# TARGET T0342 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.046 0.275 0.081 0.060 0.221 0.055 0.084 0.083 0.037 0.042 0.016 2 K 0.231 0.089 0.017 0.002 0.616 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.026 3 I 0.160 0.102 0.004 0.001 0.705 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.006 4 I 0.189 0.092 0.008 0.001 0.629 0.004 0.005 0.025 0.003 0.008 0.038 5 C 0.338 0.060 0.021 0.004 0.449 0.003 0.003 0.033 0.006 0.009 0.074 6 M 0.025 0.016 0.007 0.027 0.025 0.054 0.069 0.457 0.151 0.143 0.026 7 G 0.042 0.105 0.115 0.078 0.089 0.010 0.006 0.200 0.121 0.175 0.059 8 A 0.007 0.011 0.006 0.009 0.017 0.005 0.013 0.528 0.316 0.078 0.008 9 K 0.007 0.016 0.025 0.008 0.008 0.011 0.191 0.552 0.160 0.018 0.005 10 E 0.006 0.025 0.011 0.013 0.006 0.031 0.308 0.488 0.074 0.036 0.003 11 N 0.002 0.685 0.204 0.017 0.041 0.021 0.012 0.007 0.004 0.005 0.002 12 G 0.080 0.003 0.005 0.011 0.009 0.002 0.001 0.002 0.005 0.254 0.628 13 L 0.025 0.383 0.391 0.025 0.096 0.008 0.006 0.015 0.008 0.026 0.016 14 P 0.086 0.460 0.087 0.014 0.140 0.005 0.004 0.091 0.031 0.031 0.049 15 L 0.008 0.022 0.011 0.006 0.018 0.015 0.021 0.688 0.184 0.022 0.005 16 E 0.009 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.012 0.867 0.066 0.012 0.004 17 Y 0.002 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.872 0.089 0.019 0.001 18 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.887 0.090 0.009 0.001 19 E 0.006 0.010 0.002 0.002 0.009 0.002 0.008 0.860 0.096 0.003 0.003 20 K 0.004 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.013 0.762 0.149 0.056 0.002 21 L 0.064 0.094 0.017 0.004 0.128 0.003 0.006 0.353 0.212 0.094 0.025 22 K 0.018 0.025 0.011 0.015 0.023 0.022 0.052 0.519 0.230 0.076 0.009 23 A 0.037 0.071 0.055 0.023 0.082 0.012 0.033 0.357 0.126 0.180 0.024 24 I 0.088 0.199 0.102 0.046 0.261 0.026 0.050 0.124 0.050 0.030 0.023 25 E 0.122 0.237 0.142 0.020 0.267 0.009 0.020 0.077 0.030 0.031 0.045 26 P 0.046 0.139 0.053 0.028 0.130 0.052 0.122 0.229 0.104 0.073 0.025 27 N 0.060 0.112 0.136 0.087 0.132 0.047 0.055 0.101 0.098 0.138 0.033 28 D 0.103 0.076 0.031 0.018 0.117 0.023 0.051 0.122 0.141 0.235 0.083 29 Y 0.102 0.108 0.042 0.017 0.209 0.019 0.028 0.087 0.095 0.221 0.070 30 T 0.034 0.114 0.051 0.065 0.067 0.082 0.168 0.168 0.136 0.093 0.022 31 G 0.019 0.064 0.182 0.206 0.032 0.040 0.016 0.075 0.099 0.214 0.052 32 K 0.069 0.362 0.164 0.007 0.171 0.003 0.013 0.076 0.059 0.039 0.037 33 V 0.123 0.357 0.152 0.008 0.215 0.003 0.003 0.029 0.021 0.050 0.039 34 S 0.014 0.470 0.179 0.020 0.102 0.008 0.013 0.131 0.048 0.011 0.005 35 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.013 0.811 0.149 0.013 0.001 36 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.079 0.008 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.073 0.003 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.927 0.068 0.001 0.001 39 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.051 0.001 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.887 0.060 0.033 0.001 41 I 0.007 0.085 0.018 0.001 0.028 0.002 0.019 0.729 0.089 0.019 0.003 42 K 0.011 0.069 0.037 0.017 0.015 0.012 0.038 0.650 0.080 0.065 0.005 43 K 0.004 0.212 0.180 0.031 0.036 0.050 0.179 0.258 0.035 0.012 0.003 44 G 0.062 0.012 0.012 0.011 0.020 0.005 0.006 0.114 0.049 0.319 0.388 45 E 0.042 0.102 0.023 0.007 0.110 0.027 0.073 0.403 0.127 0.063 0.023 46 T 0.102 0.078 0.010 0.008 0.212 0.013 0.018 0.356 0.093 0.075 0.035 47 Q 0.051 0.147 0.049 0.030 0.131 0.026 0.066 0.316 0.108 0.055 0.021 48 T 0.083 0.144 0.053 0.012 0.173 0.013 0.049 0.283 0.073 0.083 0.034 49 L 0.098 0.136 0.062 0.018 0.166 0.017 0.055 0.195 0.083 0.100 0.070