 16 E 0.008 0.787 0.007 0.015 0.004 0.004 0.016 0.003 0.002 0.075 0.078 17 Y 0.021 0.899 0.003 0.004 0.002 0.002 0.008 0.008 0.001 0.011 0.041 18 Q 0.069 0.698 0.009 0.013 0.006 0.007 0.014 0.016 0.004 0.050 0.114 19 E 0.051 0.513 0.014 0.013 0.007 0.014 0.054 0.005 0.008 0.074 0.247 20 K 0.122 0.288 0.043 0.012 0.009 0.025 0.050 0.018 0.021 0.104 0.309 21 L 0.242 0.126 0.013 0.008 0.007 0.016 0.071 0.043 0.005 0.101 0.368 22 K 0.127 0.025 0.001 0.033 0.014 0.035 0.083 0.003 0.001 0.056 0.623 23 A 0.006 0.004 0.001 0.028 0.005 0.016 0.093 0.001 0.001 0.023 0.822 24 I 0.002 0.001 0.001 0.063 0.033 0.038 0.153 0.002 0.001 0.036 0.670 25 E 0.430 0.018 0.002 0.044 0.015 0.017 0.087 0.012 0.002 0.104 0.269 26 P 0.198 0.008 0.002 0.031 0.002 0.003 0.092 0.003 0.001 0.069 0.591 27 N 0.024 0.004 0.001 0.025 0.004 0.012 0.154 0.005 0.001 0.053 0.718 28 D 0.091 0.012 0.002 0.063 0.006 0.016 0.161 0.003 0.001 0.067 0.578 29 Y 0.175 0.017 0.002 0.061 0.026 0.033 0.149 0.008 0.001 0.099 0.428 30 T 0.076 0.014 0.001 0.033 0.017 0.035 0.139 0.003 0.001 0.049 0.633 31 G 0.026 0.010 0.001 0.025 0.012 0.022 0.188 0.001 0.001 0.031 0.683 32 K 0.012 0.054 0.001 0.027 0.036 0.035 0.224 0.003 0.001 0.042 0.565 33 V 0.012 0.447 0.001 0.006 0.005 0.007 0.064 0.011 0.001 0.013 0.434 34 S 0.034 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.014 0.024 35 E 0.019 0.795 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.114 0.050 36 E 0.009 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.029 0.029 37 I 0.026 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.005 0.025 38 E 0.053 0.669 0.002 0.004 0.002 0.003 0.014 0.006 0.001 0.141 0.105 39 D 0.020 0.497 0.025 0.005 0.002 0.005 0.032 0.003 0.011 0.193 0.207 40 I 0.125 0.186 0.165 0.004 0.003 0.006 0.068 0.022 0.063 0.139 0.219 41 I 0.435 0.038 0.042 0.005 0.002 0.004 0.036 0.024 0.040 0.058 0.317 42 K 0.235 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 0.016 0.693 43 K 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.072 0.001 0.001 0.012 0.897 44 G 0.032 0.004 0.003 0.013 0.004 0.009 0.121 0.002 0.001 0.043 0.768 45 E 0.029 0.008 0.002 0.051 0.059 0.074 0.104 0.007 0.001 0.087 0.578 46 T 0.041 0.004 0.001 0.019 0.013 0.024 0.078 0.001 0.001 0.027 0.793 47 Q 0.028 0.003 0.001 0.077 0.120 0.103 0.102 0.006 0.001 0.047 0.514 48 T 0.021 0.007 0.001 0.041 0.023 0.035 0.128 0.001 0.001 0.023 0.720 49 L 0.021 0.003 0.001 0.053 0.066 0.082 0.120 0.014 0.001 0.035 0.604