# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37322 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.048 0.002 0.016 0.040 0.031 0.037 0.062 0.002 0.001 0.009 0.754 2 K 0.054 0.001 0.011 0.128 0.085 0.084 0.157 0.001 0.001 0.009 0.472 3 I 0.016 0.001 0.019 0.376 0.100 0.099 0.036 0.001 0.001 0.003 0.351 4 I 0.001 0.001 0.001 0.598 0.145 0.197 0.034 0.001 0.001 0.001 0.024 5 C 0.001 0.001 0.001 0.652 0.085 0.168 0.016 0.001 0.001 0.001 0.076 6 M 0.001 0.001 0.001 0.805 0.045 0.098 0.016 0.001 0.001 0.001 0.036 7 G 0.003 0.001 0.001 0.284 0.061 0.082 0.104 0.001 0.001 0.003 0.462 8 A 0.004 0.001 0.001 0.277 0.033 0.095 0.053 0.001 0.001 0.003 0.533 9 K 0.002 0.003 0.001 0.179 0.090 0.180 0.144 0.001 0.001 0.002 0.400 10 E 0.184 0.022 0.001 0.019 0.021 0.051 0.112 0.001 0.001 0.019 0.572 11 N 0.363 0.138 0.001 0.006 0.006 0.012 0.066 0.008 0.001 0.004 0.395 12 G 0.678 0.043 0.007 0.005 0.004 0.003 0.031 0.018 0.001 0.010 0.200 13 L 0.212 0.027 0.340 0.007 0.004 0.007 0.114 0.001 0.001 0.006 0.280 14 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.984 15 L 0.016 0.008 0.001 0.045 0.009 0.023 0.141 0.001 0.001 0.003 0.754 16 E 0.095 0.043 0.001 0.013 0.005 0.009 0.160 0.001 0.001 0.006 0.667 17 Y 0.126 0.408 0.001 0.035 0.018 0.024 0.096 0.003 0.001 0.003 0.286 18 Q 0.097 0.609 0.002 0.031 0.009 0.026 0.028 0.002 0.001 0.003 0.193 19 E 0.047 0.645 0.001 0.010 0.009 0.014 0.024 0.004 0.001 0.002 0.244 20 K 0.090 0.685 0.003 0.008 0.015 0.022 0.019 0.020 0.001 0.002 0.137 21 L 0.087 0.760 0.008 0.015 0.015 0.026 0.007 0.017 0.001 0.001 0.064 22 K 0.065 0.638 0.007 0.022 0.029 0.049 0.016 0.040 0.001 0.002 0.131 23 A 0.237 0.358 0.012 0.013 0.017 0.035 0.015 0.085 0.001 0.002 0.226 24 I 0.330 0.239 0.038 0.049 0.036 0.038 0.015 0.093 0.001 0.002 0.159 25 E 0.108 0.047 0.065 0.052 0.083 0.075 0.109 0.016 0.001 0.003 0.442 26 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.976 27 N 0.005 0.001 0.001 0.042 0.023 0.067 0.361 0.001 0.001 0.002 0.498 28 D 0.413 0.004 0.001 0.015 0.005 0.008 0.116 0.001 0.001 0.038 0.400 29 Y 0.255 0.086 0.004 0.046 0.024 0.025 0.228 0.002 0.001 0.019 0.312 30 T 0.139 0.042 0.003 0.047 0.022 0.031 0.285 0.002 0.001 0.018 0.410 31 G 0.221 0.058 0.005 0.041 0.014 0.022 0.127 0.003 0.001 0.017 0.491 32 K 0.153 0.060 0.032 0.024 0.032 0.050 0.235 0.002 0.001 0.015 0.397 33 V 0.047 0.046 0.024 0.025 0.053 0.101 0.196 0.002 0.001 0.006 0.499 34 S 0.026 0.089 0.003 0.065 0.046 0.108 0.130 0.002 0.001 0.003 0.529 35 E 0.011 0.064 0.001 0.008 0.007 0.008 0.057 0.001 0.001 0.001 0.843 36 E 0.044 0.200 0.001 0.004 0.004 0.011 0.277 0.002 0.001 0.008 0.449 37 I 0.069 0.579 0.003 0.010 0.008 0.025 0.130 0.006 0.001 0.005 0.164 38 E 0.015 0.912 0.001 0.003 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.052 39 D 0.016 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.085 40 I 0.040 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 41 I 0.029 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 42 K 0.023 0.901 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 0.052 43 K 0.080 0.780 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 0.097 44 G 0.320 0.409 0.007 0.003 0.004 0.002 0.005 0.053 0.001 0.001 0.198 45 E 0.144 0.225 0.159 0.005 0.005 0.006 0.042 0.008 0.001 0.003 0.403 46 T 0.034 0.126 0.041 0.030 0.026 0.047 0.111 0.010 0.001 0.002 0.573 47 Q 0.150 0.129 0.008 0.058 0.034 0.051 0.113 0.005 0.001 0.008 0.444 48 T 0.129 0.125 0.008 0.032 0.034 0.043 0.122 0.005 0.001 0.007 0.496 49 L 0.096 0.122 0.019 0.077 0.063 0.083 0.084 0.004 0.001 0.007 0.444