# TARGET T0342 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.066 0.169 0.211 0.266 0.220 0.065 0.003 2 K 0.021 0.118 0.224 0.314 0.246 0.071 0.005 3 I 0.011 0.019 0.038 0.116 0.245 0.443 0.129 4 I 0.010 0.014 0.025 0.073 0.174 0.466 0.238 5 C 0.033 0.028 0.036 0.071 0.157 0.379 0.296 6 M 0.119 0.095 0.089 0.134 0.179 0.230 0.153 7 G 0.135 0.181 0.193 0.209 0.142 0.100 0.040 8 A 0.124 0.126 0.149 0.193 0.185 0.161 0.061 9 K 0.255 0.245 0.157 0.138 0.121 0.067 0.017 10 E 0.245 0.218 0.199 0.175 0.111 0.044 0.008 11 N 0.360 0.252 0.157 0.110 0.070 0.044 0.007 12 G 0.373 0.276 0.162 0.104 0.057 0.024 0.003 13 L 0.256 0.184 0.209 0.232 0.096 0.020 0.002 14 P 0.592 0.257 0.092 0.036 0.017 0.006 0.001 15 L 0.546 0.243 0.116 0.071 0.020 0.003 0.001 16 E 0.331 0.384 0.193 0.070 0.018 0.004 0.001 17 Y 0.139 0.118 0.168 0.249 0.260 0.061 0.004 18 Q 0.346 0.310 0.191 0.106 0.036 0.010 0.001 19 E 0.413 0.391 0.134 0.049 0.011 0.002 0.001 20 K 0.262 0.209 0.184 0.187 0.118 0.037 0.003 21 L 0.236 0.160 0.129 0.178 0.192 0.094 0.011 22 K 0.421 0.313 0.155 0.085 0.022 0.004 0.001 23 A 0.315 0.315 0.223 0.112 0.031 0.004 0.001 24 I 0.442 0.234 0.140 0.111 0.051 0.021 0.001 25 E 0.402 0.258 0.147 0.117 0.060 0.014 0.001 26 P 0.564 0.246 0.114 0.050 0.022 0.004 0.001 27 N 0.505 0.283 0.125 0.064 0.019 0.005 0.001 28 D 0.642 0.267 0.070 0.018 0.003 0.001 0.001 29 Y 0.477 0.221 0.160 0.112 0.028 0.004 0.001 30 T 0.799 0.160 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 31 G 0.596 0.209 0.115 0.061 0.016 0.002 0.001 32 K 0.569 0.280 0.099 0.039 0.011 0.002 0.001 33 V 0.353 0.211 0.158 0.163 0.087 0.025 0.002 34 S 0.314 0.258 0.184 0.142 0.064 0.032 0.006 35 E 0.496 0.275 0.140 0.059 0.024 0.006 0.001 36 E 0.384 0.222 0.164 0.138 0.072 0.019 0.002 37 I 0.397 0.142 0.107 0.138 0.129 0.080 0.007 38 E 0.557 0.218 0.124 0.075 0.021 0.004 0.001 39 D 0.698 0.218 0.062 0.016 0.005 0.001 0.001 40 I 0.604 0.159 0.109 0.081 0.039 0.008 0.001 41 I 0.710 0.130 0.067 0.057 0.026 0.009 0.001 42 K 0.720 0.168 0.074 0.031 0.006 0.001 0.001 43 K 0.846 0.120 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 44 G 0.874 0.084 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 45 E 0.868 0.088 0.028 0.014 0.003 0.001 0.001 46 T 0.875 0.096 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.885 0.096 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 48 T 0.903 0.071 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 49 L 0.876 0.083 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001